Archives de catégorie : Virologie

Variole du singe : une étude décrit les caractéristiques de cas survenus au Royaume-Uni entre 2018 et 2021

Publiée le 24 mai 2022 dans la revue The Lancet Infectious Diseases, une étude rapporte les caractéristiques cliniques, des données de cinétique virale et la réponse à des traitements antiviraux expérimentaux, provenant de sept patients infectés par le virus de la variole du singe (monkeypox, en anglais). Ces sept patients, cinq jeunes adultes et un …

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Omicron : ce que l’on sait des sous-variants BA.4 et BA.5

Initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud en novembre 2021, Omicron, nouveau variant préoccupant du SARS-CoV-2, est représenté par trois sous-lignages : BA.1, BA.2 et BA.3. Deux nouveaux sous-lignages d’Omicron, BA.4 et BA.5, classés variants d’intérêt par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), ont depuis été détectés en Afrique du Sud. Selon les …

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Covid-19 : caractérisation du variant XD, issu d’une recombinaison entre Delta et Omicron

Une étude dirigée par des chercheurs de l’Institut Pasteur de Paris rapporte les premières données épidémiologiques, virologiques et biologiques concernant le variant XD du SARS-CoV-2, issu de la recombinaison entre les variants Delta et Omicron. Ces travaux, supervisés par Étienne Simon-Lorière, responsable du groupe ‘Génomique évolutive des virus à ARN’ à l’Institut Pasteur, ont été …

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Publié dans anticorps, anticorps monoclonaux, anticorps neutralisants, AY.4, BA.1, BA.2, biologiqe moléculaire, breakpoints, coronavirus, COVID-19, Delta, échappement immunitaire, Gènétique, Génétique - Biologie moléculaire, génome viral, Immunologie, neutralisation, Omicron, points de cassure, protéine spike, RBD, recombinaison génétique, SARS-CoV-2, sous-lignage, spike, template switching, vaccin, vaccination, variant XD, variants, Virologie, virus recombinant | Commentaires fermés sur Covid-19 : caractérisation du variant XD, issu d’une recombinaison entre Delta et Omicron

Infection par Omicron : quelle réponse contre d’autres variants chez les vaccinés et non-vaccinés ?

Une étude sud-africaine a évalué, chez des individus vaccinés et non vaccinés, la capacité des anticorps produits après une infection par le variant Omicron à combattre d’autres variants du SARS-CoV-2. Les résultats ont été publiés le 22 mars 2022 dans la revue Cell Host and Microbe. Conduite par Simon Richardson, Penny Moore et leurs collègues …

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Publié dans ADCC, ADCP, alpha, anticorps neutralisants, BA.1, bêta, breakthrough Infection, breakthrough Infections, coronavirus, COVID-19, cytotoxicité cellulaire, D614G, Delta, gamma, immunité, immunité neutralisante, immunité neutralisante croisée, Immunologie, infection post-vaccinale, non-vaccinés, Omicron, phagocytose dépendante des anticorps, rappel, SARS-CoV-2, troisième dose, vaccination, vaccinés, Vaccinologie, variant, Virologie | Commentaires fermés sur Infection par Omicron : quelle réponse contre d’autres variants chez les vaccinés et non-vaccinés ?

Quid de la réponse en anticorps neutralisants après infection par le variant Omicron chez les personnes vaccinées ?

Une étude américaine a évalué la réponse en anticorps neutralisants faisant suite à une infection par le variant Delta ou Omicron chez des individus ayant reçu deux doses de vaccin, avec ou sans rappel. Ces résultats ont été publiés en ligne dans la revue Cell le 18 mars 2022. On rappelle qu’une infection survenant chez …

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Dans le sillage d’Omicron, les singularités de BA.2

L’ascension du variant Omicron (B.1.1.529) a été fulgurante dans de nombreux pays. Initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud en novembre 2021, ce nouveau variant du SARS-CoV-2 est aujourd’hui présent dans au moins 67 pays. Ce variant préoccupant est composé de trois sous-lignages désignés BA.1 (majoritaire), BA.2 et BA.3 (très peu détecté). Un …

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Omicron : une biologie et une dynamique virale différentes de celles observées chez les précédents variants

Dans ce billet de blog, je vous invite, à travers les données issues d’articles publiés ces dernières semaines, à comprendre les moyens utilisés par la recherche pour explorer les propriétés biologiques et virologiques d’Omicron. Celles-ci révèlent en quoi ce nouveau variant du SARS-CoV-2 est atypique. L’objectif des chercheurs est de comprendre comment les multiples mutations …

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Publié dans ACE2, anticorps, anticorps neutralisants, Biologie humaine, biologie structurale, bronche, cathepsine, cellule, charge virale, conformation, coronavirus, cryo-EM, cryomicroscopie électronique, délétion, Delta, domaine amino-terminal, domaine de liaison au récepteur, durée d'excrétion, dynamique virale, échappement immunitaire, ectodomaine, effet épistatique, épistasie, épithélium nasal, épitopes, évasion immunitaire, excrétion virale, fusion membranaire, IFITM, Immunologie, mutation, Omicron, particules virales, PCR, peptide de fusion, poumon, protéine spike, protomère, pseudovirus, RBD, récepteur ACE2, réplication, réplication virale, RT-PCR, SARS-CoV-2, séquence génomique, sites antigéniques, sous-unité S1, sous-unité S2, spike, TMPRSS2, transmissibilité, trimère, variant, variants, Virologie, virus, voie endosomale | Commentaires fermés sur Omicron : une biologie et une dynamique virale différentes de celles observées chez les précédents variants

Des lapins de compagnie naturellement infectés par le SARS-CoV-2 en France

Des chercheurs vétérinaires français ont, pour la première fois, mis en évidence une infection naturelle par le SARS-CoV-2 chez des lapins de compagnie. Cette étude, dirigée par des chercheurs de l’université de Montpellier, a été publiée le 27 janvier 2022 dans la revue Veterinary Sciences. Elle visait à déterminer la séroprévalence de l’infection par le …

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Hong Kong : transmission du SARS-CoV-2 de hamsters de compagnie à l’homme, suivie d’une diffusion interhumaine

Tout commence, à Hong Kong, le 11 janvier 2022. Une employée de 23 ans travaillant dans une animalerie, qui vend des hamsters, des lapins et des chinchillas,  présente un mal de gorge et de la toux. Elle est doublement vaccinée contre la Covid-19, la deuxième dose lui ayant été administrée le 16 septembre 2021. Elle …

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En Inde, un léopard contaminé par le SARS-CoV-2. Des pumas et des lions infectés dans un zoo en Afrique du Sud

Un léopard vivant en liberté a été contaminé par le SARS-CoV-2, responsable de la Covid-19, indiquent des chercheurs de l’Institut indien de recherche vétérinaire à Bareli (Uttar Pradesh, État de l’Inde du Nord) dans un preprint publié le 12 janvier 2022 sur le site bioRxiv. En 2021, trois cas d’infection naturelle par le SARS-CoV-2 chez des …

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Comment le SARS-CoV-2 peut évoluer en variant préoccupant chez un individu immunodéprimé

C’est l’histoire d’une femme sud-africaine d’une trentaine d’années, atteinte du sida. Elle est admise en septembre 2020 dans un hôpital de Durban pour des symptômes qui ont débuté douze jours auparavant. Cette patiente présente une gêne respiratoire, un mal de gorge, de la toux. Le test RT-PCR pour le SARS-CoV-2 effectué sur le prélèvement nasopharyngé …

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Covid-19 : ce que l’on sait de la sévérité de l’infection à Omicron

Quel impact le variant Omicron a-t-il sur le taux des admissions et des hospitalisations ? Ce nouveau variant, initialement identifié au Botswana et en Afrique du Sud en novembre 2021, est-il aussi dangereux que le précédent variant Delta ? Plusieurs études, en provenance d’Afrique du Sud et du Royaume-Uni, ont été publiées. L’occasion de faire …

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Les 10 billets les plus lus de 2021 sur le blog « Réalités biomédicales »

Depuis la création de ce blog il y a huit ans, mon désir est toujours le même : vous surprendre, toujours avec sérieux et bonne humeur en vous racontant des histoires médicales extraordinaires. Vous êtes toujours de plus en plus nombreux à lire ce blog, le seul à vous raconter des cas cliniques insolites, déroutants, …

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États-Unis : le SARS-CoV-2, détecté chez une proportion importante de cerfs en liberté, est capable de se diffuser entre cervidés

Le SARS-CoV-2 a été détecté, entre janvier et mars 2021, chez plus d’un tiers des cerfs vivant en liberté dans le nord-est de l’Ohio (État du Midwest des États-Unis), rapporte une étude mise en ligne le 23 décembre 2021 sur le site de la revue Nature. L’espèce de cervidé en question est appelé « cerf …

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Covid-19 : le SARS-CoV-2 peut persister dans le corps pendant des mois et se disséminer précocement dans le cerveau

Une étude américaine, reposant sur des autopsies de patients décédés de la Covid-19, a consisté à traquer la présence du coronavirus dans de très nombreux organes et tissus du corps humain. Les résultats montrent que le SARS-CoV-2 peut provoquer une infection disséminée et persister dans l’organisme pendant des mois. Le virus peut notamment largement diffuser …

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Variant Omicron : ce que l’on sait de l’activité neutralisante des anticorps, du risque de réinfection et de l’efficacité des vaccins

Initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud, le variant Omicron (B.1.1.529) est le cinquième variant préoccupant depuis le début de la pandémie Covid-19 due au SARS-CoV-2*. C’est également celui qui inquiète le plus les virologistes, immunologistes et épidémiologistes. En effet, plusieurs études in vitro indiquent que les nombreuses mutations présentes dans la protéine …

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Variant Omicron : un risque d’échappement immunitaire

Le moins qu’on puisse dire est que le nouveau variant Omicron initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud inquiète les spécialistes. Une étude, publiée sous forme de preprint sur le site medRxiv, rapporte un risque accru de réinfection associé à ce nouveau variant du SARS-CoV-2. En d’autres termes, Omicron présente une capacité accrue …

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Covid-19 : ce qu’on sait et ce qu’on ignore sur le nouveau variant Omicron (B.1.1.529)

Après le variant Delta (ex-variant B.1.1.7 dit britannique), le variant Beta (ex-variant sud-africain B.1.351), le variant Gamma (ex-variant P.1 dit brésilien), c’est donc au tour d’un autre variant du SARS-CoV-2, dénommé Omicron (ou variant B.1.1.519), de faire les gros titres de la presse internationale et d’occuper le devant de la scène sur les chaînes d’info …

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Un Covid long peut également survenir chez des personnes vaccinées atteintes de Covid-19

On le sait, une infection par le SARS-CoV-2 peut entraîner des troubles prolongés, ce que l’on appelle la Covid-longue. Le terme « Covid-long » a, tout d’abord, été utilisé par les patients puis repris dans la littérature médicale anglo-saxonne (long Covid) pour qualifier ces symptômes séquellaires post-Covid. Mais qu’en est-il lorsque la Covid-19 se déclare chez une …

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Un second cas de patiente guérie d’une infection par le VIH sans intervention médicale

C’est l’histoire d’une femme qui, après avoir été infectée par le virus du sida, serait la seconde personne au monde à avoir complètement et naturellement éliminé toute trace du VIH de son organisme. Le système immunitaire de cette patiente a-t-il réussi à développer une immunité stérilisante, capable de totalement et définitivement éradiquer le VIH ? …

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États-Unis : diffusion massive du SARS-CoV-2 parmi les cerfs, potentiels réservoirs du coronavirus

Une étude américaine rapporte que plus de 80 % des cerfs, testés entre décembre 2020 et janvier 2021 dans plusieurs régions de l’État d’Iowa, sont positifs au SARS-CoV-2, responsable de la Covid-19. Le cervidé en question est appelé « cerf de Virginie » (Odocoileus virginianus). Cette espèce est sensible à l’infection par le SARS-CoV-2. Il a été …

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Covid-19 : nouvelles données de l’effet de la vaccination sur la transmission du variant Delta

Il est établi que l’administration du vaccin contre la Covid-19 réduit considérablement le risque d’être hospitalisé pour une forme grave de la maladie et de décéder. La vaccination réduit également le risque d’être infecté par le variant Delta, plus transmissible que le variant Alpha (ex-variant anglais). Pour autant, lorsqu’une infection par SARS-CoV-2 survient malgré tout …

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Quand la vaccination vient à bout d’une infection Covid-19 persistante chez un patient immunodéprimé

C’est l’histoire d’un homme de 37 ans atteint du syndrome de Wiskott-Aldrich, un déficit immunitaire héréditaire associée à une anomalie présente sur le chromosome X. L’incidence de cette pathologie est estimée entre 1 à 5 enfants atteints pour un million de naissances. Elle est caractérisée par l’association de trois symptômes. Cette triade comporte un eczéma, …

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Des coronavirus de chauves-souris très proches du SARS-CoV-2 identifiés au Laos

Des chercheurs de l’Institut Pasteur rapportent avoir identifié, au nord du Laos, des coronavirus de chauves-souris dont il apparaît qu’ils représentent à ce jour les ancêtres les plus proches du SARS-CoV-2, responsable de la Covid-19. Cette étude est un élément possiblement très important dans la quête du réservoir naturel de l’agent viral responsable de la …

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Covid-19 : nouvelles données sur les hospitalisations d’enfants et d’adolescents aux États-Unis

Deux études apportent de nouvelles données sur l’évolution du nombre de cas de Covid-19 pédiatrique aux États-Unis, sur le taux d’admission aux urgences parmi les enfants infectés par le SARS-CoV-2 ainsi que sur le taux d’hospitalisations parmi les enfants et adolescents de 0 à 17 ans. Ces résultats ont été publiés en ligne le 3 …

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Covid-19 : un enseignant non vacciné à l’origine d’une flambée épidémique au variant Delta dans une école primaire américaine

L’histoire se déroule aux États-Unis dans une école primaire. Elle commence lorsqu’un enseignant apprend qu’il est positif pour le SARS-CoV-2, le coronavirus responsable de la Covid-19. Nous sommes le 23 mai 2021. Deux jours plus tôt, cette personne, non vaccinée, a présenté des symptômes mais a continué à travailler le demain et le surlendemain avant …

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Covid-19 : caractéristiques cliniques, virologiques et sérologiques des infections post-vaccinales dues au variant Delta

Une étude, conduite par des chercheurs singapouriens, rapporte pour la première fois des données virologiques et sérologiques concernant des infections post-vaccinales associées au variant Delta. Leurs résultats ont été publiés le 31 juillet 2021 sur le site de prépublication medRxiv. Il ressort notamment que la vaccination s’accompagne d’un déclin plus rapide de la charge virale …

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Taïwan : cluster dans un hôpital associé à un événement super-contaminateur

C’est l’histoire d’un foyer de transmission de Covid-19 associé à la propagation du virus SARS-CoV-2 à la faveur d’un événement de super-contamination survenu dans un grand hôpital de Taïwan. Elle est relatée dans un article paru le 21 juillet 2021 dans le Journal of Microbiology, Immunology and Infection. Il est très rare de trouver dans …

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Covid-19 : rares infections post-vaccinales chez les soignants du plus grand hôpital israélien

Malgré la grande efficacité du vaccin Pfizer à ARN messager contre la Covid-19, des infections post-vaccinales ont été récemment rapportées dans la littérature médicale internationale, notamment parmi le personnel de santé. Des épidémiologistes et immunologistes israéliens ont cherché à caractériser ces infections parmi les employés du Sheba Medical Center (Ramat Gan), le plus important établissement …

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Covid-19 : quand le variant Delta infecte des touristes américains complètement vaccinés

L’histoire se situe dans le sud-est de l’État du Massachusetts, sur la presqu’île de Cape Cod, célèbre pour ses plages immaculées. Elle s’est déroulée entre le 3 et 17 juillet 2021 dans une station balnéaire du comté de Barnstable à l’occasion de plusieurs événements estivaux et de grands rassemblements publics. Tout commence le 10 juillet …

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Covid-19 : première description d’une importante diffusion communautaire du variant Delta au Brésil

Alors que le Brésil commence à récupérer d’une seconde vague de Covid-19, les premiers cas d’infection par le variant Delta, hautement transmissible, sont en train d’émerger. Le premier cas d’infection par ce variant préoccupant date du 26 avril 2021. Depuis, plusieurs cas isolés ou d’importation ont été signalés dans cinq États du Brésil. Une équipe …

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Ce que l’on sait de la dynamique de la transmission du variant Delta en Chine

Des chercheurs chinois ont analysé plusieurs paramètres épidémiologiques permettant de se faire une idée précise de la cinétique de la diffusion du variant Delta lors de la flambée épidémique qui a sévi dans la province du Guangdong entre mai et juin 2021. Tout commence le 21 mai 2021 lorsqu’un cas de Covid-19 est signalé dans …

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Covid-19 : une étude chinoise souligne l’ampleur de la charge virale à la phase précoce de l’infection par le variant Delta

Une vaste étude décrit la première chaîne de transmission du variant Delta du SARS-CoV-2 en Chine. Celle-ci date du 21 mai 2021. Au total, 167 infections ont été détectées à Guangzhou (province de Guangdong) puis rattachées au cas index à partir de données épidémiologiques ou génétiques. Les chercheurs chinois révèlent que les charges virales associées …

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Publié dans charge virale, chine, coronavirus, diversité intra-hôte, épidémiologie, flambée épidémique, Guangdong, Guangzhou, iSNV, PCR, prélèvements oropharyngés, SARS-CoV-2, souches historiques, variant Alpha, variant Delta, variants minoritaires, Virologie | Commentaires fermés sur Covid-19 : une étude chinoise souligne l’ampleur de la charge virale à la phase précoce de l’infection par le variant Delta

Covid-19 : Alpha, Beta, Gamma, Delta, Epsilon… l’émergence sans fin des variants

Il ne se passe plus un jour sans que l’on entende parler du variant Delta, identifié pour la première fois en Inde. Il est pourtant loin d’être la seule lignée virale à inquiéter les épidémiologistes, médecins et autorités sanitaires nationales et internationales. À ce jour, dans le monde, on dénombre une petite vingtaine de variants …

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Des lions infectés par le variant Delta dans un zoo en Inde

Des vétérinaires et virologistes indiens rapportent plusieurs cas d’infection naturelle par le variant Delta du SARS-CoV-2 chez des lions d’Asie (Panthera leo persica, encore appelé lion persan). Leurs travaux sont parus le 2 juillet 2021 sur le site de prépublication bioRxiv. Le séquençage génomique du virus détecté chez ces félins maintenus en captivité dans un …

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Covid-19 : nouvelles données sur le variant Delta, dit « indien », en progression dans de nombreux pays

Identifié initialement en Inde, le variant Delta est désormais majoritaire au Royaume-Uni, où il représente environ 90 % des cas d’infection par le virus SARS-CoV-2. En date du 14 juin 2021, selon la base de données génomiques Gisaid, 61 autres pays étaient touchés par ce variant, anciennement dénommé variant indien (ou encore B.1.617.2, mais aussi …

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Covid-19 : infection par le SARS-CoV-2 durant sept mois chez une patiente porteuse du VIH

L’histoire se déroule en Afrique du Sud et concerne une femme de 36 ans admise dans un hôpital de Durban en septembre 2020 pour un mal de gorge, de la toux et une gêne respiratoire. Ce cas clinique a été rapporté le 4 juin 2021 sur le site de prépublication medRxiv par l’équipe d’Axel Sigal …

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Covid-19 : comment le variant indien a débarqué au Brésil

L’histoire commence le 27 mars 2021. Le navire « MV Shanddong SA Zhi » quitte la Malaisie pour un long voyage qui doit l’amener à São Luís (État du Maranhão) au Brésil. Signalons au passage que São Luis est la seule capitale d’État du Brésil qui n’ait pas été fondée par les Portugais et dont …

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Covid-19 : moindre sensibilité du variant indien B.1.167.2 aux vaccins et aux anticorps monoclonaux

Une étude française montre que le variant indien B.1.167.2 présente de façon significative une moindre sensibilité aux anticorps neutralisants développés par des patients Covid-19 convalescents ou produits après vaccination. L’originalité de cette étude, parue le 27 mai 2021 sur le site de prépublication bioRxiv, tient notamment au fait que les chercheurs n’ont pas utilisé de …

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Malaisie : un nouveau coronavirus, issu d’une recombinaison entre un virus canin et félin, isolé chez un patient hospitalisé pour pneumonie

Un nouveau coronavirus, issu d’une recombinaison entre deux coronavirus, l’un canin, l’autre félin, a été identifié chez un enfant présentant une pneumonie. Ce virus a été entièrement séquencé par une équipe de chercheurs américains, éthiopiens, chinois, malaisiens et singapouriens. Leurs résultats ont été publiés en ligne le 20 mai 2021 dans la revue Clinical Infectious …

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