Systémique médicale
Boules de Fourrure
Archives de catégorie : Open access
Peer-Review Congress J3: Partage des données.. tout le monde d’accord, mais cela ne marche pas
Session gérée par le nouveau rédacteur du BMJ, Kamran Abassi. La présentation de Daniel G Hamilton (Melbourne, Australie) sur Frequency of Data and Code Sharing in Medical Research: An Individual Participant Data Meta-analysis of Metaresearch Studies a… Continuer la lecture
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RDA pour le partage des données de la recherche et une recherche axée sur les données
RDA pour Research Data Alliance est un réseau très important et méconnu en médecine. Trop de collègues ne réalisent pas encore les avancées rapides (pas assez ou trop rapides ?) dans ce domaine. With over 10000 members from 145 countries, RDA provides … Continuer la lecture
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Méta-science ou ‘recherche sur la recherche’ pour améliorer l’intégrité de la recherche
Le titre de ce billet reprend une idée d’un article de Trials sur les leçons de la pandémie COVID-19. Cet article du 17 août 2022 est le compte rendu d’une conférence de 2020 à McMaster University (Hamilton, Canada). La conférence de D Mohe… Continuer la lecture
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Grandeurs et décadences des revues scientifiques pendant la pandémie de COVID-19
Je remercie F Coulée et E Hirsch qui m’ont invité lors d’un colloque de deux jours sur les enseignements de la pandémie de COVID-19. J’ai enregistré ma communication dans une vidéo mise sur YouTube et je voudrais récapituler dans ce b… Continuer la lecture
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Une bonne ressource sur la science ouverte : le blog de l’Institut Pasteur
J’ai encore constaté le fossé entre les générations quand il s’agit d’évoquer la science ouverte lors de formations à la rédaction scientifique. Les doctorants sont très ouverts et comprennent les exigences ; par contre les séniors ne… Continuer la lecture
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Comprendre la science ouverte : traduction française des outils du projet FOSTER
Ce sont d’excellentes ressources proposées par l’INIST. C’est bien fait. Je n’ai pas suivi le cours (20 h), mais j’ai regardé les 9 pdf des cours. Ces 9 pdf sont longs, documentés avec beaucoup de liens. EXCELLENT !! Par e… Continuer la lecture
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Conseils utiles pour soutenir la science ouverte, car les séniors devraient bouger en récompensant ceux qui ouvrent leurs pratiques
Ce titre a attiré mon attention. Commentaire publié le 22 mars 2022 dans BMC Research Notes. Parmi les 5 auteurs, les 4 premiers sont qualifiés de ‘Co-first author’, et je suppose qu’ils sont séniors. C’est abusif, et les revues… Continuer la lecture
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Science ouverte : recommandations de l’Académie des sciences pour reconsidérer et valoriser l’évaluation de la recherche
Ce rapport de janvier 2022 s’inscrit dans le cadre du deuxième Plan National pour la Science Ouverte et de la conférence OSEC22 à l’occasion de la présidence française de l’Union européenne, avec l’appel de Paris. Ce rapport est… Continuer la lecture
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Sci-Hub est vraiment très très populaire en France !
J’ai repris cette image publiée par Alexandra Elbakyan sur Twitter le 12 février 2022. La fondatrice de Sci-Hub a maintenant un indicateur des téléchargements dans les 30 derniers jours. En valeur absolue, la Chine précède les USA… et la F… Continuer la lecture
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62 % des 166 000 publications scientifiques françaises publiées en 2020 sont en accès ouvert en décembre 2021
Cette phrase est un extrait de la note flash du SIES de janvier 2022. Voici la copie de la présentation sur leur site : Selon l’édition 2021 du Baromètre de la Science Ouverte (BSO), 62 % des 166 000 publications scientifiques françaises publiées en 20… Continuer la lecture
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Anniversaire des 15 ans de PLOS ONE : une grande avancée pour la publication scientifique
PLOS ONE a été la première mégarevue, lancée le 20 décembre 2006, par la bibliothèque de l’Université de Standford. Ce sont 15 ans d’innovations dans le domaine des publications. Pour cet anniversaire, il y a 3 billets sur le blog de PLOS O… Continuer la lecture
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Vaccins COVID-19 : à quand l’accès aux données sources des essais ?
Toute la communauté scientifique évoque sans cesse la mise à disposition des données sources avec les publications. La pandémie était une fantastique occasion pour mettre en pratique cette initiative des plans pour la science ouverte…. Nous sav… Continuer la lecture
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Le futur du partage des données selon le directeur Science Ouverte de PLOS
Les revues du groupe PLOS sont parmi celles qui ont fait le plus d’efforts pour la Science Ouverte, avec celles de BMC/Springer, Elservier, Wiley, etc… J’ai repris les points importants d’une interview de Iain Hrynaszkiewicz, di… Continuer la lecture
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Deuxième plan national pour la science ouverte : La France en pointe
Sur le site du ministère, vous trouverez toutes les informations sur le deuxième plan sur la science ouverte. Il y a beaucoup d’informations, dont la vidéo (57 minutes), de présentation qui est très intéressante. Il y a des interventions de Phili… Continuer la lecture
Publié dans évaluation, Open access, Reproductibilité
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5 nouvelles revues chez PLOS : priorité au développement durable
Le groupe PLOS réagit et suit les grands groupes qui créent des revues filles. Y Gingras a bien montré cette stratégie des éditeurs à but lucratif. PLOS est un groupe à but non lucratif, basé à San Francisco et Cambridge, UK. Ce n’est pas la même… Continuer la lecture
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Des éditeurs et revues en zone grise (ni légitimes, ni prédateurs) : le cas MDPI est impressionnant
Je ne connaissais pas le blog de Paolo Crosetto, économiste directeur de recherche INRA basé à Grenoble, et j’ai été très impressionné par son billet intitulé : « Is MDPI a predatory publisher?« . Je n’avais pas capté la politique très agre… Continuer la lecture
Publié dans Mégarevues, Open access, Prédateurs
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Comment améliorer les publications médicales ? Pas évident
European Heart Journal a publié en février 2021 un article pour suggérer comment améliorer les publications. Il y a beaucoup de bonnes réflexions, y compris payer les relecteurs, bien que ce soit un peu illusoire (combien d’argent ? pour quelle q… Continuer la lecture
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La plus grande menace pour la Science : les revues prédatrices !
Voila ce qu’a écrit J Beall sur les revues prédatrices en 2017, et la situation est pire en 2021 : « Je pense que les éditeurs prédateurs représentent la plus grande menace pour la science depuis l’Inquisition. Ils menacent la recherche en … Continuer la lecture
Publié dans esprit critique, Open access, Prédateurs
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Les chercheurs préfèrent lire et citer les versions des articles publiés dans des revues scientifiques
Les résultats de cette enquête nous rassurent car les chercheurs ne semblent pas se précipiter sur les preprints pour lire et citer des résultats de recherche. Ils font confiance aux revues. Ce Livre Blanc de 24 pages déposé en févrirer 2021 sur figsha… Continuer la lecture
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Bilan 2020 du JAMA Network Open : succès avec taux d’acceptation de 14 % et facteur d’impact de 5,03
Cette revue en accès libre du groupe JAMA est un succès? Ce sont les auteurs qui payent des frais de traitements des articles à l’acceptation. J’ai annoncé sa création fin 2017, et le premier bilan avec un taux d’acceptation de 26 % d… Continuer la lecture
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L’arrivée du plan S vu par la revue Science… S veut dire Shock !
Le plan S est détaillé sur le site Couperin : « Après le 1er janvier 2021, les publications scientifiques sur les résultats de la recherche financée sur fonds publics accordés par des agences de recherche ou des organismes de financement nationaux ou e… Continuer la lecture
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L’accès libre représente 20 % des revues avec des différences entre disciplines de 7 à 27 %, et la médecine est à 22 %
Ce bon article d’un expert (BC Bjork, Finlande) contient beaucoup de données sur les parts de marché de l’accès libre (ou OA pour Open access), de 1 % en 2000 à 18 %% en 2017 pour les articles dans Scopus. Le titre : ‘Adoption of the Open Access Business Model in Scientific Journal Publishing: A Cross-disciplinary Study’, et article en… Continuer la lecture
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L’accès libre représente 20 % des revues avec des différences entre disciplines de 7 à 27 %, et la médecine est à 22 %
Ce bon article d’un expert (BC Bjork, Finlande) contient beaucoup de données sur les parts de marché de l’accès libre (ou OA pour Open access), de 1 % en 2000 à 18 %% en 2017 pour les articles dans Scopus. Le titre : ‘Adoption of the Open Access Business Model in Scientific Journal Publishing: A […] Continuer la lecture
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La revue Nature (Londres) passe en Open Access pour répondre au plan S, avec des FTA de 9 500 € par article
Le plan S, en Europe, lancé en septembre 2018, demande aux éditeurs de publier avec le modèle Open Access. Les auteurs doivent payer des Frais de Traitement des Articles (FTA), ou APC en anglais, et Nature va demander 9 500 € à l’acceptation dès janvier 2021. L’abonnement doit normalement disparaître et le modèle hybride n’est pas accepté par le plan… Continuer la lecture
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La revue Nature (Londres) passe en Open Access pour répondre au plan S, avec des FTA de 9 500 € par article
Le plan S, en Europe, lancé en septembre 2018, demande aux éditeurs de publier avec le modèle Open Access. Les auteurs doivent payer des Frais de Traitement des Articles (FTA), ou APC en anglais, et Nature va demander 9 500 € à l’acceptation dès janvier 2021. L’abonnement doit normalement disparaître et le modèle hybride n’est […] Continuer la lecture
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COVID-19 : éthique et intégrité ont été oubliées devant la précipitation pour publier
Je remercie mes deux co-auteurs, B Plaud et E Caumes, qui m’ont aidé pour formaliser nos impressions sur les rôles de revues scientifiques pendant la pandémie. Les revues ont fait de leur mieux pour gérer les urgences, avec une pénurie de relecteurs, et dans un contexte parfois accusateur. Je remercie La Presse Médicale Formation pour […] Continuer la lecture
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COVID-19 : les convenances sociales font oublier les bonnes intentions de la Science Ouverte : combien de complices ?
Je remercie l’espace éthique région Ile-de-France, Polethis, le Cnrs, etc.. qui m’ont invité à participer au deuxième des 10 webinaires d’un cycle intitulé « Éthique de la recherche, intégrité et responsabilités scientifiques en situation de crise sanitaire : état des lieux, analyses et propositions » 10 séances, d’octobre 2020 à mars 2021″. Léo Coutellec a animé une discussion avec L… Continuer la lecture
Publié dans COVID-19, Open access, Rétractation
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Science ouverte : une guide intéressant qui nous apprend beaucoup… l’idéal pour la reproductibilité des recherches ?
Sur le site pour la Science Ouverte, nous lisons « La science ouverte est la diffusion sans entrave des publications et des données de la recherche. Elle s’appuie sur l’opportunité que représente la mutation numérique pour développer l’accès ouvert aux publications et -autant que possible- aux données de la recherche ». Ce site du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Open access, Reproductibilité
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Taux d’accès ouvert des publications scientifiques : en France, la médecine est numéro 2
C’est un bon rapport de l’Hcéres de juin 2020 (26 pages) qui mérite lecture attentive. Il y a beaucoup de données comparant la France à l’international, et avec des données entre disciplines. Ce rapport permet aussi de bien comprendre les accès dorés, verts, etc… Ce rapport reprend des données d’un article de Scientometrics du 19 avril 2020 (Maddi A. Measuring… Continuer la lecture
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COVID-19 : quel bordel avec tous ces auteurs qui ne montrent pas leurs données ! Les débats auraient été pacifiés sur la chloroquine
A l’époque de l’ouverture de tout : open access, open data, etc… Quelle erreur de n’avoir pas eu les données sources de tous ces essais de médicaments soit disant efficaces ! A commencer par tous ceux qui vous disent que l’hydroxychloroquine est efficace ! Il y a encore des essais dont les résultats sont des communiqués de presse ou des… Continuer la lecture
Publié dans COVID-19, Gaspillage, Intégrité scientifique, Méthodologie de recherche, Open access
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COVID-19 : appel pour trouver des reviewers d’articles rendant des avis en 5 jours
Nous avons souvent évoqué ces publications très rapides par de nombreuses revues, parfois 48 heures après la soumission. Comment faire un peer-review, demander aux auteurs de réviser leur article aussi vite ! Le summum étant les publications de complaisance du Dr D Raoult… avec son salon de ses articles refusés. Sous l’égide de l’Open Access Scholarly Publishers Association (OASPA), un… Continuer la lecture
Publié dans COVID-19, Open access, Peer review, Preprint
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Rapport annuel Frontiers : les français aiment cet éditeur (prédateur ?) avec 60 % d’acceptation des articles et des finances opaques
Frontiers, éditeur de revues scientifiques vient de publier son rapport annuel 2019, et quelques points nous surprennent. Les chiffres mis en avant : « With more than 135,000 published articles, 700 million views and downloads and 1.3 million citations, Frontiers is now the 5th most-cited publisher among the 20 largest publishers. » Mais regardons quelques points de ce rapport 2019 : les… Continuer la lecture
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CMAJ abandonne les paywalls pour tous les articles et devient totalement Open
Le CMAJ est une excellente revue qui change encore sa stratégie… probablement parce que les paywalls ne représentaient pas de ressources majeures. Le CMAJ était en open access pour tous les articles de recherche avec un APC de 2 850 CAN $.C’est un communiqué qui l’annonce le 14 janvier 2020. « Previously, CMAJ research articles, editorials and news stories were freely… Continuer la lecture
Publié dans Open access, Vie et mort des revues
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Est-il possible de lutter contre les pratiques des revues prédatrices (OMICS, autres), Sci-Hub, ResearchGate dans ce monde électronique
C’est un article écrit par un juriste de Kuala Lumpur et publié dans Learned Publishing fin 2019. Cet article d’accès libre depuis juillet 2019 discute des condamnations qui ne sont pas suivies d’effets. Voici les messages clés de l’article : Le jugement Sci-Hub de 2017 s’est jusqu’à présent révélé inexécutable, et il semble que l’exécution du jugement OMICS de 2019… Continuer la lecture
Publié dans Open access, Prédateurs, réseaux sociaux
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Publications de la fondations B&M Gates : 50 % dans des revues Open Access exclusif, et des APCs moyens de 2 755 $
Excellent billet (Scholarly Kitchen, 7 novembre 2019) sur les dépenses en APC (Article Processing Charge) de la Fondation Bill et Melinda Gates. Entre le 1/8/2016 et le 31.3/2019, la fondation a payé 9 millions de dollars en APC. Il s’agit de l’analyse de 3268 factures d’APC payés à 720 revues à comité de lecture, représentant 90 éditeurs. L’APC moyen était… Continuer la lecture
Publié dans e-journals, Open access
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Reproductibilité et réplicabilité en science : quelles recommandations pour les revues scientifiques ?
Nous avons présenté le rapport des académies américaines hier dans un contexte général de toutes les disciplines scientifiques. J’ai essayé de traduire les deux recommandations pour les revues scientifiques. Elles doivent être lues dans ce contexte large : Recommandation 6-4 : Les revues devraient envisager des moyens pour assurer la reproductibilité du traitement informatique des données pour les publications qui… Continuer la lecture
Publié dans Open access, Reproductibilité
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Le déclin des méga-revues aurait-il commencé ? Les revues de spécialités ont-elles un avenir, voire une revanche à prendre ?
Un article dans Scientometrics, début juin 2019, pose des questions majeures : est-ce que ce modèle des méga-revues qui a émergé dans les années 2005 va survivre ? La politique éditoriale de ces méga-revues est différentes de celles des revues dites classiques dans toutes les spécialités : ces méga-revues publient des articles dans tous les domaines de la science, à… Continuer la lecture
Publié dans Mégarevues, Open access
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Les risques de l’open access : les prix vont monter pour les APCs, et le métier des maisons d’éditions va survivre
Je suis en faveur de l’Open Access en science, mais j’ai toujours été admiratif des ces experts qui pensent que l’on peut détruire un secteur de la publication pour le remplacer par une reprise en main des universitaires. Faire des revues est un métier, et des compétences existent pour bien le faire. Que les universités, institutions pensent qu’elles peuvent faire… Continuer la lecture
Publié dans e-journals, Mégarevues, Open access
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Les risques de l’open access : les prix vont monter pour les APCs, et le métier des maisons d’éditions va survivre
Je suis en faveur de l’Open Access en science, mais j’ai toujours été admiratif des ces experts qui pensent que l’on peut détruire un secteur de la publication pour le remplacer par une reprise en main des universitaires. Faire des revues est un métier, et des compétences existent pour bien le faire. Que les universités, institutions pensent qu’elles peuvent faire… Continuer la lecture
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Recommandations pour mettre en oeuvre une relecture par les pairs ouverte au sein d’une revue scientifique
Le peer review (relecture par les pairs) évolue et très nombreux sont les appels pour le rendre transparent, c’est à dire ouvert. Il est de plus en plus accepté par les auteurs et les relecteurs. Fin août 2018, c’est la revue Nature qui a poussé très fort pour inciter un peer review ouvert. Le peer review aveugle a des défauts,… Continuer la lecture
Publié dans Open access, Peer review
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