Archives de catégorie : RBD

Covid-19 : caractérisation du variant XD, issu d’une recombinaison entre Delta et Omicron

Une étude dirigée par des chercheurs de l’Institut Pasteur de Paris rapporte les premières données épidémiologiques, virologiques et biologiques concernant le variant XD du SARS-CoV-2, issu de la recombinaison entre les variants Delta et Omicron. Ces travaux, supervisés par Étienne Simon-Lorière, responsable du groupe ‘Génomique évolutive des virus à ARN’ à l’Institut Pasteur, ont été …

Continuer la lecture

Publié dans anticorps, anticorps monoclonaux, anticorps neutralisants, AY.4, BA.1, BA.2, biologiqe moléculaire, breakpoints, coronavirus, COVID-19, Delta, échappement immunitaire, Gènétique, Génétique - Biologie moléculaire, génome viral, Immunologie, neutralisation, Omicron, points de cassure, protéine spike, RBD, recombinaison génétique, SARS-CoV-2, sous-lignage, spike, template switching, vaccin, vaccination, variant XD, variants, Virologie, virus recombinant | Commentaires fermés sur Covid-19 : caractérisation du variant XD, issu d’une recombinaison entre Delta et Omicron

Dans le sillage d’Omicron, les singularités de BA.2

L’ascension du variant Omicron (B.1.1.529) a été fulgurante dans de nombreux pays. Initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud en novembre 2021, ce nouveau variant du SARS-CoV-2 est aujourd’hui présent dans au moins 67 pays. Ce variant préoccupant est composé de trois sous-lignages désignés BA.1 (majoritaire), BA.2 et BA.3 (très peu détecté). Un …

Continuer la lecture

Publié dans ACE2, anticorps, anticorps neutralisants, biologie, Biologie humaine, bronche, cellule, charge virale, coronavirus, COVID-19, délétion, Delta, domaine de liaison au récepteur, dynamique virale, échappement immunitaire, épidémiologie, épithélium nasal, évasion immunitaire, fusion membranaire, Immunologie, modèle animal, mutation, Omicron, pathogénicité, PCR, poumon, protéine spike, pseudovirus, RBD, récepteur ACE2, réplication virale, RT-PCR, SARS-CoV-2, séquence génomique, spike, TMPRSS2, transmissibilité, Vaccinologie, variant, variants, Virologie, virus | Commentaires fermés sur Dans le sillage d’Omicron, les singularités de BA.2

Omicron : une biologie et une dynamique virale différentes de celles observées chez les précédents variants

Dans ce billet de blog, je vous invite, à travers les données issues d’articles publiés ces dernières semaines, à comprendre les moyens utilisés par la recherche pour explorer les propriétés biologiques et virologiques d’Omicron. Celles-ci révèlent en quoi ce nouveau variant du SARS-CoV-2 est atypique. L’objectif des chercheurs est de comprendre comment les multiples mutations …

Continuer la lecture

Publié dans ACE2, anticorps, anticorps neutralisants, Biologie humaine, biologie structurale, bronche, cathepsine, cellule, charge virale, conformation, coronavirus, cryo-EM, cryomicroscopie électronique, délétion, Delta, domaine amino-terminal, domaine de liaison au récepteur, durée d'excrétion, dynamique virale, échappement immunitaire, ectodomaine, effet épistatique, épistasie, épithélium nasal, épitopes, évasion immunitaire, excrétion virale, fusion membranaire, IFITM, Immunologie, mutation, Omicron, particules virales, PCR, peptide de fusion, poumon, protéine spike, protomère, pseudovirus, RBD, récepteur ACE2, réplication, réplication virale, RT-PCR, SARS-CoV-2, séquence génomique, sites antigéniques, sous-unité S1, sous-unité S2, spike, TMPRSS2, transmissibilité, trimère, variant, variants, Virologie, virus, voie endosomale | Commentaires fermés sur Omicron : une biologie et une dynamique virale différentes de celles observées chez les précédents variants

Comment le SARS-CoV-2 peut évoluer en variant préoccupant chez un individu immunodéprimé

C’est l’histoire d’une femme sud-africaine d’une trentaine d’années, atteinte du sida. Elle est admise en septembre 2020 dans un hôpital de Durban pour des symptômes qui ont débuté douze jours auparavant. Cette patiente présente une gêne respiratoire, un mal de gorge, de la toux. Le test RT-PCR pour le SARS-CoV-2 effectué sur le prélèvement nasopharyngé …

Continuer la lecture

Publié dans antirétroviraux, bêta, charge virale, coronavirus, déficit immunitaire, délétions, Delta, domaine NTD, domaine RBD, évolution intra-hôte, évolution intra-patient, immunodépression, immunodéprimé, Immunologie, immunosuppression, Infectiologie, infection à VIH, mutations, NTD, Omicron, patients immunodéprimés, personnes vulnérables, protéine S, protéine spike, RBD, SARS-CoV-2, séquençage génomique, sida, spicule, traitement antirétroviral, traitement immunosuppresseur, trithérapie, vaccination, variants, vih, Virologie | Commentaires fermés sur Comment le SARS-CoV-2 peut évoluer en variant préoccupant chez un individu immunodéprimé

Variant Omicron : un risque d’échappement immunitaire

Le moins qu’on puisse dire est que le nouveau variant Omicron initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud inquiète les spécialistes. Une étude, publiée sous forme de preprint sur le site medRxiv, rapporte un risque accru de réinfection associé à ce nouveau variant du SARS-CoV-2. En d’autres termes, Omicron présente une capacité accrue …

Continuer la lecture

Publié dans ACE2, afrique du sud, alpha, anticorps, bêta, breakthrough Infections, coronavirus, COVID-19, Delta, domaine de liaison au récepteur, échappement immunitaire, épidémiologie, immunité naturelle, immunité vaccinale, infections post-vaccinales, nouveau variant, NTD, Omicron, RBD, récepteur ACE2, réinfection, SARS-CoV-2, taux de reproduction effectif, transmissibilité, vaccin, vaccination, vague, variant, Virologie | Commentaires fermés sur Variant Omicron : un risque d’échappement immunitaire

Covid-19 : ce qu’on sait et ce qu’on ignore sur le nouveau variant Omicron (B.1.1.529)

Après le variant Delta (ex-variant B.1.1.7 dit britannique), le variant Beta (ex-variant sud-africain B.1.351), le variant Gamma (ex-variant P.1 dit brésilien), c’est donc au tour d’un autre variant du SARS-CoV-2, dénommé Omicron (ou variant B.1.1.519), de faire les gros titres de la presse internationale et d’occuper le devant de la scène sur les chaînes d’info …

Continuer la lecture

Publié dans Afrique australe, afrique du sud, analyse phylogénétique, B.1.1.529, Botswana, cas clinique, constellation de mutations, coronavirus, COVID-19, délétion, Divers, domaine amino-terminal, domaine de liaison au récepteur, domaine N-terminal, échappement immunitaire, épidémiologie, épitopes, évolution intra-hôte, évolution virale accélérée, gestes barrières, immunodéprimés, Immunologie, immunosuppression, infection prolongée par le SARS-CoV-2, insertion, MESURES BARRIERES, mesures non pharmaceutiques, NTD, Omicron, pateints immunodéprimés, PCR, profil mutationnel, protéine S, protéine spike, pseudovirus, RBD, SARS-CoV-2, séquençage génomique, spicule, variant, Variant Of Concern, variant préoccupant, vih, Virologie, virus du sida, VOC | Commentaires fermés sur Covid-19 : ce qu’on sait et ce qu’on ignore sur le nouveau variant Omicron (B.1.1.529)

Des coronavirus de chauves-souris très proches du SARS-CoV-2 identifiés au Laos

Des chercheurs de l’Institut Pasteur rapportent avoir identifié, au nord du Laos, des coronavirus de chauves-souris dont il apparaît qu’ils représentent à ce jour les ancêtres les plus proches du SARS-CoV-2, responsable de la Covid-19. Cette étude est un élément possiblement très important dans la quête du réservoir naturel de l’agent viral responsable de la …

Continuer la lecture de « Des coronavirus de chauves-souris très proches du SARS-CoV-2 identifiés au Laos »

Continuer la lecture

Publié dans ACE2, BANAL, BANAL-236, Betacoronavirus, chauve-souris en fer à cheval, chauves-souris, coronavirus, échantillons fécaux, écouvillonnage rectal, fèces, formation karstique, génome viral, grottes, identité génétique, Laos, Mekong, origine, pangolin, parenté génétique, prélèvements anaux, prélèvements rectaux, protéine S, protéine spike, province de Vientiane, pseudovirus, R. affinis, R. malayanus, R. marshalli, R. pusillus, R. shameli, RaTG13, RBD, récepteur ACE2, récepteur cellulaire, récepteur humain ACE2, receptor binding domain, recombinaisons génétiques, reliefs karstiques, Rhinolophus, Rhinolophus affinis, sarbecovirus, similitude génétque, site de clivage de la furine, souches virales, spicule, Virologie, virus émergent, Yunnan, zoologie | Commentaires fermés sur Des coronavirus de chauves-souris très proches du SARS-CoV-2 identifiés au Laos

Covid-19 : infection par le SARS-CoV-2 durant sept mois chez une patiente porteuse du VIH

L’histoire se déroule en Afrique du Sud et concerne une femme de 36 ans admise dans un hôpital de Durban en septembre 2020 pour un mal de gorge, de la toux et une gêne respiratoire. Ce cas clinique a été rapporté le 4 juin 2021 sur le site de prépublication medRxiv par l’équipe d’Axel Sigal …

Continuer la lecture de « Covid-19 : infection par le SARS-CoV-2 durant sept mois chez une patiente porteuse du VIH »

Continuer la lecture

Publié dans antirétroviraux, charge virale plasmatique, coronavirus, déficit immunitaire, délétions, évolution intra-hôte, évolution intra-patient, immunodépression, immunodéprimé, immunosuppression, Infectiologie, infection à VIH, mutations, NTD, patients immunodéprimés, personnes vulnérables, protéine S, protéine spike, RBD, SARS-CoV-2, séquençage génomique, sida, spicule, traitement antirétroviral, traitement immunosuppresseur, trithérapie, vaccination, vih, Virologie | Commentaires fermés sur Covid-19 : infection par le SARS-CoV-2 durant sept mois chez une patiente porteuse du VIH

Covid-19 : moindre sensibilité du variant indien B.1.167.2 aux vaccins et aux anticorps monoclonaux

Une étude française montre que le variant indien B.1.167.2 présente de façon significative une moindre sensibilité aux anticorps neutralisants développés par des patients Covid-19 convalescents ou produits après vaccination. L’originalité de cette étude, parue le 27 mai 2021 sur le site de prépublication bioRxiv, tient notamment au fait que les chercheurs n’ont pas utilisé de …

Continuer la lecture de « Covid-19 : moindre sensibilité du variant indien B.1.167.2 aux vaccins et aux anticorps monoclonaux »

Continuer la lecture

Publié dans Angleterre, anticorps monoclonaux, AstraZeneca, B.1.167.1, B.1.167.2, B.1.167.3, clusters, coronavirus, épidémiologie, foyers de contamination, inde, Infectiologie, mutations, NTD, Pfizer, protéine S, protéine spike, RBD, royaume uni, SARS-CoV-2, séroneutralisation, spicule, vaccin, Vaccinologie, variant, variant indien, variants indiens, variants préoccupants, Virologie, VOC | Commentaires fermés sur Covid-19 : moindre sensibilité du variant indien B.1.167.2 aux vaccins et aux anticorps monoclonaux

La piste d’un vaccin universel anti-coronavirus

Plusieurs études récemment publiées indiquent que le développement d’un vaccin capable de reconnaître des cibles communes à plusieurs familles de coronavirus animaux et humains serait un objectif atteignable sur le plan scientifique. En d’autres termes, créer un vaccin universel anti-coronavirus semble donc possible. Les coronavirus responsables du SARS (syndrome respiratoire aigu sévère), du MERS (syndrome …

Continuer la lecture de « La piste d’un vaccin universel anti-coronavirus »

Continuer la lecture

Publié dans adjuvant, anticorps neutralisants, anticorps neutralisants à large spectre, ARN messager, Betacoronavirus, chauves-souris, coronavirus, COVID-19, domaine de liaison au récepteur, domaine RBD, ferritine, immunité cross-neutralisante, Immunologie, Infectiologie, macaques, nanoparticules, nanoparticules de ferritine, nanoparticules lipidiques, nanoparticules mosaïques, nouveaux variants, pandémie, protéine S, protéine spike, pseudovirus, RBD, receptor binding domain, recherche animale, SARS-CoV-1, SARS-CoV-2, singe, souris, vaccin à ARN messager, vaccin pan-coronavirus, vaccin universel anti-coronavirus, vaccination, Vaccinologie, Virologie | Commentaires fermés sur La piste d’un vaccin universel anti-coronavirus

Covid-19 : ce qu’il faut savoir sur le variant brésilien P.1

Au Brésil, l’épidémie de Covid-19 est aujourd’hui dominée par plusieurs lignées virales SARS-CoV-2 qui ont toutes en commun de posséder la mutation E484K dans la protéine S (spike ou spicule), qui permet au virus de se fixer sur les cellules qu’ils infectent. Cette mutation est problématique dans la mesure où elle peut contribuer à un …

Continuer la lecture de « Covid-19 : ce qu’il faut savoir sur le variant brésilien P.1 »

Continuer la lecture

Publié dans ACE2, activité neutralisante, Amazonas, analyse phylogénétique, anticorps, anticorps monoclonaux, anticorps neutralisants, B.1.1.7, B.1.351, brésil, contagiosité, coronavirus, COVID-19, D614G, domaine NTD, domaine RBD, domaine RBM, E484K, écepteur ACE2, échappement immunitaire, épidémiologie, Immunologie, Infectiologie, K417N/T, létalité, Manaus, mutations, N.10, N.9, N501Y, neutralisation, P.2, pathogénicité, pouvoir neutralisant, protéine S, protéine spike, RBD, RBM, SARS-CoV-2, séquençage génomique, spicule, transmissibilité, vaccin, vaccination, variant anglais, variant brésilien, variant britannique, Variant Of Concern, variant P.1, variant sud-africain, variants d’intérêt, Variants Of Interest, variants préoccupants, Virologie, virus, VOC, VOI | Commentaires fermés sur Covid-19 : ce qu’il faut savoir sur le variant brésilien P.1

Covid-19 : vaccins et nouveaux variants, quel impact ?

Des chercheurs sud-africains rapportent 19 janvier 2021 sur le site de prépublication bioXriv des résultats indiquant que les mutations présentes dans le variant sud-africain 501Y.V2 lui confèrent la possibilité d’échapper à l’activité neutralisante des anticorps produits lors d’une infection naturelle, voire post-vaccination. Rappel : la protéine S (spike, spicule) de surface du coronavirus SARS-CoV-2 se …

Continuer la lecture de « Covid-19 : vaccins et nouveaux variants, quel impact ? »

Continuer la lecture

Publié dans 501.V3, 501Y.V.2, 501Y.V1, activité neutralisante, afrique du sud, anticorps monoclonaux, anticorps polyclonaux, B.1.1.7, B1.1.28, brésil, coronavirus, délétion, domaine N-terminal, E484K, émergence de nouveaux variants, Gènétique, immunité, Immunologie, Infectiologie, K417N/T, mutations, N501Y, nouveau variant, nouveaux variants, NTD, plasma, protéine S, protéine spike, pseudovirus, RBD, receptor binding domain, royaume uni, SARS-CoV-2, sérum, système immunitaire, Vaccinologie, variant anglais, variant brésilien, variant britannique, Virologie, VOC 202012/01 | Commentaires fermés sur Covid-19 : vaccins et nouveaux variants, quel impact ?

Covid-19 : le défi des nouveaux variants

Depuis quelques jours, les données concernant les variants du coronavirus SARS-CoV-2, qu’ils soient britanniques, sud-africain, brésilien, voire possiblement américain, se succèdent à un rythme soutenu. Ces informations sont publiées sur des sites de prépublication en attendant d’être évaluées par les pairs et faire l’objet d’une publication dans une revue scientifique. D’autres résultats sont postés en …

Continuer la lecture de « Covid-19 : le défi des nouveaux variants »

Continuer la lecture

Publié dans 501Y.V2, afrique du sud, Amazonas, Angleterre, B.1.1.7, brésil, circulation virale, coronavirus, COVID-19, Danemark, E484K, émergence de nouveaux variants, épidémiologie, État d’Amazonas, Etats-Unis, gestes barrirères, Illinois, Infectiologie, K417N, K417T, lignage B.1.1.28, lignage B.1.1.33, lignage B.1.1.7, lignage B.1.351, Manaus, MESURES BARRIERES, mutations, N501Y, nouveaux variants, Ohio, protéine spike, RBD, résultats RT-PCR discordants, royaume uni, RT-PCR, SARS-CoV-2, SGTF, spicule, vaccin, vaccins à ARN messager, vaccins anti-Covid-19, variant américain, variant anglais, variant brésilien, variant britannique, Variant Of Concern, variant P.1, variant sud-africain, variants, Virologie, VOC, VOC 202012/01, VUI 202101/01 | Commentaires fermés sur Covid-19 : le défi des nouveaux variants

Inventaire de mutations d’une région cruciale du SARS-CoV-2 influant sur la réponse en anticorps

Une équipe de chercheurs américains a établi une cartographie de toutes les mutations entraînant un changement d’acide aminé dans une petite région de la protéine spike de l’enveloppe du SARS-CoV-2. Baptisée RBD (domaine de fixation au récepteur, receptor binding domain), cette zone est celle qui permet au coronavirus de s’arrimer au récepteur ACE2 présent sur …

Continuer la lecture de « Inventaire de mutations d’une région cruciale du SARS-CoV-2 influant sur la réponse en anticorps »

Continuer la lecture

Publié dans activité neutralisante, anticorps, capacité de fixation, capacité de liaison des anticorps, coronavirus, COVID-19, domaine de liaison au récepteur, échappement immunitaire, épitopes, Gènétique, Infectiologie, liaison des anticorps, lignage, motif de liaison au récepteur, mutation, mutations, mutations RBD, neutralisation, nouveaux variants, pouvoir neutralisant, protéine spike, RBD, RBM, SARS-CoV-2, sérum, spicule, spike, variant anglais, variants, Virologie, virus | Commentaires fermés sur Inventaire de mutations d’une région cruciale du SARS-CoV-2 influant sur la réponse en anticorps

Covid-19 : nouvelles données sur la persistance des anticorps anti-SARS-CoV-2

Deux études indépendantes, canadienne et américaine, indiquent que les anticorps spécifiquement dirigés contre le SARS-CoV-2 persistent au moins trois mois chez des patients Covid-19 après le début des symptômes. Les résultats de ces travaux ont été publiés le 8 octobre 2020 dans la revue Science Immunology. On sait que les anticorps jouent un rôle important …

Continuer la lecture de « Covid-19 : nouvelles données sur la persistance des anticorps anti-SARS-CoV-2 »

Continuer la lecture

Publié dans ACE2, anticorps, anticorps neutralisants, coronavirus, COVID-19, immunité, Immunologie, Infectiologie, protéine S, protéine skipe, RBD, réponse cellulaire, réponse humorale, réponse immune, SARS-CoV-2, système immunitaire, Virologie | Commentaires fermés sur Covid-19 : nouvelles données sur la persistance des anticorps anti-SARS-CoV-2