Archives de catégorie : Reproductibilité

Rigidité cadavérique (9/10) : le challenge de la médecine de précision

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Le chapitre 9 est un bon survol de la médecine de précision pour le public, mais ce n’est pas un chapitre décrivant bien la médecine de précision. R… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (8/10) : une culture cassée… mais comment la restaurer ?

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Le chapitre 8 explique comment la science a changé depuis Charles Darwin, avec la pression générale et la compétition. Ensuite, il explique la vie des doctorants et des… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (7/10) : montrez vos données… et trop de chercheurs refusent encore de les montrer

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Le chapitre 7 explique les initiatives pour la reproductibilité de la science. Il commence bien sûr par expliquer les initiatives de Brian Nosek à Charlottesville. Il s’agit de… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (3/10) : un seau d’eau froide pour se calmer en voyant la médiocrité des études animales

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Ce livre revient sur des histoires connues, en ajoutant la touche du journaliste d’investigation qui raconte les coulisses de certaines publications. Le chapitre 3 commente des situations, des… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (1/9) : Le coup de théâtre de Begley ou ‘tout le monde savait mais, par politesse, cela ne se disait pas’

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Ce livre revient sur des histoires connues, en ajoutant la touche du journaliste d’investigation qui raconte les coulisses de certaines publications. Le chapitre 1 revient sur l’histoire de… Continuer la lecture

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Reproductibilité et réplicabilité en science : excellent rapport des académies nationales américaines

C’est un bon rapport, très détaillé en 219 pages que j’ai survolées. J’ai lu en détail l’executive summary, le résumé, et les recommandations (20 pages). Les deux termes anglais sont reproductibility et reproducibiliy…. qui peuvent être traduits tous deux par reproductibilité. Une définition de la science est proposée (page 21), je la laisse en anglais : « Science is a mode… Continuer la lecture

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Reproductibilité et réplicabilité en science : quelles recommandations pour les revues scientifiques ?

Nous avons présenté le rapport des académies américaines hier dans un contexte général de toutes les disciplines scientifiques. J’ai essayé de traduire les deux recommandations pour les revues scientifiques. Elles doivent être lues dans ce contexte large : Recommandation 6-4 : Les revues devraient envisager des moyens pour assurer la reproductibilité du traitement informatique des données pour les publications qui… Continuer la lecture

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La revue Science refuse de publier la réplication d’un article publié dans Science, car non réplicable

Histoire banale ou peur d’accepter la réalité : c’est un article du 20 juin 2019 sur le site Slate.com avec le titre « We Tried to Publish a Replication of a Science Paper in Science. The Journal Refused ». L’histoire complète est sur Slate. En bref, en 2008, Science a publié un article intitulé « Political attitudes vary with phisiological traits ». il s’agit… Continuer la lecture

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Les résultats ‘marginally significant’ polluent la littérature… analyse de 44 000 valeurs de p

C’est une pratique de certaines disciplines qu’il faudrait absolument décourager. Il s’agit de considérer comme marginalement significatives des valeurs de P entre 0,05 et 0,1 !!!! Voici le résumé traduit de cet article : Nous avons examiné le pourcentage des valeurs de p (.05 Continuer la lecture

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‘Sexual Abuse’ s’engage pour accepter des reproductions d’études publiées dans la revue : y compris pour les études crapuleuses ?

L’éditorial de Michael Seto, rédacteur en chef de Sexual Abuse, le 3 mai 2019 est bienvenu. Il annonce trois changements pour cette revue très anglo-saxonne. Dans le comité de rédaction, l’Amérique du Nord est bien représentée (pas de français dans ce comité). M Seto détaille les 3 changements pour augmenter la reproductibilité : Open science badging identifies articles that have… Continuer la lecture

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‘Sexual Abuse’ s’engage pour accepter des reproductions d’études publiées dans la revue : y compris pour les études crapuleuses ?

L’éditorial de Michael Seto, rédacteur en chef de Sexual Abuse, le 3 mai 2019 est bienvenu. Il annonce trois changements pour cette revue très anglo-saxonne. Dans le comité de rédaction, l’Amérique du Nord est bien représentée (pas de français dans ce comité). M Seto détaille les 3 changements pour augmenter la reproductibilité : Open science badging identifies articles that have… Continuer la lecture

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Tonton flingueur défend l’industrie pharma quand elle est vertueuse car les chercheurs industriels sont en avance sur la reproductibilité

J’ai analysé le 25 avril 2019 un article de la revue Cell Metabolism signé par des chercheurs de Novo Nordisk, et cela m’a valu quelques remarques constructives (13 mai) sur le blog Perruche en automne, avec le titre : « Les tontons flingueurs de la science sont de sortie ». L’autre tonton flingueur est Dominique Dupagne qui a répondu sur ce blog…. Continuer la lecture

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Tonton flingueur défend l’industrie pharma quand elle est vertueuse car les chercheurs industriels sont en avance sur la reproductibilité

J’ai analysé le 25 avril 2019 un article de la revue Cell Metabolism signé par des chercheurs de Novo Nordisk, et cela m’a valu quelques remarques constructives (13 mai) sur le blog Perruche en automne, avec le titre : « Les tontons flingueurs de la science sont de sortie ». L’autre tonton flingueur est Dominique Dupagne qui a répondu sur ce blog…. Continuer la lecture

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Les tontons flingueurs de la science sont de sortie

J’aime bien Dominique Dupagne et Hervé Maisonneuve. Ils sont souvent pertinents mais parfois ils se trompent de cible. Ceci arrive à tout le monde, mais quand on a une grande audience, il faut savoir être rigoureux. Ils ont décidé tous … Co… Continuer la lecture

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La crise de la reproductibilité : 3 exemples didactiques de Novo-Nordisk ayant cherché à refaire des expériences publiés dans le diabète/métabolisme.

Cet article est génial car pragmatique et pédagogique. Publié dans Cell Metabolism le 14 mars 2019. Vous ne regretterez pas le temps de lecture. Je remercie surtout Christian Pinset qui me l’a signalé. La crise de reproductibilité des publications est documentée. Dans cet article, ce sont trois cas pratiques qui sont détaillés par 7 chercheurs (3 chercheurs de Novo-Nordisk USA,… Continuer la lecture

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Reproductibilité : les jeunes chercheurs sont peu écoutés des séniors qui n’ont pas montré l’exemple dans leurs carrières

Les observations de cet article signé par un chercheur californien en neurosciences/psychologie s’appliquent probablement à tous les domaines de la science. L’article a pour titre « The costs of reproducibility » et a été publié le 2 janvier 2019 dans Neuron, une revue de CellPress. La crise de reproductibilité de la science inquiète surtout les jeunes chercheurs. Il y a 3 parties… Continuer la lecture

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Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité

Le titre de ce billet est le titre d’un colloque d’une journée à Bordeaux le 29 mars 2019. Le programme est intéressant, et le site de ce colloque contient déjà une mini-revue sur le sujet, car de bonnes références sont citées. Un tel programme est agréable à lire, et permet de bien comprendre les objectifs des 5 orateurs. La question… Continuer la lecture

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Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité

Le titre de ce billet est le titre d’un colloque d’une journée à Bordeaux le 29 mars 2019. Le programme est intéressant, et le site de ce colloque contient déjà une mini-revue sur le sujet, car de bonnes références sont citées. Un tel programme est agréable à lire, et permet de bien comprendre les objectifs des 5 orateurs. La question… Continuer la lecture

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Article de très grande qualité : Est-ce que les arbitres donnent plus de cartons rouges aux joueurs de couleur foncée ou claire ?

Je ne regrette pas l’heure passée dans un bistrot avec un café pour lire avec attention un article exceptionnel. La qualité de la rédaction ajoute du plaisir à la lecture. La question de recherche est intéressante, et ce sont des équipes fédérées par les Center for Open Science (B Nosek, Charlottesville, Virginia, USA) qui ont conduit cette recherche. L »objectif était… Continuer la lecture

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Article de qualité : Est-ce que les arbitres donnent plus de cartons rouges aux joueurs de couleur foncée ou claire ?

Je ne regrette pas l’heure passée dans un bistrot avec un café pour lire avec attention un article exceptionnel. La qualité de la rédaction ajoute du plaisir à la lecture. La question de recherche est intéressante, et ce sont des équipes fédérées par l… Continuer la lecture

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Toujours les controverses autour du PACE trial publié par The Lancet : un appel pour le rétracter est commenté par le BMJ

The Lancet est silencieux depuis longtemps, alors que les controverses sont nombreuses autour de cet essai qui n’a pas été reproduit. J’ai évoqué cette non reproductibilité en juin 2018 : l’essai PACE, publié en 2011, a évalué 641 patients ayant un syndrome de fatigue chronique. Les critères de jugement ont été changé en cours d’essai. Il n’a pas été reproduit…. Continuer la lecture

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La reproductibilité en biologie : le projet du Center for Open Science est plus difficile que prévu… résultats ‘mixtes’

Nous avons évoqué les problématiques de reproductibilité, et en sciences sociales, en neurosciences, un certain nombre de projets ont été menés à bien. Mais dans le domaine de la biologie du cancer, c’est très difficile : en janvier 2017, j’avais listé les 5 premières publications dans eLife du projet prévoyant de refaire les expérimentations correspondant à 50 publications. Projet ambitieux… Continuer la lecture

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Une initiative originale : une formation pour apprendre à faire des recherches reproductibles… pour les vieux d’abord ?

Cet article, avec deus auteurs allemands, a été publié par PlOS Biology le 26 juillet 2018 avec le titre : « Digital open science—Teaching digital tools for reproducible and transparent research ». J’ai traduit le résumé pour nous inciter à mieux former les étudiants (et les vieux aussi) dans le domaine de la reproductibilité des données : Une caractéristique importante de la… Continuer la lecture

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Le Repligate en sciences sociales : les « Replicators » ont été très critiqués au début

Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff, a décrit dans son livre sur les 7 péchés mortels de la psychologie ce qu’il a appelé le Repligate en psychologie (pages 52 et 53). En mai 2014, la revue Social Psychology a publié une quinzaine d’articles de chercheurs ayant refait des expériences faites entre 1950 et 2008 et ayant conduit à… Continuer la lecture

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Améliorer la reproductibilité de la recherche scientifique : 13 articles dans PNAS !

En mars 2018, un numéro spécial des PNAS a publié 13 articles suite à un colloque sur la reproductibilité en recherche. Il s’agit d’un colloque de la National Academy of Sciences aux USA, et ce qui est bien, c’est que les vidéos des présentations sont sur YouTube. Elles sont faciles à écouter, et j’ai testé : bons enregistrements. Parmi les… Continuer la lecture

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Mieux évaluer les chercheurs en tuant le facteur d’impact et en orientant la recherche vers les attentes de la société ?

Gardons espoir après la lecture d’un superbe article de PLOS Biology de fin mars 2018. Je ne sais pas quelles seront les réponses aux 2 questions de mon titre… Le OUI n’est pas certain de gagner ! Le titre de cet article : « Assessing scientists for hiring, promotion, and tenure ». Les 6 auteurs sont prestigieux et d’origine diverses. Félicitons Florian… Continuer la lecture

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Le modèle ‘registered reports’ adopté par des revues de finance et l’ouverture des données des revues de science politique

Il est intéressant de noter que des disciplines, devant la crise de reproductibilité, remettent en cause leurs méthodes de publication. La reproductibilité (ou plutôt la non-reproductibilité) a été très étudiée dans certains domaines, comme les sciences cognitives/neurosciences/psychologie, puis la biologie. Des disciplines comme la finance comprennent qu’un protocole est un préalable à toute expérimentation, ou que la réplication des données… Continuer la lecture

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Pratiques préjudiciables à la recherche : 16 pratiques injustifiables et 15 acceptables… à s’évanouir !

Défendre l’indéfendable… et pourtant personne n’est gêné ! C’est une étude originale et passionnante publiée par une équipe de chercheurs américains fin 2017 dans « Journal of Empirical Research on Human Research Ethics ». L’objectif était de qualifier 40 pratiques dites « QRPs » pour « Questionable Research Practices » pour les grouper en pratiques impossibles à cautionner et pratiques sur lesquelles on pourrait fermer les… Continuer la lecture

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BMJ / PLOS Medicine : des résultats publiés sont bien reproductibles… très beau travail français !

Dans le BMJ de février 2018, une étude très originale car les auteurs ont refait les analyses sur le critère de jugement principal pour des études cliniques randomisées publiées dans deux revues. Il s’agissait de savoir si la mise à disposition des données sources permettaient de reproduire les résultats. Eh bien, malgré des difficultés, c’est possible… Très bonne nouvelle. Mais… Continuer la lecture

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La recherche animale doit s’améliorer : la recherche préclinique se trompe encore, et des malades sont inclus dans des essais !

Le numéro du 11 janvier 2018 du BMJ contient 4 articles sur la recherche animale. Très longue histoire qui mérite de lire tous les articles. Il s’agit d’un domaine compliqué, le développement d’un vaccin pour la tuberculose. Un éditorial de F Godlee, basé sur les autres articles du numéro : ‘Nous avons besoin d’une meilleure recherche animale, mieux décrite’ ;… Continuer la lecture

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Récompenser ceux qui reproduisent des résultats de recherche : un rapport de l’Académie des sciences de Hollande

La Hollande a encore le souvenir du scandale D Stapel qui a fait progresser les mentalités. L’Académie des sciences basée à Amsterdam vient de publier un rapport attendu sur la reproductibilité des résultats de recherche. Je ne prends pas le risque de la nommer en Hollandais.. Ce rapport peut vous servir si vous devez préparer un exposé sur le sujet…. Continuer la lecture

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Améliorer la reproductibilité : un preprint a été signé par 72 experts suggérant le seuil de P < 0,005 (au lieu de 0,05) pour la valeur de P.

Un preprint du 22 juillet 2017 a été signé par 72 statisticiens (dont Judith Rousseau, de Paris Dauphine) avec le titre ‘Redefine statistical significance’. Des signatures prestigieuses. Il a été déposé sur PsyArXiv, et il a été très commenté. Ce document a été publié le 1 septembre 2017 par Nature Human Behaviour. L’objectif est de qualifier de significatif les valeurs… Continuer la lecture

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La lisibilité des articles scientifiques baisse régulièrement : des donnés solides pour un phénomène inquiétant

C’est un bon article dans eLife début septembre 2017 avec le titre « The readability of scientific texts is decreasing over time ». Travail intéressant repris sur des blogs comme Neuroskeptic (Scientific papers are getting less readable). Une équipe de chercheurs du Karolinska Institute, à Stockholm, Suède, a fait une énorme travail sur la lisibilité des articles scientifiques. Ils ont téléchargé 700… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 3, le péché du manque de fiabilité car la reproductibilité est un mot tabou !

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et ensuite le rachat sera proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 3 : « The sin of unreliability ». Le péché du… Continuer la lecture

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Les initiatives pour la reproductibilité des données au congrès mondial sur l’intégrité de la recherche

Bonne session sur la reproductibilité lors de la 5ème WCRI à Amsterdam avec 3 orateurs prestigieux. Quelles sont les causes pour expliquer la mauvaise reproductibilité ? Existe-t-il réellement une crise de reproductibilité ? Des solutions ??? D Fanelli a remplacé JPA Ioannidis, empêché de venir à Amsterdam. Conférence avec des exemples expliquant la mauvaise reproductibilité. D’abord la sélection des données… Continuer la lecture

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Manifeste pour une science reproductible : une déclaration bienvenue

Un article du 10 janvier 2017 dans la rubrique perspective de Nature human behaviour « A manifesto for reproducible science » a été co-signé par des experts, dont B Nosek qui dirige le Center for Open Science à Charlottesville, USA. Il s’agit du premier numéro de cette nouvelle revue à comité de lecture du groupe SpringerNature. Les auteurs proposent des mesures, tout… Continuer la lecture

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Réplication des expériences dans la biologie du cancer : les 5 premières publications dans eLife montrent que c’est difficile

C’est un énorme projet sous l’égide du COS (Center for Open Science) à Charlottesville, dirigé par Brian Nosek. Fin avril 2015, Nature nous a informé sur les projets du COS, y compris l’objectif de reproduire 50 articles dans le domaine de la biologie du cancer. Fin août 2015, dans Science, ils ont montré qu’il était difficile de reproduire 40 %… Continuer la lecture

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Le S-Index (en plus du H-Index) pour valoriser les chercheurs qui partagent les données et collaborent

Dans le JAMA Psychiatry de janvier 2017, un viewpoint intitulé « Incentivizing data sharing and colaboration in medical research — The S-Index » nous incite à partager les données sources des recherches. Le début du viewpoint est : Sharing research data is a widely embraced ideal of academic medicine. Providing broad access to research data has the potential to stimulate progress in… Continuer la lecture

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La crise de reproductibilité de la science remonte aux années 1950s

Bon billet le 6 décembre 2016 sur un blog de PLOS avec les dates majeures de la crise de reproductibilité de la science. C’est un des billets du blog Absolutely Maybe qui est intéresssant, animé par Hilda Basten qui est responsable de PubMed Commons. Les dates sur la reproductibilité ont été très bien sélectionnées. J’ai pu revisiter toutes les dates… Continuer la lecture

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Le partage des données est encore très loin d’être la norme : peu de revues biomédicales prestigieuses le demandent

C’est un preprint de PEERJ (donc un article n’ayant pas encore été reviewé) qui a estimé les politiques des revues concernant le partage des données sources par les auteurs. Nous savons que de rares revues l’imposent, comme BMJ par exemple. Par exemple, les instructions aux auteurs du BMJ contiennent ces phrases (et bien d’autres) : » For all research articles: we… Continuer la lecture

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