Archives de catégorie : Virologie

COVID-19 : dans le maquis des variants et sous-variants d’Omicron

Dans ce billet de blog, je souhaite vous faire lire un fil rédigé sur Twitter par T. Ryan Gregory, professeur en biologie de l’évolution à l’université de Guelph (Ontario, Canada). Ryan m’a donné son accord pour la traduction et l’adaptation de sa série de tweets publiés le 10 janvier 2022. À sa lecture, j’ai non …

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Publié dans Aeterna, Argus, BA.1, BA.2, BA.5, Basilic, Basilisk, BF.7, BQ.1, BQ.1.1, Centaure, Centaurus, Cerberus, Cetus, CH1.1, Chiron, coronavirus, COVID-19, Dictys, Evolution, Génétique - Biologie moléculaire, Gryphon, Hippogryph, Hydra, Kraken, Mimas, Minotaure, Omicron, Orthrus, Python, SARS-CoV-2, sous-lignages, sous-variants, Sphinx, Triton, Typhon, variants, Virologie, XBB.1.5 | Commentaires fermés sur COVID-19 : dans le maquis des variants et sous-variants d’Omicron

Espagne : transmission du virus monkeypox à une vingtaine de clients d’un salon de tatouage

C’est l’histoire de 21 personnes, âgées de 16 à 38 ans, qui ont été infectées par le virus monkeypox après avoir fréquenté un salon de tatouage à Cadix (Espagne). Entre le 6 et 19 juillet 2022, 14 femmes et 7 hommes, venus se faire faire un piercing ou un tatouage ont été contaminés par le …

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Covid-19 : comment Omicron a-t-il évolué depuis son émergence il y a un an ?

Il y a un an, le 26 novembre 2021, l’Organisation mondiale de la santé désignait le variant B.1.1.529 comme variant préoccupant, sous l’appellation Omicron. Par quels mécanismes moléculaires ce lignage du SARS-CoV-2 a-t-il depuis évolué ? Quelles trajectoires évolutives a-t-il suivies pour générer de nombreux sous-lignages, eux-mêmes à l’origine de multiples sous-variants ? Et quelle …

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Publié dans ACE2, anticorps neutralisants, BA.1, BA.2, BA.2.75, BA.2.75.2, BA.4, BA.5, breakpoint, co-infection, convergence évolutive, coronavirus, COVID-19, délétions, Delta, dérive antigénique, distance antigénique, domaine NTD, évolution convergente, Génétique - Biologie moléculaire, immunodéprimé, infection chronique, infection persistante, lignages, mécanisme évolutif, mutations, mutations antigéniques, mutations RBD, NTD, Omicron, point de cassure, protéine spike, RBD, récepteur cellulaire ACE2, recombinaison génétique, SARS-CoV-2, sous-lignages, sous-lignages d’Omicron, sous-variants, surveillance génomique, trajectoire évolutive, variant préoccupant, Virologie, virus recombinant, XBB | Commentaires fermés sur Covid-19 : comment Omicron a-t-il évolué depuis son émergence il y a un an ?

Covid-19 : quand le séquençage du génome entier du virus guide le traitement en cas d’infection persistante

Chez de rares patients immunodéprimés, l’infection par le SARS-CoV-2 peut entraîner une infection chronique pendant plusieurs semaines ou plusieurs mois. On dispose de peu de données sur la prise en charge thérapeutique de ces patients, qui pourraient bénéficier d’associations de médicaments ou de traitements pendant une durée plus longue. Il importe alors de savoir s’il …

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Publié dans coronavirus, COVID-19, génome viral, Infectiologie, infection chronique, infection persistante, infection prolongée, infection prolongée par le SARS-CoV-2, mutations, Omicron, patients immunodéprimés, réinfection, SARS-CoV-2, séquençage génomique, séquence de génome entier, sous-lignages, sous-variants, traitement antiviral, variants, Virologie, WGS | Commentaires fermés sur Covid-19 : quand le séquençage du génome entier du virus guide le traitement en cas d’infection persistante

Covid-19 : le sous-variant BQ.1.1 d’Omicron progresse en France

L’évolution continue du variant Omicron, apparu fin 2021, a entraîné l’émergence de nouveaux sous-variants. Ces nouveaux venus n’en finissent pas d’éroder l’immunité acquise par la vaccination et/ou l’infection naturelle et de présenter des propriétés biologiques différentes, notamment du fait de leur capacité d’échappement immunitaire et de changements fonctionnels de leur protéine spike. Comme BA.4.6 et …

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Covid-19 : le variant Omicron aurait émergé chez la souris, selon une étude

Le variant Omicron apparaît mieux équipé pour reconnaître le récepteur cellulaire ACE2 de la souris que celui de l’homme, rapportent des chercheurs américains dans une étude publiée le 18 octobre 2022 dans les Comptes rendus de l’Académie américaine des sciences (PNAS). On rappelle que le coronavirus SARS-CoV-2 se fixe par l’intermédiaire de la région RBD …

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Covid-19 : des rats domestiques contaminés par leur propriétaire infecté par le SARS-CoV-2

Deux rats domestiques ont été contaminés par le variant Omicron du SARS-CoV-2 à partir d’une personne infectée, rapportent des chercheurs français dans un article paru le 13 octobre 2022 sur le site de prépublication bioRxiv. L’un des rongeurs a développé des symptômes sévères. Ces résultats sont présentés par Xavier Montagutelli, Bérénice Decaudin, Étienne Simon-Lorière et …

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Un cas d’infection par le virus monkeypox chez un nouveau-né

C’est l’histoire d’un nouveau-né qui a développé une éruption cutanée au 9e jour de vie. Ce cas clinique a été rapporté par des médecins londoniens le 12 octobre 2022 sur le site internet de l’hebdomadaire médical américain The New England Journal of Medicine. D’abord vésiculaire, l’éruption a débuté sur les paumes des mains et la …

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Interview with Virologist Christian Drosten: »I Am Quite Apprehensive about What Might Otherwise Happen in Spring and Summer » – DER SPIEGEL

DER SPIEGEL: Professor Drosten, the pandemic has entered a decisive phase. The beginning of the vaccination campaign has meant light at the end of the tunnel, but now, more contagious virus variants have appeared. How dangerous is the situation in Germ… Continuer la lecture

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Les traitements anti Covid qui existent déjà sont-ils les grands oubliés de la politique sanitaire ? | Atlantico.fr

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Covid. Pourquoi Emmanuel Macron serait-il tout particulièrement mécontent d’Olivier Véran ?

Bonjour 17/09/2020. Les vents tourneraient-ils au coeur de l’exécutif ? « Quand Emmanuel Macron n’est pas satisfait, il le fait savoir. Ce jour-là, c’est le ministre de la Santé, Olivier Véran, qui en a fait les frais. Vendredi 11 septembre, lors du Conseil de défense consacré à l’évolution de la situation sanitaire, le président de la République […] Continuer la lecture

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Didier Raoult : pourquoi une majorité de Français lui fait-elle plus confiance qu’au gouvernement ?

Bonjour 17/09/2020. Le spectacle médiatique n’en finit plus, sa conclusion reste incertaine. Après des mois de mises en scène télévisées, de sombres coulisses politiques, de caricatures, d’ego chauffés à blanc, d’accusations croisées et d’invraisemblables polémiques médicamenteuses les chiffres sont là : un Français sur deux a une « image positive » du Pr Didier Raoult, microbiologiste à la […] Continuer la lecture

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Covid reconnue maladie professionnelle ? Le gouvernement accusé de trahir la parole donnée

Bonjour 6/09/2020. C’est une nouvelle étape dans une affaire qui apparaîtra à beaucoup comme un scandale – si le non-respect de la parole donnée par l’exécutif en est un. Nous parlons ici des conditions dans lesquelles la Covid-19 pourra/pourrait, en France, être ou non reconnu comme une maladie professionnelle. Rappel. Nous étions le 23 mars […] Continuer la lecture

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Covid, 250 euros: face à la grève du dépistage, le gouvernement va-t-il envoyer la police ?

Bonjour 16/09/2020. L’affaire restait médiatiquement régionale. Elle prend soudain une ampleur nationale et risque de diffuser – plaçant brutalementle pouvoir exécutif devant ses responsabilités. Reprenons ce que nous en dit l’AFP ? La grève dans les vingt laboratoires d’analyse biologiques Biofusion du Tarn-et-Garonne, Haute-Garonne et Lot a été reconduite ce mercredi 16 septembre. Les salariés grévistes […] Continuer la lecture

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Covid politique : les propos au vitriol d’un rapporteur de la commission d’enquête du Sénat

Bonjour 15/09/2020. Le ton, la température, montent dans les médias. Le pouvoir exécutif, le passé et le présent, est la cible de mille et une nouvelles flèches. Dernier (et passionnant) exemple en date l’entretien accordé au Monde  (Chloé Hecketsweiler et Solenn de Royer) par le Dr Bernard Jomier, sénateur de Paris (apparenté Parti socialiste) – corapporteur de […] Continuer la lecture

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Chloroquine : le Pr Pialoux soupçonne le Pr Raoult de ne pas avoir respecté les règles éthiques

Bonjour 14/09/2020. C’est un entretien à bien des égards édifiant. Il est accordé au Monde (Sandrine Cabut) par le Pr Gilles Pialoux « Le Covid-19 peut entraîner un broyage social, avec des glissements entre causalité et responsabilité ». Le chef du service de maladies infectieuses et tropicales de l’hôpital Tenon depuis 2004 y est interrogé à propos […] Continuer la lecture

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A l’image de l’Allemagne, un mouvement antimasque pourrait-t-il émerger en France ?

Bonjour 13/09/2020. C’est une nouvelle salve, sévère et argumentée, contre la stratégie gouvernementale de lutte contre l’épidémie. Elle est signée, dans le Journal du Dimanche, par le Dr William Dab, ancien Directeur général de la santé – interrogé par Anne-Laure Barret. Nous y reviendrons. Pour l’heure, cette question : Le port du masque à l’extérieur est […] Continuer la lecture

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Castex: dégradation de la situation, quatorzaine divisée par deux. Tout reste à expliquer

Bonjour 11/09/2020. Que se passe-t-il au sommet de l’Etat ? Le Premier ministre a tenu une courte allocution, aujourd’hui, à 17 heures pour rendre compte du conseil de défense qui s’est tenu plus tôt dans la matinée. Résumons. Jean Castex a annoncé une « dégradation manifeste » de la situation épidémiologique. Et le chef du gouvernement, une nouvelle fois, […] Continuer la lecture

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Covid : la cacophonie, le bon sens et l’appel à la vigilance de SOS Médecins France

Bonjour 11/09/2020. Interrogation montante. Dramatiser à l’excès ou prendre le risque de sous-estimer la réalité chiffrée et ses conséquences ? Dans les médias on n’en finit plus d’aborder l’équation du « sanitaire » qui serait opposée à l’ « économique ». Le tout, le plus souvent, dans la cacophonie, les invectives, l’inaudible. Et l’on observe dans le même temps les premiers […] Continuer la lecture

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Covid. Le Conseil scientifique fait de la politique. Emmanuel Macron lui répond

Bonjour 0/09/2020. Une étape a été franchie par le Conseil scientifique et nul ne sait jusqu’où cette institution pourra aller. Rendu public par le gouvernement le 9 septembre son dernier avis, daté du 3 septembre, dresse « un constat d’échec » à propos de la stratégie d’isolement destinée à lutter contre l’épidémie de Covid-19. Ses membres (chargés […] Continuer la lecture

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Un médecin peut-il sans danger se déclarer «farouchement opposé» au port du masque ?

Bonjour 09/09/2020 Quelques lignes pour une affaire hors norme rapportée notamment par Le Progrès, l’AFP et Le Quotidien du Médecin ( Martin Dumas Primbault). « Sur la porte de son cabinet, un écriteau va à l’encontre des recommandations des autorités sanitaires. Le Dr Patrick Bellier est farouchement opposé au port du masque, au point d’interdire à ses patients de […] Continuer la lecture

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Vaccin-Covid: une «maladie inexpliquée» conduit AstraZeneca à suspendre ses essais cliniques

Bonjour 09/09/09. Hier le fait aurait volontiers été durablement passé sous silence. Aujourd’hui l’information s’impose d’emblée, au nom d’une transparence imposée – et ce avec toutes les conséquences que l’on peut d’ores et déjà imaginer. Le puissant groupe pharmaceutique AstraZeneca a annoncé mardi 8 septembre qu’il devait faire une « pause » dans les essais cliniques de […] Continuer la lecture

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«Cas contact», Jean Castex, Premier ministre, «va immédiatement subir un test»

Bonjour 08/09/2020 . Avant toute chose, donner l’exemple à la France. Le Premier ministre Jean Castex «va immédiatement subir un test». Et ce parce qu’il n’a pu résister à un passage sur le Tour de France . Et parce qu’il il compte désormais parmi les «cas contacts» du directeur de la course, Christian Prudhomme, qui vient […] Continuer la lecture

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Pourquoi va-t-on réduire la «quatorzaine» alors que la progression virale est «exponentielle» ?

Bonjour 08/09/2020 Une fois de plus, la nécessité absolue d’une pédagogie destinée au plus grand nombre – un exercice que l’exécutif peine à mettre en place. Le gouvernement va très vraisemblablement réduire la période d’isolement des malades du Covid-19 et des cas contacts, jugeant que la durée actuelle de 14 jours est «trop longue». Mais […] Continuer la lecture

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Covid et bouc émissaire. Quand Nicolas Sarkozy vole au secours du Pr Didier Raoult

Bonjour 05/09/2020. Nouveaux propos, nouveau sous-chapitre dans cette affaire tentaculaire. On vient d’apprendre que  la Société de pathologie infectieuse de langue française (Spilf) avait déposé plainte contre Didier Raoult, le plus que médiatique directeur de l’Institut hospitalo-universitaire (IHU) Méditerranée Infection – plainte auprès du Conseil départemental de l’Ordre des médecins des Bouches-du-Rhône. Sanctions encourues : du simple […] Continuer la lecture

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Covid-Ibiza  : les stars du PSG contaminées réquisitionnées par le ministre de la santé ?

Bonjour 04/09/2020. L’Equipe va devoir ouvrir une rubrique virologique. Pour l’heure ses lecteurs découvrent le caractère universel des modes de contaminations, la nécessité ubiquitaire de se protéger. Le spectacle sportif est, aussi, surtout, à ce prix. « Marquinhos, qui a ressenti des symptômes depuis deux jours, a été testé positif au Covid-19 ce jeudi 3 septembre […] Continuer la lecture

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Le Pr Didier Raoult bientôt transformé en martyr scientifique par l’Ordre des médecins ?

Bonjour 03/09/2020. C’est une nouvelle et croustillante étape dans une affaire désormais sans fin : « l’affaire Raoult ». On en trouvera l’essentiel dans Le Figaro (Cécile Thibert). Un développement symptomatique des passions et des colères générées par le comportement du microbiologiste marseillais au sein de sa communauté médicale et scientifique spécialisée. Il faut ainsi rappeler qu’en juillet, la […] Continuer la lecture

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Covid-19 : finalement, le port du masque ne devrait pas être imposé aux chanteurs d’opéra

Bonjour 31/08/2020. Mais comment a-t-on pu en arriver à un tel chantier ? Les contradictions, suspicions, controverses et polémiques relatives au masque resteront, en France, comme la grande affaire d’un exécutif dépassé par l’épidémie de Covid-19. Une affaire qui reste à comprendre et dans laquelle la justice sera, un jour, amenée à se prononcer.  Pour l’heure […] Continuer la lecture

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La vague « anti-masques » émerge et enfle en Allemagne. Risque-t-elle d’atteindre la France ?

Bonjour 30/08/2020. Comment ne pas voir désormais, ici, un nouveau symptôme, mi-politique, mi sanitaire ? Comment le classer ? Et faut-il s’en inquiéter ? Des milliers d’opposants au port du masque et aux mesures de restriction contre le coronavirus sont descendus dans la rue samedi 29 août dans plusieurs villes d’Europe, résume l’AFP.  A Berlin tout d’abord. A […] Continuer la lecture

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Coup de théâtre : la justice allemande autorise une grosse manifestation «anti-masque»

Bonjour 28/08/2020. Cela ferait-il jurisprudence en France ? C’est un violent camouflet pour la vieille ville de Berlin : la justice allemande a levé vendredi 28 août une interdiction décrétée par la municipalité de la capitale allemande concernant une manifestation d’opposants au port du masque et aux mesures contre l’épidémie de la Covid-19 prévue le […] Continuer la lecture

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«Papy et mamie» désormais interdits de sortie scolaire: le nouvel impair de Jean Castex

Bonjour 28/08/2020. Jusqu’où l’exécutif sanitaire peut-il s’immiscer dans la vie privée, rogner les libertés individuelles ? A quel titre et de quel droit. « Evitons que papy et mamie aillent chercher leurs petits-enfants à l’école, quitte à augmenter le périscolaire jusqu’à ce que les parents puissent venir eux-mêmes les récupérer. » Voilà un nouvel impair commis le 27 […] Continuer la lecture

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Covid – sécession : Marseille et le Pr Didier Raoult en rébellion contre le gouvernement

Bonjour 27/08/2020. Tout un symbole destiné à un Paris chaque jour un peu plus détesté. Ce fut une conférence de presse organisée par le Pr Didier Raoult en son Institut hospitalo-universitaire (IHU) Méditerranée Infection. Présente, outre le microbiologiste, la maire écologiste de Marseille, Michèle Rubirola, et la présidente Les Républicains de la métropole et du […] Continuer la lecture

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Alerte: l’étrange impair de Jean Castex sur l’obligation généralisée du masque dans Paris

Bonjour 27/08/2020. Que s’est-il passé ? Comment commettre un tel impair ? Jean Castex, Premier ministre, vient de tenir  une conférence de presse à Matignon sur la reprise de l’épidémie due au nouveau coronavirus et la rentrée des classes. Conférence de presse solennelle accompagné des ministres de la santé, Olivier Véran, et de l’éducation nationale, Jean-Michel Blanquer, […] Continuer la lecture

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Le gouvernement français autorisera-t-il les manifestations de militants « anti-masques » ?

Bonjour 27/08/2020. Voici, pour cette rentrée masquée, un bien beau sujet sur la liberté, la démocratie et la santé publique. L’affaire nous vient de Berlin. La ville a décidé mercredi 26 août d’interdire une manifestation d’opposants au port du masque et aux mesures de restrictions contre la pandémie de nouveau coronavirus, suscitant l’indignation de l’extrême […] Continuer la lecture

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Pourquoi la PDG de Radio France a-t-elle le droit de s’opposer au port du masque dans les studios ?

Bonjour 25/08/2020. Jamais on n’a autant parlé du Covid-19 et du port du masque sur les ondes radiophoniques. C’est tout particulièrement vrai sur celles de Radio France qui décline depuis des semaines les innombrables variations sur ce thème. Mais qu’en est-il pour ceux qui sont en studio, derrière les micros ? Sibyle Veil, présidente-directrice générale du […] Continuer la lecture

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Covid et complotisme : Jean Castex n’a pas bien saisi qui sont les véritables «anti-masques»

Bonjour 26/08/2020. Invité matinal « exceptionnel » de France Inter : Jean Castex, Premier ministre après avoir été « Monsieur Déconfinement ». Léger accent et certains mots venus d’un autre temps. Message principal aux Français : il nous faut désormais « vivre avec le virus ». Une autre manière de dire que la pandémie se transforme en situation endémique. Jean Castex : « Le virus est […] Continuer la lecture

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Masques scolaires et préservatifs : voici pourquoi le pouvoir exécutif entend les faire payer

Bonjour 25/08/2020. Pourquoi cet étrange aveuglement de l’exécutif sur la nécessité de fournir gratuitement des masques protecteurs à tous les enfants des collèges, à tous les adolescents des lycées et des universités ? Comment comprendre que le ministre de l’Education nationale puisse imaginer qu’il ne s’agit là que de simples « fournitures de rentrée » au même titre […] Continuer la lecture

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Martin Hirsch accuse désormais le Pr Raoult d’user des «vieilles ficelles complotistes»

Bonjour 25/08/2020. Rentrée et retour-réflexe des personnalités habituées des médias. Sur France Inter, une nouvelle fois Martin Hirsch, directeur général de l’AP-HP. Promotion d’un nouveau livre au titre botanique énigmatique 1. Avec une précision, de taille : « Ce livre n’est pas celui qui dit que j’ai eu raison et que les autres sont des couillons ». Certes. […] Continuer la lecture

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Covid et GPA : et voici pourquoi le Pr Didier Raoult se serait, enfin, montré sur BFM-TV

Bonjour 24/08/2020. Visite-express dans les sombres coulisses des médias. Interrogé dans l’émission «L’Instant M» sur France Inter lundi 24 août, Marc-Olivier Fogiel, directeur général du groupe BFMTV, a fait une révélation (un « scoop »). Il a enfin dit pourquoi le Pr Didier Raoult, microbiologiste, figure médiatique et polémique dans la crise du Covid-19, avait fini par accepter […] Continuer la lecture

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Masques scolaires payants : le gouvernement s’obstinera-t-il encore très longtemps ?

Bonjour 24/08/2020. C’est la rentrée sur les ondes et tous les spécialistes médiatiques sont de retour, devant micros et caméras. Opinions, informations, cacophonie. Ainsi, une nouvelle fois, sur franceinfo,  le  Pr Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique du gouvernement. «  Il y aura des contaminations à l’école, des enfants vont se contaminer, probablement quelques enseignants […] Continuer la lecture

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