Archives de catégorie : Méthodologie de recherche

COVID-19 : le BMJ rappelle que la transparence des données sources n’est pas assez appliquée par les revues (et les Universités ?)

Il est normal que ce soit le BMJ qui vienne discuter les problèmes du Lancet et du NEJM qui ont rétracté deux articles car les données sources n’étaient pas auditables. Attention, en l’absence d’audit de ces données, nous ne saurons jamais s’il y a eu erreurs honnêtes ou falsification de données… impossible d’accuser sans un audit qu’une institution comme Harvard… Continuer la lecture

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COVID-19 : les revues scientifiques françaises ont bien informé les professionnels, et les médias n’ont pas à juger la preuve scientifique

Contrairement aux moulins à parole 24/24 et 7/7 de ces médias télévisés invitant des pseudo-experts n’ayant rien à dire, les revues scientifiques ont participé aux débats avec raison. Le peer-review améliore les articles et demande un peu de temps. Nos revues scientifiques françaises ont fait pour le mieux. Il y a eu énormément d’informations COVID-19 sur les sites des sociétés… Continuer la lecture

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COVID-19 : calmez-vous sur NEJM et Lancet qui travaillent bien… les incompétents ne savent pas ce qu’est l’expression of concern

The Lancet et NEJM ont publié deux études faites à partir de données de vie réelles qui appellent justement des critiques. Je ne sais pas si ces études sont de qualité, et les reviewers ne pouvaient pas tout voir, car un a priori de bonne foi existe quand les reviewers évaluent un manuscrit. Trop d’incompétents donnent leur avis sur ces… Continuer la lecture

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COVID-19 : bon avis tri-académique sur les essais cliniques au cours de la pandémie… est-il foireux pour D Raoult et Ph Douste-Blazy ?

Trois Académies ont publié un rapport commun de 11 pages le 29 mai 2020 intitulé « Essais cliniques au cours de la pandémie COVID-19 : cibles thérapeutiques, exigences méthodologiques, impératifs éthiques ». Vous trouverez ce rapport sur les sites de l’Académie des Sciences, de l’Académie nationale de médecine et de l’Académie nationale de Pharmacie. Il est accompagné d’un communiqué de presse que… Continuer la lecture

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COVID-19 : la vérité scientifique ne se décrète pas à l’applaudimètre d’après l’Académie nationale de médecine

L’Académie nationale de médecine a régulièrement publié des avis sur son site BRAVO. J’ai été très agréablement surpris par le communiqué de presse de l’Académie nationale de médecine le 8 mai 2020 pour pousser un coup de gueule. BRAVO. L’Académie a été énervée par l’hydroxychloroquine. C’est clair : La vérité scientifique ne se décrète pas à l’applaudimètre. Elle n’émerge pas… Continuer la lecture

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COVID-19 : bonne réflexion sur un protocole marseillais qui a franchi la ligne jaune… pas si simple

A propos d’un essai de l’IHU de Marseille, cet article de Médecine Sciences du 15 mai 2020 apporte des arguments pour qualifier cette recherche : protocole de soins ou protocole de recherche ? La dernière phrase de cet article : Une situation d’urgence ne saurait justifier l’abandon des règles éthiques et juridiques protégeant les personnes. Voici l’introduction qui pose bien… Continuer la lecture

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Les lignes directrices pour écrire des articles ne sont pas des outils pour évaluer la qualité des articles

Le titre de ce billet est simple, mais trop de chercheurs n’ont pas totalement compris les objectifs des lignes directrices disponibles sur le site EQUATOR. Les plus connues sont CONSORT? STARD, STROBE, etc… L’article publié dans le numéro 2 (juin) de la revue Health Science Reports explique ce qui devrait être considéré comme évident. Les auteurs viennent du centre anglais… Continuer la lecture

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COVID-19 : quel bordel avec tous ces auteurs qui ne montrent pas leurs données ! Les débats auraient été pacifiés sur la chloroquine

A l’époque de l’ouverture de tout : open access, open data, etc… Quelle erreur de n’avoir pas eu les données sources de tous ces essais de médicaments soit disant efficaces ! A commencer par tous ceux qui vous disent que l’hydroxychloroquine est efficace ! Il y a encore des essais dont les résultats sont des communiqués de presse ou des… Continuer la lecture

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COVID-19 : les crises ne sont pas une excuse pour diminuer les standards de la recherche

En situation d’urgence, quel est le bon équilibre entre la préservation de méthodes rigoureuses et l’attente de résultats pour traiter la maladie ? Il n’est pas toujours possible de réaliser des essais randomisés comparatifs de qualité… mais comment faire ? Les données précliniques, et les études avec de petits effectifs apportent des arguments, mais jamais de preuve d’une efficacité avec… Continuer la lecture

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COVID-19 : Claude Bernard s’adresse aux bobologues de tous bords, aux druides de Marseille, à des politiques et à D Trump

J’ai deux exemplaires de la Médecine expérimentale de Claude Bernard, et cette introduction mérite toujours d’être relue, bien que des passages soient parfois un peu verbeux. Voici un extrait qui est d’actualité : « Un médecin qui essaye un traitement et qui guérit ses malades est porté à croire que la guérison est due à son traitement. Souvent des médecins se… Continuer la lecture

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COVID-19 : STROBE et CONSORT sont des lignes directrices inconnues à l’IHU de Marseille

Une petite musique monte enfin pour attirer l’attention sur les méconnaissances méthodologiques des chercheurs de l’IHU de Marseille (D Raoult et ses colonels). Nombreux sont les articles qui analysent la littérature hydroxychloroquine / COVID-19 pour montrer les gaspillages de ressources pour conduire des études avec de mauvaises méthodologies. J’en retiens deux assez simples, parmi les nombreux que vous pourrez consulter… Continuer la lecture

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COVID 19 : les biais de convenance sociale cachent des déviances au niveau de la diffusion des recherches

Nous lisons tout sur le Coronavirus, et c’est très difficile de sélectionner les informations validées, d’autant plus qu’elles sont rares. Restons prudents et ne passons pas notre temps à dire que rien n’est bien fait… surtout gardons confiance en nos décideurs.Ils ne cachent rien.. arrêtons les fausses polémiques. Je suis confiné dans les Alpes, à 1800 mètres… avec la neige… Continuer la lecture

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La folie des publications COVID-19 ! Restons calmes car des données solides sur l’efficacité des traitements viendront

La désinformation est de mise sur le COVID-19 car des chercheurs sont attirés par le sensationnel plutôt que par produire des résultats validés qui demandent du temps. Je vous laisse vous faire votre opinion sur ce que dit le Pr D Raoult dans la Provence (21 mars 2020) : « Dans mon monde, je suis une star mondiale, je ne suis… Continuer la lecture

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L’évaluation des chercheurs : les 5 principes de Hong Kong peuvent être mis en oeuvre avec succès

J’ai déjà présenté ces principes de Hong Kong en octobre 2019. La version 2 de ce preprint est du 23 novembre 2019. L’intéressant, ce sont les exemples de mise en oeuvre. Cela valide ces principes car ils sont adapté à la pratique. Les 5 principes ont été repris sur un poster BRAVO. Voici ces 5 principes résumés, et les exemples… Continuer la lecture

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Small versus big data : pas mieux ! Le cheery-picking toujours la norme ?

Lors de la conférence de JPA Ioannidis à l’Académie nationale de médecine (Projet MIROR, décembre 2019), il a utilisé deux diapos reproduites ci dessous, à méditer… Son message est qu’après des années de publication d’études avec de petits échantillons (diapo 10), nous pensons avoir une solution avec les big data (diapo 12)… mais nous entrons dans une ère qui n’apportera… Continuer la lecture

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Le facteur TOP devrait remplacer le facteur d’impact, mais ce n’est pas gagné.. aux revues de le mettre en oeuvre

Le mouvement initié à Charlottesville par les équipes de Brian Nosek a décrit les recommandations TOP décrites depuis plus de 5 ans. TOP pour Transparency Openess Promotion est basé sur 8 critères décrits dans des revues dont Science en juin 2015. Ce sont les critères recomandés par Chris Chambers dans le dernier chapitre de son ouvrage sur les 7 péchés… Continuer la lecture

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Le meilleur modèle pour publier des études ‘négatives’ : les ‘Registered reports’ ont gagné sur les modèles classiques.

Ce preprint du 5 février 2020 sera vite publié car il apporte des données convaincantes. Il a été déposé sur PsyArXiv, une des plateformes de OSF. Le protocole a été enregistré correctement sur le registre du COS (Charlottesville, USA). Le titre « An excess of positive results: Comparing the standard Psychology literature with Registered Reports ». Les méthodes sont très bien décrites… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (10/10) : une solution en développant la recherche sur la recherce est urgent

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Dans le livre de Chris Chambers, la rédemption était aussi dans le dernier chapitre. C Chambers a proposé des solutions pour chacun des 7 péchés décrits. Les solutions… Continuer la lecture

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Médiator : un peu de hauteur pour réfléchir sur la causalité et le nombre de morts

Je vous encourage à lire un livre qui vient d’être publié (octobre 2019) avec le titre « Médiator® – Et si ce n’était qu’une question de poids ? » (L’Harmattan 2019). Il permet de discuter la notion de causalité. Ce livre détaillé demande de la concentration et un peu de temps… mais il apporte des arguments, contrairement à tous ces… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (6/10) : sauter aux conclusions.. ou le business des faux positifs car trop de chercheurs ignorent les statistiques

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Le chapitre 6 illustre par des exemples l’ignorance des bonnes pratiques statistiques et décrit les problèmes liés au seuil de 0,05 en refaisant l’histoire des tests de façons… Continuer la lecture

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La recherche sur la recherche, ou méta-recherche : un colloque international à l’Académie de Médecine, 25 novembre 2019

L’Académie nationale de médecine accueille le lundi 25 novembre un colloque avec des orateurs prestigieux. Il s’agit de la restitution du projet international MiRoR (Methods in Research on Research). Le titre du colloque : ‘Meta-Research for Transforming Research’. Le programme est alléchant avec une conférence de JPA Ioannidis, et une table ronde sur l’évaluation des chercheurs avec Frank Miedema, doyen… Continuer la lecture

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Du bon usage de l’esprit critique… quand ce qui dit le premier imbécile est relayé en quelques heures par d’autres imbéciles

LL’esprit critique : serait-il en voie de disparition ? Cette question est abordée dans le numéro 100 de la revue Books, en vente en kiosque depuis fin août 2019. Le sommaire est riche ; les articles ont été écrits par une trentaine de spécialistes de leurs domaines (130 pages). C’est une lecture agréable, et j’ai acheté des livres analysés dans… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (3/10) : un seau d’eau froide pour se calmer en voyant la médiocrité des études animales

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Ce livre revient sur des histoires connues, en ajoutant la touche du journaliste d’investigation qui raconte les coulisses de certaines publications. Le chapitre 3 commente des situations, des… Continuer la lecture

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Rigidité cadavérique (2/9) : C’est dur, même dans les bons jours

Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Ce livre revient sur des histoires connues, en ajoutant la touche du journaliste d’investigation qui raconte les coulisses de certaines publications. Le chapitre 2 commente des situations, des… Continuer la lecture

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Registered reports adopté par 200 revues : un bilan (66 % ne supportent pas l’hypothèse initiale) et de bonnes réflexions

Nous avons présenté plusieurs fois le modèle de publication appelé ‘Registered Reports’ ou ‘RRs’. En 2019, les RRs sont proposés par environ 200 revues, ayant été initié dans le domaine de la psychologie en 2013. Dans Nature, en septembre 2019, Chris Chambers qui a été l’un des acteurs de ce mouvement, qui préside des comités ‘RRs’ pour plusieurs revues apportent… Continuer la lecture

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Dysfonctionnements de la mise sur le marché des anticancéreux : les experts de la FDA confirment mais rien ne changera

Hier, nous avons évoqué le 23 août deux articles originaux et deux commentaires dans le JAMA Intern Med sur la mise sur le marché des anticancéreux : les dysfonctionnements sont prouvés car la rapidité d’accès, la nouveauté sont demandées par les patients et poussées par les industries. Trop d’anticancéreux sont mis sur le marché sans avoir des données de qualité… Continuer la lecture

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Les dysfonctionnements de la mise sur le marché des anticancéreux : l’accès rapide n’est pas un bénéfice pour les patients

J’ai été surpris (pas vraiment) par la publication dans le BMJ des données allemandes sur les médicaments mis sur le marché, car 25 % ont un bénéfice réel pour les patients. Cet adage qu’un « accès rapide aux nouveaux médicaments est un bénéfice pour les patients » semble faux ! C’est probablement pire dans le domaine du cancer, à lire quatre articles… Continuer la lecture

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Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables

C’est le titre d’un excellent article dans eLife de 11 pages (début août 2019) signé par 3 chercheurs, M Yarborough (Sacramento, Californie), R Nadon (MacGill, Montréal), et DG Carlin, chercheur indépendant basé à Marseille ! Cet article part de constats alarmants et anciens (Altman en 1994 sur le scandale de la mauvaise recherche dans le BMJ, et un livre que… Continuer la lecture

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Le climat de la publication n’est pas sain : bonnes données montrant que ‘Publier et Périr’ a remplacé ‘Publier ou Périr’

Cet article de PLoS ONE (19 juin 2019) a pour titre « Perceived publication pressure in Amsterdam: Survey of all disciplinary fields and academic ranks ». Les auteurs ont utilisé le questionnaire révisé PPQ (Publication Pressure Questionnaire). La question de recherche était : « What is the level of perceived publication pressure in the four academic institutions in Amsterdam and does the pressure… Continuer la lecture

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Prévalence des mauvaises conduites en psychologie : pareil qu’en biologie !

Dans la revue Zeitschrift für Psychologie, un article a été publié par de ux allemands de Leibniz : Scientific misconduct in psychology. A systematic review of prevalence estimates and new empirical data. Bien que ce ne soit pas réellement une revue systématique faite selon les lignes directrices PRISMA, nous trouvons quelques informations relatives au domaine de la psychologie : Ce… Continuer la lecture

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Défendons les bons journalistes attaqués par GE Séralini qui a prétendu que OGM et glyphosate seraient toxiques chez des rats

Comme Wakefield (ROR et autisme), GE Séralini ne supporte toutes pas les controverses. Le JIM du 3 mai 2019 nous informe que GE Séralini devrait porter plainte contre trois journalistes, Patrick Cohen (C à vous), Mac Lessgy (M6), et G Woessner (Europe 1) qui ont critiqué les études bidonnées de ce chercheur. Mme Géraldine Woessner est particulièrement bien documentée. Elle… Continuer la lecture

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Défendons les bons journalistes attaqués par GE Séralini qui a prétendu que OGM et glyphosate seraient toxiques chez des rats

Comme Wakefield (ROR et autisme), GE Séralini ne supporte toutes pas les controverses. Le JIM du 3 mai 2019 nous informe que GE Séralini devrait porter plainte contre trois journalistes, Patrick Cohen (C à vous), Mac Lessgy (M6), et G Woessner (Europe 1) qui ont critiqué les études bidonnées de ce chercheur. Mme Géraldine Woessner est particulièrement bien documentée. Elle… Continuer la lecture

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Livre blanc de SpringerNature sur le partage des données : cinq recommandations simples

Ce rapport de 24 pages a été préparé par cinq collaborateurs du groupe SpringerNature (accès libre). Ils sont basés en Angleterre, et ont une connaissance d’autres pratiques que celle des revues du groupe (F1000, BMC avant son rachat par Springer). Ils ont différentes positions dans le groupe. Ils ont repris des enquêtes auprès d’environ 11 000 chercheurs, y compris une… Continuer la lecture

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En 40 ans, les titres des articles des revues médicales prestigieuses ont évolué vers les populations plutôt que les individus, et vers une séparation patient / maladie.

La culture de la médecine évolue régulièrement et un moyen de l’analyser est d’explorer le langage employé dans les articles des revues médicales. Ce sont des études difficiles avec des fouilles de texte sur de grands nombre d’article. Une étude parue dans le JAMA Open le 22 mars 2019 est passionnante, même si la lecture est parfois difficile. Son titre… Continuer la lecture

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La revue ‘Written Communication’ a un numéro spécial ‘Writing and Science’

Le groupe SAGE publie une revue qui s’appelle Written Communication (WC). Elle a un facteur d’impact de 1,3. En décembre 2018, WC a publié un numéro spécial « Writing and Science » avec un éditorial et 6 articles. L’éditorial présente les 6 articles ; il est signé par le rédacteur en chef. Voici les 6 articles originaux (recherches qualitatives), et chaque article… Continuer la lecture

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De la culture POP à la culture TOP : est-ce que la science ouverte pourrait améliorer les pratiques discutables en recherche ?

Lors du colloque résumé hier, j’ai présenté succinctement des réflexions sur les pratiques discutables en recherche. J’ai choisi des exemples dans le domaine biomédical, dans le management, la psychologie et la finance. J’ai enregistré des commentaires dans les deux ppt de 15 minutes chacun : Partie 1 : j’ai repris des informations commentées sur ce blog à propos des antidépresseurs… Continuer la lecture

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Ethique de la communication des faits scientifiques : bravo Médecine Sciences

C’est avec plaisir que j’ai lu un bon éditorial du numéro de février 2019 de m/s ou médecine/sciences, une revue de l’Inserm d’accès libre. (voir ci-dessous). Il est écrit par Hervé Chneweiss, Président du Comité d’éthique de l’Inserm, et le titre : « Eléments pour une éthique de la communication des faits scientifiques » Les chercheurs doivent considérer les difficultés nouvelles pour… Continuer la lecture

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Bonne nouvelle : les gros publiants inquiètent des organisations.. proposons de mettre la question à l’ordre du jour des CME de Paris, Lyon et Marseille

J’ai publié des billets au cours du temps sur ces chercheurs appelés des ‘gros publiants’. Quel est le seuil ? Pour un article de Nature, c’était plus de 70 articles par an… soyons réalistes : dès 25, c’est beaucoup (deux par mois !). Il y a des thématiques, des labos qui publient plus que d’autres : lesquels ? Par exemple,… Continuer la lecture

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Le bras armé de l’industrie : le business du New England Journal of Medicine participe au bio-creep (effet de glissade)

Je ne suis pas seul à penser que les essais cliniques publiés par le NEJM participent à des stratégies malsaines. Dans le numéro du 7 février 2019, il y a deux essais de non-infériorité avec un antibiotique de la classe des tétracyclines. Les conclusions sont : Essai dans les infections de la peau : « Omadacycline was noninferior to linezolid for… Continuer la lecture

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La rédaction des articles en psychologie.. différente de la biomédecine, mais plein de messages utiles

J’ai l’habitude de lire des livres de rédaction dans des disciplines qui ont des règles différentes. Si nos articles biomédicaux sont standardisés, avec 3 500 mots, 30 références, une introduction courte, les articles en psychologie ont des règles différentes. Le deuxième édition, datée 2019, de l’ouvrage ci-contre est intéressante. C’est un livre multi-auteurs, avec des auteurs prestigieux, et il est… Continuer la lecture

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