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Archives de catégorie : Infectiologie
La mortalité en France pendant le covid
Grande hétérogénéité de la mortalité attribuée au Covid: analyse des statistiques de décès (avec beaucoup de graphiques!)
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Publié dans covid19, Infectiologie
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La mortalité en France pendant le covid
Grande hétérogénéité de la mortalité attribuée au Covid: analyse des statistiques de décès (avec beaucoup de graphiques!)
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États-Unis : flambée épidémique due au variant Delta dans un gymnase
L’histoire s’est déroulée sur une période de deux semaines dans une ville de l’Oklahoma (État du Midwest des États-Unis). Elle est relatée dans le bulletin épidémiologique hebdomadaire des Centres américains de contrôle et de prévention des maladies (CDC) daté du 9 juillet 2021. Tout commence par l’identification, le 15 avril 2021, d’un cas d’infection par …
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Origine du Covid : une partie de Cluedo
Faute d’avoir accès aux preuves directes, nous devons suivre les indices pour comprendre cette pandémie.
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Publié dans covid19, Infectiologie, innovation, Santé publique
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Covid-19 : infection par le SARS-CoV-2 durant sept mois chez une patiente porteuse du VIH
L’histoire se déroule en Afrique du Sud et concerne une femme de 36 ans admise dans un hôpital de Durban en septembre 2020 pour un mal de gorge, de la toux et une gêne respiratoire. Ce cas clinique a été rapporté le 4 juin 2021 sur le site de prépublication medRxiv par l’équipe d’Axel Sigal …
Publié dans antirétroviraux, charge virale plasmatique, coronavirus, déficit immunitaire, délétions, évolution intra-hôte, évolution intra-patient, immunodépression, immunodéprimé, immunosuppression, Infectiologie, infection à VIH, mutations, NTD, patients immunodéprimés, personnes vulnérables, protéine S, protéine spike, RBD, SARS-CoV-2, séquençage génomique, sida, spicule, traitement antirétroviral, traitement immunosuppresseur, trithérapie, vaccination, vih, Virologie
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Le 5 juin 1981 : première mention dans une revue médicale de cinq cas de sida
Il y a quarante ans, jour pour jour, le Morbidity and Mortality Weekly Report (MMWR), bulletin épidémiologique hebdomadaire des Centres américains de prévention et de contrôle des maladies (CDC), publiait un article sur cinq cas de pneumonie atypique, qui allait s’avérer être une des manifestations cliniques associées à une nouvelle maladie : le sida ou …
Publié dans Candida albicans, CDC, CMV, déficit immunitaire, Histoire de la médecine, hiv, homosexuels, immunodéficience, Infectiologie, MMWR, patients immunodéprimés, Pneumocystis carinii, pneumocystose, Pneumologie, pneumonie, sida, vih
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Covid-19 : comment le variant indien a débarqué au Brésil
L’histoire commence le 27 mars 2021. Le navire « MV Shanddong SA Zhi » quitte la Malaisie pour un long voyage qui doit l’amener à São Luís (État du Maranhão) au Brésil. Signalons au passage que São Luis est la seule capitale d’État du Brésil qui n’ait pas été fondée par les Portugais et dont …
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Publié dans Amérique du Sud, B.1.617.2, brésil, coronavirus, COVID-19, épidémiologie, inde, Infectiologie, lignage B.1.617.2, mutations, nouveaux variants, protéine S, protéine spike, SARS-CoV-2, spicule, variant Delta, variants, variants of concern, variants préoccupants, variats préoccupants, varient indien, Virologie, VOC
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Covid-19 : moindre sensibilité du variant indien B.1.167.2 aux vaccins et aux anticorps monoclonaux
Une étude française montre que le variant indien B.1.167.2 présente de façon significative une moindre sensibilité aux anticorps neutralisants développés par des patients Covid-19 convalescents ou produits après vaccination. L’originalité de cette étude, parue le 27 mai 2021 sur le site de prépublication bioRxiv, tient notamment au fait que les chercheurs n’ont pas utilisé de …
Publié dans Angleterre, anticorps monoclonaux, AstraZeneca, B.1.167.1, B.1.167.2, B.1.167.3, clusters, coronavirus, épidémiologie, foyers de contamination, inde, Infectiologie, mutations, NTD, Pfizer, protéine S, protéine spike, RBD, royaume uni, SARS-CoV-2, séroneutralisation, spicule, vaccin, Vaccinologie, variant, variant indien, variants indiens, variants préoccupants, Virologie, VOC
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Malaisie : un nouveau coronavirus, issu d’une recombinaison entre un virus canin et félin, isolé chez un patient hospitalisé pour pneumonie
Un nouveau coronavirus, issu d’une recombinaison entre deux coronavirus, l’un canin, l’autre félin, a été identifié chez un enfant présentant une pneumonie. Ce virus a été entièrement séquencé par une équipe de chercheurs américains, éthiopiens, chinois, malaisiens et singapouriens. Leurs résultats ont été publiés en ligne le 20 mai 2021 dans la revue Clinical Infectious …
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Comment la vision de Drosten a évolué pendant la pandémie
Chef de la virologie à Berlin, expert en coronavirus, Christian Drosten fait depuis fin février 2020 un travail de vulgarisation très apprécié outre-Rhin
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Publié dans covid19, Infectiologie
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Comment la vision de Drosten a évolué pendant la pandémie
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Covid-19 : infections post-vaccinales dues à des variants
C’est l’histoire de deux femmes qui ont contracté la Covid-19, respectivement 19 et 36 jours, après avoir reçu leur deuxième dose d’un vaccin à ARN messager. Le cas de ces patientes a été rapporté le 21 avril 2021 par des médecins et chercheurs américains dans un article en ligne du New England Journal of Medicine. …
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Covid-19 : ce qu’on sait et ce qu’on ignore sur le variant indien
Après le B.1.1.7 anglais, le B.1.351 sud-africain, le P.1 brésilien, c’est au tour d’un autre variant du SARS-CoV-2, cette fois identifié en Inde, de faire les gros titres de la presse internationale. Depuis quelques semaines, l’Inde connaît en effet une flambée épidémique. Dès lors le rapprochement a été vite fait avec l’émergence de ce nouveau …
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Publié dans B.1.1.7, B.1.351, coronavirus, COVID-19, délétion, échappement immunitaire, épidémiologie, Gènétique, génomique, inde, Infectiologie, mutation, P.1, protéine S, protéine spike, royaume uni, SARS-CoV-2, séquençage génomique, spicule, transmissibilité, variant à suivre, variant anglais, variant B.1.1.617, variant brésilien, variant britannique, variant indien, Variant Of Concern, Variant Of Interest, variant préoccupant, variant under investigation, Virologie, virus, VOC, VOI, VUI
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Covid-19 : ce qu’il faut savoir sur le variant brésilien P.1
Au Brésil, l’épidémie de Covid-19 est aujourd’hui dominée par plusieurs lignées virales SARS-CoV-2 qui ont toutes en commun de posséder la mutation E484K dans la protéine S (spike ou spicule), qui permet au virus de se fixer sur les cellules qu’ils infectent. Cette mutation est problématique dans la mesure où elle peut contribuer à un …
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Covid-19 : retour sur les premiers cas de variant sud-africain en France et les premières chaînes de contamination
Une enquête épidémiologique détaille l’origine des premiers cas notifiés en France d’infection par le variant dit sud-africain du SARS-Cov-2*. Également dénommé B.1.351, ce dernier comporte plusieurs mutations dans le gène codant la protéine S (spicule ou spike en anglais), notamment les mutations N501Y et E484K, respectivement associées à une plus grande transmissibilité et à un …
Publié dans afrique du sud, agrégats de cas, B.1.351, cas d'importation, cas importés, chaînes de contamination, cluster, cluster familial, coronavirus, COVID-19, enquête épidémiologique, épidémiologie, foyer épidémique, foyers d’infection, foyers familiaux, Infectiologie, Mozambique, SARS-CoV-2, transmission, variant, variant sud-africain, Virologie, virus
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Est-ce que seul le vaccin peut nous sauver de la Covid?
Basée sur une compréhension défaillante de la dynamique épidémique et la vaccination de masse, la stratégie de gestion l’épidémie doit-elle être remise en cause?
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Publié dans covid19, Infectiologie, pneumocoque, thread twitter
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Covid-19 : malgré la quarantaine, des passagers d’un vol international à l’origine de multiples chaînes de contamination
L’histoire se déroule en Nouvelle-Zélande, pays qui pratique une stratégie d’isolement et de mise en quatorzaine à ses frontières dans le but d’éliminer le coronavirus SARS-CoV-2. Le 18 septembre 2020, un cas de Covid-19 est identifié. Le patient est un des passagers d’un vol international en provenance d’Inde. À sa descente d’avion, cet homme (G) …
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Polyarthrite après infection par le SARS-CoV-2
C’est l’histoire d’un homme de 67 ans qui se présente le 20 février 2020 pour un bilan de santé dans un hôpital de Chimkent (sud du Kazakhstan). Il ne se plaint alors ni de douleur, ni de gonflement articulaire. Dans le cadre des examens biologiques de routine effectués dans ce centre spécialisé en rhumatologie, on …
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Infecté il y a cinq ans, un survivant d’Ebola serait à l’origine d’une nouvelle épidémie en Guinée
Un survivant de l’épidémie d’Ebola de grande ampleur ayant sévi en Afrique de l’Ouest en 2013-2016 serait à l’origine de la flambée épidémique qui frappe actuellement la Guinée. Telle est la surprenante conclusion de trois rapports indépendants publiés le 12 mars 2021 sur le site virological.org. La nouvelle épidémie d’Ebola en Guinée n’aurait donc pas …
Publié dans Afrique de l’Ouest, Ebola, épidémie, filovirus, génome, Guinée, Infectiologie, latence virale, Libéria, persistance virale, quiescence virale, République démocratique du Congo, séquençage génétique, Sierra Leone, sperme, survivant d’Ebola, taux de mutation, testicule, transmission sexuelle, Virologie, virus, virus à ARN
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Infecté il y a cinq ans, un survivant d’Ebola serait à l’origine d’une nouvelle épidémie en Guinée
Un survivant de l’épidémie d’Ebola de grande ampleur ayant sévi en Afrique de l’Ouest en 2013-2016 serait à l’origine de la flambée épidémique qui frappe actuellement la Guinée. Telle est la surprenante conclusion de trois rapports indépendants publiés le 12 mars 2021 sur le site virological.org. La nouvelle épidémie d’Ebola en Guinée n’aurait donc pas …
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Surdité brusque et SARS-CoV-2 : une infection peut en cacher une autre
C’est l’histoire d’un homme de 29 ans, sans antécédent médical, qui se présente dans le service d’ORL du CHU de Dijon pour une surdité brusque bilatérale apparue depuis dix jours. Il n’existe pas d’autre signe à l’examen clinique. La femme du patient présente une anosmie et une agueusie. Cette perte d’odorat et du goût incite …
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Covid-19 et chirurgie : mieux vaut se faire opérer au moins sept semaines après un test PCR positif
Les patients opérés dans les six semaines suivant le diagnostic d’infection à SARS-CoV-2 ont un risque accru de décès et de complications pulmonaires dans les 30 jours post-chirurgie. La chirurgie des patients atteints de Covid-19 devrait donc, lorsque cela est possible, être retardée d’au moins sept semaines pour réduire ces risques. Telle est la conclusion …
Publié dans anesthésie, Anesthésiologie, chirurgie, complications pulmonaires postopératoires, coronavirus, COVID-19, Infectiologie, intervention chirurgicale, mortalité psotopératoire, opération chirurgicale, SARS-CoV-2
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Covid-19 : probables réinfections chez des résidents d’une maison de retraite
C’est l’histoire de résidents d’un centre de soins infirmiers spécialisés pour personnes âgées dans le Kentucky (États-Unis). En juillet 2020, cet établissement informe les autorités sanitaires locales d’un cas de Covid-19. Des tests RT-PCR sont effectués afin de détecter d’autres cas possibles parmi les résidents et les employés. Le cas index est un membre du …
Publié dans centre de soins infirmiers spécialisés pour personnes âgées, cluster, coronavirus, COVID-19, EHPAD, épidémiologie, établissement d’hébergement pour personnes âgées, flambée épidémique, foyer épidémique, Infectiologie, Maison de retraite, Personnes âgées, réinfection, réinfections, RT-PCR, SARS-CoV-2, test PCR
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Transplantation pulmonaire : un cas tragique de transmission du SARS-CoV-2 d’une donneuse à une receveuse
Des chirurgiens et médecins américains rapportent, dans un article publié en ligne le 10 février 2021 dans l’American Journal of Transplantation, un cas documenté de transmission du SARS-CoV-2 entre donneuse et receveuse dans le cadre d’une greffe bi-pulmonaire. La donneuse avait pourtant été testé négative pour le coronavirus au test RT-PCR réalisé sur prélèvement nasopharyngé. …
Publié dans coronavirus, COVID-19, greffe, greffe bi-pulmonaire, Infectiologie, liquide de lavage broncho-alvéolaire, poumon, poumons, RT-PCR, SARS-CoV-2, transplantation, transplantation bi-pulmonaire, transplantation pulmonaire, Virologie
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Forme sévère de Covid-19 : des anomalies du globe oculaire détectées à l’IRM
Des anomalies du globe oculaire ont été détectées à l’IRM chez des patients atteints d’une forme sévère de Covid-19, rapportent des neuroradiologues français dans une étude publiée le 16 février 2021 dans la revue Radiology. On sait que la Covid-19 peut être associée dans ses formes sévères à des lésions ophtalmologiques, telles qu’une conjonctivite, une …
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New York : le coronavirus circulait plus d’un mois avant l’identification du premier cas de Covid-19
Des chercheurs américains rapportent que le SARS-CoV-2 était présent dans la ville de New York six à huit semaines avant l’identification du premier cas de Covid-19. Telle est la conclusion d’une étude postée sur le site de prépublication medXriv le 11 février 2021. On rappelle que le premier cas d’infection par le SARS-CoV-2 à New …
Publié dans analyse phylogénétique, ARN viral, Biologie moléculaire, coronavirus, COVID-19, épidémiologie, Etats-Unis, Gènétique, génome, Infectiologie, lignage, new york, PCR, poolage, pooling, RT-PCR, Santé publique, SARS-CoV-2, séquençage, séquençage génomique, séquence génétique, sérologie, tests groupés, Virologie, virus
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Covid-19 : des personnels de santé israéliens contaminés par le coronavirus après la première dose de vaccin
Des médecins israéliens rapportent des cas de contamination par le coronavirus SARS-CoV-2 parmi le personnel du plus grand hôpital du pays après administration de la première dose de vaccin anti-Covid-19. Publié le 1er février 2021 dans la revue en ligne Emerging Infectious Diseases, ce rapport concerne vingt-deux cas de contamination post-vaccinale. Ceux-ci sont survenus lors …
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Pneumonie Covid-19 : une inflammation qui tourne en boucle
Le coronavirus SARS-CoV-2 peut provoquer une réaction inflammatoire pouvant aboutir, dans sa forme la plus grave, à un syndrome de détresse respiratoire aiguë. Une minorité de patients Covid-19 développent une pneumonie nécessitant le recours à la ventilation mécanique. La mortalité de ces patients est élevée (20 % à 40 %). Les déterminants de cette gravité …
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Covid-19 : quand le SARS-CoV-2 se déleste de petits fragments de son matériel génétique pour échapper aux anticorps
Avec l’apparition de nouveaux variants SARS-CoV-2, on sait désormais que ce coronavirus, dont le génome était considéré jusqu’à présent relativement stable, peut muter. Cette variabilité génétique repose sur l’apparition de mutations consistant en la substitution d’un nucléotide par un autre, autrement dit d’une « lettre » par une autre dans l’ARN viral. Comme pour tout …
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Manaus, Brésil : de nouveaux variants du SARS-CoV-2 se jouent-ils de l’immunité collective ?
Que se passe-t-il à Manaus dans l’État d’Amazonas ? En octobre 2020, cet état du nord-ouest du Brésil avait été durement touché par l’épidémie de Covid-19. Publiée en octobre 2020 dans la revue Science, une étude conduite auprès des donneurs de sang indiquait que plus des trois quarts (76 %) des habitants de la plus …
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Covid-19 : vaccins et nouveaux variants, quel impact ?
Des chercheurs sud-africains rapportent 19 janvier 2021 sur le site de prépublication bioXriv des résultats indiquant que les mutations présentes dans le variant sud-africain 501Y.V2 lui confèrent la possibilité d’échapper à l’activité neutralisante des anticorps produits lors d’une infection naturelle, voire post-vaccination. Rappel : la protéine S (spike, spicule) de surface du coronavirus SARS-CoV-2 se …
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Inventaire de mutations d’une région cruciale du SARS-CoV-2 influant sur la réponse en anticorps
Une équipe de chercheurs américains a établi une cartographie de toutes les mutations entraînant un changement d’acide aminé dans une petite région de la protéine spike de l’enveloppe du SARS-CoV-2. Baptisée RBD (domaine de fixation au récepteur, receptor binding domain), cette zone est celle qui permet au coronavirus de s’arrimer au récepteur ACE2 présent sur …
Publié dans activité neutralisante, anticorps, capacité de fixation, capacité de liaison des anticorps, coronavirus, COVID-19, domaine de liaison au récepteur, échappement immunitaire, épitopes, Gènétique, Infectiologie, liaison des anticorps, lignage, motif de liaison au récepteur, mutation, mutations, mutations RBD, neutralisation, nouveaux variants, pouvoir neutralisant, protéine spike, RBD, RBM, SARS-CoV-2, sérum, spicule, spike, variant anglais, variants, Virologie, virus
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« Réalités Biomédicales » : les 10 billets les plus lus de 2020
Vous êtes toujours de plus en plus nombreux à lire ce blog, le seul à vous raconter, depuis maintenant sept ans, des histoires médicales extraordinaires. Mon désir est toujours le même : vous surprendre, toujours avec sérieux et bonne humeur, en vous relatant des cas cliniques insolites, déroutants, hallucinants, exceptionnels, incroyables, inimaginables, inoubliables, récemment publiés …
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