Archives de catégorie : Virologie

Covid-19 : ce qu’on sait et ce qu’on ignore sur le nouveau variant Omicron (B.1.1.529)

Après le variant Delta (ex-variant B.1.1.7 dit britannique), le variant Beta (ex-variant sud-africain B.1.351), le variant Gamma (ex-variant P.1 dit brésilien), c’est donc au tour d’un autre variant du SARS-CoV-2, dénommé Omicron (ou variant B.1.1.519), de faire les gros titres de la presse internationale et d’occuper le devant de la scène sur les chaînes d’info …

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Un Covid long peut également survenir chez des personnes vaccinées atteintes de Covid-19

On le sait, une infection par le SARS-CoV-2 peut entraîner des troubles prolongés, ce que l’on appelle la Covid-longue. Le terme « Covid-long » a, tout d’abord, été utilisé par les patients puis repris dans la littérature médicale anglo-saxonne (long Covid) pour qualifier ces symptômes séquellaires post-Covid. Mais qu’en est-il lorsque la Covid-19 se déclare chez une …

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Un second cas de patiente guérie d’une infection par le VIH sans intervention médicale

C’est l’histoire d’une femme qui, après avoir été infectée par le virus du sida, serait la seconde personne au monde à avoir complètement et naturellement éliminé toute trace du VIH de son organisme. Le système immunitaire de cette patiente a-t-il réussi à développer une immunité stérilisante, capable de totalement et définitivement éradiquer le VIH ? …

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États-Unis : diffusion massive du SARS-CoV-2 parmi les cerfs, potentiels réservoirs du coronavirus

Une étude américaine rapporte que plus de 80 % des cerfs, testés entre décembre 2020 et janvier 2021 dans plusieurs régions de l’État d’Iowa, sont positifs au SARS-CoV-2, responsable de la Covid-19. Le cervidé en question est appelé « cerf de Virginie » (Odocoileus virginianus). Cette espèce est sensible à l’infection par le SARS-CoV-2. Il a été …

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Covid-19 : nouvelles données de l’effet de la vaccination sur la transmission du variant Delta

Il est établi que l’administration du vaccin contre la Covid-19 réduit considérablement le risque d’être hospitalisé pour une forme grave de la maladie et de décéder. La vaccination réduit également le risque d’être infecté par le variant Delta, plus transmissible que le variant Alpha (ex-variant anglais). Pour autant, lorsqu’une infection par SARS-CoV-2 survient malgré tout …

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Quand la vaccination vient à bout d’une infection Covid-19 persistante chez un patient immunodéprimé

C’est l’histoire d’un homme de 37 ans atteint du syndrome de Wiskott-Aldrich, un déficit immunitaire héréditaire associée à une anomalie présente sur le chromosome X. L’incidence de cette pathologie est estimée entre 1 à 5 enfants atteints pour un million de naissances. Elle est caractérisée par l’association de trois symptômes. Cette triade comporte un eczéma, …

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Des coronavirus de chauves-souris très proches du SARS-CoV-2 identifiés au Laos

Des chercheurs de l’Institut Pasteur rapportent avoir identifié, au nord du Laos, des coronavirus de chauves-souris dont il apparaît qu’ils représentent à ce jour les ancêtres les plus proches du SARS-CoV-2, responsable de la Covid-19. Cette étude est un élément possiblement très important dans la quête du réservoir naturel de l’agent viral responsable de la …

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Covid-19 : nouvelles données sur les hospitalisations d’enfants et d’adolescents aux États-Unis

Deux études apportent de nouvelles données sur l’évolution du nombre de cas de Covid-19 pédiatrique aux États-Unis, sur le taux d’admission aux urgences parmi les enfants infectés par le SARS-CoV-2 ainsi que sur le taux d’hospitalisations parmi les enfants et adolescents de 0 à 17 ans. Ces résultats ont été publiés en ligne le 3 …

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Covid-19 : un enseignant non vacciné à l’origine d’une flambée épidémique au variant Delta dans une école primaire américaine

L’histoire se déroule aux États-Unis dans une école primaire. Elle commence lorsqu’un enseignant apprend qu’il est positif pour le SARS-CoV-2, le coronavirus responsable de la Covid-19. Nous sommes le 23 mai 2021. Deux jours plus tôt, cette personne, non vaccinée, a présenté des symptômes mais a continué à travailler le demain et le surlendemain avant …

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Covid-19 : caractéristiques cliniques, virologiques et sérologiques des infections post-vaccinales dues au variant Delta

Une étude, conduite par des chercheurs singapouriens, rapporte pour la première fois des données virologiques et sérologiques concernant des infections post-vaccinales associées au variant Delta. Leurs résultats ont été publiés le 31 juillet 2021 sur le site de prépublication medRxiv. Il ressort notamment que la vaccination s’accompagne d’un déclin plus rapide de la charge virale …

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Taïwan : cluster dans un hôpital associé à un événement super-contaminateur

C’est l’histoire d’un foyer de transmission de Covid-19 associé à la propagation du virus SARS-CoV-2 à la faveur d’un événement de super-contamination survenu dans un grand hôpital de Taïwan. Elle est relatée dans un article paru le 21 juillet 2021 dans le Journal of Microbiology, Immunology and Infection. Il est très rare de trouver dans …

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Covid-19 : rares infections post-vaccinales chez les soignants du plus grand hôpital israélien

Malgré la grande efficacité du vaccin Pfizer à ARN messager contre la Covid-19, des infections post-vaccinales ont été récemment rapportées dans la littérature médicale internationale, notamment parmi le personnel de santé. Des épidémiologistes et immunologistes israéliens ont cherché à caractériser ces infections parmi les employés du Sheba Medical Center (Ramat Gan), le plus important établissement …

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Covid-19 : quand le variant Delta infecte des touristes américains complètement vaccinés

L’histoire se situe dans le sud-est de l’État du Massachusetts, sur la presqu’île de Cape Cod, célèbre pour ses plages immaculées. Elle s’est déroulée entre le 3 et 17 juillet 2021 dans une station balnéaire du comté de Barnstable à l’occasion de plusieurs événements estivaux et de grands rassemblements publics. Tout commence le 10 juillet …

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Covid-19 : première description d’une importante diffusion communautaire du variant Delta au Brésil

Alors que le Brésil commence à récupérer d’une seconde vague de Covid-19, les premiers cas d’infection par le variant Delta, hautement transmissible, sont en train d’émerger. Le premier cas d’infection par ce variant préoccupant date du 26 avril 2021. Depuis, plusieurs cas isolés ou d’importation ont été signalés dans cinq États du Brésil. Une équipe …

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Ce que l’on sait de la dynamique de la transmission du variant Delta en Chine

Des chercheurs chinois ont analysé plusieurs paramètres épidémiologiques permettant de se faire une idée précise de la cinétique de la diffusion du variant Delta lors de la flambée épidémique qui a sévi dans la province du Guangdong entre mai et juin 2021. Tout commence le 21 mai 2021 lorsqu’un cas de Covid-19 est signalé dans …

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Covid-19 : une étude chinoise souligne l’ampleur de la charge virale à la phase précoce de l’infection par le variant Delta

Une vaste étude décrit la première chaîne de transmission du variant Delta du SARS-CoV-2 en Chine. Celle-ci date du 21 mai 2021. Au total, 167 infections ont été détectées à Guangzhou (province de Guangdong) puis rattachées au cas index à partir de données épidémiologiques ou génétiques. Les chercheurs chinois révèlent que les charges virales associées …

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Covid-19 : Alpha, Beta, Gamma, Delta, Epsilon… l’émergence sans fin des variants

Il ne se passe plus un jour sans que l’on entende parler du variant Delta, identifié pour la première fois en Inde. Il est pourtant loin d’être la seule lignée virale à inquiéter les épidémiologistes, médecins et autorités sanitaires nationales et internationales. À ce jour, dans le monde, on dénombre une petite vingtaine de variants …

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Des lions infectés par le variant Delta dans un zoo en Inde

Des vétérinaires et virologistes indiens rapportent plusieurs cas d’infection naturelle par le variant Delta du SARS-CoV-2 chez des lions d’Asie (Panthera leo persica, encore appelé lion persan). Leurs travaux sont parus le 2 juillet 2021 sur le site de prépublication bioRxiv. Le séquençage génomique du virus détecté chez ces félins maintenus en captivité dans un …

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Covid-19 : nouvelles données sur le variant Delta, dit « indien », en progression dans de nombreux pays

Identifié initialement en Inde, le variant Delta est désormais majoritaire au Royaume-Uni, où il représente environ 90 % des cas d’infection par le virus SARS-CoV-2. En date du 14 juin 2021, selon la base de données génomiques Gisaid, 61 autres pays étaient touchés par ce variant, anciennement dénommé variant indien (ou encore B.1.617.2, mais aussi …

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Covid-19 : infection par le SARS-CoV-2 durant sept mois chez une patiente porteuse du VIH

L’histoire se déroule en Afrique du Sud et concerne une femme de 36 ans admise dans un hôpital de Durban en septembre 2020 pour un mal de gorge, de la toux et une gêne respiratoire. Ce cas clinique a été rapporté le 4 juin 2021 sur le site de prépublication medRxiv par l’équipe d’Axel Sigal …

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Covid-19 : comment le variant indien a débarqué au Brésil

L’histoire commence le 27 mars 2021. Le navire « MV Shanddong SA Zhi » quitte la Malaisie pour un long voyage qui doit l’amener à São Luís (État du Maranhão) au Brésil. Signalons au passage que São Luis est la seule capitale d’État du Brésil qui n’ait pas été fondée par les Portugais et dont …

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Covid-19 : moindre sensibilité du variant indien B.1.167.2 aux vaccins et aux anticorps monoclonaux

Une étude française montre que le variant indien B.1.167.2 présente de façon significative une moindre sensibilité aux anticorps neutralisants développés par des patients Covid-19 convalescents ou produits après vaccination. L’originalité de cette étude, parue le 27 mai 2021 sur le site de prépublication bioRxiv, tient notamment au fait que les chercheurs n’ont pas utilisé de …

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Malaisie : un nouveau coronavirus, issu d’une recombinaison entre un virus canin et félin, isolé chez un patient hospitalisé pour pneumonie

Un nouveau coronavirus, issu d’une recombinaison entre deux coronavirus, l’un canin, l’autre félin, a été identifié chez un enfant présentant une pneumonie. Ce virus a été entièrement séquencé par une équipe de chercheurs américains, éthiopiens, chinois, malaisiens et singapouriens. Leurs résultats ont été publiés en ligne le 20 mai 2021 dans la revue Clinical Infectious …

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La piste d’un vaccin universel anti-coronavirus

Plusieurs études récemment publiées indiquent que le développement d’un vaccin capable de reconnaître des cibles communes à plusieurs familles de coronavirus animaux et humains serait un objectif atteignable sur le plan scientifique. En d’autres termes, créer un vaccin universel anti-coronavirus semble donc possible. Les coronavirus responsables du SARS (syndrome respiratoire aigu sévère), du MERS (syndrome …

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Covid-19 : ces variants préoccupants anglais, sud-africain et brésilien qui circulent en Europe

Réalisée entre juin 2020 et février 2021 sous l’égide du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC, Stockholm, Suède), une étude a analysé les données des cas Covid-19 liés à des « variants préoccupants » (Variants Of Concern ou VOC), en l’occurrence aux variants anglais B.1.1.7, sud-africain B.1.351 et brésilien P.1. Il  …

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Covid-19 : que sait-on du variant new-yorkais ?

Identifié pour la première fois dans la ville de New York en novembre 2020, le variant B.1.526 a vu sa prévalence augmenter fortement depuis le début de l’année. La proportion de ce nouveau lignage viral est ainsi passée de 3 % à la mi-janvier 2021 à 34 % fin février. Au 5 avril 2021, l’analyse …

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Covid-19 : infections post-vaccinales dues à des variants

C’est l’histoire de deux femmes qui ont contracté la Covid-19, respectivement 19 et 36 jours, après avoir reçu leur deuxième dose d’un vaccin à ARN messager. Le cas de ces patientes a été rapporté le 21 avril 2021 par des médecins et chercheurs américains dans un article en ligne du New England Journal of Medicine. …

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Covid-19 : transmission par aérosols ou comment le coronavirus a contaminé des passagers d’un mini-bus

C’est l’histoire de deux chauffeurs de bus américains qui ont transmis le SARS-CoV-2 à plusieurs passagers, alors que ces derniers portaient un masque et respectaient la distanciation physique. Ces deux cas sont rapportés par des médecins et des chercheurs de la faculté de médecine Case Western Reserve de Cleveland (Ohio, États-Unis) dans un article publié …

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Une seule dose de vaccin stimule l’immunité contre certains variants du SARS-CoV-2 chez des personnes ayant déjà été infectées

Que se passe-t-il sur le plan immunitaire chez un individu qui reçoit une première dose de vaccin alors qu’il avait antérieurement contracté la Covid-19 ? Telle est la question à laquelle des immunologistes britanniques ont cherché à répondre. Il importe en effet de savoir en quoi la vaccination anti-Covid-19 peut influer sur la réponse immunitaire …

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Covid-19 : ce qu’on sait et ce qu’on ignore sur le variant indien

Après le B.1.1.7 anglais, le B.1.351 sud-africain, le P.1 brésilien, c’est au tour d’un autre variant du SARS-CoV-2, cette fois identifié en Inde, de faire les gros titres de la presse internationale. Depuis quelques semaines, l’Inde connaît en effet une flambée épidémique. Dès lors le rapprochement a été vite fait avec l’émergence de ce nouveau …

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Covid-19 : quid de la production de variants chez un individu infecté et de leur transmission ?

Durant la pandémie de Covid-19, le séquençage du génome viral est utilisé pour suivre la diffusion de nouveaux variants porteurs de mutations spécifiques. On le sait, de nouvelles mutations, ou associations de mutations, peuvent conférer un avantage sélectif au virus, qui peut devenir plus transmissible ou échapper au système immunitaire. Il a ainsi été montré …

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Covid-19 : ce qu’il faut savoir sur le variant brésilien P.1

Au Brésil, l’épidémie de Covid-19 est aujourd’hui dominée par plusieurs lignées virales SARS-CoV-2 qui ont toutes en commun de posséder la mutation E484K dans la protéine S (spike ou spicule), qui permet au virus de se fixer sur les cellules qu’ils infectent. Cette mutation est problématique dans la mesure où elle peut contribuer à un …

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Covid-19 : retour sur les premiers cas de variant sud-africain en France et les premières chaînes de contamination

Une enquête épidémiologique détaille l’origine des premiers cas notifiés en France d’infection par le variant dit sud-africain du SARS-Cov-2*. Également dénommé B.1.351, ce dernier comporte plusieurs mutations dans le gène codant la protéine S (spicule ou spike en anglais), notamment les mutations N501Y et E484K, respectivement associées à une plus grande transmissibilité et à un …

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Covid-19 : transmission du coronavirus par voie aéroportée dans une église en Australie

L’histoire remonte à juillet 2020 et se déroule en Australie. Elle est relatée dans un article daté du 5 avril 2021 dans la revue en ligne Emerging Infectious Diseases. Tout commence le 18 juillet 2020 lorsque le service de santé publique de la ville de Sydney apprend l’existence d’un cas d’infection par le SARS-CoV-2 chez …

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Covid-19 : malgré la quarantaine, des passagers d’un vol international à l’origine de multiples chaînes de contamination

L’histoire se déroule en Nouvelle-Zélande, pays qui pratique une stratégie d’isolement et de mise en quatorzaine à ses frontières dans le but d’éliminer le coronavirus SARS-CoV-2. Le 18 septembre 2020, un cas de Covid-19 est identifié. Le patient est un des passagers d’un vol international en provenance d’Inde. À sa descente d’avion, cet homme (G) …

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Infecté il y a cinq ans, un survivant d’Ebola serait à l’origine d’une nouvelle épidémie en Guinée

Un survivant de l’épidémie d’Ebola de grande ampleur ayant sévi en Afrique de l’Ouest en 2013-2016 serait à l’origine de la flambée épidémique qui frappe actuellement la Guinée. Telle est la surprenante conclusion de trois rapports indépendants publiés le 12 mars 2021 sur le site virological.org. La nouvelle épidémie d’Ebola en Guinée n’aurait donc pas …

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Infecté il y a cinq ans, un survivant d’Ebola serait à l’origine d’une nouvelle épidémie en Guinée

Un survivant de l’épidémie d’Ebola de grande ampleur ayant sévi en Afrique de l’Ouest en 2013-2016 serait à l’origine de la flambée épidémique qui frappe actuellement la Guinée. Telle est la surprenante conclusion de trois rapports indépendants publiés le 12 mars 2021 sur le site virological.org. La nouvelle épidémie d’Ebola en Guinée n’aurait donc pas …

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Surdité brusque et SARS-CoV-2 : une infection peut en cacher une autre

C’est l’histoire d’un homme de 29 ans, sans antécédent médical, qui se présente dans le service d’ORL du CHU de Dijon pour une surdité brusque bilatérale apparue depuis dix jours. Il n’existe pas d’autre signe à l’examen clinique. La femme du patient présente une anosmie et une agueusie. Cette perte d’odorat et du goût incite …

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Covid-19 : infection nosocomiale dans un hôpital israélien malgré le port du masque et la distanciation physique

Des médecins israéliens rapportent la survenue dans un hôpital pédiatrique d’une flambée épidémique de Covid-19 après qu’un enfant soit venu consulter, accompagné de sa mère. Et ce malgré le respect des mesures de protection habituelles : port du masque chirurgical et distanciation physique. Ces cas d’infection intra-hospitalière ont été rapportés le 27 janvier 2021 dans …

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Transplantation pulmonaire : un cas tragique de transmission du SARS-CoV-2 d’une donneuse à une receveuse

Des chirurgiens et médecins américains rapportent, dans un article publié en ligne le 10 février 2021 dans l’American Journal of Transplantation, un cas documenté de transmission du SARS-CoV-2 entre donneuse et receveuse dans le cadre d’une greffe bi-pulmonaire. La donneuse avait pourtant été testé négative pour le coronavirus au test RT-PCR réalisé sur prélèvement nasopharyngé. …

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