Archives de catégorie : Reproductibilité

Reproductibilité et intégrité scientifique : rôle des chercheurs et des institutions

Les notions de reproductibilité des recherches sont difficiles à définir simplement, et il existe une énorme littérature sur ces concepts. La non-reproductibilité s’explique en partie par des méconduites, et donc le non respect des principes d&#8… Continuer la lecture

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I4R, un institut pour la réplication des recherches en économie, finances… et autres disciplines

Il y a bientôt un an j’avais accueilli avec joie le projet de réplication des recherches en économie, en commençant à questionner : ce qu’une discipline arrive à faire est un exemple pour d’autres. Cela existe en biologie du cancer&#8… Continuer la lecture

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Préoccupation fondamentale et essentielle concernant la réplication : difficile d’évaluer si les résultats rapportés sont crédibles

Il s’agit du plus grand projet de reproduction de données publiées dans des revues prestigieuses. Il y avait eu en août 2015 la publication de Science des reproductions en psychologie : environ 50 % de 100 expériences publiées dans des revues pre… Continuer la lecture

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Que d’efforts pour faire rétracter un très mauvais article sur l’absence de preuves du confinement

C’est RetractionWatch qui le 14 décembre 2021 a raconté en détail une histoire pas banale. Les articles sont complexes avec modèles mathématiques, mais voici un résumé de l’histoire : Publication le 5 mars 2021 dans la revue Scientific Repo… Continuer la lecture

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Arrêtons de blâmer si nous voulons développer une culture de l’intégrité scientifique

Il s’agit d’un conseil auquel j’adhère, mais que j’ai du mal à appliquer pour moi-même. C’est le titre d’un commentaire avisé de Malcolm MacLeod dans Nature du 25 novembre 2021. Le sous-titre est ‘Aider chaque … Continuer la lecture

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Registered Reports : l’avenir des publications pour sauver les dérives POP (Publish Or Perish)

C’est un article important signé par Chris Chambers qui a inventé le concept de RRs ou Registered Reports (rapports enregistrés en français ?). Erik Turner a twitté cet article à l’attention des rédacteurs des big 5 (NEJM, JAMA, Annals, Lan… Continuer la lecture

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Les pratiques de recherche actuelles n’incitent pas à l’humilité intellectuelle

Cet article de perspective dans Nature Human Behaviour le 28 octobre 2021 est bienvenu. Il évoque un sujet peu étudié et propose quelques recommandations. Le titre ‘Aspiring to greater intellectual humility in science‘ est simple comme le r… Continuer la lecture

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Metascience 2021 : évènement sur le fonctionnement de la recherche à ne pas manquer pour 10 à 20 $

Nous ne pouvons pas manquer cet évènement virtuel car le nombre de thèmes est incroyable et les orateurs exceptionnels. Il s’agit de Metascience2021 : The Metascience 2021 Conference is a global virtual gathering to connect the study of science a… Continuer la lecture

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Complexe : Dan Ariely, spécialiste de l’intégrité, accusé de manipulations de données

Il nous faudra du temps pour comprendre la déchainement actuel (août 2021) envers Dan Ariely, un économiste comportementaliste, excellent orateur, auteur de best-sellers, et qui a enchanté les participants de la conférence de Montréal sur l’intég… Continuer la lecture

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MDAR : améliorer transparence et reproductibilité dans les sciences de la vie

Il s’agit d’une initiative majeure pour mieux structurer les articles de recherche dans les sciences de la vie. Un éditorial de Nature en avril 2021 a présenté l’initiative MDAR pour Materials, Design, Analysis, Reporting. Toutes les … Continuer la lecture

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Deuxième plan national pour la science ouverte : La France en pointe

Sur le site du ministère, vous trouverez toutes les informations sur le deuxième plan sur la science ouverte. Il y a beaucoup d’informations, dont la vidéo (57 minutes), de présentation qui est très intéressante. Il y a des interventions de Phili… Continuer la lecture

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Antidépresseurs (enfant/adolescent) : données manquantes, vies perdues, bon livre sur l’étude bidonnée 329

J’ai expliqué que l’étude 329 était pire que ce que je pensais. C’était après avoir écouté la conférence de D Healy en octobre 2019. IL avait expliqué les difficultés pour republier l’étude 329. En bref, en juillet 2001, une étu… Continuer la lecture

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Les recherches non reproductibles seraient plus citées que les recherches reproductibles

Ce résumé est troublant et je le traduit : ‘Nous utilisons des données publiques pour montrer que les articles publiés dans les principales revues de psychologie, d’économie et d’intérêt général qui ne sont pas reproduits sont davanta… Continuer la lecture

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La réplication des recherches en économie : un bilan qui devrait être fait dans d’autres disciplines

Un blog est dédié à la réplication en économie (The Replication Network ou TRN), et il est animé par deux chercheurs, anglais et néo-zélandais. Beaucoup de ressources sur ce blog, et 3 billets de début 2021 reprennent les principales informations dans … Continuer la lecture

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La réplication des recherches en économie : un bilan qui devrait être fait dans d’autres disciplines

Un blog est dédié à la réplication en économie (The Replication Network ou TRN), et il est animé par deux chercheurs, anglais et néo-zélandais. Beaucoup de ressources sur ce blog, et 3 billets de début 2021 reprennent les principales informations dans … Continuer la lecture

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Science ouverte : une guide intéressant qui nous apprend beaucoup… l’idéal pour la reproductibilité des recherches ?

Sur le site pour la Science Ouverte, nous lisons « La science ouverte est la diffusion sans entrave des publications et des données de la recherche. Elle s’appuie sur l’opportunité que représente la mutation numérique pour développer l’accès ouvert aux publications et -autant que possible- aux données de la recherche ». Ce site du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche… Continuer la lecture

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La reproductibilité serait améliorée si les données brutes des articles étaient publiques, mais les auteurs ne veulent pas !

J’ai choisi de traduire le résumé d’un article étonnant dans la revue Molecular Brain le 21 février 2020 : « No raw data, no science: another possible source of the reproducibility crisis ». Simple, mais le rédacteur en chef a exigé des données brutes de manuscrits avant de les oumettre à peer-review. La raison pour les demander est que l’article était trop… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (9/10) : le challenge de la médecine de précision

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Le chapitre 9 est un bon survol de la médecine de précision pour le public, mais ce n’est pas un chapitre décrivant bien la médecine de précision. R… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (8/10) : une culture cassée… mais comment la restaurer ?

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Le chapitre 8 explique comment la science a changé depuis Charles Darwin, avec la pression générale et la compétition. Ensuite, il explique la vie des doctorants et des… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (7/10) : montrez vos données… et trop de chercheurs refusent encore de les montrer

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Le chapitre 7 explique les initiatives pour la reproductibilité de la science. Il commence bien sûr par expliquer les initiatives de Brian Nosek à Charlottesville. Il s’agit de… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (3/10) : un seau d’eau froide pour se calmer en voyant la médiocrité des études animales

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Ce livre revient sur des histoires connues, en ajoutant la touche du journaliste d’investigation qui raconte les coulisses de certaines publications. Le chapitre 3 commente des situations, des… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (1/9) : Le coup de théâtre de Begley ou ‘tout le monde savait mais, par politesse, cela ne se disait pas’

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Ce livre revient sur des histoires connues, en ajoutant la touche du journaliste d’investigation qui raconte les coulisses de certaines publications. Le chapitre 1 revient sur l’histoire de… Continuer la lecture

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Reproductibilité et réplicabilité en science : excellent rapport des académies nationales américaines

C’est un bon rapport, très détaillé en 219 pages que j’ai survolées. J’ai lu en détail l’executive summary, le résumé, et les recommandations (20 pages). Les deux termes anglais sont reproductibility et reproducibiliy…. qui peuvent être traduits tous deux par reproductibilité. Une définition de la science est proposée (page 21), je la laisse en anglais : « Science is a mode… Continuer la lecture

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Reproductibilité et réplicabilité en science : quelles recommandations pour les revues scientifiques ?

Nous avons présenté le rapport des académies américaines hier dans un contexte général de toutes les disciplines scientifiques. J’ai essayé de traduire les deux recommandations pour les revues scientifiques. Elles doivent être lues dans ce contexte large : Recommandation 6-4 : Les revues devraient envisager des moyens pour assurer la reproductibilité du traitement informatique des données pour les publications qui… Continuer la lecture

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La revue Science refuse de publier la réplication d’un article publié dans Science, car non réplicable

Histoire banale ou peur d’accepter la réalité : c’est un article du 20 juin 2019 sur le site Slate.com avec le titre « We Tried to Publish a Replication of a Science Paper in Science. The Journal Refused ». L’histoire complète est sur Slate. En bref, en 2008, Science a publié un article intitulé « Political attitudes vary with phisiological traits ». il s’agit… Continuer la lecture

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Les résultats ‘marginally significant’ polluent la littérature… analyse de 44 000 valeurs de p

C’est une pratique de certaines disciplines qu’il faudrait absolument décourager. Il s’agit de considérer comme marginalement significatives des valeurs de P entre 0,05 et 0,1 !!!! Voici le résumé traduit de cet article : Nous avons examiné le pourcentage des valeurs de p (.05 Continuer la lecture

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‘Sexual Abuse’ s’engage pour accepter des reproductions d’études publiées dans la revue : y compris pour les études crapuleuses ?

L’éditorial de Michael Seto, rédacteur en chef de Sexual Abuse, le 3 mai 2019 est bienvenu. Il annonce trois changements pour cette revue très anglo-saxonne. Dans le comité de rédaction, l’Amérique du Nord est bien représentée (pas de français dans ce comité). M Seto détaille les 3 changements pour augmenter la reproductibilité : Open science badging identifies articles that have… Continuer la lecture

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‘Sexual Abuse’ s’engage pour accepter des reproductions d’études publiées dans la revue : y compris pour les études crapuleuses ?

L’éditorial de Michael Seto, rédacteur en chef de Sexual Abuse, le 3 mai 2019 est bienvenu. Il annonce trois changements pour cette revue très anglo-saxonne. Dans le comité de rédaction, l’Amérique du Nord est bien représentée (pas de français dans ce comité). M Seto détaille les 3 changements pour augmenter la reproductibilité : Open science badging identifies articles that have… Continuer la lecture

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Tonton flingueur défend l’industrie pharma quand elle est vertueuse car les chercheurs industriels sont en avance sur la reproductibilité

J’ai analysé le 25 avril 2019 un article de la revue Cell Metabolism signé par des chercheurs de Novo Nordisk, et cela m’a valu quelques remarques constructives (13 mai) sur le blog Perruche en automne, avec le titre : « Les tontons flingueurs de la science sont de sortie ». L’autre tonton flingueur est Dominique Dupagne qui a répondu sur ce blog…. Continuer la lecture

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Tonton flingueur défend l’industrie pharma quand elle est vertueuse car les chercheurs industriels sont en avance sur la reproductibilité

J’ai analysé le 25 avril 2019 un article de la revue Cell Metabolism signé par des chercheurs de Novo Nordisk, et cela m’a valu quelques remarques constructives (13 mai) sur le blog Perruche en automne, avec le titre : « Les tontons flingueurs de la science sont de sortie ». L’autre tonton flingueur est Dominique Dupagne qui a répondu sur ce blog…. Continuer la lecture

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Les tontons flingueurs de la science sont de sortie

J’aime bien Dominique Dupagne et Hervé Maisonneuve. Ils sont souvent pertinents mais parfois ils se trompent de cible. Ceci arrive à tout le monde, mais quand on a une grande audience, il faut savoir être rigoureux. Ils ont décidé tous … Co… Continuer la lecture

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Les tontons flingueurs de la science sont de sortie

J’aime bien Dominique Dupagne et Hervé Maisonneuve. Ils sont souvent pertinents mais parfois ils se trompent de cible. Ceci arrive à tout le monde, mais quand on a une grande audience, il faut savoir être rigoureux. Ils ont décidé tous … Co… Continuer la lecture

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La crise de la reproductibilité : 3 exemples didactiques de Novo-Nordisk ayant cherché à refaire des expériences publiés dans le diabète/métabolisme.

Cet article est génial car pragmatique et pédagogique. Publié dans Cell Metabolism le 14 mars 2019. Vous ne regretterez pas le temps de lecture. Je remercie surtout Christian Pinset qui me l’a signalé. La crise de reproductibilité des publications est documentée. Dans cet article, ce sont trois cas pratiques qui sont détaillés par 7 chercheurs (3 chercheurs de Novo-Nordisk USA,… Continuer la lecture

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Reproductibilité : les jeunes chercheurs sont peu écoutés des séniors qui n’ont pas montré l’exemple dans leurs carrières

Les observations de cet article signé par un chercheur californien en neurosciences/psychologie s’appliquent probablement à tous les domaines de la science. L’article a pour titre « The costs of reproducibility » et a été publié le 2 janvier 2019 dans Neuron, une revue de CellPress. La crise de reproductibilité de la science inquiète surtout les jeunes chercheurs. Il y a 3 parties… Continuer la lecture

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Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité

Le titre de ce billet est le titre d’un colloque d’une journée à Bordeaux le 29 mars 2019. Le programme est intéressant, et le site de ce colloque contient déjà une mini-revue sur le sujet, car de bonnes références sont citées. Un tel programme est agréable à lire, et permet de bien comprendre les objectifs des 5 orateurs. La question… Continuer la lecture

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Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité

Le titre de ce billet est le titre d’un colloque d’une journée à Bordeaux le 29 mars 2019. Le programme est intéressant, et le site de ce colloque contient déjà une mini-revue sur le sujet, car de bonnes références sont citées. Un tel programme est agréable à lire, et permet de bien comprendre les objectifs des 5 orateurs. La question… Continuer la lecture

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Article de très grande qualité : Est-ce que les arbitres donnent plus de cartons rouges aux joueurs de couleur foncée ou claire ?

Je ne regrette pas l’heure passée dans un bistrot avec un café pour lire avec attention un article exceptionnel. La qualité de la rédaction ajoute du plaisir à la lecture. La question de recherche est intéressante, et ce sont des équipes fédérées par les Center for Open Science (B Nosek, Charlottesville, Virginia, USA) qui ont conduit cette recherche. L »objectif était… Continuer la lecture

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Article de qualité : Est-ce que les arbitres donnent plus de cartons rouges aux joueurs de couleur foncée ou claire ?

Je ne regrette pas l’heure passée dans un bistrot avec un café pour lire avec attention un article exceptionnel. La qualité de la rédaction ajoute du plaisir à la lecture. La question de recherche est intéressante, et ce sont des équipes fédérées par l… Continuer la lecture

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Toujours les controverses autour du PACE trial publié par The Lancet : un appel pour le rétracter est commenté par le BMJ

The Lancet est silencieux depuis longtemps, alors que les controverses sont nombreuses autour de cet essai qui n’a pas été reproduit. J’ai évoqué cette non reproductibilité en juin 2018 : l’essai PACE, publié en 2011, a évalué 641 patients ayant un syndrome de fatigue chronique. Les critères de jugement ont été changé en cours d’essai. Il n’a pas été reproduit…. Continuer la lecture

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La reproductibilité en biologie : le projet du Center for Open Science est plus difficile que prévu… résultats ‘mixtes’

Nous avons évoqué les problématiques de reproductibilité, et en sciences sociales, en neurosciences, un certain nombre de projets ont été menés à bien. Mais dans le domaine de la biologie du cancer, c’est très difficile : en janvier 2017, j’avais listé les 5 premières publications dans eLife du projet prévoyant de refaire les expérimentations correspondant à 50 publications. Projet ambitieux… Continuer la lecture

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