Archives de catégorie : Embellissement

Changement du critère principal de jugement entre protocole et publication : quelle fréquence ?

A cette question, je réponds en général 20 à 30 %, car il existe des données. J’ai plusieurs fois apporté des arguments pour y répondre. Une nouvelle recherche a été faite par 6 chercheurs dont 3 avec des adresses en Chine, et 3 au Royaume-Uni, et publiée dans le JAMA Open le 19 juillet 2019. Ces auteurs ont analysés 389… Continuer la lecture

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Les ‘coercive citations’ sont fréquentes… pas de prévalence connue.. pratique de plus de 10 % des chercheurs

Nous manquons de données sur une pratique : lors du peer-review, les relecteurs et/ou le comité de rédaction suggèrent (voire demandent) à l’auteur d’un manuscrit de rajouter des citations dans son article. Les relecteurs suggèrent leurs propres publications ; les rédacteurs de la revue demandent de citer la revue pour augmenter le facteur d’impact. Voici le début traduit d’un éditorial… Continuer la lecture

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L’amateurisme est encore trop fréquent au sein des revues scientifiques, d’après R Smith

Sur l’un des blogs du BMJ, Richard Smith, ancien rédacteur en chef du BMJ a donné son opinion le 31 décembre 2018 sur les revues scientifiques. Il a rappelé que c’est en 1995, que son prédécesseur au BMJ, Stephen Lock avec formalisé les mauvaises pratiques, notamment à propos du cas de Malcom Pearce, gynécologue, qui avait publié une étude fraudée… Continuer la lecture

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L’intégrité scientifique va mal (6/6) en France avec le cas Peyroche : pourquoi Mme la ministre défend des pratiques douteuses ? Passions, intérêts ?

Comme les cas O Voinnet, C Jessus, Mme A Peyroche a été accusée d’avoir manipulé des images dans des publications. Elle a été directrice par intérim du Cnrs (décembre 2017), et a été contrainte de se retirer temporairement de sa carrière scientifique pour raisons médicales. Il est difficile de supporter les critiques après avoir occupé le devant de la scène…. Continuer la lecture

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L’intégrité scientifique va mal (5/6) en France avec les cas Jessus, Peyroche : pourquoi 503 zozos défendent des pratiques douteuses ? Passions, intérêts ?

C’est le 5ème billet expliquant que l’intégrité scientifique est malmenée en France. Je reviens sur le cas de C Jessus qui est consternant car le premier rapport d’un comité d’investigation était du niveau de l’école maternelle… Je ne détaille pas tous les aspects de ce cas ayant même conduit la communauté scientifique à mal se comporter vis-à-vis de bons journalistes… Continuer la lecture

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L’intégrité scientifique va mal (4/6) : en France avec les cas Jessus, Peyroche : pourquoi des zozos tirent sur les ambulances ?

Le cas de C Jessus a été évoqué sur ce blog, dans un billet du 28 mai 2018. Sur la base de RetractionWatch, il y a 6 items (12 décembre 2018). Il a montré l’incompétence d’une pseudo-commission d’enquête, et des réactions inadmissibles d’un groupe de St Just de la Science. Je vous suggère de relire le premier rapport d’enquête et… Continuer la lecture

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L’intégrité scientifique va mal (3/6)…. en France avec les cas Voinnet, Jessus, Peyroche : pourquoi des zozos tirent sur les ambulances ?

L’actualité est si dense qu’il n’est pas de mon propos de reprendre tous les détails des cas d’intégrité en biologie. Trois chercheurs en biologie ont alimenté les médias scientifiques et grand public depuis de nombreux mois : O Voinnet, C Jessus et A Peyroche, tous ayant des collaborations avec le Cnrs. Les billets de blogs, les articles divers ont été… Continuer la lecture

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Du ‘blâme’ au ‘retard d’avancement’ à Lyon 1, et le CNESER mentionne un contexte délétère dans certains départements

J’ai relaté le 17 mai 2018 une affaire hilarante à l’Université Claude Bernard Lyon 1… un blâme pour avoir falsifié un dossier de recrutement et un dossier de demande de prime d’encadrement doctoral et de recherche au titre de l’année 2016-2017 avec publications ne figurant pas dans les bases de données et de fausses déclarations relatives à ses publications scientifiques… Continuer la lecture

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J’ai relaté le 17 mai 2018 une affaire hilarante à l’Université Claude Bernard Lyon 1… un blâme pour avoir falsifié un dossier de recrutement et un dossier de demande de prime d’encadrement doctoral et de recherche au titre de l’année 2016-2017 avec publications ne figurant pas dans les bases de données et de fausses déclarations relatives à ses publications scientifiques… Continuer la lecture

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Rien ne prouve que le bio réduit le cancer : le parcours du combattant des nutrinautes, une fake news à l’arrivée

J’ai repris ci-dessus une copie d’écran d’un article d’une revue québéquoise, Contrepoints, paru le 25 octobre 2018. Intéressant avec le lien pour le parcours du combattant/nutrinaute. Ce titre est l’inverse du titre trompeur du Monde daté du 22 octobre 2018 : « L’alimentation bio réduit significativement les risques de cancer ». Comment les croyances servent à effrayer le public ! Le journaliste,… Continuer la lecture

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Rien ne prouve que le bio réduit le cancer : le parcours du combattant des nutrinautes, une fake news à l’arrivée

J’ai repris ci-dessus une copie d’écran d’un article d’une revue québéquoise, Contrepoints, paru le 25 octobre 2018. Intéressant avec le lien pour le parcours du combattant/nutrinaute. Ce titre est l’inverse du titre trompeur du Monde daté du 22 octobre 2018 : « L’alimentation bio réduit significativement les risques de cancer ». Comment les croyances servent à effrayer le public ! Le journaliste,… Continuer la lecture

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Les chercheurs ont des demandes ‘perverses’ auprès des statisticiens pour embellir les articles

Les Annals of Internal Medicine ont publié trois articles sur les (mauvaises) statistiques dans les articles scientifiques : Le premier (2 octobre 2018) d’une série d’articles « Annals Understanding Clinical Research » avec le titre « Interpreting results with large P values »… En pratique arrêtons d’urgence de croire que le 0,05 est une valeur miracle pour la valeur de P… la pertinence clinique… Continuer la lecture

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Les chercheurs ont des demandes ‘perverses’ auprès des statisticiens pour embellir les articles

Les Annals of Internal Medicine ont publié trois articles sur les (mauvaises) statistiques dans les articles scientifiques : Le premier (2 octobre 2018) d’une série d’articles « Annals Understanding Clinical Research » avec le titre « Interpreting results with large P values »… En pratique arrêtons d’urgence de croire que le 0,05 est une valeur miracle pour la valeur de P… la pertinence clinique… Continuer la lecture

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Plus de la moitié de 207 thésards allemands ont déclaré avoir utilisé des pratiques de recherche douteuses (et 3 % ont falsifié des données)

Un article de PLOS ONE du 30 août 2018 a pour titre « Questionable research practices in student final theses – Prevalence, attitudes, and the role of the supervisor’s perceived attitudes » avec deux auteurs allemands. Cette publication est intéressante car il s’agit de déclarations d’étudiants allemands en cours de thèse de science dans le domaine de la psychologie : 207 ont… Continuer la lecture

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Devinettes : mentir sur son CV dans un dossier de recrutement, c’est grave ou pas ? Coluche est revenu à l’Université de Lyon

Des décisions administratives sont publiques, et celle-ci mentionne dans son article 4 : « Le présent jugement fera l’objet d’un affichage au sein de l’Université Claude Bernard Lyon 1, sans mention des nom et prénom de l’intéressé ». Je suis passé devant et j’ai pu lire cette décision du 10 avril 2017 intitulée « Jugement de la section disciplinaire de l’Université Claude Bernard… Continuer la lecture

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Améliorer la reproductibilité de la recherche scientifique : 13 articles dans PNAS !

En mars 2018, un numéro spécial des PNAS a publié 13 articles suite à un colloque sur la reproductibilité en recherche. Il s’agit d’un colloque de la National Academy of Sciences aux USA, et ce qui est bien, c’est que les vidéos des présentations sont sur YouTube. Elles sont faciles à écouter, et j’ai testé : bons enregistrements. Parmi les… Continuer la lecture

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Des essais rejetés par le BMJ car les protocoles n’ont pas ou ont été enregistrés rétrospectivement sont publiés dans des revues avec de bons facteurs d’impact

Titre de cet article de février 2018 publié dans BMJ Open : « Characteristics and publication fate of unregistered and retrospectively registered clinical trials submitted to The BMJ over 4 years ». Le BMJ a refusé 123 manuscrits d’essais randomisés au motif que le protocole avait été enregistré rétrospectivement (110), n’avait pas été enregistré (9), avait été enregistré dans un registre non… Continuer la lecture

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Les critères de jugement sont trop souvent différents entre protocoles et publications ! Ce devrait être une étape préalable aux méthodes de lecture critique

Article dans BMC Medical Research Methodology en janvier 2018 et intitulé « A systematic review of comparisons between protocols or registrations and full reports in primary biomedical research ». Bonne recherche d’auteurs canadiens. J’en ai marre de tous ces étudiants que l’on forme à l’analyse de la littérature, ou LCA (Lecture Critique d’Articles) sans les prévenir sur la qualité effroyables de certains… Continuer la lecture

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Un catalogue des biais en construction… proposez vos idées pour le compléter

Un site assez simple a pour objectif de présenter un catalogue des biais dans le domaine des sciences biomédicales. Cette idée a été évoquée par David Sackett avant l’existence de l’internet. dans un article de 1979 : Bias in Analytical Research. Chron Dis 1979;32:51-63. Il listait 35 biais dans l’échantillonage et les mesures des essais cliniques, et 56 biais affectant… Continuer la lecture

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Les critères de jugement sont trop souvent différents entre protocoles et publications ! Ce devrait être une étape préalable aux méthodes de lecture critique

Article dans BMC Medical Research Methodology en janvier 2018 et intitulé « A systematic review of comparisons between protocols or registrations and full reports in primary biomedical research ». Bonne recherche d’auteurs canadiens. J’en ai marre de tous ces étudiants que l’on forme à l’analyse de la littérature, ou LCA (Lecture Critique d’Articles) sans les prévenir sur la qualité effroyables de certains… Continuer la lecture

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Duplication d’images dans les articles : rétractations pour une image dupliquée 8 fois

Des rétractations d’articles pour utilisation des mêmes images existent… mais la plupart ne sont probablement pas détectées, ou par accident voire délation. Si la détection de similarités dans des articles est possible avec des logiciels dits ‘anti-plagiats’, il n’existe pas (encore) de moyens automatisés pour détecter les duplications d’images. Je dis ‘encore’ parce que l’intelligence artificielle pourrait aider, d’ailleurs l’intelligence… Continuer la lecture

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Trop de publications d’essais cliniques ne sont pas conformes au protocole dans les revues prestigieuses : Bravaud Ravo !

Annals of Oncologie, dont le facteur d’impact a grimpé rapidement, publie régulièrement de bons articles dans la série « Statistical controversies in clinical research ». Un article intitulé ‘Comparison of primary outcomes in protocols, public clinical-trial registries, and publications : the example of oncology trials’ est intéressant car il compare les critères primaires entre 3 sources, et aussi il utilise les 7… Continuer la lecture

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Des valeurs de P embellies dans les revues prestigieuses : phénomène connu qui ne gêne personne

Bon article en juillet 2017 dans Journal of Clinical Epidemiology intitulé : »The distribution of P-values in medical research articles suggested selective reporting associated with statistical significance ». Il existe des données importantes sur le bricolage évident des statistiques dans les articles scientifiques, et ceci est une caractéristique transdisciplinaire, des sciences sociales, aux sciences de la vie et aux sciences dures !… Continuer la lecture

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Le nombre médian d’auteurs par article de JAMA/Lancet/NEJM continue d’augmenter régulièrement

Lors du congrès du Peer Review, des rédacteurs du JAMA ont présenté un poster avec des données de 2005 à 2015 sur l’augmentation des auteurs des articles originaux. Il y avait environ 175 à 230 articles par année et par revue. Le tableau montre des augmentations rapides de 3 indicateurs : nombre médian d’auteurs, nombre d’articles avec un groupe collaboratif… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 3, le péché du manque de fiabilité car la reproductibilité est un mot tabou !

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et ensuite le rachat sera proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 3 : « The sin of unreliability ». Le péché du… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 2, le péché de la flexibilité cachée ou comment jouer avec le p-harking et le p-HACKing

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 2 : « The sin of hidden flexibility ». La flexibilité… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 1, les biais, conséquence du ‘publie autant d’articles que possible avec des résultats positifs et nouveaux’

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff, et que j’ai rencontré, à propos des Registered Reports. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je vais reprendre chaque vendredi les 7 péchés, et voir ensuite le rechat proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre… Continuer la lecture

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Des chercheurs français à l’honneur sur RetractionWatch… est-ce que le référent intégrité de Grenoble fait son boulot ?

Les commentaires anonymes sur PubPeer concernent parfois des équipes françaises. Ces commentaires anonymes restent sans suite car nos institutions / universités ne disent rien. Nous avons déjà commenté des cas français de rétractation suite à des commentaires sur PubPeer, par exemple à l’Inserm, Lyon. Sur RetractionWatch, le 2 mai 2017, il y a un billet concernant des auteurs grenoblois. L’histoire… Continuer la lecture

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Les chercheurs italiens utilisent des pratiques préjudiciables en recherche dans plus de 50 % des articles (comme les américains)

Il s’agit d’une étude faite en Italie en utilisant le même questionnaire que celui qui a été utilisé aux USA. L’article est dans PLOS ONE, en mars 2017, avec pour titre : « Questionable research practices among italian research psychologists » Pour les italiens, il y avait 277 réponses…. et pour les US 2000 psychologues. Les résultats donnent le vertige…il s’agit de… Continuer la lecture

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Le top 10 des flops de ce blog : Etonnant, NON ! Les abstracts volés à Lyon toujours pas rétractés ! et d’autres….

Loin de vouloir les classer, c’est amusant de voir l’aveuglement général de notre communauté devant des pratiques douteuses de collègues. Il m’arrive de présenter des cas que je trouve pas très glorieux et rien ne se passe, mais alors rien ne se passe dans le monde des aveugles. En cette fin 2016, pourquoi ne pas citer des cas connus pour… Continuer la lecture

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Comment s’établit la vérité scientifique ? Passer les bons messages au grand public est important, en particulier sur les embellissements des articles

Science & pseudo-sciences est l’excellente revue de l’AFIS (Association Française pour l’Information Scientifique) avec pour objectif d’apporter des preuves en face de toutes ces inepties qui sont dans les médias. Il y a beaucoup de désinformations avec des arguments douteux ou sans arguments, venant de tous ces lobbies de bobos qui n’ont aucune rigueur, ni connaissance scientifique. Le numéro 318… Continuer la lecture

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QRPs: Questionable Research Practices… plus je cherche dans les articles, plus je trouve

Plus nous analysons les articles scientifiques, plus nous découvrons que des manipulations de type ‘Pratiques discutables en recherche’ sont fréqentes ! Par exemple, les fondateurs de PubPeer expliquent que la plupart des suspicions discutées ne donnent jamais lieu à investigation, même si l’institution est informée. Ceci existe dans la plupart des disciplines scientifiques, et nous avons déjà évoqué la discipline… Continuer la lecture

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Scientific integrity: editors on the front line

Ouverture hier après midi, à Strasbourg, de la 13ème conférence de EASE, European Association of Science Editors. Le programme est varié, avec de nombreux experts du domaine. Il y a 130 participants,provenant d’Amérique du Nord, d’Asie et d’Europe. Nous sommes 4 ou 5 français. Des groupes de travail ont été réunis dès le mercredi 8 juin sur différents thèmes. L’ouverture… Continuer la lecture

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Les doublons d’images dans les revues biomédicales : phénomène jamais décrit ainsi sur 20 000 articles !

C’est un article par 3 auteurs dont 2 prestigieux et connus, qui a été déposé le 20 avril 2016 comme preprint dans bioRxiv avec comme titre « The prevalence of inappropriate image duplication in biomedical research publications’. Je n’ai pas pour habitude d’évoquer des preprints, c’est à dire des articles déposés dans un archive ouverte (ici bioRxiv), et qui n’ont pas… Continuer la lecture

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Les erreurs sont trop nombreuses : 25 % des références ne sont pas correctes (dont la moitié étaient des erreurs majeures)

Bonne revue (PeerJ), bon sujet (qualité des références) et revue systématique bien faite (fin octobre 2015).. pour confirmer ce qui est connu, à savoir la médiocrité des références citées dans les articles. C’est connu : les auteurs ne lisent pas toujours les références qu’ils citent ; ils cherchent à citer leur équipe, les reviewers potentiels, et la revue à laquelle… Continuer la lecture

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Encore des divergences entre protocoles et publications : essais randomisés en oncologie

Il y a beaucoup de données sur cette question, et l’article « From protocols to publications: a study in selective reporting of outcomes in randomized trials in oncology », publié par des oncologues américains dans Journal of Clinical Oncology (JCO), confirme qu’il faut agir. Ils ont analysé 74 essais randomisés (oncologie) publiés en 2012 dans JCO (55), NEJM (17) et The Lancet… Continuer la lecture

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Les résultats des essais cliniques industriels seraient 4 fois plus favorables que ceux des essais académiques (NIH) pour des phases 3, avant publication

Décembre 2015 : The American Journal of Cardiology. Cette étude américiane a l’avantage de comparer les résultats d’essais cliniques de phase 3 à partir du registre www.clinicaltrials.org. Dans ce registre, les chercheurs doivent déposer les résultats principaux, en principe moins d’un an après la dernière visite du dernier patient inclus. Cette étude élimine les biais de publication qui ont toujours… Continuer la lecture

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Excellent rapport anglais sur la reproductibilité de la recherche médicale : 6 problèmes et 7 stratégies pour réagir

En avril 2015, nous avons évoqué l’éditorial du Lancet disant qu’un groupe d’experts anglais pensait qu’au moins 50 % de la littérature biomédicale était fausse ! Il y a beaucoup de données factuelles pour supporter cette évidence ; certaines données ont été discutées lors de la conférence sur le gaspillage de la recherche fin septembre 2015. Le rapport de la… Continuer la lecture

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Comparaison des protocoles et publications d’essais randomisés dans 5 revues prestigieuses : inquiétant !

Le projet COMPARE fait froid dans le dos… et devrait inquiéter la communauté scientifique. Des chercheurs à Oxford ont publié leur protocole : un groupe d’étudiants, sous la direction de Ben Goldacre, recherche chaque semaine les essais cliniques publiés dans 5 revues prestigieuses (Annals Internal Medicine, BMJ, JAMA, Lancet, NEJM) ; ils recherchent les protocoles et comparent les critères de… Continuer la lecture

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Oupppssss… une rétractation à Lyon (Inserm) : erreur ou autre cause ? Mystère, qui est le lanceur d’alerte ?

Des notices de rétractation sont peu détaillées, mais celle-ci est vraiment opaque … La voici dans son intégralité : « This article has been withdrawn by the authors ». Que s’est-il passé ? Est-ce une banale erreur ? Un embellissement ? Une fraude J Rien ne permets de répondre, mais regardons : L’article est de février 2015, mis en ligne en décembre… Continuer la lecture

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