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Archives de catégorie : Virologie
Covid-19 : caractéristiques cliniques, virologiques et sérologiques des infections post-vaccinales dues au variant Delta
Une étude, conduite par des chercheurs singapouriens, rapporte pour la première fois des données virologiques et sérologiques concernant des infections post-vaccinales associées au variant Delta. Leurs résultats ont été publiés le 31 juillet 2021 sur le site de prépublication medRxiv. Il ressort notamment que la vaccination s’accompagne d’un déclin plus rapide de la charge virale …
Publié dans activité neutralisante, alpha, anticorps, anticorps neutralisants, B.1.617.2, bêta, BNT162N2, breakthrough Infection, charge virale, coronavirus, COVID-19, CT, Cycle Threshold, gamma, Immunologie, Infectiologie, infection post-vaccinale, Israël, Moderna, mRNA-1273), Pfizer, Pfizer-BioNTech, SARS-CoV-2, Singapour, vaccin, vaccination, variant Delta, variant indien, variants, Virologie
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Covid-19 : première description d’une importante diffusion communautaire du variant Delta au Brésil
Alors que le Brésil commence à récupérer d’une seconde vague de Covid-19, les premiers cas d’infection par le variant Delta, hautement transmissible, sont en train d’émerger. Le premier cas d’infection par ce variant préoccupant date du 26 avril 2021. Depuis, plusieurs cas isolés ou d’importation ont été signalés dans cinq États du Brésil. Une équipe …
Publié dans B.1.167.2, COVID-19, épidémiologie, inde, P.1, séquençage génomique, variant brésilien, variant brésilien P.1, variant Delta, variant Gamma, varient indien, Virologie
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Covid-19 : une étude chinoise souligne l’ampleur de la charge virale à la phase précoce de l’infection par le variant Delta
Une vaste étude décrit la première chaîne de transmission du variant Delta du SARS-CoV-2 en Chine. Celle-ci date du 21 mai 2021. Au total, 167 infections ont été détectées à Guangzhou (province de Guangdong) puis rattachées au cas index à partir de données épidémiologiques ou génétiques. Les chercheurs chinois révèlent que les charges virales associées …
Publié dans charge virale, chine, coronavirus, diversité intra-hôte, épidémiologie, flambée épidémique, Guangdong, Guangzhou, iSNV, PCR, prélèvements oropharyngés, SARS-CoV-2, souches historiques, variant Alpha, variant Delta, variants minoritaires, Virologie
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Covid-19 : Alpha, Beta, Gamma, Delta, Epsilon… l’émergence sans fin des variants
Il ne se passe plus un jour sans que l’on entende parler du variant Delta, identifié pour la première fois en Inde. Il est pourtant loin d’être la seule lignée virale à inquiéter les épidémiologistes, médecins et autorités sanitaires nationales et internationales. À ce jour, dans le monde, on dénombre une petite vingtaine de variants …
Publié dans Afrique, alpha, bêta, coronavirus, COVID-19, délétion, Delta, épidémiologie, Epsilon, fitness, gamma, insertion, Iota, Kappa, Lambd, mutations, nouveaux variants, NTD, Ouganda, protéine spike, RDB, SARS-CoV-2, séquençage génomique, susbtitution, Theta, vaccin, vaccination, variant, Variant Of Concern, Variant Of Interest, variant under monitoring, variants, variants préoccupants, Virologie, VOC, VOI, VUM
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Covid-19 : nouvelles données sur le variant Delta, dit « indien », en progression dans de nombreux pays
Identifié initialement en Inde, le variant Delta est désormais majoritaire au Royaume-Uni, où il représente environ 90 % des cas d’infection par le virus SARS-CoV-2. En date du 14 juin 2021, selon la base de données génomiques Gisaid, 61 autres pays étaient touchés par ce variant, anciennement dénommé variant indien (ou encore B.1.617.2, mais aussi …
Publié dans anticorps de sujets convalescents, anticorps monoclonaux, B.1.617.2, coronavirus, COVID-19, E484K, E484Q, EFFICACITE VACCINALE, épidémiologie, Gisaid, L425R, mutations, REACT-1, SARS-CoV-2, séquençage génomique, test PCR de criblage, Vaccinologie, VACCINS, variant, variant Alpha, variant Beta, variant brésilie, variant Delta, variant Gamma, variant indien, variant sud-africain, variants, variants of concern, variants préoccupants, Virologie, VOC, VOC-21APR-02
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Covid-19 : infection par le SARS-CoV-2 durant sept mois chez une patiente porteuse du VIH
L’histoire se déroule en Afrique du Sud et concerne une femme de 36 ans admise dans un hôpital de Durban en septembre 2020 pour un mal de gorge, de la toux et une gêne respiratoire. Ce cas clinique a été rapporté le 4 juin 2021 sur le site de prépublication medRxiv par l’équipe d’Axel Sigal …
Publié dans antirétroviraux, charge virale plasmatique, coronavirus, déficit immunitaire, délétions, évolution intra-hôte, évolution intra-patient, immunodépression, immunodéprimé, immunosuppression, Infectiologie, infection à VIH, mutations, NTD, patients immunodéprimés, personnes vulnérables, protéine S, protéine spike, RBD, SARS-CoV-2, séquençage génomique, sida, spicule, traitement antirétroviral, traitement immunosuppresseur, trithérapie, vaccination, vih, Virologie
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Covid-19 : comment le variant indien a débarqué au Brésil
L’histoire commence le 27 mars 2021. Le navire « MV Shanddong SA Zhi » quitte la Malaisie pour un long voyage qui doit l’amener à São Luís (État du Maranhão) au Brésil. Signalons au passage que São Luis est la seule capitale d’État du Brésil qui n’ait pas été fondée par les Portugais et dont …
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Publié dans Amérique du Sud, B.1.617.2, brésil, coronavirus, COVID-19, épidémiologie, inde, Infectiologie, lignage B.1.617.2, mutations, nouveaux variants, protéine S, protéine spike, SARS-CoV-2, spicule, variant Delta, variants, variants of concern, variants préoccupants, variats préoccupants, varient indien, Virologie, VOC
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Covid-19 : moindre sensibilité du variant indien B.1.167.2 aux vaccins et aux anticorps monoclonaux
Une étude française montre que le variant indien B.1.167.2 présente de façon significative une moindre sensibilité aux anticorps neutralisants développés par des patients Covid-19 convalescents ou produits après vaccination. L’originalité de cette étude, parue le 27 mai 2021 sur le site de prépublication bioRxiv, tient notamment au fait que les chercheurs n’ont pas utilisé de …
Publié dans Angleterre, anticorps monoclonaux, AstraZeneca, B.1.167.1, B.1.167.2, B.1.167.3, clusters, coronavirus, épidémiologie, foyers de contamination, inde, Infectiologie, mutations, NTD, Pfizer, protéine S, protéine spike, RBD, royaume uni, SARS-CoV-2, séroneutralisation, spicule, vaccin, Vaccinologie, variant, variant indien, variants indiens, variants préoccupants, Virologie, VOC
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Malaisie : un nouveau coronavirus, issu d’une recombinaison entre un virus canin et félin, isolé chez un patient hospitalisé pour pneumonie
Un nouveau coronavirus, issu d’une recombinaison entre deux coronavirus, l’un canin, l’autre félin, a été identifié chez un enfant présentant une pneumonie. Ce virus a été entièrement séquencé par une équipe de chercheurs américains, éthiopiens, chinois, malaisiens et singapouriens. Leurs résultats ont été publiés en ligne le 20 mai 2021 dans la revue Clinical Infectious …
Publié dans Alphacoronavirus, CCoV, coronavirus, coronavirus canin, coronavirus félin, FCoV, Infectiologie, PCR, Pédiatrie, Pneumologie, pneumonie, prélèvements nasopharyngés, protéine S, protéine spike, recombinaison, spike, Virologie
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Covid-19 : ces variants préoccupants anglais, sud-africain et brésilien qui circulent en Europe
Réalisée entre juin 2020 et février 2021 sous l’égide du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC, Stockholm, Suède), une étude a analysé les données des cas Covid-19 liés à des « variants préoccupants » (Variants Of Concern ou VOC), en l’occurrence aux variants anglais B.1.1.7, sud-africain B.1.351 et brésilien P.1. Il …
Publié dans B.1.1.7, B.1.351, épidémiologie, Europe, hospitalisation, mutation E484K, non-VOC, P.1, pays européens, réanimation, séquençage génomique, variant, variant anglais, variant anglais B.1.1.7, variant brésilien P.1, variant sud-africain, variant sud-africain B.1.351, variants, variants of concern, Virologie, VOC
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Covid-19 : que sait-on du variant new-yorkais ?
Identifié pour la première fois dans la ville de New York en novembre 2020, le variant B.1.526 a vu sa prévalence augmenter fortement depuis le début de l’année. La proportion de ce nouveau lignage viral est ainsi passée de 3 % à la mi-janvier 2021 à 34 % fin février. Au 5 avril 2021, l’analyse …
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Publié dans B.1.351, B.1.526, breakthrough Infection, coronavirus, COVID-19, épidémiologie, infection post-vaccinale, P.1, réinfection, Santé publique, SARS-CoV-2, variant, variant brésilien, variant new-yorkais, variant sud-africain, variants, variants d’intérêt, variants préoccupants, Virologie, VOC, VOI
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Covid-19 : infections post-vaccinales dues à des variants
C’est l’histoire de deux femmes qui ont contracté la Covid-19, respectivement 19 et 36 jours, après avoir reçu leur deuxième dose d’un vaccin à ARN messager. Le cas de ces patientes a été rapporté le 21 avril 2021 par des médecins et chercheurs américains dans un article en ligne du New England Journal of Medicine. …
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Covid-19 : transmission par aérosols ou comment le coronavirus a contaminé des passagers d’un mini-bus
C’est l’histoire de deux chauffeurs de bus américains qui ont transmis le SARS-CoV-2 à plusieurs passagers, alors que ces derniers portaient un masque et respectaient la distanciation physique. Ces deux cas sont rapportés par des médecins et des chercheurs de la faculté de médecine Case Western Reserve de Cleveland (Ohio, États-Unis) dans un article publié …
Publié dans aération, aérosols, bus, chauffeur, contact-tracing, contamination, coronavirus, COVID-19, DISTANCIATION PHYSIQUE, Divers, épidémiologie, espace clos, masque, mini-bus, passagers, SARS-CoV-2, séquençage génomique, transmission, transmission aérienne, transmission aéroportée, van, véhicule, ventilation, Virologie
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Covid-19 : ce qu’on sait et ce qu’on ignore sur le variant indien
Après le B.1.1.7 anglais, le B.1.351 sud-africain, le P.1 brésilien, c’est au tour d’un autre variant du SARS-CoV-2, cette fois identifié en Inde, de faire les gros titres de la presse internationale. Depuis quelques semaines, l’Inde connaît en effet une flambée épidémique. Dès lors le rapprochement a été vite fait avec l’émergence de ce nouveau …
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Covid-19 : quid de la production de variants chez un individu infecté et de leur transmission ?
Durant la pandémie de Covid-19, le séquençage du génome viral est utilisé pour suivre la diffusion de nouveaux variants porteurs de mutations spécifiques. On le sait, de nouvelles mutations, ou associations de mutations, peuvent conférer un avantage sélectif au virus, qui peut devenir plus transmissible ou échapper au système immunitaire. Il a ainsi été montré …
Publié dans cluster, coronavirus, COVID-19, diversité intra-hôte, diversité intra-patient, évolution intra-patient, foyer épidémique, Gènétique, génome viral, goulot d'étranglement, mutations, protéine S, protéine spike, SARS-CoV-2, sélection purificatrice, séquençage génomique, spicule, transmission, variant dominant, variant minoritaire, Variant Of Concern, variants, variants préoccupants, Virologie, virus, VOC
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Covid-19 : ce qu’il faut savoir sur le variant brésilien P.1
Au Brésil, l’épidémie de Covid-19 est aujourd’hui dominée par plusieurs lignées virales SARS-CoV-2 qui ont toutes en commun de posséder la mutation E484K dans la protéine S (spike ou spicule), qui permet au virus de se fixer sur les cellules qu’ils infectent. Cette mutation est problématique dans la mesure où elle peut contribuer à un …
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Covid-19 : retour sur les premiers cas de variant sud-africain en France et les premières chaînes de contamination
Une enquête épidémiologique détaille l’origine des premiers cas notifiés en France d’infection par le variant dit sud-africain du SARS-Cov-2*. Également dénommé B.1.351, ce dernier comporte plusieurs mutations dans le gène codant la protéine S (spicule ou spike en anglais), notamment les mutations N501Y et E484K, respectivement associées à une plus grande transmissibilité et à un …
Publié dans afrique du sud, agrégats de cas, B.1.351, cas d'importation, cas importés, chaînes de contamination, cluster, cluster familial, coronavirus, COVID-19, enquête épidémiologique, épidémiologie, foyer épidémique, foyers d’infection, foyers familiaux, Infectiologie, Mozambique, SARS-CoV-2, transmission, variant, variant sud-africain, Virologie, virus
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Covid-19 : malgré la quarantaine, des passagers d’un vol international à l’origine de multiples chaînes de contamination
L’histoire se déroule en Nouvelle-Zélande, pays qui pratique une stratégie d’isolement et de mise en quatorzaine à ses frontières dans le but d’éliminer le coronavirus SARS-CoV-2. Le 18 septembre 2020, un cas de Covid-19 est identifié. Le patient est un des passagers d’un vol international en provenance d’Inde. À sa descente d’avion, cet homme (G) …
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Infecté il y a cinq ans, un survivant d’Ebola serait à l’origine d’une nouvelle épidémie en Guinée
Un survivant de l’épidémie d’Ebola de grande ampleur ayant sévi en Afrique de l’Ouest en 2013-2016 serait à l’origine de la flambée épidémique qui frappe actuellement la Guinée. Telle est la surprenante conclusion de trois rapports indépendants publiés le 12 mars 2021 sur le site virological.org. La nouvelle épidémie d’Ebola en Guinée n’aurait donc pas …
Publié dans Afrique de l’Ouest, Ebola, épidémie, filovirus, génome, Guinée, Infectiologie, latence virale, Libéria, persistance virale, quiescence virale, République démocratique du Congo, séquençage génétique, Sierra Leone, sperme, survivant d’Ebola, taux de mutation, testicule, transmission sexuelle, Virologie, virus, virus à ARN
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Infecté il y a cinq ans, un survivant d’Ebola serait à l’origine d’une nouvelle épidémie en Guinée
Un survivant de l’épidémie d’Ebola de grande ampleur ayant sévi en Afrique de l’Ouest en 2013-2016 serait à l’origine de la flambée épidémique qui frappe actuellement la Guinée. Telle est la surprenante conclusion de trois rapports indépendants publiés le 12 mars 2021 sur le site virological.org. La nouvelle épidémie d’Ebola en Guinée n’aurait donc pas …
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Surdité brusque et SARS-CoV-2 : une infection peut en cacher une autre
C’est l’histoire d’un homme de 29 ans, sans antécédent médical, qui se présente dans le service d’ORL du CHU de Dijon pour une surdité brusque bilatérale apparue depuis dix jours. Il n’existe pas d’autre signe à l’examen clinique. La femme du patient présente une anosmie et une agueusie. Cette perte d’odorat et du goût incite …
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Transplantation pulmonaire : un cas tragique de transmission du SARS-CoV-2 d’une donneuse à une receveuse
Des chirurgiens et médecins américains rapportent, dans un article publié en ligne le 10 février 2021 dans l’American Journal of Transplantation, un cas documenté de transmission du SARS-CoV-2 entre donneuse et receveuse dans le cadre d’une greffe bi-pulmonaire. La donneuse avait pourtant été testé négative pour le coronavirus au test RT-PCR réalisé sur prélèvement nasopharyngé. …
Publié dans coronavirus, COVID-19, greffe, greffe bi-pulmonaire, Infectiologie, liquide de lavage broncho-alvéolaire, poumon, poumons, RT-PCR, SARS-CoV-2, transplantation, transplantation bi-pulmonaire, transplantation pulmonaire, Virologie
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New York : le coronavirus circulait plus d’un mois avant l’identification du premier cas de Covid-19
Des chercheurs américains rapportent que le SARS-CoV-2 était présent dans la ville de New York six à huit semaines avant l’identification du premier cas de Covid-19. Telle est la conclusion d’une étude postée sur le site de prépublication medXriv le 11 février 2021. On rappelle que le premier cas d’infection par le SARS-CoV-2 à New …
Publié dans analyse phylogénétique, ARN viral, Biologie moléculaire, coronavirus, COVID-19, épidémiologie, Etats-Unis, Gènétique, génome, Infectiologie, lignage, new york, PCR, poolage, pooling, RT-PCR, Santé publique, SARS-CoV-2, séquençage, séquençage génomique, séquence génétique, sérologie, tests groupés, Virologie, virus
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Covid-19 : des personnels de santé israéliens contaminés par le coronavirus après la première dose de vaccin
Des médecins israéliens rapportent des cas de contamination par le coronavirus SARS-CoV-2 parmi le personnel du plus grand hôpital du pays après administration de la première dose de vaccin anti-Covid-19. Publié le 1er février 2021 dans la revue en ligne Emerging Infectious Diseases, ce rapport concerne vingt-deux cas de contamination post-vaccinale. Ceux-ci sont survenus lors …
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Pneumonie Covid-19 : une inflammation qui tourne en boucle
Le coronavirus SARS-CoV-2 peut provoquer une réaction inflammatoire pouvant aboutir, dans sa forme la plus grave, à un syndrome de détresse respiratoire aiguë. Une minorité de patients Covid-19 développent une pneumonie nécessitant le recours à la ventilation mécanique. La mortalité de ces patients est élevée (20 % à 40 %). Les déterminants de cette gravité …
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Covid-19 : quand le SARS-CoV-2 se déleste de petits fragments de son matériel génétique pour échapper aux anticorps
Avec l’apparition de nouveaux variants SARS-CoV-2, on sait désormais que ce coronavirus, dont le génome était considéré jusqu’à présent relativement stable, peut muter. Cette variabilité génétique repose sur l’apparition de mutations consistant en la substitution d’un nucléotide par un autre, autrement dit d’une « lettre » par une autre dans l’ARN viral. Comme pour tout …
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Manaus, Brésil : de nouveaux variants du SARS-CoV-2 se jouent-ils de l’immunité collective ?
Que se passe-t-il à Manaus dans l’État d’Amazonas ? En octobre 2020, cet état du nord-ouest du Brésil avait été durement touché par l’épidémie de Covid-19. Publiée en octobre 2020 dans la revue Science, une étude conduite auprès des donneurs de sang indiquait que plus des trois quarts (76 %) des habitants de la plus …
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Interview with Virologist Christian Drosten: »I Am Quite Apprehensive about What Might Otherwise Happen in Spring and Summer » – DER SPIEGEL
DER SPIEGEL: Professor Drosten, the pandemic has entered a decisive phase. The beginning of the vaccination campaign has meant light at the end of the tunnel, but now, more contagious virus variants have appeared. How dangerous is the situation in Germ… Continuer la lecture
Publié dans Aération / ventilation, aérosols, Ecoles, enfants, immunité, recherche, VACCINS, veille, via bookmarklet, Virologie
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Covid-19 : vaccins et nouveaux variants, quel impact ?
Des chercheurs sud-africains rapportent 19 janvier 2021 sur le site de prépublication bioXriv des résultats indiquant que les mutations présentes dans le variant sud-africain 501Y.V2 lui confèrent la possibilité d’échapper à l’activité neutralisante des anticorps produits lors d’une infection naturelle, voire post-vaccination. Rappel : la protéine S (spike, spicule) de surface du coronavirus SARS-CoV-2 se …
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Publié dans 501.V3, 501Y.V.2, 501Y.V1, activité neutralisante, afrique du sud, anticorps monoclonaux, anticorps polyclonaux, B.1.1.7, B1.1.28, brésil, coronavirus, délétion, domaine N-terminal, E484K, émergence de nouveaux variants, Gènétique, immunité, Immunologie, Infectiologie, K417N/T, mutations, N501Y, nouveau variant, nouveaux variants, NTD, plasma, protéine S, protéine spike, pseudovirus, RBD, receptor binding domain, royaume uni, SARS-CoV-2, sérum, système immunitaire, Vaccinologie, variant anglais, variant brésilien, variant britannique, Virologie, VOC 202012/01
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