Systémique médicale
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Archives de catégorie : Méthodologie de recherche
En 20 ans, très légère amélioration de la qualité des articles d’essais cliniques dans les revues prestigieuses, mais encore mauvais
Cette lettre de JAMA Internal Medicine le 23 novembre 2020 représente un énorme travail pour un message terrifiant. En 1998, moins de 5 % des articles rapportant des résultats d’essais cliniques, mentionnaient les NNT, NNH et AAR. Les lignes directrices CONSORT recommandent de présenter ces paramètres indispensables pour comprendre le niveau d’efficacité d’un médicament. Trop de publications se contentent de… Continuer la lecture
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Soutenons les chercheurs ayant montré l’absence d’efficacité de l’hydroxychloroquine menacés par des pseudo-experts
Dans The Lancet Infectious Diseases, il y a deux lettres qui ne devraient pas exister. Des chercheurs expliquent les menaces qu’ils ont reçu parce qu’ils avaient montré qu’il n’existe pas de données en faveur de l’efficacité de l’hydroxychloroquine pour prévenir ou traiter la COVID-19. Suite à la publication le 24 avril 2020 dans le JAMA d’un essai randomisé contrôlé de… Continuer la lecture
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Les gaspillages en recherche (conception, conduite, analyse, publications) dans le domaine dentaire : pire que pire ?
Après avoir documenté depuis 30 ans les gaspillages en recherche biomédicale, il n’est pas étonnant de constater que la recherche dentaire permet de gaspiller des ressources, avec la complaisance sociale de la plupart des experts. Cet article d’octobre 2020 dans Journal of Dental Research a été écrit par des chercheurs de Berne, Londres sous la responsabilité de l’équipe METRICS de… Continuer la lecture
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COVID-19 : 13 points de vue des rédacteurs des JAMA spécialités et un éditorial… bonnes synthèses
C’est original et intéressant. Le numéro 12 du JAMA de septembre 2020 publie 13 points de vue sur la COVID-19 signés par des experts ou des rédacteurs de chaque JAMA de spécialité. Le point de vue de JAMA Network Open and COVID-19 a quelques chiffres. Cette nouvelle revue purement open access (avec des FTA ou APC de 3000 $ par… Continuer la lecture
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Statistiques dans les articles : mauvaises, de pire en pier avec le temps, nous le savons tous et rien ne change
On peut se demander à quoi servent les alertes fréquentes sur la très mauvaise qualité des analyses statistiques des articles scientifiques. Beaucoup de billets de ce blog attestent de la mauvaise qualité des statistiques. Cet article de PlOS One du 1 octobre 2020 est signé par Stephen Goodman (Stanford, METRICS), très connu pour ses alertes sur la mauvaise qualité des… Continuer la lecture
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CNGE : Remplacer promotion et financement par la quantité par l’évaluation de l’utilité de la recherche pour les patients.
Félicitons le CNGE (Collège National des Généralistes Enseignants / Collège Académique) pour une prise de position (8 septembre 2020) afin de lutter contre des méconduites scientifiques. Voici un extrait du communiqué de presse : Lorsque quelques expositions médiatiques remplacent la solidité scientifique, quand la recherche de l’audience remplace l’information, quand l’abandon de la méthode scientifique est érigé en système de… Continuer la lecture
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COVID-19 : gaspillage des ressources de recherche…trop de responsables et l’exemple vient d’institutions prestigieuses !
Il n’y a aucun pilote dans l’avion de l’entreprise recherche. Nous attendons le crash. Le résumé (traduit) de cette lettre à l’éditeur du 24 août 2020 est simple et clair : « Le manuscrit « Covid-19 et Vit-D : la mortalité due aux maladies a une corrélation négative avec l’exposition au soleil » a retenu notre attention car nous avons trouvé des lacunes… Continuer la lecture
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URGENT : Halte à la fraude scientifique : sauvons la méthode scientifique
Je voudrais féliciter les signataires d’une tribune publiée dans Libération le 2 septembre 2020, en remerciant ceux qui ont oeuvré pour la publier. La discussion parlementaire sur la loi de programmation pluriannuelle de la recherche n’a pas prévu d’inclure l’intégrité scientifique. Le rapport auprès de l’OPECST explique qu’il faudrait abandonner la dérive catastrophique liée à la culture de l’article. Des… Continuer la lecture
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COVID-19 : excellente analyse du balancier de l’hydroxychloroquine, mais notoriété rime avec mensonges
C’est Expert Review of Clinical Immunology qui a publié le 3 juillet 2020 un excellent article avec des auteurs internationaux, dont un français, Francis Berenbaum, qu’il faut féliciter. Ils ont analysé le discours public sur l’hydroxychloroquine de février à mai 2020. Le titre de cet article pourrait être : « Comment surfer sur la crédulité des citoyens quand on est scientifique,… Continuer la lecture
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COVID-19 : les publications originales avant avril venaient d’Asie et décrivaient des caractéristiques cliniques ou les diagnostics
Une bonne analyse des publications COVID-19 par des chercheurs de Singapour à partir des articles de PubMed et EmBase publiés entre le 1 janvier et le 24 mars 2020. Publication le 2 juillet 2020 dans BMC Medical Research Methodology avec le titre : « Coronavirus disease 2019 (COVID-19): an evidence map of medical literature ». Cette analyse a des similarités avec celle… Continuer la lecture
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COVID-19 : les premières publications étaient des études rétrospectives, des séries de cas ou des modélisations, avec des auteurs chinois
Une équipe de chercheurs croates a analysé des publications contenant des données originales sur la COVID-19. L’article a été publié le 22 juin 2020 dans BMC Medical Research Methodology. Ce sont des publications faites entre janvier et mi-mars 2020. Ce sont les auteurs chinois qui prédominaient, et les publications n’étaient pas des essais randomisés (normal à cette date). Les essais… Continuer la lecture
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COVID-19 : la plupart des études cliniques en cours apporteront de faibles niveaux de preuve
C’est une lettre publiée dans JAMA Internal Medicine le 27 juillet 2020 (Characteristics and Strength of Evidence of COVID-19 Studies Registered on ClinicalTrials.gov). Ces auteurs américains ont cherché les études enregistrées dans le registre ClinicalTrials.gov et recherché les niveaux de preuve attendus, avec une méthode ‘2011 Oxford Centre for Evidence-Based Medicine’ (OCEBM). « We identified 1551 studies registered from March 1,… Continuer la lecture
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COVID-19 : le BMJ rappelle que la transparence des données sources n’est pas assez appliquée par les revues (et les Universités ?)
Il est normal que ce soit le BMJ qui vienne discuter les problèmes du Lancet et du NEJM qui ont rétracté deux articles car les données sources n’étaient pas auditables. Attention, en l’absence d’audit de ces données, nous ne saurons jamais s’il y a eu erreurs honnêtes ou falsification de données… impossible d’accuser sans un audit qu’une institution comme Harvard… Continuer la lecture
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COVID-19 : les revues scientifiques françaises ont bien informé les professionnels, et les médias n’ont pas à juger la preuve scientifique
Contrairement aux moulins à parole 24/24 et 7/7 de ces médias télévisés invitant des pseudo-experts n’ayant rien à dire, les revues scientifiques ont participé aux débats avec raison. Le peer-review améliore les articles et demande un peu de temps. Nos revues scientifiques françaises ont fait pour le mieux. Il y a eu énormément d’informations COVID-19 sur les sites des sociétés… Continuer la lecture
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COVID-19 : calmez-vous sur NEJM et Lancet qui travaillent bien… les incompétents ne savent pas ce qu’est l’expression of concern
The Lancet et NEJM ont publié deux études faites à partir de données de vie réelles qui appellent justement des critiques. Je ne sais pas si ces études sont de qualité, et les reviewers ne pouvaient pas tout voir, car un a priori de bonne foi existe quand les reviewers évaluent un manuscrit. Trop d’incompétents donnent leur avis sur ces… Continuer la lecture
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COVID-19 : bon avis tri-académique sur les essais cliniques au cours de la pandémie… est-il foireux pour D Raoult et Ph Douste-Blazy ?
Trois Académies ont publié un rapport commun de 11 pages le 29 mai 2020 intitulé « Essais cliniques au cours de la pandémie COVID-19 : cibles thérapeutiques, exigences méthodologiques, impératifs éthiques ». Vous trouverez ce rapport sur les sites de l’Académie des Sciences, de l’Académie nationale de médecine et de l’Académie nationale de Pharmacie. Il est accompagné d’un communiqué de presse que… Continuer la lecture
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COVID-19 : la vérité scientifique ne se décrète pas à l’applaudimètre d’après l’Académie nationale de médecine
L’Académie nationale de médecine a régulièrement publié des avis sur son site BRAVO. J’ai été très agréablement surpris par le communiqué de presse de l’Académie nationale de médecine le 8 mai 2020 pour pousser un coup de gueule. BRAVO. L’Académie a été énervée par l’hydroxychloroquine. C’est clair : La vérité scientifique ne se décrète pas à l’applaudimètre. Elle n’émerge pas… Continuer la lecture
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COVID-19 : bonne réflexion sur un protocole marseillais qui a franchi la ligne jaune… pas si simple
A propos d’un essai de l’IHU de Marseille, cet article de Médecine Sciences du 15 mai 2020 apporte des arguments pour qualifier cette recherche : protocole de soins ou protocole de recherche ? La dernière phrase de cet article : Une situation d’urgence ne saurait justifier l’abandon des règles éthiques et juridiques protégeant les personnes. Voici l’introduction qui pose bien… Continuer la lecture
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COVID-19 : quel bordel avec tous ces auteurs qui ne montrent pas leurs données ! Les débats auraient été pacifiés sur la chloroquine
A l’époque de l’ouverture de tout : open access, open data, etc… Quelle erreur de n’avoir pas eu les données sources de tous ces essais de médicaments soit disant efficaces ! A commencer par tous ceux qui vous disent que l’hydroxychloroquine est efficace ! Il y a encore des essais dont les résultats sont des communiqués de presse ou des… Continuer la lecture
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COVID-19 : les crises ne sont pas une excuse pour diminuer les standards de la recherche
En situation d’urgence, quel est le bon équilibre entre la préservation de méthodes rigoureuses et l’attente de résultats pour traiter la maladie ? Il n’est pas toujours possible de réaliser des essais randomisés comparatifs de qualité… mais comment faire ? Les données précliniques, et les études avec de petits effectifs apportent des arguments, mais jamais de preuve d’une efficacité avec… Continuer la lecture
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COVID-19 : Claude Bernard s’adresse aux bobologues de tous bords, aux druides de Marseille, à des politiques et à D Trump
J’ai deux exemplaires de la Médecine expérimentale de Claude Bernard, et cette introduction mérite toujours d’être relue, bien que des passages soient parfois un peu verbeux. Voici un extrait qui est d’actualité : « Un médecin qui essaye un traitement et qui guérit ses malades est porté à croire que la guérison est due à son traitement. Souvent des médecins se… Continuer la lecture
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COVID-19 : STROBE et CONSORT sont des lignes directrices inconnues à l’IHU de Marseille
Une petite musique monte enfin pour attirer l’attention sur les méconnaissances méthodologiques des chercheurs de l’IHU de Marseille (D Raoult et ses colonels). Nombreux sont les articles qui analysent la littérature hydroxychloroquine / COVID-19 pour montrer les gaspillages de ressources pour conduire des études avec de mauvaises méthodologies. J’en retiens deux assez simples, parmi les nombreux que vous pourrez consulter… Continuer la lecture
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COVID 19 : les biais de convenance sociale cachent des déviances au niveau de la diffusion des recherches
Nous lisons tout sur le Coronavirus, et c’est très difficile de sélectionner les informations validées, d’autant plus qu’elles sont rares. Restons prudents et ne passons pas notre temps à dire que rien n’est bien fait… surtout gardons confiance en nos décideurs.Ils ne cachent rien.. arrêtons les fausses polémiques. Je suis confiné dans les Alpes, à 1800 mètres… avec la neige… Continuer la lecture
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La folie des publications COVID-19 ! Restons calmes car des données solides sur l’efficacité des traitements viendront
La désinformation est de mise sur le COVID-19 car des chercheurs sont attirés par le sensationnel plutôt que par produire des résultats validés qui demandent du temps. Je vous laisse vous faire votre opinion sur ce que dit le Pr D Raoult dans la Provence (21 mars 2020) : « Dans mon monde, je suis une star mondiale, je ne suis… Continuer la lecture
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L’évaluation des chercheurs : les 5 principes de Hong Kong peuvent être mis en oeuvre avec succès
J’ai déjà présenté ces principes de Hong Kong en octobre 2019. La version 2 de ce preprint est du 23 novembre 2019. L’intéressant, ce sont les exemples de mise en oeuvre. Cela valide ces principes car ils sont adapté à la pratique. Les 5 principes ont été repris sur un poster BRAVO. Voici ces 5 principes résumés, et les exemples… Continuer la lecture
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Small versus big data : pas mieux ! Le cheery-picking toujours la norme ?
Lors de la conférence de JPA Ioannidis à l’Académie nationale de médecine (Projet MIROR, décembre 2019), il a utilisé deux diapos reproduites ci dessous, à méditer… Son message est qu’après des années de publication d’études avec de petits échantillons (diapo 10), nous pensons avoir une solution avec les big data (diapo 12)… mais nous entrons dans une ère qui n’apportera… Continuer la lecture
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Le facteur TOP devrait remplacer le facteur d’impact, mais ce n’est pas gagné.. aux revues de le mettre en oeuvre
Le mouvement initié à Charlottesville par les équipes de Brian Nosek a décrit les recommandations TOP décrites depuis plus de 5 ans. TOP pour Transparency Openess Promotion est basé sur 8 critères décrits dans des revues dont Science en juin 2015. Ce sont les critères recomandés par Chris Chambers dans le dernier chapitre de son ouvrage sur les 7 péchés… Continuer la lecture
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Le meilleur modèle pour publier des études ‘négatives’ : les ‘Registered reports’ ont gagné sur les modèles classiques.
Ce preprint du 5 février 2020 sera vite publié car il apporte des données convaincantes. Il a été déposé sur PsyArXiv, une des plateformes de OSF. Le protocole a été enregistré correctement sur le registre du COS (Charlottesville, USA). Le titre « An excess of positive results: Comparing the standard Psychology literature with Registered Reports ». Les méthodes sont très bien décrites… Continuer la lecture
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Rigidité cadavérique (10/10) : une solution en développant la recherche sur la recherce est urgent
Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Dans le livre de Chris Chambers, la rédemption était aussi dans le dernier chapitre. C Chambers a proposé des solutions pour chacun des 7 péchés décrits. Les solutions… Continuer la lecture
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Médiator : un peu de hauteur pour réfléchir sur la causalité et le nombre de morts
Je vous encourage à lire un livre qui vient d’être publié (octobre 2019) avec le titre « Médiator® – Et si ce n’était qu’une question de poids ? » (L’Harmattan 2019). Il permet de discuter la notion de causalité. Ce livre détaillé demande de la concentration et un peu de temps… mais il apporte des arguments, contrairement à tous ces… Continuer la lecture
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Rigidité cadavérique (6/10) : sauter aux conclusions.. ou le business des faux positifs car trop de chercheurs ignorent les statistiques
Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Le chapitre 6 illustre par des exemples l’ignorance des bonnes pratiques statistiques et décrit les problèmes liés au seuil de 0,05 en refaisant l’histoire des tests de façons… Continuer la lecture
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La recherche sur la recherche, ou méta-recherche : un colloque international à l’Académie de Médecine, 25 novembre 2019
L’Académie nationale de médecine accueille le lundi 25 novembre un colloque avec des orateurs prestigieux. Il s’agit de la restitution du projet international MiRoR (Methods in Research on Research). Le titre du colloque : ‘Meta-Research for Transforming Research’. Le programme est alléchant avec une conférence de JPA Ioannidis, et une table ronde sur l’évaluation des chercheurs avec Frank Miedema, doyen… Continuer la lecture
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Du bon usage de l’esprit critique… quand ce qui dit le premier imbécile est relayé en quelques heures par d’autres imbéciles
LL’esprit critique : serait-il en voie de disparition ? Cette question est abordée dans le numéro 100 de la revue Books, en vente en kiosque depuis fin août 2019. Le sommaire est riche ; les articles ont été écrits par une trentaine de spécialistes de leurs domaines (130 pages). C’est une lecture agréable, et j’ai acheté des livres analysés dans… Continuer la lecture
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Rigidité cadavérique (3/10) : un seau d’eau froide pour se calmer en voyant la médiocrité des études animales
Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Ce livre revient sur des histoires connues, en ajoutant la touche du journaliste d’investigation qui raconte les coulisses de certaines publications. Le chapitre 3 commente des situations, des… Continuer la lecture
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Rigidité cadavérique (2/9) : C’est dur, même dans les bons jours
Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Ce livre revient sur des histoires connues, en ajoutant la touche du journaliste d’investigation qui raconte les coulisses de certaines publications. Le chapitre 2 commente des situations, des… Continuer la lecture
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Registered reports adopté par 200 revues : un bilan (66 % ne supportent pas l’hypothèse initiale) et de bonnes réflexions
Nous avons présenté plusieurs fois le modèle de publication appelé ‘Registered Reports’ ou ‘RRs’. En 2019, les RRs sont proposés par environ 200 revues, ayant été initié dans le domaine de la psychologie en 2013. Dans Nature, en septembre 2019, Chris Chambers qui a été l’un des acteurs de ce mouvement, qui préside des comités ‘RRs’ pour plusieurs revues apportent… Continuer la lecture
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Dysfonctionnements de la mise sur le marché des anticancéreux : les experts de la FDA confirment mais rien ne changera
Hier, nous avons évoqué le 23 août deux articles originaux et deux commentaires dans le JAMA Intern Med sur la mise sur le marché des anticancéreux : les dysfonctionnements sont prouvés car la rapidité d’accès, la nouveauté sont demandées par les patients et poussées par les industries. Trop d’anticancéreux sont mis sur le marché sans avoir des données de qualité… Continuer la lecture
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Les dysfonctionnements de la mise sur le marché des anticancéreux : l’accès rapide n’est pas un bénéfice pour les patients
J’ai été surpris (pas vraiment) par la publication dans le BMJ des données allemandes sur les médicaments mis sur le marché, car 25 % ont un bénéfice réel pour les patients. Cet adage qu’un « accès rapide aux nouveaux médicaments est un bénéfice pour les patients » semble faux ! C’est probablement pire dans le domaine du cancer, à lire quatre articles… Continuer la lecture
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