Systémique médicale
Boules de Fourrure
Archives de catégorie : Reproductibilité
Le nombre de citations et les facteurs d’impact des revues ne rendent pas compte de la qualité de la recherche !
J’ai repris comme titre de ce billet une partie du titre de l’article publié le 17 août 2022 dans la revue Royal Society Open Science, à savoir : Le nombre de citations et les facteurs d’impact des revues ne rendent pas compte de cert… Continuer la lecture
Publié dans Citations, évaluation, impact, recherche, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Le nombre de citations et les facteurs d’impact des revues ne rendent pas compte de la qualité de la recherche !
Peer-Review Congress J3 : partage de données, commentaires après publication
Plaisir de voir une présentation française de l’équipe de Rennes (Locher, Naudet). C’est Maximilian Siebert qui a présenté ‘Data Sharing and Reanalysis for Main Studies Assessed by the European Medicines Agency’. Il a eu beaucou… Continuer la lecture
Publié dans Peer review, Rédaction des revues, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Peer-Review Congress J3 : partage de données, commentaires après publication
Reproductibilité et intégrité scientifique : rôle des chercheurs et des institutions
Les notions de reproductibilité des recherches sont difficiles à définir simplement, et il existe une énorme littérature sur ces concepts. La non-reproductibilité s’explique en partie par des méconduites, et donc le non respect des principes d… Continuer la lecture
Publié dans Intégrité scientifique, recherche, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Reproductibilité et intégrité scientifique : rôle des chercheurs et des institutions
I4R, un institut pour la réplication des recherches en économie, finances… et autres disciplines
Il y a bientôt un an j’avais accueilli avec joie le projet de réplication des recherches en économie, en commençant à questionner : ce qu’une discipline arrive à faire est un exemple pour d’autres. Cela existe en biologie du cancer… Continuer la lecture
Publié dans recherche, Reproductibilité
Commentaires fermés sur I4R, un institut pour la réplication des recherches en économie, finances… et autres disciplines
Préoccupation fondamentale et essentielle concernant la réplication : difficile d’évaluer si les résultats rapportés sont crédibles
Il s’agit du plus grand projet de reproduction de données publiées dans des revues prestigieuses. Il y avait eu en août 2015 la publication de Science des reproductions en psychologie : environ 50 % de 100 expériences publiées dans des revues pre… Continuer la lecture
Publié dans Recommandations, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Préoccupation fondamentale et essentielle concernant la réplication : difficile d’évaluer si les résultats rapportés sont crédibles
Que d’efforts pour faire rétracter un très mauvais article sur l’absence de preuves du confinement
C’est RetractionWatch qui le 14 décembre 2021 a raconté en détail une histoire pas banale. Les articles sont complexes avec modèles mathématiques, mais voici un résumé de l’histoire : Publication le 5 mars 2021 dans la revue Scientific Repo… Continuer la lecture
Publié dans COVID-19, Reproductibilité, Rétractation
Commentaires fermés sur Que d’efforts pour faire rétracter un très mauvais article sur l’absence de preuves du confinement
Arrêtons de blâmer si nous voulons développer une culture de l’intégrité scientifique
Il s’agit d’un conseil auquel j’adhère, mais que j’ai du mal à appliquer pour moi-même. C’est le titre d’un commentaire avisé de Malcolm MacLeod dans Nature du 25 novembre 2021. Le sous-titre est ‘Aider chaque … Continuer la lecture
Publié dans Intégrité scientifique, Méthodologies, Reproductibilité, Science Ouverte
Commentaires fermés sur Arrêtons de blâmer si nous voulons développer une culture de l’intégrité scientifique
Registered Reports : l’avenir des publications pour sauver les dérives POP (Publish Or Perish)
C’est un article important signé par Chris Chambers qui a inventé le concept de RRs ou Registered Reports (rapports enregistrés en français ?). Erik Turner a twitté cet article à l’attention des rédacteurs des big 5 (NEJM, JAMA, Annals, Lan… Continuer la lecture
Publié dans Intégrité scientifique, Registered Reports, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Registered Reports : l’avenir des publications pour sauver les dérives POP (Publish Or Perish)
Les pratiques de recherche actuelles n’incitent pas à l’humilité intellectuelle
Cet article de perspective dans Nature Human Behaviour le 28 octobre 2021 est bienvenu. Il évoque un sujet peu étudié et propose quelques recommandations. Le titre ‘Aspiring to greater intellectual humility in science‘ est simple comme le r… Continuer la lecture
Publié dans esprit critique, Intégrité scientifique, Recommandations, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Les pratiques de recherche actuelles n’incitent pas à l’humilité intellectuelle
Metascience 2021 : évènement sur le fonctionnement de la recherche à ne pas manquer pour 10 à 20 $
Nous ne pouvons pas manquer cet évènement virtuel car le nombre de thèmes est incroyable et les orateurs exceptionnels. Il s’agit de Metascience2021 : The Metascience 2021 Conference is a global virtual gathering to connect the study of science a… Continuer la lecture
Publié dans esprit critique, Formations - Livres, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Metascience 2021 : évènement sur le fonctionnement de la recherche à ne pas manquer pour 10 à 20 $
Complexe : Dan Ariely, spécialiste de l’intégrité, accusé de manipulations de données
Il nous faudra du temps pour comprendre la déchainement actuel (août 2021) envers Dan Ariely, un économiste comportementaliste, excellent orateur, auteur de best-sellers, et qui a enchanté les participants de la conférence de Montréal sur l’intég… Continuer la lecture
Publié dans Intégrité scientifique, QRPs, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Complexe : Dan Ariely, spécialiste de l’intégrité, accusé de manipulations de données
MDAR : améliorer transparence et reproductibilité dans les sciences de la vie
Il s’agit d’une initiative majeure pour mieux structurer les articles de recherche dans les sciences de la vie. Un éditorial de Nature en avril 2021 a présenté l’initiative MDAR pour Materials, Design, Analysis, Reporting. Toutes les … Continuer la lecture
Publié dans Ligne directrice, Recommandations, Rédaction des revues, Reproductibilité, transparence
Commentaires fermés sur MDAR : améliorer transparence et reproductibilité dans les sciences de la vie
Deuxième plan national pour la science ouverte : La France en pointe
Sur le site du ministère, vous trouverez toutes les informations sur le deuxième plan sur la science ouverte. Il y a beaucoup d’informations, dont la vidéo (57 minutes), de présentation qui est très intéressante. Il y a des interventions de Phili… Continuer la lecture
Publié dans évaluation, Open access, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Deuxième plan national pour la science ouverte : La France en pointe
Antidépresseurs (enfant/adolescent) : données manquantes, vies perdues, bon livre sur l’étude bidonnée 329
J’ai expliqué que l’étude 329 était pire que ce que je pensais. C’était après avoir écouté la conférence de D Healy en octobre 2019. IL avait expliqué les difficultés pour republier l’étude 329. En bref, en juillet 2001, une étu… Continuer la lecture
Publié dans Formations - Livres, Reproductibilité, RIAT, surmédicalisation
Commentaires fermés sur Antidépresseurs (enfant/adolescent) : données manquantes, vies perdues, bon livre sur l’étude bidonnée 329
Les recherches non reproductibles seraient plus citées que les recherches reproductibles
Ce résumé est troublant et je le traduit : ‘Nous utilisons des données publiques pour montrer que les articles publiés dans les principales revues de psychologie, d’économie et d’intérêt général qui ne sont pas reproduits sont davanta… Continuer la lecture
Publié dans recherche, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Les recherches non reproductibles seraient plus citées que les recherches reproductibles
La réplication des recherches en économie : un bilan qui devrait être fait dans d’autres disciplines
Un blog est dédié à la réplication en économie (The Replication Network ou TRN), et il est animé par deux chercheurs, anglais et néo-zélandais. Beaucoup de ressources sur ce blog, et 3 billets de début 2021 reprennent les principales informations dans … Continuer la lecture
Publié dans Biais, Reproductibilité
Commentaires fermés sur La réplication des recherches en économie : un bilan qui devrait être fait dans d’autres disciplines
La réplication des recherches en économie : un bilan qui devrait être fait dans d’autres disciplines
Un blog est dédié à la réplication en économie (The Replication Network ou TRN), et il est animé par deux chercheurs, anglais et néo-zélandais. Beaucoup de ressources sur ce blog, et 3 billets de début 2021 reprennent les principales informations dans … Continuer la lecture
Publié dans Biais, Reproductibilité
Commentaires fermés sur La réplication des recherches en économie : un bilan qui devrait être fait dans d’autres disciplines
Science ouverte : une guide intéressant qui nous apprend beaucoup… l’idéal pour la reproductibilité des recherches ?
Sur le site pour la Science Ouverte, nous lisons « La science ouverte est la diffusion sans entrave des publications et des données de la recherche. Elle s’appuie sur l’opportunité que représente la mutation numérique pour développer l’accès ouvert aux publications et -autant que possible- aux données de la recherche ». Ce site du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Open access, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Science ouverte : une guide intéressant qui nous apprend beaucoup… l’idéal pour la reproductibilité des recherches ?
La reproductibilité serait améliorée si les données brutes des articles étaient publiques, mais les auteurs ne veulent pas !
J’ai choisi de traduire le résumé d’un article étonnant dans la revue Molecular Brain le 21 février 2020 : « No raw data, no science: another possible source of the reproducibility crisis ». Simple, mais le rédacteur en chef a exigé des données brutes de manuscrits avant de les oumettre à peer-review. La raison pour les demander est que l’article était trop… Continuer la lecture
Publié dans Archives, Intégrité scientifique, Reproductibilité
Commentaires fermés sur La reproductibilité serait améliorée si les données brutes des articles étaient publiques, mais les auteurs ne veulent pas !
Rigidité cadavérique (9/10) : le challenge de la médecine de précision
Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Le chapitre 9 est un bon survol de la médecine de précision pour le public, mais ce n’est pas un chapitre décrivant bien la médecine de précision. R… Continuer la lecture
Publié dans Gaspillage, Grand public, livres, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Rigidité cadavérique (9/10) : le challenge de la médecine de précision
Rigidité cadavérique (8/10) : une culture cassée… mais comment la restaurer ?
Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Le chapitre 8 explique comment la science a changé depuis Charles Darwin, avec la pression générale et la compétition. Ensuite, il explique la vie des doctorants et des… Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, Gaspillage, Grand public, livres, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Rigidité cadavérique (8/10) : une culture cassée… mais comment la restaurer ?
Rigidité cadavérique (7/10) : montrez vos données… et trop de chercheurs refusent encore de les montrer
Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Le chapitre 7 explique les initiatives pour la reproductibilité de la science. Il commence bien sûr par expliquer les initiatives de Brian Nosek à Charlottesville. Il s’agit de… Continuer la lecture
Publié dans Gaspillage, Grand public, Histoire, livres, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Rigidité cadavérique (7/10) : montrez vos données… et trop de chercheurs refusent encore de les montrer
Rigidité cadavérique (3/10) : un seau d’eau froide pour se calmer en voyant la médiocrité des études animales
Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Ce livre revient sur des histoires connues, en ajoutant la touche du journaliste d’investigation qui raconte les coulisses de certaines publications. Le chapitre 3 commente des situations, des… Continuer la lecture
Publié dans Gaspillage, Grand public, J irreproductible results, livres, Méthodologie de recherche, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Rigidité cadavérique (3/10) : un seau d’eau froide pour se calmer en voyant la médiocrité des études animales
Rigidité cadavérique (1/9) : Le coup de théâtre de Begley ou ‘tout le monde savait mais, par politesse, cela ne se disait pas’
Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Ce livre revient sur des histoires connues, en ajoutant la touche du journaliste d’investigation qui raconte les coulisses de certaines publications. Le chapitre 1 revient sur l’histoire de… Continuer la lecture
Publié dans Grand public, Histoire, Intégrité scientifique, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Rigidité cadavérique (1/9) : Le coup de théâtre de Begley ou ‘tout le monde savait mais, par politesse, cela ne se disait pas’
Reproductibilité et réplicabilité en science : excellent rapport des académies nationales américaines
C’est un bon rapport, très détaillé en 219 pages que j’ai survolées. J’ai lu en détail l’executive summary, le résumé, et les recommandations (20 pages). Les deux termes anglais sont reproductibility et reproducibiliy…. qui peuvent être traduits tous deux par reproductibilité. Une définition de la science est proposée (page 21), je la laisse en anglais : « Science is a mode… Continuer la lecture
Publié dans Reproductibilité
Commentaires fermés sur Reproductibilité et réplicabilité en science : excellent rapport des académies nationales américaines
Reproductibilité et réplicabilité en science : quelles recommandations pour les revues scientifiques ?
Nous avons présenté le rapport des académies américaines hier dans un contexte général de toutes les disciplines scientifiques. J’ai essayé de traduire les deux recommandations pour les revues scientifiques. Elles doivent être lues dans ce contexte large : Recommandation 6-4 : Les revues devraient envisager des moyens pour assurer la reproductibilité du traitement informatique des données pour les publications qui… Continuer la lecture
Publié dans Open access, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Reproductibilité et réplicabilité en science : quelles recommandations pour les revues scientifiques ?
La revue Science refuse de publier la réplication d’un article publié dans Science, car non réplicable
Histoire banale ou peur d’accepter la réalité : c’est un article du 20 juin 2019 sur le site Slate.com avec le titre « We Tried to Publish a Replication of a Science Paper in Science. The Journal Refused ». L’histoire complète est sur Slate. En bref, en 2008, Science a publié un article intitulé « Political attitudes vary with phisiological traits ». il s’agit… Continuer la lecture
Publié dans Reproductibilité
Commentaires fermés sur La revue Science refuse de publier la réplication d’un article publié dans Science, car non réplicable
Les résultats ‘marginally significant’ polluent la littérature… analyse de 44 000 valeurs de p
C’est une pratique de certaines disciplines qu’il faudrait absolument décourager. Il s’agit de considérer comme marginalement significatives des valeurs de P entre 0,05 et 0,1 !!!! Voici le résumé traduit de cet article : Nous avons examiné le pourcentage des valeurs de p (.05 Continuer la lecture
Publié dans Reproductibilité, statistiques
Commentaires fermés sur Les résultats ‘marginally significant’ polluent la littérature… analyse de 44 000 valeurs de p
‘Sexual Abuse’ s’engage pour accepter des reproductions d’études publiées dans la revue : y compris pour les études crapuleuses ?
L’éditorial de Michael Seto, rédacteur en chef de Sexual Abuse, le 3 mai 2019 est bienvenu. Il annonce trois changements pour cette revue très anglo-saxonne. Dans le comité de rédaction, l’Amérique du Nord est bien représentée (pas de français dans ce comité). M Seto détaille les 3 changements pour augmenter la reproductibilité : Open science badging identifies articles that have… Continuer la lecture
Publié dans Reproductibilité
Commentaires fermés sur ‘Sexual Abuse’ s’engage pour accepter des reproductions d’études publiées dans la revue : y compris pour les études crapuleuses ?
‘Sexual Abuse’ s’engage pour accepter des reproductions d’études publiées dans la revue : y compris pour les études crapuleuses ?
L’éditorial de Michael Seto, rédacteur en chef de Sexual Abuse, le 3 mai 2019 est bienvenu. Il annonce trois changements pour cette revue très anglo-saxonne. Dans le comité de rédaction, l’Amérique du Nord est bien représentée (pas de français dans ce comité). M Seto détaille les 3 changements pour augmenter la reproductibilité : Open science badging identifies articles that have… Continuer la lecture
Publié dans Reproductibilité
Commentaires fermés sur ‘Sexual Abuse’ s’engage pour accepter des reproductions d’études publiées dans la revue : y compris pour les études crapuleuses ?
Tonton flingueur défend l’industrie pharma quand elle est vertueuse car les chercheurs industriels sont en avance sur la reproductibilité
J’ai analysé le 25 avril 2019 un article de la revue Cell Metabolism signé par des chercheurs de Novo Nordisk, et cela m’a valu quelques remarques constructives (13 mai) sur le blog Perruche en automne, avec le titre : « Les tontons flingueurs de la science sont de sortie ». L’autre tonton flingueur est Dominique Dupagne qui a répondu sur ce blog…. Continuer la lecture
Publié dans Auteurs fantômes, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Tonton flingueur défend l’industrie pharma quand elle est vertueuse car les chercheurs industriels sont en avance sur la reproductibilité
Tonton flingueur défend l’industrie pharma quand elle est vertueuse car les chercheurs industriels sont en avance sur la reproductibilité
J’ai analysé le 25 avril 2019 un article de la revue Cell Metabolism signé par des chercheurs de Novo Nordisk, et cela m’a valu quelques remarques constructives (13 mai) sur le blog Perruche en automne, avec le titre : « Les tontons flingueurs de la science sont de sortie ». L’autre tonton flingueur est Dominique Dupagne qui a répondu sur ce blog…. Continuer la lecture
Publié dans Auteurs fantômes, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Tonton flingueur défend l’industrie pharma quand elle est vertueuse car les chercheurs industriels sont en avance sur la reproductibilité
La crise de la reproductibilité : 3 exemples didactiques de Novo-Nordisk ayant cherché à refaire des expériences publiés dans le diabète/métabolisme.
Cet article est génial car pragmatique et pédagogique. Publié dans Cell Metabolism le 14 mars 2019. Vous ne regretterez pas le temps de lecture. Je remercie surtout Christian Pinset qui me l’a signalé. La crise de reproductibilité des publications est documentée. Dans cet article, ce sont trois cas pratiques qui sont détaillés par 7 chercheurs (3 chercheurs de Novo-Nordisk USA,… Continuer la lecture
Publié dans Intégrité scientifique, Reproductibilité
Commentaires fermés sur La crise de la reproductibilité : 3 exemples didactiques de Novo-Nordisk ayant cherché à refaire des expériences publiés dans le diabète/métabolisme.
Reproductibilité : les jeunes chercheurs sont peu écoutés des séniors qui n’ont pas montré l’exemple dans leurs carrières
Les observations de cet article signé par un chercheur californien en neurosciences/psychologie s’appliquent probablement à tous les domaines de la science. L’article a pour titre « The costs of reproducibility » et a été publié le 2 janvier 2019 dans Neuron, une revue de CellPress. La crise de reproductibilité de la science inquiète surtout les jeunes chercheurs. Il y a 3 parties… Continuer la lecture
Publié dans Reproductibilité
Commentaires fermés sur Reproductibilité : les jeunes chercheurs sont peu écoutés des séniors qui n’ont pas montré l’exemple dans leurs carrières
Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité
Le titre de ce billet est le titre d’un colloque d’une journée à Bordeaux le 29 mars 2019. Le programme est intéressant, et le site de ce colloque contient déjà une mini-revue sur le sujet, car de bonnes références sont citées. Un tel programme est agréable à lire, et permet de bien comprendre les objectifs des 5 orateurs. La question… Continuer la lecture
Publié dans Reproductibilité
Commentaires fermés sur Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité
Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité
Le titre de ce billet est le titre d’un colloque d’une journée à Bordeaux le 29 mars 2019. Le programme est intéressant, et le site de ce colloque contient déjà une mini-revue sur le sujet, car de bonnes références sont citées. Un tel programme est agréable à lire, et permet de bien comprendre les objectifs des 5 orateurs. La question… Continuer la lecture
Publié dans Reproductibilité
Commentaires fermés sur Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité
Article de très grande qualité : Est-ce que les arbitres donnent plus de cartons rouges aux joueurs de couleur foncée ou claire ?
Je ne regrette pas l’heure passée dans un bistrot avec un café pour lire avec attention un article exceptionnel. La qualité de la rédaction ajoute du plaisir à la lecture. La question de recherche est intéressante, et ce sont des équipes fédérées par les Center for Open Science (B Nosek, Charlottesville, Virginia, USA) qui ont conduit cette recherche. L »objectif était… Continuer la lecture
Publié dans Intégrité scientifique, Méthodologie de recherche, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Article de très grande qualité : Est-ce que les arbitres donnent plus de cartons rouges aux joueurs de couleur foncée ou claire ?
Article de qualité : Est-ce que les arbitres donnent plus de cartons rouges aux joueurs de couleur foncée ou claire ?
Je ne regrette pas l’heure passée dans un bistrot avec un café pour lire avec attention un article exceptionnel. La qualité de la rédaction ajoute du plaisir à la lecture. La question de recherche est intéressante, et ce sont des équipes fédérées par l… Continuer la lecture
Publié dans Intégrité scientifique, Méthodologie de recherche, Reproductibilité
Commentaires fermés sur Article de qualité : Est-ce que les arbitres donnent plus de cartons rouges aux joueurs de couleur foncée ou claire ?