Systémique médicale
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Archives de catégorie : Archives
COVID-19 : 130 000 articles compilés dans CORD 19 ! La plus grande explosion jamais observée
La pandémie d’articles sur la COVID-19 est impressionnante. Combien ont été publiés (sans compter les préprints) depuis le 1 janvier 2020 ? Dans le domaine biomédical, mi-mai 2020, la seule consultation de PubMed avec le terme COVID 19 identifie plus de 13 000 articles. En pratique, tous les domaines scientifiques publient sur la COVID-19 ! Et surtout, personne n’est capable… Continuer la lecture
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COVID-19 : la pandémie des articles et preprints va-t’elle baisser ? Les articles de recherche représentent moins de 10 % des publications
Comme le virus SARS-CoV-2, le nombre d’articles revus par les pairs et indexés dans PubMed et les nombres de préprints vont-ils diminuer ? L’image ci-contre est une copie d’écran prise du portfolio NIH qui est animé en ligne, avec apparition des chiffres en glissant la souris : « Our COVID-19 Portfolio tool leverages the cutting-edge analytical capability of the iSearch platform,… Continuer la lecture
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La reproductibilité serait améliorée si les données brutes des articles étaient publiques, mais les auteurs ne veulent pas !
J’ai choisi de traduire le résumé d’un article étonnant dans la revue Molecular Brain le 21 février 2020 : « No raw data, no science: another possible source of the reproducibility crisis ». Simple, mais le rédacteur en chef a exigé des données brutes de manuscrits avant de les oumettre à peer-review. La raison pour les demander est que l’article était trop… Continuer la lecture
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Study 329 : pire que ce que je pensais pour la paroxétine (Paxil/Seroxat) chez l’enfant avec des manipulations GSK et FDA
Bravo pour cette excellente conférence par David Healy à Lyon (octobre 2015) sur le scandale des études cliniques de la paroxétine chez l’enfant. Je viens de visualiser la vidéo (une heure) qui est bien sous-titrée en français. L’anglais est agréable et facile à comprendre. Incroyable : manipulations de GSK (Smith Kline Beecham au moment des faits) avec les trois essais… Continuer la lecture
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GRPD et revues scientifiques : compliqué à mettre en oeuvre….
J’ai participé à une réunion à Bruxelles au sein de l’ERC (European Research Council). Il y avait des personnels de cette agence, de la commission européenne (DG RTD), et une quinzaine de rédacteurs de revues. GRPD, c’est le truc sur la protection des données, et les revues sont très concernées : quelles données archiver et comment ? Organisé par EASE… Continuer la lecture
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L’archive médicale pour les preprints est lancée, en retard sur les autres disciplines scientifiques
Le serveur de preprints pour les sciences médicales arrive, alors que le sujet est encore controversé. Le projet associe trois partenaires : Cold Harbor Laboratory, le BMJ et l’université Yale. Ce projet n’est plus exactement celui qui avait été annoncé en septembre 2017 lors du congrès du Peer Review. Il s’appellalt MadArXiv. L’annonce venait de Yale. Bien qu’annoncé, le projet… Continuer la lecture
Livre blanc de SpringerNature sur le partage des données : cinq recommandations simples
Ce rapport de 24 pages a été préparé par cinq collaborateurs du groupe SpringerNature (accès libre). Ils sont basés en Angleterre, et ont une connaissance d’autres pratiques que celle des revues du groupe (F1000, BMC avant son rachat par Springer). Ils ont différentes positions dans le groupe. Ils ont repris des enquêtes auprès d’environ 11 000 chercheurs, y compris une… Continuer la lecture
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Non aux preprints pour des revues d’orthopédie
Dans le domaine de la médecine, des voix s’élèvent pour ne pas accepter les preprints.. et cette fois-ci, ce sont 4 revues prestigieuses d’orthopédie qui publient un éditorial commun début 2019((voir tirte dans l’image de gauche). Cet éditorial rappelle d’abord la sacro-sainte règle d’Ingelfinger, un ancien rédacteur en chef du NEJM qui avait institué cette règle : une revue scientifique… Continuer la lecture
Les 150 ans de la revue Nature en 2019 : une série d’articles à venir
Un éditorial du 2 janvier 2019 de Nature explique que pendant l’année 2019, Nature va régulièrement publier des articles ‘anniversaires’. Le premier numéro de novembre 1869 a été mis en ligne. Un site dédié sera enrichi au cours de l’année, et il y a 4 onglets sur ce site : « Collection Home — Anniversary articles — First issue; Nov 1869… Continuer la lecture
Le numéro de Noël du BMJ : un régal en vacances avec de l’humour et du sérieux
Le numéro de Noël du BMJ est toujours un plaisir et je vous suggère de prendre connaissance du sommaire (14 December 2018; vol 363, issue 8180). Des articles ont été commentés sur les réseaux sociaux (Twitter, Facebook), mais je ne crois pas qu’ils aient été réellement lus… C’est une succession d’articles divers, dont certains se veulent humoristiques, et d’autres un… Continuer la lecture
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Base de données de RetractionWatch : cherchez vos revues, vos amis parmi 20 000 rétractations, corrections, etc..
Après de longs mois de test, RetractionWatch a officiellement lancé une base de données de près de 20 000 rétractations, corrections et expressions de réserves (expression of concern), et environ 50 000 noms de chercheurs. C’est un effort important, et la base est facile d’utilisation. Il existe néanmoins un guide utile sir vous débutez, mais la page d’ouverture est simple,… Continuer la lecture
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Base de données de RetractionWatch : cherchez vos revues, vos amis parmi 20 000 rétractations, corrections, etc..
Après de longs mois de test, RetractionWatch a officiellement lancé une base de données de près de 20 000 rétractations, corrections et expressions de réserves (expression of concern), et environ 50 000 noms de chercheurs. C’est un effort important, et la base est facile d’utilisation. Il existe néanmoins un guide utile sir vous débutez, mais la page d’ouverture est simple,… Continuer la lecture
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Ré-imprimer un poster en changeant avec les nouveaux logos de l’institution : qu’en pensez-vous ?
J’ai rigolé en lisant sur la liste de discussion du CSE (Council of Science Editors), une demande de conseil, provenant de la directrice des ‘Grant Development’ de l’université Augusta. Un batiment académique doit être rénové et agrandi ; on leur demande de ré-imprimer les posters pendus dans les couloirs en utilisant le nouveu logo !!!! C’est pas majeur, mais y-a-t-il… Continuer la lecture
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aspredicted.org : l’enregistrement des protocoles simplifié
Cela fait quelques mois que je cherche des informations sur un site qui me semble très utile. Il a été créé par 3 chercheurs américains, domaine de la psychologie, business, pour être un registre de protocoles. Aspredicted.org est très simple d’utilisation car le chercheur dépose un protocole simplifié en 9 questions. Ensuite est généré un pdf qui est archivé, et… Continuer la lecture
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aspredicted.org : l’enregistrement des protocoles simplifié
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La qualité de la littérature n’augmente pas d’après Richard Lehman, qui a fait une rubrique hebdomadaire pendant 20 ans
Une interview de Richard Lehman dans un blog du BMJ contient un commentaires désabusé, mais probablement exact : La plupart des articles ne traitent pas encore de questions cliniques, et la qualité de la littérature ne s’est pas vraiment améliorée malgré tous les indicateurs, les alarmes et les alertes qui ont été ajoutés, en partie grâce aux exigences des revues…. Continuer la lecture
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Sci-Hub donne toujours un accès gratuit à la plupart des articles scientifiques payants
Sci-Hub a pris une place parmi les outils pour accéder gratuitement aux articles scientifiques, et des donations permettent à sa fondatrice, Alexandra Elbakyan de poursuivre son projet. Sci-Hub a été analysé en détail par une équipe de chercheurs américains, australiens et allemands, avec une publication dans eLife (open access journal) en février 2018 : « Research: Sci-Hub provides access to nearly… Continuer la lecture
Publié dans Archives, fraude, Recherche documentaire
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Les 150 ans de la revue »Nature » avec ses combats, ses triomphes : une bonne lecture de vacances
La lecture de l’histoire de la revue Nature est un réel plaisir en vacances. Cet ouvrage est un travail d’historien avec des citations, des lettres d’archives pour illustrer ce qu’est la revue Nature. Est-ce une institution anglaise ? Dès le début, trois villes, Londres, Cambridge et Oxford ont influencé les rivalités entre les chercheurs. Nature a été au début le… Continuer la lecture
Publié dans Archives, Grand public, Vie et mort des journaux
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Après quelques années, RIAT démarre : il faut publier les essais invisibles et abandonnés
C’est en 2013, que le concept de RIAT (Restoring Invisible and Abandoned Trials) a été décrit dans le BMJ. Trop d’essais ne sont jamais publiés alors que les résultats sont utiles pour notre communauté. RIAT était un appel à la communauté des chercheurs pour publier ces essais, car il faut du temps, de l’argent, des autorisations, etc.. et des volontaires… Continuer la lecture
Publié dans Archives, Cocorico, Gaspillage, Grand public, Méthodologie de recherche, Résultats négatifs
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Excellente présentation sur les preprints en biologie et médecine à voir sur figshare
Début mai 2018, c’est le meeting annuel du CSE (Council of Science Editors) à New Orleans, et beaucoup de news sur les réseaux sociaux. Une discussion sur les preprints m’a permis de visionner les diapos de John Inglis co-fondateur de bioRxiv et de medRxiv. Le titre : » Preprints in biology and medicine » (14 février 2018). J Inglis travaille à New… Continuer la lecture
Partage des données de la recherche : les revues prestigieuses sont de plus en plus rigoureuses
Dans Science, fin avril 2018, une déclaration commune a été signée par 5 rédacteurs connus représentant des groupes de revues : Science Family Journals, groupe Nature, group PLOS, PNAS, Plant biology, et revues de Cell Press. Ce sont les revues les plus prestigieuses qui commentent une règle proposée par l’EPA (Environmental Protection Agency) aux USA : « The rule will ensure… Continuer la lecture
Publié dans Archives, Open access, Recommandations, Rédaction des revues
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Les revues scientifiques chinoises
Quatre jeunes chinois ont publié dans Learned Publishing le 23 mars 2018 un article intitulé : « Growth and quality of Chinese journals from 1949 to 2013 ». Voici le résumé traduit : Au cours des dernières années, des investissements substantiels dans les sciences et la technologie ont entraîné une augmentation du nombre de revues universitaires chinoises. Les recherches précédentes ont utilisé… Continuer la lecture
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Le mouvement des preprints accélère… les articles soumis à PLOS seront déposés dans une archive ouverte
Voici le début d’un billet déposé sur le blog de PLOS le 6 février 2018 ; Public Library of Science (PLOS) and Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) announce an agreement that enables the automatic posting of research articles submitted to PLOS journals on bioRxiv, CSHL’s preprint server for the life sciences. This collaboration between bioRxiv and PLOS empowers authors to… Continuer la lecture
L’archive de preprints en langue française a été créée : il faudrait la soutenir et assurer son avenir
Je remercie Bernard Paquito pour son tweet du 18 janvier 2017 nous informant de la création d’un nouveau registre pour des preprints en langue française. Idée géniale ou projet mal barré ? J’aimerai que ce soit une idée géniale et que le succès suive. Le nom Frenxiv, avec un drapeau français ne représentant pas la francophonie, faut-il un logo plus… Continuer la lecture
Les 90 ans des Annals of Internal Medicine : quelques ‘articles emblématiques’ remarquables
En 2017, les Annals of Internal Medicine (American College of Physicians, Philpadelphie, USA) ont fêté leur 90ème anniversaire. C’est l’occasion de mettre en valeur les grandes dates de cette revue. Vous pouvez agréablement naviguer de 1927 à 2017 en vous arrêtant sur les noms des rédacteurs éminents et comprendre l’histoire de la revue. J’ai très bien connu Ed Huth qui… Continuer la lecture
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Le mauvais emploi des verbes dans les articles scientifiques favorise les spins
Editorial plaisant, d’autant plus que le premier des deux auteurs, Abe Fingerhut, est un collègue américain qui a longtemps exercé la chirurgie en France. Cet éditorial dans la prestigieuse revue Surgery est intitulé ‘Strength of verbs in medical writing should correspond to the level of evidence (or degree of causality): a plea for accuracy’. Trop souvent les auteurs (reviewers et… Continuer la lecture
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Le partage des données des essais cliniques va devenir obligatoire selon l’ICMJE
C’est un sujet débattu, mais la déclaration de l’ICMJE (International Committee of Medical Journal Editors) vient conclure 18 mois de consultations. Que dit cet éditorial publié conjointement par les plus grandes revues (JAMA, BMJ, Lancet, NEJM, Annals Intern Med, et d’autres) ? les manuscrits soumis à des revues suivant l’ICMJE devront contenir une déclaration sur le partage des données sources… Continuer la lecture
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Les initiatives pour la reproductibilité des données au congrès mondial sur l’intégrité de la recherche
Bonne session sur la reproductibilité lors de la 5ème WCRI à Amsterdam avec 3 orateurs prestigieux. Quelles sont les causes pour expliquer la mauvaise reproductibilité ? Existe-t-il réellement une crise de reproductibilité ? Des solutions ??? D Fanelli a remplacé JPA Ioannidis, empêché de venir à Amsterdam. Conférence avec des exemples expliquant la mauvaise reproductibilité. D’abord la sélection des données… Continuer la lecture
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Les avantages des modèles de partage de données en accès ouvert : une dizaine de projets de qualité
Partager les données semble raisonnable dans le domaine des essais randomisés, plutôt qu’une course permanente pour générer des données (d’ailleurs combien de patients sont inclus dans des essais dont les résultats ne sont jamais publics !). Le NEJM, dans un éditorial intitulé “Advantages of a Truly Open-Access Data-Sharing Model” liste des sites à explorer. Cet éditorial est signé par 8… Continuer la lecture
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Les challenges éthiques concernant les big data sont à explorer… pour ne pas se moquer des personnes
La revue PLOS Computational Biology a une série d’articles sur les 10 règles simples, et j’ai souvent évoqué ces articles. Fin mars 2017, un nouvel article intitulé « Ten simple rules for responsible big data research ». En fait cet article est le résultat de 2 ans de concertations pour le Council of Big Data supporté par la National Science Foundation aux… Continuer la lecture
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Enregistrez tous vos protocoles… de nombreux sites existent pour tous types de recherches
Le développement des registres pour déposer les protocoles est rapide. Les plus anciens ont été créés par les Agences de régulation des produits de santé, par exemple www.clinicaltrials.gov (bientôt 250 000 essais dans cette base), et il en existe quelques uns. Mais toutes les recherches ne sont pas des essais de produits de santé… et les revues veulent s’assurer que… Continuer la lecture
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Les meilleurs articles 2016 du NEJM en accès libres : collection majeure !
C’est une initiative irrégulière du NEJM, à savoir compiler des articles en un seul pdf. Il s’agit d’une collection avec les abstracts des articles majeurs de 2016 avec les éditoriaux qui les accompagnent. Le pdf complet est téléchargeable gratuitement pour quelques semaines, avec liens aux articles. Il est intéressant à parcourir et il peut être gardé en archive (à cette… Continuer la lecture
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BMJ de Noël 2016 : entre humour et compassion… à lire tranquillement
Le numéro de Noël du BMJ est toujours un moment agréable, et sa lecture est passionnante. C’est un numéro décalé avec des articles humoristiques, et des articles sérieux. Je ne peux détailler tout le contenu, mais quelques points méritent commentaires : il y a 6 éditoriaux très politiquement engagés sur les difficultés humanitaires de notre monde ; l’éditorial de présentation… Continuer la lecture
Le partage des données est encore très loin d’être la norme : peu de revues biomédicales prestigieuses le demandent
C’est un preprint de PEERJ (donc un article n’ayant pas encore été reviewé) qui a estimé les politiques des revues concernant le partage des données sources par les auteurs. Nous savons que de rares revues l’imposent, comme BMJ par exemple. Par exemple, les instructions aux auteurs du BMJ contiennent ces phrases (et bien d’autres) : » For all research articles: we… Continuer la lecture
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La recherche ouverte en Angleterre : une charte avec 10 principes… et le chemin sera long voire très long !
Fin juillet 2016, les universités anglaises ont proposé 12 principes pour la recherche ouverte. Il s’agit d’un rapport de 24 pages simple et facile à lire « Concordat on Open Research Data ». Pour chaque principe, il y a environ une page d’explications. Dans les annexes, des références pour chaque principe, références qui permettent de tout avoir sur ce thème. Ce n’est… Continuer la lecture
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Qui télécharge des articles piratés ? Tout le monde ?
Le phénomène est important, et John Bohannon, journaliste américain ayant publié plusieurs analyses dans Science, en particulier après avoir piégé des revues, vient d’écrire un long article très documenté sur le piratage des articles le 29 avril 2016. C’est dans Sciencemag. Les chercheurs n’aiment pas avoir à payer pour accéder à un article, et Sci-Hub propose ces articles ! Il… Continuer la lecture
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Partage de données, archivage des données sources : encore compliqué mais les registres sont nombreux
Des revues sont en avance et imposent des démarches aux auteurs des manuscrits acceptés. Par exemple, depuis début 2015, tous les articles de recherche du BMJ contiennent un lien vers le protocole (accès ouvert et gratuit), et un lien vers les données sources, ou comment pouvoir les consulter (parfois des codes et/ou autorisations sont nécessaires). Les groupes les plus avancés… Continuer la lecture
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