Systémique médicale
Boules de Fourrure
Archives de catégorie : Preprint
COVID-19 : éthique et intégrité ont été oubliées devant la précipitation pour publier
Je remercie mes deux co-auteurs, B Plaud et E Caumes, qui m’ont aidé pour formaliser nos impressions sur les rôles de revues scientifiques pendant la pandémie. Les revues ont fait de leur mieux pour gérer les urgences, avec une pénurie de relecteurs, et dans un contexte parfois accusateur. Je remercie La Presse Médicale Formation pour les relectures et l’acceptation de… Continuer la lecture
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Prépublications : politiques très variables des serveurs et bilan de la première année de medRxiv
Ce sont deux lettres dans le JAMA du 10 novembre 2020 qui apportent de bonnes informations sur les prépublications. Les pratiques de 57 serveurs de prépublications, hébergeant 3 millions de manuscrits, ont été évaluées par un groupe de chercheurs, dont l’équipe METRICS en Californie. Les pratiques de contrôle avant mise en ligne d’un manuscrits sont très variables. Ce sont 47… Continuer la lecture
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La crédibilité des pré-publications est bonne, mais la transparence et l’accès aux données sont plus importants
C’est une belle étude parue en octobre 2020 dans la revue ‘Royal Society Open Science’ avec le titre : « Credibility of preprints: an interdisciplinary survey of researchers ». C’est un travail de l’équipe de B Nosek, qui dirige le centre pour l’accès ouvert à Charlottesville. En 2019, ils ont interrogé des chercheurs de toutes disciplines sur la crédibilité des pré-publications. Ils… Continuer la lecture
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COVID-19 : Un site pour le peer-review de prépublications à suivre en attendant une pérennité du projet
Il s’agit d’une initiative intéressante, qui pourrait être étendue à tous les articles, car actuellement, seuls des préprints COVID-19 sont évalués. Voici une traduction d’extraits de la page de garde : Rapid Reviews : COVID-19 est une revue en libre accès qui accélère l’examen par les pairs des prépublications de la recherche liée à COVID-19 afin de faire progresser les… Continuer la lecture
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L’utilisation des pré-publications en médecine devrait être très prudente… car des risques existent
C’est un éditorial du BMJ le 17 août 2020 qui revient sur cette question controversée de l’utilisation des pré-publications en médecine. Il faudrait évaluer le rapport entre les bénéfices et les risques de ces manuscrits non relus par des pairs. Je fais attention, et je n’en cite pas trop… PRUDENCE. Apparus en 1990 en physique, en 2013 en biologie, la… Continuer la lecture
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Les preprints ont été adoptés par la communauté médicale.. COVID-19 est passé par là…
Depuis quelques années, la médecine a été méfiante vis-àvis de l’arrivée des preprints. Le développement de l’archive médicale medRxiv a été laborieux, pris du temps. Finalement medRxiv a été ouvert mi-2019, mais son acceptation a été boostée par la COVID-19. Une analyse des politiques de 100 revues cliniques de plus de 5 de facteur d’impact nous montre que 86 revues… Continuer la lecture
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10 conseils pour bien soumettre votre preprint
A l’occasion de la pandémie à SARS-CoV-19, de nombreux scientifiques ont découvert ce qu’étaient les préprints ou prépublications, ces manuscrits qui n’ont pas encore été soumis à une revue. La communauté médicale a découvert la plateforme medRxiv qui contient le plus grand nombre de preprints. Fin mai 2020, un bon article de Nature Index présente les « 10 tips for submitting… Continuer la lecture
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COVID-19 : les anglais (BMJ et Lancet) reviennent dans la compétition en montrant que hydroxychloroquine ne marche pas
Deux articles dans le BMJ n’ont pas montré d’efficacité de l’hydroxychloroquine… puis The Lancet… mais attendons encore des résultats d’au tres essais randomisés. Ces deux articles BMJ ont été déposés sous forme de préprints le même jour, 14 avril 2020, sur medRxiv, et publiés le même jour (14 mai). Ce sont des essais académiques. Le travail du BMJ est tout… Continuer la lecture
COVID-19 : diminution de 50 % des délais entre soumission et publication pour des revues de spécialités
Il s’agit d’un preprint, donc non reviewé, mais dont les méthodes semblent correctes. Il a été déposé le 18 avril 2020 sur bioRxiv, et n’est pas encore publié dans une revue. Cet auteur hollandais a considéré 14 revues scientifiques et analysé les délais soumission publication des articles avant et après COVID-19. Ce sont des revues de spécialités, dont cetaines revues… Continuer la lecture
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COVID-19 : les serveurs de préprints semblent avoir été vigilants, ayant même refusé des preprints !
Une news de Nature du 7 mai 2020 revient sur le fonctionnement des serveurs de préprints pandant la pandémie du virus SARS-CoV-2. L’article commence par une anecdote : le serveur bioRxiv aurait refusé de mettre en ligne un préprint, ca qui n’est normalement jamais fait par ces serveurs. Un serveur peut refuser de déposer un préprint si l’article n’est pas… Continuer la lecture
COVID-19 : appel pour trouver des reviewers d’articles rendant des avis en 5 jours
Nous avons souvent évoqué ces publications très rapides par de nombreuses revues, parfois 48 heures après la soumission. Comment faire un peer-review, demander aux auteurs de réviser leur article aussi vite ! Le summum étant les publications de complaisance du Dr D Raoult… avec son salon de ses articles refusés. Sous l’égide de l’Open Access Scholarly Publishers Association (OASPA), un… Continuer la lecture
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COVID-19 : la pérennité de l’archive ouverte medRxiv est assurée.. mais la moitié de ces préprints seront ultérieurement publiés par des revues à comité de lecture
Avec la COVID-19, nous avons découvert l’acceptation des préprints par la communauté médicale. Le serveur medRxiv devient une référence, mais combien de préprints ont été déposés depuis janvier, et donneront-ils lieu à publication, et dans quelles revues ? Amis documentalistes, vous en savez beaucoup plus que moi : vos commentaires SVP !! MERCI COMBIEN de préprints ‘COVID-19 et SARS-CoV-2’ ?… Continuer la lecture
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COVID-19 : les préprints ont envahi la médecine… avec un départ fulgurant…c’est bien, mais les médias n’ont rien compris
Le « manuscrit auteur » est la version initiale du compte rendu de recherche, avant soumission à une revue. Cette version qui précède l’évaluation par un comité de rédaction est appelée « prépublication, préprint ou preprint ». Elle ne comprend ni les modifications que fera l’auteur après le peer-review, ni les corrections et la mise en page de l’éditeur. En décembre 2107, j’ai évoqué… Continuer la lecture
L’archive médicale pour les preprints est lancée, en retard sur les autres disciplines scientifiques
Le serveur de preprints pour les sciences médicales arrive, alors que le sujet est encore controversé. Le projet associe trois partenaires : Cold Harbor Laboratory, le BMJ et l’université Yale. Ce projet n’est plus exactement celui qui avait été annoncé en septembre 2017 lors du congrès du Peer Review. Il s’appellalt MadArXiv. L’annonce venait de Yale. Bien qu’annoncé, le projet… Continuer la lecture
Dans quelles revues sont publiés les preprints déposés sur bioRxiv ?
L’archive bioRxiv est le serveur pour déposer les preprints de biologie. Lorsqu’un preprint est déposé, il est destiné à être publié dans une revue scientifique avec un comité de lecture. Ce preprint peut être actualisé, et les auteurs peuvent corriger le preprint. S’il est ensuite accepté par une revue, il faut que les citations soient explicites : sur le preprint,… Continuer la lecture
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Non aux preprints pour des revues d’orthopédie
Dans le domaine de la médecine, des voix s’élèvent pour ne pas accepter les preprints.. et cette fois-ci, ce sont 4 revues prestigieuses d’orthopédie qui publient un éditorial commun début 2019((voir tirte dans l’image de gauche). Cet éditorial rappelle d’abord la sacro-sainte règle d’Ingelfinger, un ancien rédacteur en chef du NEJM qui avait institué cette règle : une revue scientifique… Continuer la lecture
Les remerciements avec des mots de gratitude apparaissent dans 32 % des essais randomisés et sont plutôt le fait des femmes, de pays protestants….
Il s’agit d’un preprint déposé le 25 décembre 2018 sur le registre PsyArXiv hébergé par OSF, Charlottesville, USA. Les auteurs sont hollandais, et ils ont analysé automatiquement 90 163 essais randomisés contrôlés (ECR); 5 % des ces ECR étaient dans des revues de chirurgie, et la médiane des années de publication était 2011. Pour s’assurer du sexe (gender) des auteurs,… Continuer la lecture
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Actualisation des recommandations du groupe de Vancouver en décembre 2018 : version française en ligne
Comme chaque année, le groupe de Vancouver actualise les « Recommandations pour la conduite, la présentation, la rédaction et la publication des travaux de recherche soumis à des revues médicales ». La nouvelle version est en ligne sur le site de l’ICMJE, ainsi que la traduction française que j’actualise avec le groupe de Vancouver. Il y a des petits détails qui ont… Continuer la lecture
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La science ouverte : comment les chercheurs français perçoivent ces changements ? Peu familiers avec les preprints
Une enquête a été faite par l’Inserm en juillet 2018, et 343 chercheurs ont répondu. Le site Inserm résume cette enquête (22 novembre 2018), et le rapport de 44 pages est en libre accès, avec une infographie de 2 pages à afficher dans votre bureau. Parmi les répondeurs, 274 étaient statutaires ; 50 % étaient ‘Inserm », 26 % ‘Université’, 9… Continuer la lecture
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Preprints : des recommandations en discussion chez COPE. Bonne idée, mais est-ce que les revues scientifiques françaises acceptent les preprints ?
Je n’ai pas la réponse à cette question et vos avis seraient utiles. J’ai déjà vu un article en français ayant eu un preprint en français…. mais la rédaction ne semble pas au courant…. Je pense que les comités de rédaction de nos revues françaises … Continuer la lecture
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Preprints : des recommandations en discussion chez COPE. Bonne idée, mais est-ce que les revues scientifiques françaises acceptent les preprints ?
Je n’ai pas la réponse à cette question et vos avis seraient utiles. J’ai déjà vu un article en français ayant eu un preprint en français…. mais la rédaction ne semble pas au courant…. Je pense que les comités de rédaction de nos revues françaises doivent se poser la question et définir une politique affichée dans les recommandations aux auteurs…. Continuer la lecture
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Excellente présentation sur les preprints en biologie et médecine à voir sur figshare
Début mai 2018, c’est le meeting annuel du CSE (Council of Science Editors) à New Orleans, et beaucoup de news sur les réseaux sociaux. Une discussion sur les preprints m’a permis de visionner les diapos de John Inglis co-fondateur de bioRxiv et de medRxiv. Le titre : » Preprints in biology and medicine » (14 février 2018). J Inglis travaille à New… Continuer la lecture
Le mouvement des preprints accélère… les articles soumis à PLOS seront déposés dans une archive ouverte
Voici le début d’un billet déposé sur le blog de PLOS le 6 février 2018 ; Public Library of Science (PLOS) and Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) announce an agreement that enables the automatic posting of research articles submitted to PLOS journals on bioRxiv, CSHL’s preprint server for the life sciences. This collaboration between bioRxiv and PLOS empowers authors to… Continuer la lecture
L’archive de preprints en langue française a été créée : il faudrait la soutenir et assurer son avenir
Je remercie Bernard Paquito pour son tweet du 18 janvier 2017 nous informant de la création d’un nouveau registre pour des preprints en langue française. Idée géniale ou projet mal barré ? J’aimerai que ce soit une idée géniale et que le succès suive. Le nom Frenxiv, avec un drapeau français ne représentant pas la francophonie, faut-il un logo plus… Continuer la lecture
PEERJ : un modèle original de revue qui donne satisfaction aux auteurs
La newsletter de PeerJ du 4 décembre 2017 nous apprend que 4000 articles ont été publiés depuis 2013. PeerJ est une revue électronique pour la biologie, la médecine et les sciences de l’environnement. Cette revue me est peu connue parmi les experts que je croise, alors qu’il semble que cette revue fonctionne bien. Elle publie des articles après peer-review et… Continuer la lecture
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Environ 50 % des publications scientifiques, voire plus selon les disciplines, sont en accès libre
Il s’agit d’un preprint déposé le 2 août 2017 sur PeerJ Preprints avec le titre : « The State of OA: A large-scale analysis of the prevalence and impact of Open Access articles ». Les auteurs sont américains, canadiens, allemands,… Avec comme premiers auteurs deux experts de ImpactStory. Cet article est détaillé, avec beaucoup d’informations. 1u 2 janvier 2018, c’est toujours sous… Continuer la lecture
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Une plateforme de publication pour les chercheurs africains, sur le modèle F1000Research
Bonne initiative expliquée dans Nature en novembre 2017 avec une news intitulée : « African scientists get their own open-access publishing platform ». C’est une annonce du 15 novembre par l’African Academy of Science pour un partenariat avec F1000Research. Cette plateforme F1000Research devient très populaire puisqu’elle est utilisée par Wellcome Trust Open Research, par Gates Open Research et d’autres. Il s’agit d’une… Continuer la lecture
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Preprints : la recherche clinique fait de la résistance, mais lutter contre l’ouverture de la science est difficile
Alors que les preprints (déposer sur une plateforme un article avant peer-review) sont devenus la norme dans certaines disciplines (physique, computing,..) et se développent rapidement en sciences sociales et en biologie, le JAMA publie un nouveau ‘viewpoint’ contre les preprints. arXiv.org a été créé en 1991 par Cornell University pour la physique, et contient 1,3 millions de preprints en 2017…. Continuer la lecture
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‘Gates Open Research’, plateforme ouverte de la fondation B & M Gates, est lancée sur le modèle « preprint » de F1000Research
Elle avait été annoncée, et elle arrive vite : le revue « Gates Open Research » utilise le modèle de F1000Research, comme la revue du Welcome Trust qui s’appelle Wellcome Open Research. Les institutions de recherche lancent des plateformes et voudraient prendre le leadership sur les revues des sociétés savantes. Ces revues de sociétés savantes ont adopté un modèle hybride avant d’adopter… Continuer la lecture
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Est-ce que les preprints sont le futur de la biologie, et bientôt de la médecine ? OUI, OUI
J’ai eu du plaisir à la lecture d’un excellent article en accès libre publié par Science fin septembre 2017. Bien documenté avec les bonnes questions. Le titre « Are preprints the future of biology? A survival guide for scientists ». Effectivement, cet article est un guide survie car le phénomène preprints se développe vite. Il existe beaucoup d’archives ouvertes dans toutes les… Continuer la lecture
Publié dans Open access, Preprint
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Merveilleux : les preprints doivent être listés sur vos CV… Ce sont une forme reconnue de publication
C’est une déclaration qui me plait, qui est innovante, mais qui cache probablement des résistances au changement de nos dirigeants…. Si toutes les institutions signataires, et tous leurs chercheurs suivaient ce mouvement, la France serait proche des bonnes pratiques internationales. Nous avons déjà expliqué ce que sont les preprints… avec la déclaration de ASAPBio. En résumé, vous déposez sur un… Continuer la lecture
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Le groupe JAMA se lance dans une méga-revue en Open Access en 2018.. après avoir déclaré sa résistance aux preprints !
Avec retard le groupe JAMA se lance dans lle business de l’Open Access… Un éditorial du 3 octobre annonce le projet et appelle à soumettre des manuscrits. Ce sera le JAMA Network Open… Les lancements de 2 revues hybrides ont conforté le groupe dans cette direction : en 2015, JAMA Oncology et en 2016 JAMA Cardiology. Le rédacteur de JAMA… Continuer la lecture
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Les archives ouvertes de preprints se développent rapidement et deviennent thématiques
Nous avons vu que les preprints se développaient, avec par exemple les explications sur AsapBio, avec des règles simples proposées pour comprendre ce phénomène. Il s’agit d’un article qui n’a pas encore été publié dans une revue, et les résultats deviennent publics. Doit-on traduire par pré-impression, ou pré-publication, ou garder le terme preprint, voire préprint… Qu’en pensent nos amis Québécois… Continuer la lecture
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