Archives de catégorie : variants

Covid-19 : caractérisation du variant XD, issu d’une recombinaison entre Delta et Omicron

Une étude dirigée par des chercheurs de l’Institut Pasteur de Paris rapporte les premières données épidémiologiques, virologiques et biologiques concernant le variant XD du SARS-CoV-2, issu de la recombinaison entre les variants Delta et Omicron. Ces travaux, supervisés par Étienne Simon-Lorière, responsable du groupe ‘Génomique évolutive des virus à ARN’ à l’Institut Pasteur, ont été …

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Publié dans anticorps, anticorps monoclonaux, anticorps neutralisants, AY.4, BA.1, BA.2, biologiqe moléculaire, breakpoints, coronavirus, COVID-19, Delta, échappement immunitaire, Gènétique, Génétique - Biologie moléculaire, génome viral, Immunologie, neutralisation, Omicron, points de cassure, protéine spike, RBD, recombinaison génétique, SARS-CoV-2, sous-lignage, spike, template switching, vaccin, vaccination, variant XD, variants, Virologie, virus recombinant | Commentaires fermés sur Covid-19 : caractérisation du variant XD, issu d’une recombinaison entre Delta et Omicron

Dans le sillage d’Omicron, les singularités de BA.2

L’ascension du variant Omicron (B.1.1.529) a été fulgurante dans de nombreux pays. Initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud en novembre 2021, ce nouveau variant du SARS-CoV-2 est aujourd’hui présent dans au moins 67 pays. Ce variant préoccupant est composé de trois sous-lignages désignés BA.1 (majoritaire), BA.2 et BA.3 (très peu détecté). Un …

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Publié dans ACE2, anticorps, anticorps neutralisants, biologie, Biologie humaine, bronche, cellule, charge virale, coronavirus, COVID-19, délétion, Delta, domaine de liaison au récepteur, dynamique virale, échappement immunitaire, épidémiologie, épithélium nasal, évasion immunitaire, fusion membranaire, Immunologie, modèle animal, mutation, Omicron, pathogénicité, PCR, poumon, protéine spike, pseudovirus, RBD, récepteur ACE2, réplication virale, RT-PCR, SARS-CoV-2, séquence génomique, spike, TMPRSS2, transmissibilité, Vaccinologie, variant, variants, Virologie, virus | Commentaires fermés sur Dans le sillage d’Omicron, les singularités de BA.2

Omicron : une biologie et une dynamique virale différentes de celles observées chez les précédents variants

Dans ce billet de blog, je vous invite, à travers les données issues d’articles publiés ces dernières semaines, à comprendre les moyens utilisés par la recherche pour explorer les propriétés biologiques et virologiques d’Omicron. Celles-ci révèlent en quoi ce nouveau variant du SARS-CoV-2 est atypique. L’objectif des chercheurs est de comprendre comment les multiples mutations …

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Comment le SARS-CoV-2 peut évoluer en variant préoccupant chez un individu immunodéprimé

C’est l’histoire d’une femme sud-africaine d’une trentaine d’années, atteinte du sida. Elle est admise en septembre 2020 dans un hôpital de Durban pour des symptômes qui ont débuté douze jours auparavant. Cette patiente présente une gêne respiratoire, un mal de gorge, de la toux. Le test RT-PCR pour le SARS-CoV-2 effectué sur le prélèvement nasopharyngé …

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États-Unis : le SARS-CoV-2, détecté chez une proportion importante de cerfs en liberté, est capable de se diffuser entre cervidés

Le SARS-CoV-2 a été détecté, entre janvier et mars 2021, chez plus d’un tiers des cerfs vivant en liberté dans le nord-est de l’Ohio (État du Midwest des États-Unis), rapporte une étude mise en ligne le 23 décembre 2021 sur le site de la revue Nature. L’espèce de cervidé en question est appelé « cerf …

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Variant Omicron : ce que l’on sait de l’activité neutralisante des anticorps, du risque de réinfection et de l’efficacité des vaccins

Initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud, le variant Omicron (B.1.1.529) est le cinquième variant préoccupant depuis le début de la pandémie Covid-19 due au SARS-CoV-2*. C’est également celui qui inquiète le plus les virologistes, immunologistes et épidémiologistes. En effet, plusieurs études in vitro indiquent que les nombreuses mutations présentes dans la protéine …

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Quand la vaccination vient à bout d’une infection Covid-19 persistante chez un patient immunodéprimé

C’est l’histoire d’un homme de 37 ans atteint du syndrome de Wiskott-Aldrich, un déficit immunitaire héréditaire associée à une anomalie présente sur le chromosome X. L’incidence de cette pathologie est estimée entre 1 à 5 enfants atteints pour un million de naissances. Elle est caractérisée par l’association de trois symptômes. Cette triade comporte un eczéma, …

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Covid-19 : caractéristiques cliniques, virologiques et sérologiques des infections post-vaccinales dues au variant Delta

Une étude, conduite par des chercheurs singapouriens, rapporte pour la première fois des données virologiques et sérologiques concernant des infections post-vaccinales associées au variant Delta. Leurs résultats ont été publiés le 31 juillet 2021 sur le site de prépublication medRxiv. Il ressort notamment que la vaccination s’accompagne d’un déclin plus rapide de la charge virale …

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Covid-19 : Alpha, Beta, Gamma, Delta, Epsilon… l’émergence sans fin des variants

Il ne se passe plus un jour sans que l’on entende parler du variant Delta, identifié pour la première fois en Inde. Il est pourtant loin d’être la seule lignée virale à inquiéter les épidémiologistes, médecins et autorités sanitaires nationales et internationales. À ce jour, dans le monde, on dénombre une petite vingtaine de variants …

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Covid-19 : nouvelles données sur le variant Delta, dit « indien », en progression dans de nombreux pays

Identifié initialement en Inde, le variant Delta est désormais majoritaire au Royaume-Uni, où il représente environ 90 % des cas d’infection par le virus SARS-CoV-2. En date du 14 juin 2021, selon la base de données génomiques Gisaid, 61 autres pays étaient touchés par ce variant, anciennement dénommé variant indien (ou encore B.1.617.2, mais aussi …

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Covid-19 : comment le variant indien a débarqué au Brésil

L’histoire commence le 27 mars 2021. Le navire « MV Shanddong SA Zhi » quitte la Malaisie pour un long voyage qui doit l’amener à São Luís (État du Maranhão) au Brésil. Signalons au passage que São Luis est la seule capitale d’État du Brésil qui n’ait pas été fondée par les Portugais et dont …

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Covid-19 : redoutant une quatrième vague cet été, le conseil scientifique appelle à la prudence de tous et met en garde l’exécutif

A quelques jours de la réouverture des activités et de la levée progressive des mesures de freinage, c’est bien plus qu’un avis que le conseil scientifique a transmis aux autorités le 6 mai à 18 heures, mais un avertissement, une véritable mise en garde. Il en appelle autant à la responsabilité de l’exécutif qu’à chacun …

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Covid-19 : ces variants préoccupants anglais, sud-africain et brésilien qui circulent en Europe

Réalisée entre juin 2020 et février 2021 sous l’égide du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC, Stockholm, Suède), une étude a analysé les données des cas Covid-19 liés à des « variants préoccupants » (Variants Of Concern ou VOC), en l’occurrence aux variants anglais B.1.1.7, sud-africain B.1.351 et brésilien P.1. Il  …

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Les vaccins semblent ne pas avoir la même efficacité sur les différents variants. Y a-t-il des vaccins qu’il faut privilégier sur d’autres? Dois-je attendre qu’un vaccin ARNm soit disponible pour moi?

En effet, il y a des différences d’efficacité selon les vaccins et les variants.Tout d’abord, pour résumer, tous les vaccins proposés en France ont une excellente efficacité sur la COVID symptomatique, et surtout sur les formes graves.Les vaccins ARNm (Pfizer et Moderna) sont ceux qui ont montré la plus forte efficacité (plus de 95%) sur … Continuer la lecture de Les vaccins semblent ne pas avoir la même efficacité sur les différents variants. Y a-t-il des vaccins qu’il faut privilégier sur d’autres? Dois-je attendre qu’un vaccin ARNm soit disponible pour moi? Continuer la lecture

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Covid-19 : que sait-on du variant new-yorkais ?

Identifié pour la première fois dans la ville de New York en novembre 2020, le variant B.1.526 a vu sa prévalence augmenter fortement depuis le début de l’année. La proportion de ce nouveau lignage viral est ainsi passée de 3 % à la mi-janvier 2021 à 34 % fin février. Au 5 avril 2021, l’analyse …

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Une seule dose de vaccin stimule l’immunité contre certains variants du SARS-CoV-2 chez des personnes ayant déjà été infectées

Que se passe-t-il sur le plan immunitaire chez un individu qui reçoit une première dose de vaccin alors qu’il avait antérieurement contracté la Covid-19 ? Telle est la question à laquelle des immunologistes britanniques ont cherché à répondre. Il importe en effet de savoir en quoi la vaccination anti-Covid-19 peut influer sur la réponse immunitaire …

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Covid-19 : quid de la production de variants chez un individu infecté et de leur transmission ?

Durant la pandémie de Covid-19, le séquençage du génome viral est utilisé pour suivre la diffusion de nouveaux variants porteurs de mutations spécifiques. On le sait, de nouvelles mutations, ou associations de mutations, peuvent conférer un avantage sélectif au virus, qui peut devenir plus transmissible ou échapper au système immunitaire. Il a ainsi été montré …

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Des variants du SARS-CoV-2 peuvent infecter des chats et des chiens de compagnie, et même des souris

Des animaux de compagnie peuvent être infectés par le variant B.1.1.7 du SARS-CoV2. C’est la toute première fois que l’on documente chez un animal une infection naturelle par ce variant dit britannique. Il a été montré que la grande transmissibilité de ce variant, initialement identifié au Royaume-Uni, est liée à la présence de la mutation …

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Covid-19 : quand le SARS-CoV-2 se déleste de petits fragments de son matériel génétique pour échapper aux anticorps

Avec l’apparition de nouveaux variants SARS-CoV-2, on sait désormais que ce coronavirus, dont le génome était considéré jusqu’à présent relativement stable, peut muter. Cette variabilité génétique repose sur l’apparition de mutations consistant en la substitution d’un nucléotide par un autre, autrement dit d’une « lettre » par une autre dans l’ARN viral. Comme pour tout …

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COVID à Manaus, témoignage d’un médecin en soins intensifs

Anfremon Neto – chef de l’Unité de soins intensifs de l’Hôpital Getúlio Vargas, Manaus « Bon, les amis, parlons un peu de ce qui s’est passé aujourd’hui à l’Hôpital Getúlio Vargas… Ce matin tôt, dès que j’ai su que le réseau d’oxygène était tombé… Continuer la lecture

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Covid-19 : le défi des nouveaux variants

Depuis quelques jours, les données concernant les variants du coronavirus SARS-CoV-2, qu’ils soient britanniques, sud-africain, brésilien, voire possiblement américain, se succèdent à un rythme soutenu. Ces informations sont publiées sur des sites de prépublication en attendant d’être évaluées par les pairs et faire l’objet d’une publication dans une revue scientifique. D’autres résultats sont postés en …

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Inventaire de mutations d’une région cruciale du SARS-CoV-2 influant sur la réponse en anticorps

Une équipe de chercheurs américains a établi une cartographie de toutes les mutations entraînant un changement d’acide aminé dans une petite région de la protéine spike de l’enveloppe du SARS-CoV-2. Baptisée RBD (domaine de fixation au récepteur, receptor binding domain), cette zone est celle qui permet au coronavirus de s’arrimer au récepteur ACE2 présent sur …

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