Systémique médicale
Boules de Fourrure
Archives de catégorie : Recherche documentaire
La revue Prescrire et les vaccins Covid – seconde partie
Un internaute m’a posé une série de questions vraiment importantes. Les résultats des essais sur les vaccins Covid sont-ils publics ? Est-il normal qu’ils soient réalisés par les laboratoires pharmaceutiques ? Comment la revue Prescrire se forge-t-elle un avis ? Comment sont décidés les prix des médicaments ? Les industriels du médicament se rendent-ils coupables … Lire la suite Continuer la lecture
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COVID-19 : 130 000 articles compilés dans CORD 19 ! La plus grande explosion jamais observée
La pandémie d’articles sur la COVID-19 est impressionnante. Combien ont été publiés (sans compter les préprints) depuis le 1 janvier 2020 ? Dans le domaine biomédical, mi-mai 2020, la seule consultation de PubMed avec le terme COVID 19 identifie plus de 13 000 articles. En pratique, tous les domaines scientifiques publient sur la COVID-19 ! Et surtout, personne n’est capable… Continuer la lecture
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Qui utilise Sci-Hub ? Analyse de 28 millions de téléchargement : 1 million d’articles médicaux téléchargés chaque mois
Une correspondance de 2 pages dans Lancet Global Health de janvier 2019 (accès libre) a pour titre : « Who is pirating medical literature? A bibliometric review of 28 million Sci-Hub downloads ». L’image ci-contre est tirée de l’article et montre les pays qui téléchargent le plus (rouge foncé) et le moins (jaune). C’est une estimation entre le nombre de requêtes Sci-Hub… Continuer la lecture
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Sci-Hub donne toujours un accès gratuit à la plupart des articles scientifiques payants
Sci-Hub a pris une place parmi les outils pour accéder gratuitement aux articles scientifiques, et des donations permettent à sa fondatrice, Alexandra Elbakyan de poursuivre son projet. Sci-Hub a été analysé en détail par une équipe de chercheurs américains, australiens et allemands, avec une publication dans eLife (open access journal) en février 2018 : « Research: Sci-Hub provides access to nearly… Continuer la lecture
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Qui fait des recherches sur PubMed, qui twitte les articles scientifiques ? Le grand public plutôt que les chercheurs ?
Le tableau des indicateurs de MEDLINE/PubMed précise que ce sont 3,3 milliards de recherches qui ont été enregistrées en 2017. PubMed a indexés 813 598 nouveaux articles en 2017, et la base doit contenir 27 millions d’articles. Il y a 5 600 revues scientifiques dans MEDLINE, alors qu’il existe environ 28 000 revues scientifiques à comité de lecture (estimation 2012)… Continuer la lecture
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Les revues scientifiques chinoises
Quatre jeunes chinois ont publié dans Learned Publishing le 23 mars 2018 un article intitulé : « Growth and quality of Chinese journals from 1949 to 2013 ». Voici le résumé traduit : Au cours des dernières années, des investissements substantiels dans les sciences et la technologie ont entraîné une augmentation du nombre de revues universitaires chinoises. Les recherches précédentes ont utilisé… Continuer la lecture
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Le bon usage de la bibliométrie expliqué très clairement : bravo à Vincent Larivière
J’ai bien aimé le livre « Measuring Research » (Oxford University Press) écrit par Cassidy R Sugimoto (Indiana University) et Vincent Larivière (Université de Montréal) : il est précis et court (148 pages). Ce livre expose simplement comment interpréter tous ces indicateurs de la recherche. Je ne saurais que conseiller la lecture à tous ces ayatollahs du facteur d’impact qui… Continuer la lecture
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Environ 10 à 20 % des articles ne seraient jamais cités, mais variable selon les disciplines
Comme d’autres collègues, je restais sur des données anciennes en disant que la moitié des articles n’étaient jamais cités. Cela repose sur d’anciennes données (années 1990s) prenant en compte toutes les publications, alors que ce genre d’évaluation devrait éliminer lettres, cas cliniques, etc… et n’être calculés que sur les articles originaux et les revues de littérature. C’est un article simple… Continuer la lecture
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La littérature académique bientôt toute gratuite : le système abonnement ne tiendra pas très longtemps
Ce sont les conclusions d’une équipe américaine/allemande dans un preprint déposé dans PeerJ preprints en juillet 2017. Ces auteurs ont analysé le site pirate sci-hub. Ils précisent tout d’abord dans quelques lignes en gras une précision que je reprend à mon compte : Les lecteurs doivent noter que, dans de nombreuses juridictions, l’utilisation de Sci-Hub peut constituer une violation du… Continuer la lecture
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Choisir une revue pour soumettre un article : de bons outils sur le web
Comment choisir la revue pour soumettre votre article : sujet très souvent discuté lors des formations qui montre clairement que très rares sont les experts capables de répondre. Je mets hors sujet les membres de comité de rédaction qui soumettent à leur revue.. ils n’ont pas à choisir et n’imaginent pas un refus ! Je suis toujours étonné du manque… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Auteurs fantômes, Recherche documentaire, SItes internet
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La boite de Pandore, Sci-Hub, contribue à la diffusion du ‘Black’ ou ‘Guerilla’ Open Access
Un preprint dans F1000Research concerne un travail d’un auteur allemand pour évaluer Sci-Hub. Je suppose qu’il n’est plus utile de définir ce site pirate qui contient 62 millions de publications. Dans mon expérience, les jeunes chercheurs, quel que soient les pays, utilisent beaucoup Sci-Hub. Des chercheurs séniors ne connaissent pas ! L’article de F1000Research publié le mars 2017 a pour… Continuer la lecture
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PubMed : faire apparaître les conflits d’intérêts en bas des résumés ! Qu’en penser ? Progrès ou enfumage
Dans son bulletin de mars-avril 2017, PubMed annonce que les conflits d’intérêts apparaîtront en bas des résumés, quand ces déclarations existent dans les articles. Est-ce un progrès ? Il existe des données suggérant que le simple fait de déclarer des liens d’intérêts diminue la crédibilité des articles. Déclarer les liens est important, voire obligatoire, mais encore faudrait-il que les revues… Continuer la lecture
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DOAB : comme le DOAJ mais pour les livres en Open Access
Je ne connaissais pas le DOAB pour Directory of Open Access Books. Est-ce utile ? Oui si les livres prédateurs ne sont pas listés dans ce registre…. Il y a des infos en français sur le site pour expliquer le projet : L’objectif principal du DOAB est d’accroître la visibilité des livres en libre accès. Les éditeurs de livres universitaires… Continuer la lecture
Publié dans Animal, livres, Open access, Recherche documentaire
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Une recherche PubMed sur des dénominations médicamenteuses devrait s’étendre aux mauvaises orthographes… ISOMERs
C’est le BMJ de Noël 2016 qui a publié un article très original, et pas uniquement humoristique. Le titre « Nominal ISOMERs (Incorrect Spelling Of Medicines Eluding Researchers) – variants in the spellings of drug names in PubMed : a database review ». Des chercheurs anglais ont fait des requêtes sur PubMed avec des dénominations médicamenteuses. Il existe dans les… Continuer la lecture
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Comment les lecteurs découvrent les publications académiques ? Les réseaux sociaux vont-ils dépasser les bases de données ?
Ce rapport anglais de 66 pages a été réalisé par une société de consultants en publications acédémiques : Simon Inger Consulting. Il est d’accès libre sur leur site. Plus de 40 000 personnes ont été interrogées entre septembre et décembre 2015. Les soutiens : « This research would not have been possible without the support of Annual Reviews, American Theological Library… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Recherche documentaire
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PubMed (Medline) dépisterait les duplications ? Avez-vous des infos…car j’ai des doutes.
En lisant un court article dans Cancer Nursing: An international journal for cancer care (May/June é016), intitulé « Duplicate publishing in 2016: Protecting our literature could protect our patients », j’ai été surpris par ce paragraphe : « Quite recently, we were contacted by an editor of another professional journal seeking to alert us to a situation of duplicate publishing. The authors of… Continuer la lecture
Publié dans Double publication, Recherche documentaire
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Littérature scientifique en santé : LiSSa est une base bienvenue pour les recherches documentaires en langue française
Il s’agit certainement de la base de données bibliographique en santé et en langue française la plus complète. Elle s’appelle LiSSa pour Littérature Scientifique en Français, et accessible sur http://www.lissa.fr/. Je cite « Cette base de données comprend aujourd’hui plus de 800 000 références issues de PubMed mais aussi de 72 journaux scientifiques qui n’y figurent pas et de 53 qui… Continuer la lecture
Publié dans Cocorico, Recherche documentaire
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Arrêtez de bidouiller PubMed en croyant faire une recherche documentaire : trop de revues ‘open access’ ne sont pas dans les bases
Je ne crois pas qu’il soit possible de faire une recherche documentaire sans l’aide d’un spécialiste. Par spécialiste, j’entends un professionnel de la recherche et j’exclue ceux qui ont appris PubMed en 1 h 30 ! Allez lire un article publié dans une excellente revue PeerJ, que j’évoque rarement, mais que j’aime bien. Le titre de l’article (19 mai 2015)… Continuer la lecture
Publié dans Recherche documentaire
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Politique de MEDLINE pour : Errata, Retractions, Partial Retractions, Corrected and Republished Articles, Duplicate Publications, Comments (including Author Replies), Updates, Patient Summaries, and Republished (Reprinted) Articles
Les auteurs ne comprennent pas toujours les subtilités entre tous ces concepts, mais rassurez-vous, trop de rédacteurs ne comprennent pas ! MEDLINE a encore mis à jour quelques points de sa politique pour définir correctement tous ces termes… Et tout est très bien codifié, avec des exemples bien faits, et tous les liens utiles. Il faut bien différencier : Les… Continuer la lecture
Publié dans Double publication, Recherche documentaire, Recommandations, Rétractation
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Les chercheurs oublient plus vite les articles que dans le passé ! Car il y en a beaucoup trop…
C’est un article difficile à lire et qui a reçu une certaine publicité (Slate France par exemple). Cet article conforte des hypothèses que nous avons, à savoir que les articles sont cités sur une courte période et ensuite oubliés totalement…. Article publié dans ArXiv, Physique et avec un titre « Attention decay in science » que l’on peut traduire par ‘Détérioration de… Continuer la lecture
Publié dans Archives, Biais, Citations, Recherche documentaire
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Cismef : SIGAPS pour interroger PubMed
Je remercie P Avillach et S Darmoni qui m’ont associé à leur travail pour valider une requête Medline/PubMed limitée aux meilleurs articles. En pratique, pour limiter les requêtes PubMed, il existe les Core Clinical Journals : une liste de 119 revues qui n’est pas souvent actualisée. L’équipe de Cismef (CHU de Rouen) a développé des requêtes limitées aux revues classées… Continuer la lecture
Publié dans Recherche documentaire
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Google Scholar contiendrait trop de science non évaluée par les pairs, voire de pseudo-science : vont-ils corriger cela ?
Il faut faire confiance à Jeffrey Beall qui essaye de dénoncer les revues dites prédatrices, c’est à dire ces revues éphémères demandant aux auteurs de payer pour publier et qui font croire qu’elles pratiquent un peer review. Son billet du 4 novembre 2014 a pour titre « Google Scholar is filled with junk science ». Eh bien, la plupart de ces revues… Continuer la lecture
Publié dans Prédateurs, Recherche documentaire
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Deux nouveaux outils CISMeF à tester pour une recherche documentaire : bonne nouvelle avec BDBfr
La recherche documentaire nécessite de maîtriser les outils, et aussi de savoir en quelle langue, nous effectuons nos recherches. Nous avons reçu un email de l’équipe de Rouen, dirigée par Stephan Darmoni, avec de bonnes nouvelles : « En avant première, vous pouvez utiliser deux nouveaux outils de CISMeF et du Service d’Informatique Biomédicale du CHU de Rouen : 1/ BDBfr,… Continuer la lecture
Publié dans Recherche documentaire
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« Post-publication peer review » : deux initiatives qui marchent, PubPeer et PubMed Commons
J’ai déjà évoqué PubMedCommons, et cette application se développe depuis bientôt un an. Le « post-publication peer review » consiste en commentaires sur les articles publiés, et cela contribue à des forums utiles. Un de mes articles a été commenté, et cela était constructif. Un site se développe vite, il s’agit de PubPeer, et c’est avec le même objectif. Vous rentrez dans… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Citations, Peer review, Recherche documentaire
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Une revue de la littérature doit obligatoirement être faite avec la collaboration d’un documentaliste
Excellent ‘Viewpoint’ du JAMA le 10 septembre 2104 : « Quand les auteurs résument la littérature, une tendance naturelle est de sélectionner des articles qui justifient leurs opinions ». C’est très vrai, même si des experts ne veulent pas vraiement l’admettre. Cet article du JAMA est en accès libre, et le titre est : Engaging medical librarians to improve the quality of… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Méthodologie de recherche, Recherche documentaire
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Combien les universités payent pour les abonnements aux revues scientifiques ?
Ce sujet est sensible, car les grandes maisons d’éditions pratiquent des prix sous forme d’abonnements groupés (appelés bundles). Les négociations permettent de soutenir des revues qui n’auraient pas d’abonnés et disparaîtraient probablement. Une étude dans PNAS (16 juin 2014), relayée par Science a montré que certaines universités payeraient le double en comparaison avec d’autres, et en considérant un prix rapporté… Continuer la lecture
Publié dans Recherche documentaire, Vie et mort des journaux
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Publications des recherches sur les systèmes de santé : la France vraiment à la traîne ?
Long article (20 pages) sur la scientométrie dans le domaine des publications sur les recherches sur les systèmes de santé. C’est le travail d’une équipe chinoise publié le 5 juin 2014 dans une revue en Open Access « Health research policy and systems » du groupe BMC. Ils ont évalué les 35 819 publications depuis 1900 dans la base Web of Science,… Continuer la lecture
Publié dans Histoire, Méthodologie de recherche, Recherche documentaire
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PubMed devient un forum de discussion ?
PubMed Commons, est un projet pilote qui va vite atteindre maturité : des commentaires sont désormais possibles sur les articles via PubMed depuis le mois de décembre 2013. Je n’ai pas encore réellement testé et certains d’entre vous ont certainement une expérience à me communiquer. J’ai la chance d’avoir l’avis de Mme P Volland Nail, de Tours (biologiste, ancienne ingénieure… Continuer la lecture
Publié dans Recherche documentaire
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Beau travail français : les résultats d’essais sont mieux décrits dans le registre ClinicalTrials.gov, en comparaison avec les publications !
Excellent article qui a été médiatisé car il apporte des données nouvelles et fondamentales : Les résultats des essais, les événements indésirables particulièrement les graves, sont mieux rapportés dans ClinicalTrials.gov que dans la publication.Un argument de plus pour montrer que la publication est une vue déformée de la science ! Cette vérité est gênante. Allez lire ces 12 pages de… Continuer la lecture
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Beau travail français : les résultats d’essais sont mieux décrits dans le registre ClinicalTrials.gov, en comparaison avec les publications !
Excellent article qui a été médiatisé car il apporte des données nouvelles et fondamentales : Les résultats des essais, les événements indésirables particulièrement les graves, sont mieux rapportés dans ClinicalTrials.gov que dans la publication.Un argument de plus pour montrer que la publication est une vue déformée de la science ! Cette vérité est gênante. Allez lire ces 12 pages de… Continuer la lecture
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Une taxonomie des mauvaises publications des rapports d’études : bravo D Altman et le réseau EQUATOR pour cet atelier
Avant le congrès du peer review, EQUATOR a organisé un meeting (7 septembre 2013) d’une centaine de personnes pour discuter des objectifs de ce réseau. Le programme et les diapos de cet atelier sont consultables. Doug Altman, Oxford, a présenté la problématique de la non publication, de la non disponibilité des résultats des études cliniques… vaste sujet puisque Iain Chalmers… Continuer la lecture
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EndNote, Zotero ou Mendeley : Elsevier vient d’acheter l’un des 3 systèmes pour gérer vos références
Pour gérer nos références, il existe un grand nombre de logiciels. En 2010, nous avions présenté une comparaison des ces logiciels. En 2013, trois semblent dominer le marché, mais je n’en suis pas sûr. L’historique est EndNote (ThomsonReuteurs) d’accès payant, et qui a su s’adapter à l’apparition des nouvelles technologies, et du web. Deux autres, plus récents, sont Zotero et… Continuer la lecture
Publié dans Recherche documentaire
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Comment sélectionner nos lectures ? Sur titre, résumé ou sur les deux à la fois ?
Article original publié en mars 2013 par des américains de Washington et Baltimore lors du screening d’articles pour faire des revues systématiques dans le domaine du cancer du sein. Deux médecins ont été les ‘investigateurs ». La revue : « Clinical EPidemiology » chez Dove Press, en accès libre. Ils ont comparé 2 méthodes de screening, à partir d’un corpus de 2965 citations… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Recherche documentaire
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