Archives de catégorie : Biais

Les revues scientifiques publient les études négatives : les vieilles croyances résistent

J’entends toujours fréquemment des collègues soutenir en public l’idée que les revues scientifiques ne publient que des études positives, c’est à dire des études montrant un résultat ‘statistiquement significatif’. C’est en 2013 que j’ai observé les premières données présentées par un vieil ami hollandais lors d’un congrès du peer review à Chicago. Les résultats ont ensuite été publiés dans PLOS… Continuer la lecture

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Small versus big data : pas mieux ! Le cheery-picking toujours la norme ?

Lors de la conférence de JPA Ioannidis à l’Académie nationale de médecine (Projet MIROR, décembre 2019), il a utilisé deux diapos reproduites ci dessous, à méditer… Son message est qu’après des années de publication d’études avec de petits échantillons (diapo 10), nous pensons avoir une solution avec les big data (diapo 12)… mais nous entrons dans une ère qui n’apportera… Continuer la lecture

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Comparaison des conclusions FDA versus conclusions des publications : reprise des données de E Turner

L’article très documenté sur les biais de publication publié par Erick Turner en 2008 a été mis en images de façon ludique. Cet article collector du NEJM a comparé les conclusions de la FDA pour 74 essais cliniques de 12 antidépresseurs avec les conclusions des articles publiés dans des revues biomédicales. Le titre était « Selective Publication of Antidepressant Trials and… Continuer la lecture

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Les femmes se savent pas survaloriser les résultats de recherche aussi bien que les hommes qui utilisent ‘nouveau’, ‘unique’, ‘prometteur’, ‘favorable’, ‘robuste’, ‘excellent’

Il s’agit d’un article du numéro de Noël du BMJ de décembre 2019, accompagné d’un éditorial. Les femmes sont prudentes dans le vocabulaire quand elles publient leurs recherche, alors que les hommes n’hésitent pas à ajouter des qualitatifs de ‘nouveau’, ‘unique’, ‘prometteur’, ‘favorable’, ‘robuste’, ‘excellent’, etc… Article commenté par le Washington Post, et d’autres journaux, dont Le Monde.Nous avons présenté… Continuer la lecture

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La sous-représentation des femmes dans les publications pas prête de s’arrêter.

C’est un domaine pour lequel, nous ferions mieux d’agir que de continuer de faire des recherches. Tout a été montré : des comités de rédaction des revues avec peu de femmes, moins d’articles avec des femmes en premier auteur, moins de femmes reviewers, les articles des femmes sont plus refusés que ceux des hommes, quand il y a ‘these 2… Continuer la lecture

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Biais en médecine par John Oliver !!

Vous connaissez probablement les émissions de télévision humoristiques de John Oliver. L’émission du 23 août 2019 était sur les biais en médecine. Ces émissions sont très bien documentées, avec des références à des articles scientifiques. Elles sont suivies sur YouTube (5 millions de vues en 10 jours et 15 000 commentaires). Il commence par des exemples sur les différences entre… Continuer la lecture

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Changement du critère principal de jugement entre protocole et publication : quelle fréquence ?

A cette question, je réponds en général 20 à 30 %, car il existe des données. J’ai plusieurs fois apporté des arguments pour y répondre. Une nouvelle recherche a été faite par 6 chercheurs dont 3 avec des adresses en Chine, et 3 au Royaume-Uni, et publiée dans le JAMA Open le 19 juillet 2019. Ces auteurs ont analysés 389… Continuer la lecture

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Ne pas rapporter les résultats des essais cliniques est une mauvaise conduite universitaire : encore 90 000 patients inclus pour rien !

Une lettre dans Annals of Internal Medicine de mai 2019 a analysé des essais cliniques dont les résultats n’ont pas été diffusés. L’étude est bien faite, et a cherché des essais cliniques à partir du registre américain Clinicaltrials.gov. Ce sont des essais randomisés contrôlés ayant démarré à partir du 1 juin 2007 et terminés le 1 juin 2012. La recherche… Continuer la lecture

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Ne pas rapporter les résultats des essais cliniques est une mauvaise conduite universitaire : encore 90 000 patients inclus pour rien !

Une lettre dans Annals of Internal Medicine de mai 2019 a analysé des essais cliniques dont les résultats n’ont pas été diffusés. L’étude est bien faite, et a cherché des essais cliniques à partir du registre américain Clinicaltrials.gov. Ce sont des essais randomisés contrôlés ayant démarré à partir du 1 juin 2007 et terminés le 1 juin 2012. La recherche… Continuer la lecture

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Ethique de la communication des faits scientifiques : bravo Médecine Sciences

C’est avec plaisir que j’ai lu un bon éditorial du numéro de février 2019 de m/s ou médecine/sciences, une revue de l’Inserm d’accès libre. (voir ci-dessous). Il est écrit par Hervé Chneweiss, Président du Comité d’éthique de l’Inserm, et le titre : « Eléments pour une éthique de la communication des faits scientifiques » Les chercheurs doivent considérer les difficultés nouvelles pour… Continuer la lecture

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Le bras armé de l’industrie : le business du New England Journal of Medicine participe au bio-creep (effet de glissade)

Je ne suis pas seul à penser que les essais cliniques publiés par le NEJM participent à des stratégies malsaines. Dans le numéro du 7 février 2019, il y a deux essais de non-infériorité avec un antibiotique de la classe des tétracyclines. Les conclusions sont : Essai dans les infections de la peau : « Omadacycline was noninferior to linezolid for… Continuer la lecture

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Les leaders d’opinions n’aiment pas reconnaître qu’un essai a foiré : ils ont des critiques stéréotypées montrant que la conception était erronée

Cet article du BMJ de Noël 2018 est d’un humour grinçant. Voici un paragraphe du début : ‘Lorsqu’on demande aux principaux leaders d’opinion de commenter les résultats décevants d’un essai clinique dans des reportages ou lors de conférences, nous avons observé qu’ils semblent curieusement incapables de reconnaître que le traitement ne fonctionne pas. Ils préfèrent soutenir que la conception de… Continuer la lecture

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Séparons la science de la science-fiction : des risques à venir en santé !

Deux points de vue courts ont été publiés en novembre 2018 dans le JAMA, et ils ouvrent des perspectives sans réellement proposer de bonnes solutions. Ils sont bien documentés, bien écrits, avec des références choisies. Le premier concerne la désinformation en santé propagée par les réseaux sociaux. La cacophonie des informations, mélangeant le bon et l’ivraie, et la quantité des… Continuer la lecture

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Biais de publication, cas des antidépresseurs… encore des preuves après celles de E Turner en 2008

La figure ci-dessous est reprise de l’article « The cumulative effect of reporting and citation biases on the apparent efficacy of treatments: the case of depression », signée par des hollandais, et un anglais, dans Psychological Medicine, mis en ligne en août 2018, puis dans le numéro de novembre 2018. Il y a des commentaires parus sur The Publication Plan. Voici la… Continuer la lecture

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Biais de publication, spins : infographie bien faite pour vos cours, cas (ancien) des antidépresseurs…

La figure ci-dessous est reprise de l’article « The cumulative effect of reporting and citation biases on the apparent efficacy of treatments: the case of depression », signée par des hollandais, et un anglais, dans Psychological Medicine, mis en ligne en août 2018, puis dans le numéro de novembre 2018. Il y a des commentaires parus sur The Publication Plan. Elle est… Continuer la lecture

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Les résultats des essais cliniques académiques non diffusés : le Royaume Uni meilleur que la France ?

La France est-elle en avance sur le Royaume-Uni en matière de communication des résultats des essais cliniques ? Je ne crois pas car il n’y a ni contrainte, ni volonté politique pour s’assurer que l’argent public ne soit pas gaspillé. Par contre, les résultats des essais industriels sont communiqués. Le 30 octobre 2018, le rapport ci-contre a été publié au… Continuer la lecture

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Les résultats des essais cliniques académiques non diffusés : le Royaume Uni meilleur que la France ?

La France est-elle en avance sur le Royaume-Uni en matière de communication des résultats des essais cliniques ? Je ne crois pas car il n’y a ni contrainte, ni volonté politique pour s’assurer que l’argent public ne soit pas gaspillé. Par contre, les résultats des essais industriels sont communiqués. Le 30 octobre 2018, le rapport ci-contre a été publié au… Continuer la lecture

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Rien ne prouve que le bio réduit le cancer : le parcours du combattant des nutrinautes, une fake news à l’arrivée

J’ai repris ci-dessus une copie d’écran d’un article d’une revue québéquoise, Contrepoints, paru le 25 octobre 2018. Intéressant avec le lien pour le parcours du combattant/nutrinaute. Ce titre est l’inverse du titre trompeur du Monde daté du 22 octobre 2018 : « L’alimentation bio réduit significativement les risques de cancer ». Comment les croyances servent à effrayer le public ! Le journaliste,… Continuer la lecture

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Rien ne prouve que le bio réduit le cancer : le parcours du combattant des nutrinautes, une fake news à l’arrivée

J’ai repris ci-dessus une copie d’écran d’un article d’une revue québéquoise, Contrepoints, paru le 25 octobre 2018. Intéressant avec le lien pour le parcours du combattant/nutrinaute. Ce titre est l’inverse du titre trompeur du Monde daté du 22 octobre 2018 : « L’alimentation bio réduit significativement les risques de cancer ». Comment les croyances servent à effrayer le public ! Le journaliste,… Continuer la lecture

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USA : 61 % des pédiatres sont de femmes, et pourtant 41 % des premiers auteurs des revues de pédiatrie sont des femmes

Rien d’étonnant quand nous prenons connaissance d’un article de JAMA Network Open de juillet 2018 intitulé « Assessment of Women Physicians Among Authors of Perspective-Type Articles Published in High-Impact Pediatric Journals ». Aux USA, les femmes représentent ‘61.9% of pediatricians and 53.0% of full-time physician pediatric faculty’. Les auteurs ont sélectionné 435 articles qualifiés d’articles de type perspective ou opinion (pas de… Continuer la lecture

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La plupart des recherches dans le domaine de la nutrition sont biaisées… voire fausses….

L’institut Swiss Re (compagnie d’assurance) et le BMJ ont organisé une conférence de 2 jours : Food for thought. The science and politics of nutrition. Excellente réunion et le programme était intéressant (je n’y étais pas). Les diapos et vidéos sont déjà en ligne et téléchageables. Il s’agit d’une bonne présentation de John Ioannidis faites par visioconférence le 14 juin… Continuer la lecture

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De l’erreur involontaire à l’art de la fraude : savoir évaluer les pratiques médicales et produits de santé est un métier en perdition !

J’ai lu avec plaisir un ouvrage du Dr Alexis Clapin aux éditions désiris : Enquêtes médicales & évaluation, avec le sous-titre bien choisi ‘De l’erreur involontaire à la fraude’. L’auteur, neurologue, a travaillé 20 ans dans l’industrie pharmaceutique, et il connait bien le sujet. Le livre est à la fois didactique et technique, car ce sont des concepts assez difficiles… Continuer la lecture

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Faut-il manager les intérêts non financiers ? Editorial controversé du BMJ

La question a toujours été négligée, car les experts, auteurs d’articles doivent déclarer les liens d’intérêts, sous-entendus les liens financiers car les industries sont les seules coupables d’influences diverses. En fait, c’est plus compliqué, et un éditorial controversé du BMJ (Head to Head du 12 avril 2018) a confronté les deux points de vue. OUI (signé par deux australiens et… Continuer la lecture

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Améliorer la reproductibilité de la recherche scientifique : 13 articles dans PNAS !

En mars 2018, un numéro spécial des PNAS a publié 13 articles suite à un colloque sur la reproductibilité en recherche. Il s’agit d’un colloque de la National Academy of Sciences aux USA, et ce qui est bien, c’est que les vidéos des présentations sont sur YouTube. Elles sont faciles à écouter, et j’ai testé : bons enregistrements. Parmi les… Continuer la lecture

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89 % des études animales citées dans des brochures investigateurs pour les essais chez l’homme ne sont jamais publiées !

Si vous pensez que la recherche clinique a des problèmes, regardez la recherche animale ! Cet article de PLOS Biology (5 avril 2018), intitulé « Preclinical efficacy studies in investigator brochures: Do they enable risk–benefit assessment? » ne nous étonne pas… mais devrait nous inquiéter. La plupart des essais cliniques chez l’homme seraient basés sur des recherches animales insuffisantes (non publiés, omission… Continuer la lecture

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Un catalogue des biais en construction… proposez vos idées pour le compléter

Un site assez simple a pour objectif de présenter un catalogue des biais dans le domaine des sciences biomédicales. Cette idée a été évoquée par David Sackett avant l’existence de l’internet. dans un article de 1979 : Bias in Analytical Research. Chron Dis 1979;32:51-63. Il listait 35 biais dans l’échantillonage et les mesures des essais cliniques, et 56 biais affectant… Continuer la lecture

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Trop souvent les résumés ne sont pas exactement représentatifs des articles…..

Il y a eu beaucoup de recherches comparant le contenu des résumés avec le contenu des articles. Dans BMC Medical Research Methodology, une équipe essentiellement canadienne a publié fin 2017 une étude de portée (scoping review) pour rechercher les études sur ces comparaisons. Le titre « A scoping review of comparisons between abstracts and full reports in primary biomedical research ». Ils… Continuer la lecture

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Trop de publications d’essais cliniques ne sont pas conformes au protocole dans les revues prestigieuses : Bravaud Ravo !

Annals of Oncologie, dont le facteur d’impact a grimpé rapidement, publie régulièrement de bons articles dans la série « Statistical controversies in clinical research ». Un article intitulé ‘Comparison of primary outcomes in protocols, public clinical-trial registries, and publications : the example of oncology trials’ est intéressant car il compare les critères primaires entre 3 sources, et aussi il utilise les 7… Continuer la lecture

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Des valeurs de P embellies dans les revues prestigieuses : phénomène connu qui ne gêne personne

Bon article en juillet 2017 dans Journal of Clinical Epidemiology intitulé : »The distribution of P-values in medical research articles suggested selective reporting associated with statistical significance ». Il existe des données importantes sur le bricolage évident des statistiques dans les articles scientifiques, et ceci est une caractéristique transdisciplinaire, des sciences sociales, aux sciences de la vie et aux sciences dures !… Continuer la lecture

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L’affaire Séralini versus Monsanto continue : tous menteurs dans une affaire qui nuit à la science… sans faits établis sur de bonnes méthodes, les croyances s’opposent

Tout est regrettable dans cette histoire compliquée à propos d’un premier article qui n’aurait pas dû être publié, qui n’aurait pas dû être rétracté sur des arguments faibles, qui n’aurait pas dû être republié avec d’autres complices, etc…. Mais jamais personne n’arrivera à s’entendre pour faire une très bonne étude collaborative qui pourrait apporter des arguments de réponse : il… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : le rachat (redemption).. avec Registered reports, recommandations TOP, et une évaluation correcte de la recherche

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le dernier chapitre commence par se demander si ces dérives décrites… Continuer la lecture

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Imbrogliotazone

La famille pharmacologique des « glitazones » appartient à la grande classe dite des « antidiabétiques oraux » dont le but est de faire baisser le taux de sucre dans le sang. La rosiglitazone, premier médicament de cette famille, cumulait les quatre défauts de … Continuer la lecture Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 1, les biais, conséquence du ‘publie autant d’articles que possible avec des résultats positifs et nouveaux’

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff, et que j’ai rencontré, à propos des Registered Reports. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je vais reprendre chaque vendredi les 7 péchés, et voir ensuite le rechat proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre… Continuer la lecture

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Significosis, Neophilia, Theorrhea, Arigorum, Disjunctivitis : 5 maladies de la recherche d’après Leadership Quarterly

Voici un extrait de l’abstract : However, five serious “diseases” stifle the production of useful research. These diseases include: significosis, an inordinate focus on statistically significant results; neophilia, an excessive appreciation for novelty; theorrhea, a mania for new theory; arigorium, a deficiency of rigor in theoretical and empirical work; and finally, disjunctivitis, a proclivity to produce large quantities of redundant,… Continuer la lecture

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Les chercheurs italiens utilisent des pratiques préjudiciables en recherche dans plus de 50 % des articles (comme les américains)

Il s’agit d’une étude faite en Italie en utilisant le même questionnaire que celui qui a été utilisé aux USA. L’article est dans PLOS ONE, en mars 2017, avec pour titre : « Questionable research practices among italian research psychologists » Pour les italiens, il y avait 277 réponses…. et pour les US 2000 psychologues. Les résultats donnent le vertige…il s’agit de… Continuer la lecture

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Que vont devenir les professions qui ont une majorité de femmes en début de carrière : l’égalité des sexes pour demain ?

Les spécialités changent avec la disparité des sexes qui évolue vite : la science serat-elle féminine ou pas ? Il s’agit d’une analyse originale du changement de la discipline épidémiologie par des chercheurs des NIH aux USA. La publication dans le numéro de mars 2017 de la meilleure revue de la spécialité, Epidemiology, a pour titre « The changing face… Continuer la lecture

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Pour les élections, prenez le nouveau médicament

En ces périodes de verbiages politiques, chacun assène sa vérité chiffrée, reprochant à l’autre camp d’avoir fait monter les mauvais chiffres (chômage, immigration, dette) ou d’avoir fait baisser les bons (pouvoir d’achat, nombre de professeurs). Ces chiffres rabâchés avec un … Continuer la lecture Continuer la lecture

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L’abandon de la valeur de P en statistiques : c’est parti…. mais la résistance au changement nous guette !

Des revues ont introduit explicitement dans leurs instructions aux auteurs qu’elles découragent l’utilisation de la valeur de P pour les significations statistiques (significatif si inférieur à 0,05) dans les articles de recherche, et ce mouvement devrait s’étendre. Exemples : La prestigieuse revue ‘Epidemiology’, dont le facteur d’impact est 6,075 (toujours 3 décimales !!), a dans ses instructions aux auteurs :… Continuer la lecture

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Registered Reports : un peer-review d’avenir pour sauver un système de publications à la dérive ?

J’ai eu l’honneur d’être invité en février 2017 par le Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon (CRNL) avec d’autres orateurs pour une journée sur l’intégrité scientifique. Bonne mentalité dans ce centre, cela se voit ! Le directeur, Olivier Bertrand a bien accueilli les plus de cent participants, et a situé les développements de l’intégrité en France. Christophers Chambers, Professor… Continuer la lecture

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Point de vue dans le JAMA sur les biais des recrutements académiques : des biais de recrutements existent-ils hors USA ?

Le nouveau rédacteur du JAMA a introduit depuis 2/3 ans une rubrique viewpoint qui permet de publier en général au moins 4 articles de type éditorial par numéro. Ce sont des prises de position très américaines, mais assez engagées. Dans le numéro du 27 décembre 2016, j’ai lu avec intérêt le viewpoint intitulé « Reducing bias in academic search committees » en… Continuer la lecture

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