Archives de catégorie : Méthodologie de recherche

Rigidité cadavérique (10/10) : une solution en développant la recherche sur la recherce est urgent

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Dans le livre de Chris Chambers, la rédemption était aussi dans le dernier chapitre. C Chambers a proposé des solutions pour chacun des 7 péchés décrits. Les solutions… Continuer la lecture

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Médiator : un peu de hauteur pour réfléchir sur la causalité et le nombre de morts

Je vous encourage à lire un livre qui vient d’être publié (octobre 2019) avec le titre « Médiator® – Et si ce n’était qu’une question de poids ? » (L’Harmattan 2019). Il permet de discuter la notion de causalité. Ce livre détaillé demande de la concentration et un peu de temps… mais il apporte des arguments, contrairement à tous ces… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (6/10) : sauter aux conclusions.. ou le business des faux positifs car trop de chercheurs ignorent les statistiques

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Le chapitre 6 illustre par des exemples l’ignorance des bonnes pratiques statistiques et décrit les problèmes liés au seuil de 0,05 en refaisant l’histoire des tests de façons… Continuer la lecture

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La recherche sur la recherche, ou méta-recherche : un colloque international à l’Académie de Médecine, 25 novembre 2019

L’Académie nationale de médecine accueille le lundi 25 novembre un colloque avec des orateurs prestigieux. Il s’agit de la restitution du projet international MiRoR (Methods in Research on Research). Le titre du colloque : ‘Meta-Research for Transforming Research’. Le programme est alléchant avec une conférence de JPA Ioannidis, et une table ronde sur l’évaluation des chercheurs avec Frank Miedema, doyen… Continuer la lecture

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Du bon usage de l’esprit critique… quand ce qui dit le premier imbécile est relayé en quelques heures par d’autres imbéciles

LL’esprit critique : serait-il en voie de disparition ? Cette question est abordée dans le numéro 100 de la revue Books, en vente en kiosque depuis fin août 2019. Le sommaire est riche ; les articles ont été écrits par une trentaine de spécialistes de leurs domaines (130 pages). C’est une lecture agréable, et j’ai acheté des livres analysés dans… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (3/10) : un seau d’eau froide pour se calmer en voyant la médiocrité des études animales

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Ce livre revient sur des histoires connues, en ajoutant la touche du journaliste d’investigation qui raconte les coulisses de certaines publications. Le chapitre 3 commente des situations, des… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (2/9) : C’est dur, même dans les bons jours

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Ce livre revient sur des histoires connues, en ajoutant la touche du journaliste d’investigation qui raconte les coulisses de certaines publications. Le chapitre 2 commente des situations, des… Continuer la lecture

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Registered reports adopté par 200 revues : un bilan (66 % ne supportent pas l’hypothèse initiale) et de bonnes réflexions

Nous avons présenté plusieurs fois le modèle de publication appelé ‘Registered Reports’ ou ‘RRs’. En 2019, les RRs sont proposés par environ 200 revues, ayant été initié dans le domaine de la psychologie en 2013. Dans Nature, en septembre 2019, Chris Chambers qui a été l’un des acteurs de ce mouvement, qui préside des comités ‘RRs’ pour plusieurs revues apportent… Continuer la lecture

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Dysfonctionnements de la mise sur le marché des anticancéreux : les experts de la FDA confirment mais rien ne changera

Hier, nous avons évoqué le 23 août deux articles originaux et deux commentaires dans le JAMA Intern Med sur la mise sur le marché des anticancéreux : les dysfonctionnements sont prouvés car la rapidité d’accès, la nouveauté sont demandées par les patients et poussées par les industries. Trop d’anticancéreux sont mis sur le marché sans avoir des données de qualité… Continuer la lecture

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Les dysfonctionnements de la mise sur le marché des anticancéreux : l’accès rapide n’est pas un bénéfice pour les patients

J’ai été surpris (pas vraiment) par la publication dans le BMJ des données allemandes sur les médicaments mis sur le marché, car 25 % ont un bénéfice réel pour les patients. Cet adage qu’un « accès rapide aux nouveaux médicaments est un bénéfice pour les patients » semble faux ! C’est probablement pire dans le domaine du cancer, à lire quatre articles… Continuer la lecture

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Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables

C’est le titre d’un excellent article dans eLife de 11 pages (début août 2019) signé par 3 chercheurs, M Yarborough (Sacramento, Californie), R Nadon (MacGill, Montréal), et DG Carlin, chercheur indépendant basé à Marseille ! Cet article part de constats alarmants et anciens (Altman en 1994 sur le scandale de la mauvaise recherche dans le BMJ, et un livre que… Continuer la lecture

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Le climat de la publication n’est pas sain : bonnes données montrant que ‘Publier et Périr’ a remplacé ‘Publier ou Périr’

Cet article de PLoS ONE (19 juin 2019) a pour titre « Perceived publication pressure in Amsterdam: Survey of all disciplinary fields and academic ranks ». Les auteurs ont utilisé le questionnaire révisé PPQ (Publication Pressure Questionnaire). La question de recherche était : « What is the level of perceived publication pressure in the four academic institutions in Amsterdam and does the pressure… Continuer la lecture

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Prévalence des mauvaises conduites en psychologie : pareil qu’en biologie !

Dans la revue Zeitschrift für Psychologie, un article a été publié par de ux allemands de Leibniz : Scientific misconduct in psychology. A systematic review of prevalence estimates and new empirical data. Bien que ce ne soit pas réellement une revue systématique faite selon les lignes directrices PRISMA, nous trouvons quelques informations relatives au domaine de la psychologie : Ce… Continuer la lecture

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Défendons les bons journalistes attaqués par GE Séralini qui a prétendu que OGM et glyphosate seraient toxiques chez des rats

Comme Wakefield (ROR et autisme), GE Séralini ne supporte toutes pas les controverses. Le JIM du 3 mai 2019 nous informe que GE Séralini devrait porter plainte contre trois journalistes, Patrick Cohen (C à vous), Mac Lessgy (M6), et G Woessner (Europe 1) qui ont critiqué les études bidonnées de ce chercheur. Mme Géraldine Woessner est particulièrement bien documentée. Elle… Continuer la lecture

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Défendons les bons journalistes attaqués par GE Séralini qui a prétendu que OGM et glyphosate seraient toxiques chez des rats

Comme Wakefield (ROR et autisme), GE Séralini ne supporte toutes pas les controverses. Le JIM du 3 mai 2019 nous informe que GE Séralini devrait porter plainte contre trois journalistes, Patrick Cohen (C à vous), Mac Lessgy (M6), et G Woessner (Europe 1) qui ont critiqué les études bidonnées de ce chercheur. Mme Géraldine Woessner est particulièrement bien documentée. Elle… Continuer la lecture

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Livre blanc de SpringerNature sur le partage des données : cinq recommandations simples

Ce rapport de 24 pages a été préparé par cinq collaborateurs du groupe SpringerNature (accès libre). Ils sont basés en Angleterre, et ont une connaissance d’autres pratiques que celle des revues du groupe (F1000, BMC avant son rachat par Springer). Ils ont différentes positions dans le groupe. Ils ont repris des enquêtes auprès d’environ 11 000 chercheurs, y compris une… Continuer la lecture

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En 40 ans, les titres des articles des revues médicales prestigieuses ont évolué vers les populations plutôt que les individus, et vers une séparation patient / maladie.

La culture de la médecine évolue régulièrement et un moyen de l’analyser est d’explorer le langage employé dans les articles des revues médicales. Ce sont des études difficiles avec des fouilles de texte sur de grands nombre d’article. Une étude parue dans le JAMA Open le 22 mars 2019 est passionnante, même si la lecture est parfois difficile. Son titre… Continuer la lecture

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La revue ‘Written Communication’ a un numéro spécial ‘Writing and Science’

Le groupe SAGE publie une revue qui s’appelle Written Communication (WC). Elle a un facteur d’impact de 1,3. En décembre 2018, WC a publié un numéro spécial « Writing and Science » avec un éditorial et 6 articles. L’éditorial présente les 6 articles ; il est signé par le rédacteur en chef. Voici les 6 articles originaux (recherches qualitatives), et chaque article… Continuer la lecture

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De la culture POP à la culture TOP : est-ce que la science ouverte pourrait améliorer les pratiques discutables en recherche ?

Lors du colloque résumé hier, j’ai présenté succinctement des réflexions sur les pratiques discutables en recherche. J’ai choisi des exemples dans le domaine biomédical, dans le management, la psychologie et la finance. J’ai enregistré des commentaires dans les deux ppt de 15 minutes chacun : Partie 1 : j’ai repris des informations commentées sur ce blog à propos des antidépresseurs… Continuer la lecture

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Ethique de la communication des faits scientifiques : bravo Médecine Sciences

C’est avec plaisir que j’ai lu un bon éditorial du numéro de février 2019 de m/s ou médecine/sciences, une revue de l’Inserm d’accès libre. (voir ci-dessous). Il est écrit par Hervé Chneweiss, Président du Comité d’éthique de l’Inserm, et le titre : « Eléments pour une éthique de la communication des faits scientifiques » Les chercheurs doivent considérer les difficultés nouvelles pour… Continuer la lecture

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Bonne nouvelle : les gros publiants inquiètent des organisations.. proposons de mettre la question à l’ordre du jour des CME de Paris, Lyon et Marseille

J’ai publié des billets au cours du temps sur ces chercheurs appelés des ‘gros publiants’. Quel est le seuil ? Pour un article de Nature, c’était plus de 70 articles par an… soyons réalistes : dès 25, c’est beaucoup (deux par mois !). Il y a des thématiques, des labos qui publient plus que d’autres : lesquels ? Par exemple,… Continuer la lecture

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Le bras armé de l’industrie : le business du New England Journal of Medicine participe au bio-creep (effet de glissade)

Je ne suis pas seul à penser que les essais cliniques publiés par le NEJM participent à des stratégies malsaines. Dans le numéro du 7 février 2019, il y a deux essais de non-infériorité avec un antibiotique de la classe des tétracyclines. Les conclusions sont : Essai dans les infections de la peau : « Omadacycline was noninferior to linezolid for… Continuer la lecture

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La rédaction des articles en psychologie.. différente de la biomédecine, mais plein de messages utiles

J’ai l’habitude de lire des livres de rédaction dans des disciplines qui ont des règles différentes. Si nos articles biomédicaux sont standardisés, avec 3 500 mots, 30 références, une introduction courte, les articles en psychologie ont des règles différentes. Le deuxième édition, datée 2019, de l’ouvrage ci-contre est intéressante. C’est un livre multi-auteurs, avec des auteurs prestigieux, et il est… Continuer la lecture

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Les leaders d’opinions n’aiment pas reconnaître qu’un essai a foiré : ils ont des critiques stéréotypées montrant que la conception était erronée

Cet article du BMJ de Noël 2018 est d’un humour grinçant. Voici un paragraphe du début : ‘Lorsqu’on demande aux principaux leaders d’opinion de commenter les résultats décevants d’un essai clinique dans des reportages ou lors de conférences, nous avons observé qu’ils semblent curieusement incapables de reconnaître que le traitement ne fonctionne pas. Ils préfèrent soutenir que la conception de… Continuer la lecture

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Savoir écrire une question de recherche, et vous pourrez l’apprendre à votre directeur de thèse !

Je suis souvent surpris par la méconnaissance des thésards quant à la rédaction de leur questions de recherche. Je suis encore plus surpris quand le thésard de médecine me dit qu’après 3 rendez-vous avec son directeur de thèse, la question de recherche n’est pas décidée !! Les thésards ayant eu une formation d’analyse de la littérature (que certains appellent LCA)… Continuer la lecture

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Comment faire éclater la bulle de la publication scientifique ? Position décapante qui fait du bien

Il est rare que des chercheurs s’expriment clairement et publiquement sur les dérives de notre système de publications : la tribune de Raymond Piccoli est décapante. Cet article reprend un rapport de l’Institut Diderot intitulé « Réflexions sur la recherche française » que vous pouvez télécharger. R Piccoli, astrophysicien, a coordonné ce rapport de 31 pages. Quelques intertitres : Une science en… Continuer la lecture

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Comment faire éclater la bulle de la publication scientifique ? Position décapante qui fait du bien

Il est rare que des chercheurs s’expriment clairement et publiquement sur les dérives de notre système de publications : la tribune de Raymond Piccoli est décapante. Cet article reprend un rapport de l’Institut Diderot intitulé « Réflexions sur la recherche française » que vous pouvez télécharger. R Piccoli, astrophysicien, a coordonné ce rapport de 31 pages. Quelques intertitres : Une science en… Continuer la lecture

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La recherche dite ‘hélicoptère’ ne peut pas durer.. mais comment faire ?

C’est un rapport américain, des National Academies of Sciences, Engineering, Medicine, qui m’a fait découvrir cette problématique. Pour moi, la recherche ‘hélicoptère’ se limitait à ces médecins allant en Afrique prendre des données pour les publier dans de bonnes revues sans les noms des travailleurs de terrain, etc… Eh bien, c’est plus large d’après ce rapport de 335 pages, dont… Continuer la lecture

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La recherche dite ‘hélicoptère’ ne peut pas durer.. mais comment faire ?

C’est un rapport américain, des National Academies of Sciences, Engineering, Medicine, qui m’a fait découvrir cette problématique. Pour moi, la recherche ‘hélicoptère’ se limitait à ces médecins allant en Afrique prendre des données pour les publier dans de bonnes revues sans les noms des travailleurs de terrain, etc… Eh bien, c’est plus large d’après ce rapport de 335 pages, dont… Continuer la lecture

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Analyse de deux registres d’essais cliniques : clinicaltrials.gov et EU Clinical Trials Register

Deux équipes de recherche différentes du Royaume-Uni ont analysé la communication des résultats d’essais cliniques, avec des objectifs et des méthodes différents. Les deux recherches ont été publiées dans le BMJ en 2018. Registre américain : Les résultats des essais financés par l’industrie sont plus susceptibles d’être divulgués que ceux des financeurs sans but lucratif. Les 45 620 essais cliniques… Continuer la lecture

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Analyse de deux registres d’essais cliniques : clinicaltrials.gov et EU Clinical Trials Register

Deux équipes de recherche différentes du Royaume-Uni ont analysé la communication des résultats d’essais cliniques, avec des objectifs et des méthodes différents. Les deux recherches ont été publiées dans le BMJ en 2018. Registre américain : Les résultats des essais financés par l’industrie sont plus susceptibles d’être divulgués que ceux des financeurs sans but lucratif. Les 45 620 essais cliniques… Continuer la lecture

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Les résultats des essais cliniques académiques non diffusés : le Royaume Uni meilleur que la France ?

La France est-elle en avance sur le Royaume-Uni en matière de communication des résultats des essais cliniques ? Je ne crois pas car il n’y a ni contrainte, ni volonté politique pour s’assurer que l’argent public ne soit pas gaspillé. Par contre, les résultats des essais industriels sont communiqués. Le 30 octobre 2018, le rapport ci-contre a été publié au… Continuer la lecture

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Les résultats des essais cliniques académiques non diffusés : le Royaume Uni meilleur que la France ?

La France est-elle en avance sur le Royaume-Uni en matière de communication des résultats des essais cliniques ? Je ne crois pas car il n’y a ni contrainte, ni volonté politique pour s’assurer que l’argent public ne soit pas gaspillé. Par contre, les résultats des essais industriels sont communiqués. Le 30 octobre 2018, le rapport ci-contre a été publié au… Continuer la lecture

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Rien ne prouve que le bio réduit le cancer : le parcours du combattant des nutrinautes, une fake news à l’arrivée

J’ai repris ci-dessus une copie d’écran d’un article d’une revue québéquoise, Contrepoints, paru le 25 octobre 2018. Intéressant avec le lien pour le parcours du combattant/nutrinaute. Ce titre est l’inverse du titre trompeur du Monde daté du 22 octobre 2018 : « L’alimentation bio réduit significativement les risques de cancer ». Comment les croyances servent à effrayer le public ! Le journaliste,… Continuer la lecture

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Rien ne prouve que le bio réduit le cancer : le parcours du combattant des nutrinautes, une fake news à l’arrivée

J’ai repris ci-dessus une copie d’écran d’un article d’une revue québéquoise, Contrepoints, paru le 25 octobre 2018. Intéressant avec le lien pour le parcours du combattant/nutrinaute. Ce titre est l’inverse du titre trompeur du Monde daté du 22 octobre 2018 : « L’alimentation bio réduit significativement les risques de cancer ». Comment les croyances servent à effrayer le public ! Le journaliste,… Continuer la lecture

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Conseils pour écrire un article original selon le plan IMRaD… sans confondre style scientifique et littéraire

Il s’agit de deux articles simples et courts, le premier pour aider à rédiger un article original. Le second article est sur le style en rédaction scientifique. Il ont été écrits par des urologues de Barcelone dans la revue Actas Urológicas Españolas (English Edition) et ont été publiés en octobre 2018. Ils sont en espagnol et en anglais. Le fin… Continuer la lecture

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Conseils pour écrire un article original selon le plan IMRaD… sans confondre style scientifique et littéraire

Il s’agit de deux articles simples et courts, le premier pour aider à rédiger un article original. Le second article est sur le style en rédaction scientifique. Il ont été écrits par des urologues de Barcelone dans la revue Actas Urológicas Españolas (English Edition) et ont été publiés en octobre 2018. Ils sont en espagnol et en anglais. Le fin… Continuer la lecture

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Les chercheurs ont des demandes ‘perverses’ auprès des statisticiens pour embellir les articles

Les Annals of Internal Medicine ont publié trois articles sur les (mauvaises) statistiques dans les articles scientifiques : Le premier (2 octobre 2018) d’une série d’articles « Annals Understanding Clinical Research » avec le titre « Interpreting results with large P values »… En pratique arrêtons d’urgence de croire que le 0,05 est une valeur miracle pour la valeur de P… la pertinence clinique… Continuer la lecture

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Les chercheurs ont des demandes ‘perverses’ auprès des statisticiens pour embellir les articles

Les Annals of Internal Medicine ont publié trois articles sur les (mauvaises) statistiques dans les articles scientifiques : Le premier (2 octobre 2018) d’une série d’articles « Annals Understanding Clinical Research » avec le titre « Interpreting results with large P values »… En pratique arrêtons d’urgence de croire que le 0,05 est une valeur miracle pour la valeur de P… la pertinence clinique… Continuer la lecture

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Comment améliorer le peer-review ? Faire des essais randomisés ou attendre l’intelligence artificielle ?

Des essais ont été faits pour tester des méthodes pour améliorer le peer-review. Les premières recherches faites en 1982 avaient créé des polémiques en montrant que des articles acceptés puis re-soumis pouvaient être refusés par la même revue. La subjectivité du peer-review a toujours existé alors que l’on voudrait que ce soit une méthode reproductible et de qualité. Si le… Continuer la lecture

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