Archives de catégorie : Méthodologie de recherche

Les résultats des essais cliniques académiques non diffusés : le Royaume Uni meilleur que la France ?

La France est-elle en avance sur le Royaume-Uni en matière de communication des résultats des essais cliniques ? Je ne crois pas car il n’y a ni contrainte, ni volonté politique pour s’assurer que l’argent public ne soit pas gaspillé. Par contre, les résultats des essais industriels sont communiqués. Le 30 octobre 2018, le rapport ci-contre a été publié au… Continuer la lecture

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Rien ne prouve que le bio réduit le cancer : le parcours du combattant des nutrinautes, une fake news à l’arrivée

J’ai repris ci-dessus une copie d’écran d’un article d’une revue québéquoise, Contrepoints, paru le 25 octobre 2018. Intéressant avec le lien pour le parcours du combattant/nutrinaute. Ce titre est l’inverse du titre trompeur du Monde daté du 22 octobre 2018 : « L’alimentation bio réduit significativement les risques de cancer ». Comment les croyances servent à effrayer le public ! Le journaliste,… Continuer la lecture

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Conseils pour écrire un article original selon le plan IMRaD… sans confondre style scientifique et littéraire

Il s’agit de deux articles simples et courts, le premier pour aider à rédiger un article original. Le second article est sur le style en rédaction scientifique. Il ont été écrits par des urologues de Barcelone dans la revue Actas Urológicas Españolas (English Edition) et ont été publiés en octobre 2018. Ils sont en espagnol et en anglais. Le fin… Continuer la lecture

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Les chercheurs ont des demandes ‘perverses’ auprès des statisticiens pour embellir les articles

Les Annals of Internal Medicine ont publié trois articles sur les (mauvaises) statistiques dans les articles scientifiques : Le premier (2 octobre 2018) d’une série d’articles « Annals Understanding Clinical Research » avec le titre « Interpreting results with large P values »… En pratique arrêtons d’urgence de croire que le 0,05 est une valeur miracle pour la valeur de P… la pertinence clinique… Continuer la lecture

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Comment améliorer le peer-review ? Faire des essais randomisés ou attendre l’intelligence artificielle ?

Des essais ont été faits pour tester des méthodes pour améliorer le peer-review. Les premières recherches faites en 1982 avaient créé des polémiques en montrant que des articles acceptés puis re-soumis pouvaient être refusés par la même revue. La subjectivité du peer-review a toujours existé alors que l’on voudrait que ce soit une méthode reproductible et de qualité. Si le… Continuer la lecture

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Faut-il limiter les articles des revues systématiques et méta-analyses à la langue anglaise ? Question pertinente… réponse surprenante

Les Annals of Internal Medicine ont publié une excellente recherche (septembre 2018) sur l’association entre les estimations des effets du traitement et les caractéristiques de publication. L’étude méta-épidémiologique a été réalisée par des chercheurs français et allemands (hôpitaux universitaires et centres Cochrane), financés par Cochrane France. Il faut surtout féliciter Agnès Dechartres, Pitié-Salpétrière, qui est premier auteur de cet article…. Continuer la lecture

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Faut-il limiter les articles des revues systématiques et méta-analyses à la langue anglaise ? Question pertinente… réponse surprenante

Les Annals of Internal Medicine ont publié une excellente recherche (septembre 2018) sur l’association entre les estimations des effets du traitement et les caractéristiques de publication. L’étude méta-épidémiologique a été réalisée par des chercheurs… Continuer la lecture

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Article de très grande qualité : Est-ce que les arbitres donnent plus de cartons rouges aux joueurs de couleur foncée ou claire ?

Je ne regrette pas l’heure passée dans un bistrot avec un café pour lire avec attention un article exceptionnel. La qualité de la rédaction ajoute du plaisir à la lecture. La question de recherche est intéressante, et ce sont des équipes fédérées par les Center for Open Science (B Nosek, Charlottesville, Virginia, USA) qui ont conduit cette recherche. L »objectif était… Continuer la lecture

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Article de qualité : Est-ce que les arbitres donnent plus de cartons rouges aux joueurs de couleur foncée ou claire ?

Je ne regrette pas l’heure passée dans un bistrot avec un café pour lire avec attention un article exceptionnel. La qualité de la rédaction ajoute du plaisir à la lecture. La question de recherche est intéressante, et ce sont des équipes fédérées par l… Continuer la lecture

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La recherche en cardiologie ouvre-t-elle la voie au partage des données, comparativement à d’autres spécialités médicales ?

Le partage des données en médecine accuse un retard par rapport à d’autres disciplines scientifiques. Le partage des données de recherche anonymisées au niveau des patients offre d’immenses possibilités à tous les intervenants qui participent à la recherche. Dans un article du JACC de fin 2017, l’équipe de cardiologie de l’École de médecine de Yale a décrit les efforts déployés… Continuer la lecture

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Le partage des données en médecine accuse un retard par rapport à d’autres disciplines scientifiques. Le partage des données de recherche anonymisées au niveau des patients offre d’immenses possibilités à tous les intervenants qui participent à la rech… Continuer la lecture

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aspredicted.org : l’enregistrement des protocoles simplifié

Cela fait quelques mois que je cherche des informations sur un site qui me semble très utile. Il a été créé par 3 chercheurs américains, domaine de la psychologie, business, pour être un registre de protocoles. Aspredicted.org est très simple d’utilisation car le chercheur dépose un protocole simplifié en 9 questions. Ensuite est généré un pdf qui est archivé, et… Continuer la lecture

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aspredicted.org : l’enregistrement des protocoles simplifié

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Code hollandais de l’intégrité de la recherche : Honesty, Scrupulousness, Transparency, Independence, Responsibility.

Publié le 14 septembre 2018, ce code de 32 pages est plus qu’une mise à jour de la version 2004. La Hollande a expérimenté des scandales dont ceux de D Stapel, Poldermans, et quelques autres. Un communiqué de presse indique les changements entre les deux versions. Le téléchargement du code 2018 est gratuit à partir du communiqué. Le public ciblé… Continuer la lecture

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Groupe JAMA : 6 rétractations d’un coup pour des recherches en nutrition

Ces 6 rétractations simultanées concernent un même chercheur (et les co-auteurs) pour des revues du groupe JAMA : Brian Wansink, PhD. Les rétractations sont signées par le rédacteur en chef des revues du groupe JAMA et les raisons ne sont pas explicites : Cornell University has notified JAMA that based on its investigation they are unable to provide assurances regarding… Continuer la lecture

Publié dans fraude, Méthodologie de recherche, Rétractation | Commentaires fermés sur Groupe JAMA : 6 rétractations d’un coup pour des recherches en nutrition

Groupe JAMA : 6 rétractations d’un coup pour des recherches en nutrition

Ces 6 rétractations simultanées concernent un même chercheur (et les co-auteurs) pour des revues du groupe JAMA : Brian Wansink, PhD. Les rétractations sont signées par le rédacteur en chef des revues du groupe JAMA et les raisons ne sont pas explicite… Continuer la lecture

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Journalologie, metawars, et une recette de rigueur en enregistrant les protocoles : la science mise à l’épreuve dans la revue Science

Le numéro du 21 septembre 2018 de la revue Science contient une série d’article sur la ‘Metaresearch’, c’est à dire ces équipes qui font de la recherche sur la recherche… pour mieux comprendre ce qui se passe. Chapitres en accès libre ! Voici les cha… Continuer la lecture

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Journalologie, metawars, et une recette de rigueur en enregistrant les protocoles : la science mise à l’épreuve dans la revue Science

Le numéro du 21 septembre 2018 de la revue Science contient une série d’article sur la ‘Metaresearch’, c’est à dire ces équipes qui font de la recherche sur la recherche… pour mieux comprendre ce qui se passe. Chapitres en accès libre ! Voici les chapitres : Research on research : une courte introduction sur le développement d’équipes qui cherchent à… Continuer la lecture

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Mesurer la Science : traduction française d’un livre excellent

Je remercie Bernard Paquito qui m’a transmis l’information : l’excellent livre Measuring Research — What Everyone Needs to Know de Cassidy Sugimoto et Vincent Larivière a été traduit en français. J’en ai fait la publicité en avril 2018. Son titre est Mesurer la Science, sans sous-titre et les auteurs ont été inversés : Vincent Larivière et Cassidy Sugimoto. Il a… Continuer la lecture

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Plus de la moitié de 207 thésards allemands ont déclaré avoir utilisé des pratiques de recherche douteuses (et 3 % ont falsifié des données)

Un article de PLOS ONE du 30 août 2018 a pour titre « Questionable research practices in student final theses – Prevalence, attitudes, and the role of the supervisor’s perceived attitudes » avec deux auteurs allemands. Cette publication est intéressante car il s’agit de déclarations d’étudiants allemands en cours de thèse de science dans le domaine de la psychologie : 207 ont… Continuer la lecture

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CNIL : les formalités pour les thèses de médecine… du courage les gars !

Je remercie Raymond Vilain qui m’a transmis les réponses à des questions que j’ai souvent de la part des internes qui font leur thèse. Je ne sais jamais bien répondre, mais il existe une page du site de la CNIL (Commission Nationale de l’Informatique et des Libertés). Pour les cas les plus fréquents, voici ce que dit la CNIL :… Continuer la lecture

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La qualité de la littérature n’augmente pas d’après Richard Lehman, qui a fait une rubrique hebdomadaire pendant 20 ans

Une interview de Richard Lehman dans un blog du BMJ contient un commentaires désabusé, mais probablement exact : La plupart des articles ne traitent pas encore de questions cliniques, et la qualité de la littérature ne s’est pas vraiment améliorée malgré tous les indicateurs, les alarmes et les alertes qui ont été ajoutés, en partie grâce aux exigences des revues…. Continuer la lecture

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68 compétences utiles pour pratiquer l’Evidence-Based-Practice ! Certains n’ont pas compris !

Bon article paru dans JAMA Network Open le 22 juin 2018 avec le titre « Core Competencies in Evidence-Based Practice for Health ProfessionalsConsensus Statement Based on a Systematic Review and Delphi Survey ». Déjà 16 000 téléchargements en moins d’un mois ! Evidence-best-pratice (EBP) est préférable à Evidence-Based-medicine. Il s’agit d’un énorme travail et les méthodes ont été bien décrites (image à… Continuer la lecture

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Industries versus milieux académiques : qui fait le mieux pour la publication des résultats des essais cliniques ?

Lors du congrès ESOF à Toulouse(juillet 2018), dans une session sur la disponibilité des résultats des essais cliniques, Sile Lane, de Sense about Science a présenté une diapositive que j’ai reprise et que je vous propose de bien lire, car il n’y a pas besoin de la commenter !!!! Ce sont surtout des données nord-américaines, et les détails sont dans… Continuer la lecture

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Peer review des projets de recherche : un gros travail mal évalué dont on ne sait pas s’il est meilleur que la chance

Cet article a été publié par des chercheurs anglais dans PLOS ONE en mai 2018 avec pour titre : « Peer review of health research funding proposals: a systematic map and systematic review of innovations for effectiveness and efficiency ». Il apporte des propositions pour faciliter l’évaluation des projets de recherche, sans répondre aux questions de fond sur les conflits d’intérêts permanents,… Continuer la lecture

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Après quelques années, RIAT démarre : il faut publier les essais invisibles et abandonnés

C’est en 2013, que le concept de RIAT (Restoring Invisible and Abandoned Trials) a été décrit dans le BMJ. Trop d’essais ne sont jamais publiés alors que les résultats sont utiles pour notre communauté. RIAT était un appel à la communauté des chercheurs pour publier ces essais, car il faut du temps, de l’argent, des autorisations, etc.. et des volontaires… Continuer la lecture

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Lyme : les ‘oies dorées’ de la HAS, aux ordres du politique, préfèrent les croyances plutôt que l’expertise scientifique !

J’ai été étonné de voir le nombre d’articles de presse et de réseaux sociaux évoquant un rapport de la Haute Autorité de santé (HAS) sur la maladie de Lyme (Quotidien du Médecin, JIM, et la communiqué AFIS qui précise que 12 organisations n’ont pas voulu signer le rapport, etc… à lire…). Quand les « experts » se battent dans un… Continuer la lecture

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La plupart des recherches dans le domaine de la nutrition sont biaisées… voire fausses….

L’institut Swiss Re (compagnie d’assurance) et le BMJ ont organisé une conférence de 2 jours : Food for thought. The science and politics of nutrition. Excellente réunion et le programme était intéressant (je n’y étais pas). Les diapos et vidéos sont déjà en ligne et téléchageables. Il s’agit d’une bonne présentation de John Ioannidis faites par visioconférence le 14 juin… Continuer la lecture

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EASE 2018 : SAGER pas assez connus des rédacteurs de revues, sexe et genre devraient toujours être précisés dans la recherche

Ces recommandations ont été initiées par European Association of Science Editors (EASE) en2012, publiées en mai 2016, et je les ai présentées en septembre 2106. Nous avons commenté un article du JAMA utilisant correctement ces concepts. Le site de EASE a une section dédiée avec toutes les informations utiles (image). Devinez : leur mise en oeuvre n’est pas satisfaisante. La… Continuer la lecture

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Les statistiques dans les illustrations des revues prestigieuses : toujours en augmentation, et uniquement significatives…..

PLOS ONE, mai 2018, apporte encore un article sur les dérives des statistiques, et du système de publication. Les articles sur les dérives des statistiques augmentent régulièrement, et vont encore augmenter car les exemples de mauvais articles avec de mauvaises statistiques sont toujours nombreux… Rien ne bouge. La prolifération des valeurs de P excite les chercheurs !!! L’article du 15… Continuer la lecture

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De l’erreur involontaire à l’art de la fraude : savoir évaluer les pratiques médicales et produits de santé est un métier en perdition !

J’ai lu avec plaisir un ouvrage du Dr Alexis Clapin aux éditions désiris : Enquêtes médicales & évaluation, avec le sous-titre bien choisi ‘De l’erreur involontaire à la fraude’. L’auteur, neurologue, a travaillé 20 ans dans l’industrie pharmaceutique, et il connait bien le sujet. Le livre est à la fois didactique et technique, car ce sont des concepts assez difficiles… Continuer la lecture

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La santé des labos ! Les pratiques s’améliorent quand les référents intégrité ont le temps de faire de la prévention.. mais c’est encore rare

Bonne nouvelle qui nous vient d’Ecosse, et publiée dans Nature (16 mai 2018) : un témoignage d’une chercheuse employée depuis 2012 pour diffuser les bonnes pratiques de recherche. Il s’agit de l’un des 6 articles d’une série d’articles sur le thème « La Santé des labos ». « Cinq ans plus tard, nous n’avons pas eu de rétractation ou de problèmes sérieux avec… Continuer la lecture

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89 % des études animales citées dans des brochures investigateurs pour les essais chez l’homme ne sont jamais publiées !

Si vous pensez que la recherche clinique a des problèmes, regardez la recherche animale ! Cet article de PLOS Biology (5 avril 2018), intitulé « Preclinical efficacy studies in investigator brochures: Do they enable risk–benefit assessment? » ne nous étonne pas… mais devrait nous inquiéter. La plupart des essais cliniques chez l’homme seraient basés sur des recherches animales insuffisantes (non publiés, omission… Continuer la lecture

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Liste d’items pour améliorer la science de la recherche dans les bases de données chirurgicales : impressionnante série du JAMA Surgery

Un éditorial du JAMA Surgery (4 avril 2018) explique que la rédaction reçoit beaucoup d’articles analysant rétrospectivement des bases de données. La plupart de ces articles sont mauvais, et parmi ceux qui sont envoyés à des reviewers externes, le taux de rejet est élevé. Cet éditorial annonce une série de 13 articles sur les 11 bases de données américaines les… Continuer la lecture

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Mieux évaluer les chercheurs en tuant le facteur d’impact et en orientant la recherche vers les attentes de la société ?

Gardons espoir après la lecture d’un superbe article de PLOS Biology de fin mars 2018. Je ne sais pas quelles seront les réponses aux 2 questions de mon titre… Le OUI n’est pas certain de gagner ! Le titre de cet article : « Assessing scientists for hiring, promotion, and tenure ». Les 6 auteurs sont prestigieux et d’origine diverses. Félicitons Florian… Continuer la lecture

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Changer le seuil de P pour 0,005… tribune de JPA Ioannidis dans le JAMA… avec 7 stratégies….

Nous avons évoqué les mouvements de chercheurs, de rédacteurs de revues pour changer le seuil de la valeur de P et abandonner le dieu 0,05. Un appel de 72 chercheurs a proposé les seuils de suggestif et de significatif. Certains statisticiens pensent que ce n’est pas que la valeur de P qui est le problème ! En mars 2018, le… Continuer la lecture

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Des essais rejetés par le BMJ car les protocoles n’ont pas ou ont été enregistrés rétrospectivement sont publiés dans des revues avec de bons facteurs d’impact

Titre de cet article de février 2018 publié dans BMJ Open : « Characteristics and publication fate of unregistered and retrospectively registered clinical trials submitted to The BMJ over 4 years ». Le BMJ a refusé 123 manuscrits d’essais randomisés au motif que le protocole avait été enregistré rétrospectivement (110), n’avait pas été enregistré (9), avait été enregistré dans un registre non… Continuer la lecture

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Le Machiavélisme serait un facteur de risque des méconduites en recherche en Hollande (généralisable ???)

Lecture d’une excellente étude dans PLOS One fin 2016… Son titre : Personality Traits Are Associated with Research Misbehavior in Dutch Scientists: A Cross-Sectional Study. Faut-il prendre en compte la personnalité pour promouvoir l’intégrité ? Oui ? Les méthodes m’ont fait découvrir des échelles pour mesurer des traits de personnalité et des comportements discutables en recherche. Ces chercheurs hollandais d’équipes… Continuer la lecture

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Pratiques préjudiciables à la recherche : 16 pratiques injustifiables et 15 acceptables… à s’évanouir !

Défendre l’indéfendable… et pourtant personne n’est gêné ! C’est une étude originale et passionnante publiée par une équipe de chercheurs américains fin 2017 dans « Journal of Empirical Research on Human Research Ethics ». L’objectif était de qualifier 40 pratiques dites « QRPs » pour « Questionable Research Practices » pour les grouper en pratiques impossibles à cautionner et pratiques sur lesquelles on pourrait fermer les… Continuer la lecture

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