Archives de catégorie : Méthodologie de recherche

Ethique de la communication des faits scientifiques : bravo Médecine Sciences

C’est avec plaisir que j’ai lu un bon éditorial du numéro de février 2019 de m/s ou médecine/sciences, une revue de l’Inserm d’accès libre. (voir ci-dessous). Il est écrit par Hervé Chneweiss, Président du Comité d’éthique de l’Inserm, et le titre : « Eléments pour une éthique de la communication des faits scientifiques » Les chercheurs doivent considérer les difficultés nouvelles pour… Continuer la lecture

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Bonne nouvelle : les gros publiants inquiètent des organisations.. proposons de mettre la question à l’ordre du jour des CME de Paris, Lyon et Marseille

J’ai publié des billets au cours du temps sur ces chercheurs appelés des ‘gros publiants’. Quel est le seuil ? Pour un article de Nature, c’était plus de 70 articles par an… soyons réalistes : dès 25, c’est beaucoup (deux par mois !). Il y a des thématiques, des labos qui publient plus que d’autres : lesquels ? Par exemple,… Continuer la lecture

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Le bras armé de l’industrie : le business du New England Journal of Medicine participe au bio-creep (effet de glissade)

Je ne suis pas seul à penser que les essais cliniques publiés par le NEJM participent à des stratégies malsaines. Dans le numéro du 7 février 2019, il y a deux essais de non-infériorité avec un antibiotique de la classe des tétracyclines. Les conclusions sont : Essai dans les infections de la peau : « Omadacycline was noninferior to linezolid for… Continuer la lecture

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La rédaction des articles en psychologie.. différente de la biomédecine, mais plein de messages utiles

J’ai l’habitude de lire des livres de rédaction dans des disciplines qui ont des règles différentes. Si nos articles biomédicaux sont standardisés, avec 3 500 mots, 30 références, une introduction courte, les articles en psychologie ont des règles différentes. Le deuxième édition, datée 2019, de l’ouvrage ci-contre est intéressante. C’est un livre multi-auteurs, avec des auteurs prestigieux, et il est… Continuer la lecture

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Les leaders d’opinions n’aiment pas reconnaître qu’un essai a foiré : ils ont des critiques stéréotypées montrant que la conception était erronée

Cet article du BMJ de Noël 2018 est d’un humour grinçant. Voici un paragraphe du début : ‘Lorsqu’on demande aux principaux leaders d’opinion de commenter les résultats décevants d’un essai clinique dans des reportages ou lors de conférences, nous avons observé qu’ils semblent curieusement incapables de reconnaître que le traitement ne fonctionne pas. Ils préfèrent soutenir que la conception de… Continuer la lecture

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Savoir écrire une question de recherche, et vous pourrez l’apprendre à votre directeur de thèse !

Je suis souvent surpris par la méconnaissance des thésards quant à la rédaction de leur questions de recherche. Je suis encore plus surpris quand le thésard de médecine me dit qu’après 3 rendez-vous avec son directeur de thèse, la question de recherche n’est pas décidée !! Les thésards ayant eu une formation d’analyse de la littérature (que certains appellent LCA)… Continuer la lecture

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Comment faire éclater la bulle de la publication scientifique ? Position décapante qui fait du bien

Il est rare que des chercheurs s’expriment clairement et publiquement sur les dérives de notre système de publications : la tribune de Raymond Piccoli est décapante. Cet article reprend un rapport de l’Institut Diderot intitulé « Réflexions sur la recherche française » que vous pouvez télécharger. R Piccoli, astrophysicien, a coordonné ce rapport de 31 pages. Quelques intertitres : Une science en… Continuer la lecture

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Comment faire éclater la bulle de la publication scientifique ? Position décapante qui fait du bien

Il est rare que des chercheurs s’expriment clairement et publiquement sur les dérives de notre système de publications : la tribune de Raymond Piccoli est décapante. Cet article reprend un rapport de l’Institut Diderot intitulé « Réflexions sur la recherche française » que vous pouvez télécharger. R Piccoli, astrophysicien, a coordonné ce rapport de 31 pages. Quelques intertitres : Une science en… Continuer la lecture

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La recherche dite ‘hélicoptère’ ne peut pas durer.. mais comment faire ?

C’est un rapport américain, des National Academies of Sciences, Engineering, Medicine, qui m’a fait découvrir cette problématique. Pour moi, la recherche ‘hélicoptère’ se limitait à ces médecins allant en Afrique prendre des données pour les publier dans de bonnes revues sans les noms des travailleurs de terrain, etc… Eh bien, c’est plus large d’après ce rapport de 335 pages, dont… Continuer la lecture

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La recherche dite ‘hélicoptère’ ne peut pas durer.. mais comment faire ?

C’est un rapport américain, des National Academies of Sciences, Engineering, Medicine, qui m’a fait découvrir cette problématique. Pour moi, la recherche ‘hélicoptère’ se limitait à ces médecins allant en Afrique prendre des données pour les publier dans de bonnes revues sans les noms des travailleurs de terrain, etc… Eh bien, c’est plus large d’après ce rapport de 335 pages, dont… Continuer la lecture

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Analyse de deux registres d’essais cliniques : clinicaltrials.gov et EU Clinical Trials Register

Deux équipes de recherche différentes du Royaume-Uni ont analysé la communication des résultats d’essais cliniques, avec des objectifs et des méthodes différents. Les deux recherches ont été publiées dans le BMJ en 2018. Registre américain : Les résultats des essais financés par l’industrie sont plus susceptibles d’être divulgués que ceux des financeurs sans but lucratif. Les 45 620 essais cliniques… Continuer la lecture

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Analyse de deux registres d’essais cliniques : clinicaltrials.gov et EU Clinical Trials Register

Deux équipes de recherche différentes du Royaume-Uni ont analysé la communication des résultats d’essais cliniques, avec des objectifs et des méthodes différents. Les deux recherches ont été publiées dans le BMJ en 2018. Registre américain : Les résultats des essais financés par l’industrie sont plus susceptibles d’être divulgués que ceux des financeurs sans but lucratif. Les 45 620 essais cliniques… Continuer la lecture

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Les résultats des essais cliniques académiques non diffusés : le Royaume Uni meilleur que la France ?

La France est-elle en avance sur le Royaume-Uni en matière de communication des résultats des essais cliniques ? Je ne crois pas car il n’y a ni contrainte, ni volonté politique pour s’assurer que l’argent public ne soit pas gaspillé. Par contre, les résultats des essais industriels sont communiqués. Le 30 octobre 2018, le rapport ci-contre a été publié au… Continuer la lecture

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Les résultats des essais cliniques académiques non diffusés : le Royaume Uni meilleur que la France ?

La France est-elle en avance sur le Royaume-Uni en matière de communication des résultats des essais cliniques ? Je ne crois pas car il n’y a ni contrainte, ni volonté politique pour s’assurer que l’argent public ne soit pas gaspillé. Par contre, les résultats des essais industriels sont communiqués. Le 30 octobre 2018, le rapport ci-contre a été publié au… Continuer la lecture

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Rien ne prouve que le bio réduit le cancer : le parcours du combattant des nutrinautes, une fake news à l’arrivée

J’ai repris ci-dessus une copie d’écran d’un article d’une revue québéquoise, Contrepoints, paru le 25 octobre 2018. Intéressant avec le lien pour le parcours du combattant/nutrinaute. Ce titre est l’inverse du titre trompeur du Monde daté du 22 octobre 2018 : « L’alimentation bio réduit significativement les risques de cancer ». Comment les croyances servent à effrayer le public ! Le journaliste,… Continuer la lecture

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Rien ne prouve que le bio réduit le cancer : le parcours du combattant des nutrinautes, une fake news à l’arrivée

J’ai repris ci-dessus une copie d’écran d’un article d’une revue québéquoise, Contrepoints, paru le 25 octobre 2018. Intéressant avec le lien pour le parcours du combattant/nutrinaute. Ce titre est l’inverse du titre trompeur du Monde daté du 22 octobre 2018 : « L’alimentation bio réduit significativement les risques de cancer ». Comment les croyances servent à effrayer le public ! Le journaliste,… Continuer la lecture

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Conseils pour écrire un article original selon le plan IMRaD… sans confondre style scientifique et littéraire

Il s’agit de deux articles simples et courts, le premier pour aider à rédiger un article original. Le second article est sur le style en rédaction scientifique. Il ont été écrits par des urologues de Barcelone dans la revue Actas Urológicas Españolas (English Edition) et ont été publiés en octobre 2018. Ils sont en espagnol et en anglais. Le fin… Continuer la lecture

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Conseils pour écrire un article original selon le plan IMRaD… sans confondre style scientifique et littéraire

Il s’agit de deux articles simples et courts, le premier pour aider à rédiger un article original. Le second article est sur le style en rédaction scientifique. Il ont été écrits par des urologues de Barcelone dans la revue Actas Urológicas Españolas (English Edition) et ont été publiés en octobre 2018. Ils sont en espagnol et en anglais. Le fin… Continuer la lecture

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Les chercheurs ont des demandes ‘perverses’ auprès des statisticiens pour embellir les articles

Les Annals of Internal Medicine ont publié trois articles sur les (mauvaises) statistiques dans les articles scientifiques : Le premier (2 octobre 2018) d’une série d’articles « Annals Understanding Clinical Research » avec le titre « Interpreting results with large P values »… En pratique arrêtons d’urgence de croire que le 0,05 est une valeur miracle pour la valeur de P… la pertinence clinique… Continuer la lecture

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Les chercheurs ont des demandes ‘perverses’ auprès des statisticiens pour embellir les articles

Les Annals of Internal Medicine ont publié trois articles sur les (mauvaises) statistiques dans les articles scientifiques : Le premier (2 octobre 2018) d’une série d’articles « Annals Understanding Clinical Research » avec le titre « Interpreting results with large P values »… En pratique arrêtons d’urgence de croire que le 0,05 est une valeur miracle pour la valeur de P… la pertinence clinique… Continuer la lecture

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Comment améliorer le peer-review ? Faire des essais randomisés ou attendre l’intelligence artificielle ?

Des essais ont été faits pour tester des méthodes pour améliorer le peer-review. Les premières recherches faites en 1982 avaient créé des polémiques en montrant que des articles acceptés puis re-soumis pouvaient être refusés par la même revue. La subjectivité du peer-review a toujours existé alors que l’on voudrait que ce soit une méthode reproductible et de qualité. Si le… Continuer la lecture

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Comment améliorer le peer-review ? Faire des essais randomisés ou attendre l’intelligence artificielle ?

Des essais ont été faits pour tester des méthodes pour améliorer le peer-review. Les premières recherches faites en 1982 avaient créé des polémiques en montrant que des articles acceptés puis re-soumis pouvaient être refusés par la même revue. La subjectivité du peer-review a toujours existé alors que l’on voudrait que ce soit une méthode reproductible et de qualité. Si le… Continuer la lecture

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Faut-il limiter les articles des revues systématiques et méta-analyses à la langue anglaise ? Question pertinente… réponse surprenante

Les Annals of Internal Medicine ont publié une excellente recherche (septembre 2018) sur l’association entre les estimations des effets du traitement et les caractéristiques de publication. L’étude méta-épidémiologique a été réalisée par des chercheurs français et allemands (hôpitaux universitaires et centres Cochrane), financés par Cochrane France. Il faut surtout féliciter Agnès Dechartres, Pitié-Salpétrière, qui est premier auteur de cet article…. Continuer la lecture

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Faut-il limiter les articles des revues systématiques et méta-analyses à la langue anglaise ? Question pertinente… réponse surprenante

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Les Annals of Internal Medicine ont publié une excellente recherche (septembre 2018) sur l’association entre les estimations des effets du traitement et les caractéristiques de publication. L’étude méta-épidémiologique a été réalisée par des chercheurs français et allemands (hôpitaux universitaires et centres Cochrane), financés par Cochrane France. Il faut surtout féliciter Agnès Dechartres, Sorbonne Université, qui est premier auteur de cet… Continuer la lecture

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Article de très grande qualité : Est-ce que les arbitres donnent plus de cartons rouges aux joueurs de couleur foncée ou claire ?

Je ne regrette pas l’heure passée dans un bistrot avec un café pour lire avec attention un article exceptionnel. La qualité de la rédaction ajoute du plaisir à la lecture. La question de recherche est intéressante, et ce sont des équipes fédérées par les Center for Open Science (B Nosek, Charlottesville, Virginia, USA) qui ont conduit cette recherche. L »objectif était… Continuer la lecture

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Article de qualité : Est-ce que les arbitres donnent plus de cartons rouges aux joueurs de couleur foncée ou claire ?

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La recherche en cardiologie ouvre-t-elle la voie au partage des données, comparativement à d’autres spécialités médicales ?

Le partage des données en médecine accuse un retard par rapport à d’autres disciplines scientifiques. Le partage des données de recherche anonymisées au niveau des patients offre d’immenses possibilités à tous les intervenants qui participent à la recherche. Dans un article du JACC de fin 2017, l’équipe de cardiologie de l’École de médecine de Yale a décrit les efforts déployés… Continuer la lecture

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La recherche en cardiologie ouvre-t-elle la voie au partage des données, comparativement à d’autres spécialités médicales ?

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aspredicted.org : l’enregistrement des protocoles simplifié

Cela fait quelques mois que je cherche des informations sur un site qui me semble très utile. Il a été créé par 3 chercheurs américains, domaine de la psychologie, business, pour être un registre de protocoles. Aspredicted.org est très simple d’utilisation car le chercheur dépose un protocole simplifié en 9 questions. Ensuite est généré un pdf qui est archivé, et… Continuer la lecture

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aspredicted.org : l’enregistrement des protocoles simplifié

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Code hollandais de l’intégrité de la recherche : Honesty, Scrupulousness, Transparency, Independence, Responsibility.

Publié le 14 septembre 2018, ce code de 32 pages est plus qu’une mise à jour de la version 2004. La Hollande a expérimenté des scandales dont ceux de D Stapel, Poldermans, et quelques autres. Un communiqué de presse indique les changements entre les deux versions. Le téléchargement du code 2018 est gratuit à partir du communiqué. Le public ciblé… Continuer la lecture

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Code hollandais de l’intégrité de la recherche : Honesty, Scrupulousness, Transparency, Independence, Responsibility.

Publié le 14 septembre 2018, ce code de 32 pages est plus qu’une mise à jour de la version 2004. La Hollande a expérimenté des scandales dont ceux de D Stapel, Poldermans, et quelques autres. Un communiqué de presse indique les changements entre les de… Continuer la lecture

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Groupe JAMA : 6 rétractations d’un coup pour des recherches en nutrition

Ces 6 rétractations simultanées concernent un même chercheur (et les co-auteurs) pour des revues du groupe JAMA : Brian Wansink, PhD. Les rétractations sont signées par le rédacteur en chef des revues du groupe JAMA et les raisons ne sont pas explicites : Cornell University has notified JAMA that based on its investigation they are unable to provide assurances regarding… Continuer la lecture

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Groupe JAMA : 6 rétractations d’un coup pour des recherches en nutrition

Ces 6 rétractations simultanées concernent un même chercheur (et les co-auteurs) pour des revues du groupe JAMA : Brian Wansink, PhD. Les rétractations sont signées par le rédacteur en chef des revues du groupe JAMA et les raisons ne sont pas explicite… Continuer la lecture

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Journalologie, metawars, et une recette de rigueur en enregistrant les protocoles : la science mise à l’épreuve dans la revue Science

Le numéro du 21 septembre 2018 de la revue Science contient une série d’article sur la ‘Metaresearch’, c’est à dire ces équipes qui font de la recherche sur la recherche… pour mieux comprendre ce qui se passe. Chapitres en accès libre ! Voici les cha… Continuer la lecture

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Journalologie, metawars, et une recette de rigueur en enregistrant les protocoles : la science mise à l’épreuve dans la revue Science

Le numéro du 21 septembre 2018 de la revue Science contient une série d’article sur la ‘Metaresearch’, c’est à dire ces équipes qui font de la recherche sur la recherche… pour mieux comprendre ce qui se passe. Chapitres en accès libre ! Voici les chapitres : Research on research : une courte introduction sur le développement d’équipes qui cherchent à… Continuer la lecture

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Mesurer la Science : traduction française d’un livre excellent

Je remercie Bernard Paquito qui m’a transmis l’information : l’excellent livre Measuring Research — What Everyone Needs to Know de Cassidy Sugimoto et Vincent Larivière a été traduit en français. J’en ai fait la publicité en avril 2018. Son titre est Mesurer la Science, sans sous-titre et les auteurs ont été inversés : Vincent Larivière et Cassidy Sugimoto. Il a… Continuer la lecture

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Plus de la moitié de 207 thésards allemands ont déclaré avoir utilisé des pratiques de recherche douteuses (et 3 % ont falsifié des données)

Un article de PLOS ONE du 30 août 2018 a pour titre « Questionable research practices in student final theses – Prevalence, attitudes, and the role of the supervisor’s perceived attitudes » avec deux auteurs allemands. Cette publication est intéressante car il s’agit de déclarations d’étudiants allemands en cours de thèse de science dans le domaine de la psychologie : 207 ont… Continuer la lecture

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CNIL : les formalités pour les thèses de médecine… du courage les gars !

Je remercie Raymond Vilain qui m’a transmis les réponses à des questions que j’ai souvent de la part des internes qui font leur thèse. Je ne sais jamais bien répondre, mais il existe une page du site de la CNIL (Commission Nationale de l’Informatique et des Libertés). Pour les cas les plus fréquents, voici ce que dit la CNIL :… Continuer la lecture

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