Systémique médicale
Boules de Fourrure
Archives de catégorie : Embellissement
COVID-19 : manipulation de la prestigieuse revue MMWR par les autorités américaines ?
C’est rare qu’une revue scientifique d’un pays développé soit soumise à un visa du pouvoir politique. Est-ce le cas aux Etats-Unis avec l’administration Trump et COVID-19 ? Un cri d’alarme est lancé par trois anciens rédacteurs de MMWR (Morbidity and Mortality Weekly Report) publié par les CDC (Centers for Disease Control and Prevention). Ils disent bien qu’ils n’ont pas de… Continuer la lecture
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Faux positif : le NEJM serait-il la pravda des chercheurs ? Oui, pour T Dalrymple
Dans ce livre présenté hier sur ce blog, j’ai aimé les remarques acerbes de l’auteur, mais je ne peux en reprendre que très peu. Le sous-titre de False Positive est : « A Year of Error, Omission and Political Correctness in the New England Journal of Medicine ». Dans la présentation de l’éditeur, il y a un commentaire : « Il démontre que… Continuer la lecture
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Faux positif : les balivernes de 2017 du NEJM commentées chaque semaine … mais NEJM reste une revue prestigieuse
Ce livre est très original, écrit par un psychiatre anglais, Anthony Daniels, sous un pseudonyme, Theodore Dalrymple. Il a écrit d’autres livres, et a un humour sarcastique. False positive a 280 pages, publié par un éditeur américain, Encounter Books, en 2019. Dans un billet sur American Thinker, il y a un commentaire de l’auteur : « J’ai été encouragé à écrire… Continuer la lecture
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COVID-19 : excellente analyse du balancier de l’hydroxychloroquine, mais notoriété rime avec mensonges
C’est Expert Review of Clinical Immunology qui a publié le 3 juillet 2020 un excellent article avec des auteurs internationaux, dont un français, Francis Berenbaum, qu’il faut féliciter. Ils ont analysé le discours public sur l’hydroxychloroquine de février à mai 2020. Le titre de cet article pourrait être : « Comment surfer sur la crédulité des citoyens quand on est scientifique,… Continuer la lecture
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Des images ‘Mc Donalds’ reprises dans 6 articles avec des auteurs différents
Le travail d’Elisabeth Bik est remarquable car elle détecte des problèmes sur des images publiées dans des articles. Elle a expliqué sur son blog comment détecter les duplications, et commenté les usines à articles (paper mills). Dans son billet du 2 juillet 2020, intitulé ‘The Golden Arches paper set’, elle décrit une possible fraude qui n’avait pas été décrite. Ce… Continuer la lecture
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Comprendre les manipulations d’images et le travail d’E Bik qui a conduit à 172 rétractations
Le blog d’Elisabeth Bik est le meilleur pour nous aider à comprendre les manipulations d’images dans les articles scientifiques. Très didactique, vous apprendrez les différents types de western blots (nous avons vu pourquoi ce nom de western dans un billet du mars 2020); E Bik a utilisé des images de palmiers pour bien décrire les 3 types de manipulations. Elle… Continuer la lecture
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Affaire Peyroche : clap de fin ? Le temps est indispenable pour éviter des prises de positions rapides, et analyser les preuves
Plutôt que de ré-écrire sur ce sujet, j’ai copié le titre : Je vous propose de lire tranquillement l’excellent billet de Sylvestre Huet sur son blog. Rien à ajouter, c’est bien dit. Il y a tout. Un article du 13 février par Hervé Morin dans Le Monde fait aussi un état clair de la situation avec pour titre « Deux semaines… Continuer la lecture
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La revue prédatrice Oncotarget, adulée par certains oncologues, a le plus fort taux de duplications d’images (14 % des articles)
Le blog d’Elisabeth Bik, Science Integrity Digest, est focalisé sur les divers bricolages d’images dans les publications scientifiques, surtout en biologie. Dans sa thèse, E Bik avait analysé 20 000 articles et sa conclusion principale était « The images from a total of 20,621 papers published in 40 scientific journals from 1995 to 2014 were visually screened. Overall, 3.8% of published… Continuer la lecture
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Les femmes se savent pas survaloriser les résultats de recherche aussi bien que les hommes qui utilisent ‘nouveau’, ‘unique’, ‘prometteur’, ‘favorable’, ‘robuste’, ‘excellent’
Il s’agit d’un article du numéro de Noël du BMJ de décembre 2019, accompagné d’un éditorial. Les femmes sont prudentes dans le vocabulaire quand elles publient leurs recherche, alors que les hommes n’hésitent pas à ajouter des qualitatifs de ‘nouveau’, ‘unique’, ‘prometteur’, ‘favorable’, ‘robuste’, ‘excellent’, etc… Article commenté par le Washington Post, et d’autres journaux, dont Le Monde.Nous avons présenté… Continuer la lecture
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Faudrait-il rétracter plus de 500 000 articles par an, voire plus ? Une communauté scientifique informée et endormie ?
Chaque année 2 à 3 000 000 d’articles sont publiés, dont la moitié sont embellis ou faux, Il y a moins de 1 000 rétractations chaque année ! Cherchez l’erreur ! C’est un constat simple qui permettrait de nettoyer la littérature scientifique : Environ 3 000 000 articles seraient publiés par an dans des revues anglo-saxonnes à comité de lecture,… Continuer la lecture
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Rigidité cadavérique (8/10) : une culture cassée… mais comment la restaurer ?
Suite au billet du 19 août 2019 « Quatre croyances erronées qui font obstacle à des recherches plus fiables », j’ai proposé d’analyser ce livre de Richard Harris, journaliste scientifique qui vit à Washington. Le chapitre 8 explique comment la science a changé depuis Charles Darwin, avec la pression générale et la compétition. Ensuite, il explique la vie des doctorants et des… Continuer la lecture
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Changement du critère principal de jugement entre protocole et publication : quelle fréquence ?
A cette question, je réponds en général 20 à 30 %, car il existe des données. J’ai plusieurs fois apporté des arguments pour y répondre. Une nouvelle recherche a été faite par 6 chercheurs dont 3 avec des adresses en Chine, et 3 au Royaume-Uni, et publiée dans le JAMA Open le 19 juillet 2019. Ces auteurs ont analysés 389… Continuer la lecture
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Les ‘coercive citations’ sont fréquentes… pas de prévalence connue.. pratique de plus de 10 % des chercheurs
Nous manquons de données sur une pratique : lors du peer-review, les relecteurs et/ou le comité de rédaction suggèrent (voire demandent) à l’auteur d’un manuscrit de rajouter des citations dans son article. Les relecteurs suggèrent leurs propres publications ; les rédacteurs de la revue demandent de citer la revue pour augmenter le facteur d’impact. Voici le début traduit d’un éditorial… Continuer la lecture
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L’amateurisme est encore trop fréquent au sein des revues scientifiques, d’après R Smith
Sur l’un des blogs du BMJ, Richard Smith, ancien rédacteur en chef du BMJ a donné son opinion le 31 décembre 2018 sur les revues scientifiques. Il a rappelé que c’est en 1995, que son prédécesseur au BMJ, Stephen Lock avec formalisé les mauvaises pratiques, notamment à propos du cas de Malcom Pearce, gynécologue, qui avait publié une étude fraudée… Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, Mauvais articles, Vie et mort des journaux
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L’intégrité scientifique va mal (6/6) en France avec le cas Peyroche : pourquoi Mme la ministre défend des pratiques douteuses ? Passions, intérêts ?
Comme les cas O Voinnet, C Jessus, Mme A Peyroche a été accusée d’avoir manipulé des images dans des publications. Elle a été directrice par intérim du Cnrs (décembre 2017), et a été contrainte de se retirer temporairement de sa carrière scientifique pour raisons médicales. Il est difficile de supporter les critiques après avoir occupé le devant de la scène…. Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, fraude, Grand public, Intégrité scientifique
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L’intégrité scientifique va mal (5/6) en France avec les cas Jessus, Peyroche : pourquoi 503 zozos défendent des pratiques douteuses ? Passions, intérêts ?
C’est le 5ème billet expliquant que l’intégrité scientifique est malmenée en France. Je reviens sur le cas de C Jessus qui est consternant car le premier rapport d’un comité d’investigation était du niveau de l’école maternelle… Je ne détaille pas tous les aspects de ce cas ayant même conduit la communauté scientifique à mal se comporter vis-à-vis de bons journalistes… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Embellissement, Intégrité scientifique
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L’intégrité scientifique va mal (4/6) : en France avec les cas Jessus, Peyroche : pourquoi des zozos tirent sur les ambulances ?
Le cas de C Jessus a été évoqué sur ce blog, dans un billet du 28 mai 2018. Sur la base de RetractionWatch, il y a 6 items (12 décembre 2018). Il a montré l’incompétence d’une pseudo-commission d’enquête, et des réactions inadmissibles d’un groupe de St Just de la Science. Je vous suggère de relire le premier rapport d’enquête et… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Embellissement, Intégrité scientifique, Rétractation
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L’intégrité scientifique va mal (3/6)…. en France avec les cas Voinnet, Jessus, Peyroche : pourquoi des zozos tirent sur les ambulances ?
L’actualité est si dense qu’il n’est pas de mon propos de reprendre tous les détails des cas d’intégrité en biologie. Trois chercheurs en biologie ont alimenté les médias scientifiques et grand public depuis de nombreux mois : O Voinnet, C Jessus et A Peyroche, tous ayant des collaborations avec le Cnrs. Les billets de blogs, les articles divers ont été… Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, Grand public, Intégrité scientifique
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Du ‘blâme’ au ‘retard d’avancement’ à Lyon 1, et le CNESER mentionne un contexte délétère dans certains départements
J’ai relaté le 17 mai 2018 une affaire hilarante à l’Université Claude Bernard Lyon 1… un blâme pour avoir falsifié un dossier de recrutement et un dossier de demande de prime d’encadrement doctoral et de recherche au titre de l’année 2016-2017 avec publications ne figurant pas dans les bases de données et de fausses déclarations relatives à ses publications scientifiques… Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, fraude, Intégrité scientifique
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Du ‘blâme’ au ‘retard d’avancement’ à Lyon 1, et le CNESER mentionne un contexte délétère dans certains départements
J’ai relaté le 17 mai 2018 une affaire hilarante à l’Université Claude Bernard Lyon 1… un blâme pour avoir falsifié un dossier de recrutement et un dossier de demande de prime d’encadrement doctoral et de recherche au titre de l’année 2016-2017 avec publications ne figurant pas dans les bases de données et de fausses déclarations relatives à ses publications scientifiques… Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, fraude, Intégrité scientifique
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Rien ne prouve que le bio réduit le cancer : le parcours du combattant des nutrinautes, une fake news à l’arrivée
J’ai repris ci-dessus une copie d’écran d’un article d’une revue québéquoise, Contrepoints, paru le 25 octobre 2018. Intéressant avec le lien pour le parcours du combattant/nutrinaute. Ce titre est l’inverse du titre trompeur du Monde daté du 22 octobre 2018 : « L’alimentation bio réduit significativement les risques de cancer ». Comment les croyances servent à effrayer le public ! Le journaliste,… Continuer la lecture
Publié dans Biais, Embellissement, Gaspillage, Grand public, Méthodologie de recherche
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Rien ne prouve que le bio réduit le cancer : le parcours du combattant des nutrinautes, une fake news à l’arrivée
J’ai repris ci-dessus une copie d’écran d’un article d’une revue québéquoise, Contrepoints, paru le 25 octobre 2018. Intéressant avec le lien pour le parcours du combattant/nutrinaute. Ce titre est l’inverse du titre trompeur du Monde daté du 22 octobre 2018 : « L’alimentation bio réduit significativement les risques de cancer ». Comment les croyances servent à effrayer le public ! Le journaliste,… Continuer la lecture
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Les chercheurs ont des demandes ‘perverses’ auprès des statisticiens pour embellir les articles
Les Annals of Internal Medicine ont publié trois articles sur les (mauvaises) statistiques dans les articles scientifiques : Le premier (2 octobre 2018) d’une série d’articles « Annals Understanding Clinical Research » avec le titre « Interpreting results with large P values »… En pratique arrêtons d’urgence de croire que le 0,05 est une valeur miracle pour la valeur de P… la pertinence clinique… Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, Méthodologie de recherche, statistiques
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Les chercheurs ont des demandes ‘perverses’ auprès des statisticiens pour embellir les articles
Les Annals of Internal Medicine ont publié trois articles sur les (mauvaises) statistiques dans les articles scientifiques : Le premier (2 octobre 2018) d’une série d’articles « Annals Understanding Clinical Research » avec le titre « Interpreting results with large P values »… En pratique arrêtons d’urgence de croire que le 0,05 est une valeur miracle pour la valeur de P… la pertinence clinique… Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, Méthodologie de recherche, statistiques
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Plus de la moitié de 207 thésards allemands ont déclaré avoir utilisé des pratiques de recherche douteuses (et 3 % ont falsifié des données)
Un article de PLOS ONE du 30 août 2018 a pour titre « Questionable research practices in student final theses – Prevalence, attitudes, and the role of the supervisor’s perceived attitudes » avec deux auteurs allemands. Cette publication est intéressante car il s’agit de déclarations d’étudiants allemands en cours de thèse de science dans le domaine de la psychologie : 207 ont… Continuer la lecture
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Devinettes : mentir sur son CV dans un dossier de recrutement, c’est grave ou pas ? Coluche est revenu à l’Université de Lyon
Des décisions administratives sont publiques, et celle-ci mentionne dans son article 4 : « Le présent jugement fera l’objet d’un affichage au sein de l’Université Claude Bernard Lyon 1, sans mention des nom et prénom de l’intéressé ». Je suis passé devant et j’ai pu lire cette décision du 10 avril 2017 intitulée « Jugement de la section disciplinaire de l’Université Claude Bernard… Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, fraude
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Améliorer la reproductibilité de la recherche scientifique : 13 articles dans PNAS !
En mars 2018, un numéro spécial des PNAS a publié 13 articles suite à un colloque sur la reproductibilité en recherche. Il s’agit d’un colloque de la National Academy of Sciences aux USA, et ce qui est bien, c’est que les vidéos des présentations sont sur YouTube. Elles sont faciles à écouter, et j’ai testé : bons enregistrements. Parmi les… Continuer la lecture
Publié dans Biais, Embellissement, Gaspillage, Reproductibilité
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Des essais rejetés par le BMJ car les protocoles n’ont pas ou ont été enregistrés rétrospectivement sont publiés dans des revues avec de bons facteurs d’impact
Titre de cet article de février 2018 publié dans BMJ Open : « Characteristics and publication fate of unregistered and retrospectively registered clinical trials submitted to The BMJ over 4 years ». Le BMJ a refusé 123 manuscrits d’essais randomisés au motif que le protocole avait été enregistré rétrospectivement (110), n’avait pas été enregistré (9), avait été enregistré dans un registre non… Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, Méthodologie de recherche, Rédaction des revues
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Un catalogue des biais en construction… proposez vos idées pour le compléter
Un site assez simple a pour objectif de présenter un catalogue des biais dans le domaine des sciences biomédicales. Cette idée a été évoquée par David Sackett avant l’existence de l’internet. dans un article de 1979 : Bias in Analytical Research. Chron Dis 1979;32:51-63. Il listait 35 biais dans l’échantillonage et les mesures des essais cliniques, et 56 biais affectant… Continuer la lecture
Publié dans Biais, Embellissement
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Duplication d’images dans les articles : rétractations pour une image dupliquée 8 fois
Des rétractations d’articles pour utilisation des mêmes images existent… mais la plupart ne sont probablement pas détectées, ou par accident voire délation. Si la détection de similarités dans des articles est possible avec des logiciels dits ‘anti-plagiats’, il n’existe pas (encore) de moyens automatisés pour détecter les duplications d’images. Je dis ‘encore’ parce que l’intelligence artificielle pourrait aider, d’ailleurs l’intelligence… Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, Illustrations, Rétractation
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Trop de publications d’essais cliniques ne sont pas conformes au protocole dans les revues prestigieuses : Bravaud Ravo !
Annals of Oncologie, dont le facteur d’impact a grimpé rapidement, publie régulièrement de bons articles dans la série « Statistical controversies in clinical research ». Un article intitulé ‘Comparison of primary outcomes in protocols, public clinical-trial registries, and publications : the example of oncology trials’ est intéressant car il compare les critères primaires entre 3 sources, et aussi il utilise les 7… Continuer la lecture
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Des valeurs de P embellies dans les revues prestigieuses : phénomène connu qui ne gêne personne
Bon article en juillet 2017 dans Journal of Clinical Epidemiology intitulé : »The distribution of P-values in medical research articles suggested selective reporting associated with statistical significance ». Il existe des données importantes sur le bricolage évident des statistiques dans les articles scientifiques, et ceci est une caractéristique transdisciplinaire, des sciences sociales, aux sciences de la vie et aux sciences dures !… Continuer la lecture
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Le nombre médian d’auteurs par article de JAMA/Lancet/NEJM continue d’augmenter régulièrement
Lors du congrès du Peer Review, des rédacteurs du JAMA ont présenté un poster avec des données de 2005 à 2015 sur l’augmentation des auteurs des articles originaux. Il y avait environ 175 à 230 articles par année et par revue. Le tableau montre des augmentations rapides de 3 indicateurs : nombre médian d’auteurs, nombre d’articles avec un groupe collaboratif… Continuer la lecture
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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 3, le péché du manque de fiabilité car la reproductibilité est un mot tabou !
Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et ensuite le rachat sera proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 3 : « The sin of unreliability ». Le péché du… Continuer la lecture
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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 2, le péché de la flexibilité cachée ou comment jouer avec le p-harking et le p-HACKing
Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 2 : « The sin of hidden flexibility ». La flexibilité… Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, Méthodologie de recherche
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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 1, les biais, conséquence du ‘publie autant d’articles que possible avec des résultats positifs et nouveaux’
Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff, et que j’ai rencontré, à propos des Registered Reports. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je vais reprendre chaque vendredi les 7 péchés, et voir ensuite le rechat proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre… Continuer la lecture
Publié dans Biais, Embellissement, fraude, Intégrité scientifique, Méthodologie de recherche
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Des chercheurs français à l’honneur sur RetractionWatch… est-ce que le référent intégrité de Grenoble fait son boulot ?
Les commentaires anonymes sur PubPeer concernent parfois des équipes françaises. Ces commentaires anonymes restent sans suite car nos institutions / universités ne disent rien. Nous avons déjà commenté des cas français de rétractation suite à des commentaires sur PubPeer, par exemple à l’Inserm, Lyon. Sur RetractionWatch, le 2 mai 2017, il y a un billet concernant des auteurs grenoblois. L’histoire… Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, fraude
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Les chercheurs italiens utilisent des pratiques préjudiciables en recherche dans plus de 50 % des articles (comme les américains)
Il s’agit d’une étude faite en Italie en utilisant le même questionnaire que celui qui a été utilisé aux USA. L’article est dans PLOS ONE, en mars 2017, avec pour titre : « Questionable research practices among italian research psychologists » Pour les italiens, il y avait 277 réponses…. et pour les US 2000 psychologues. Les résultats donnent le vertige…il s’agit de… Continuer la lecture
Publié dans Biais, Embellissement, Gaspillage
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