Archives de catégorie : Archives

La qualité de la littérature n’augmente pas d’après Richard Lehman, qui a fait une rubrique hebdomadaire pendant 20 ans

Une interview de Richard Lehman dans un blog du BMJ contient un commentaires désabusé, mais probablement exact : La plupart des articles ne traitent pas encore de questions cliniques, et la qualité de la littérature ne s’est pas vraiment améliorée malgré tous les indicateurs, les alarmes et les alertes qui ont été ajoutés, en partie grâce aux exigences des revues…. Continuer la lecture

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Sci-Hub donne toujours un accès gratuit à la plupart des articles scientifiques payants

Sci-Hub a pris une place parmi les outils pour accéder gratuitement aux articles scientifiques, et des donations permettent à sa fondatrice, Alexandra Elbakyan de poursuivre son projet. Sci-Hub a été analysé en détail par une équipe de chercheurs américains, australiens et allemands, avec une publication dans eLife (open access journal) en février 2018 : « Research: Sci-Hub provides access to nearly… Continuer la lecture

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Les 150 ans de la revue  »Nature » avec ses combats, ses triomphes : une bonne lecture de vacances

La lecture de l’histoire de la revue Nature est un réel plaisir en vacances. Cet ouvrage est un travail d’historien avec des citations, des lettres d’archives pour illustrer ce qu’est la revue Nature. Est-ce une institution anglaise ? Dès le début, trois villes, Londres, Cambridge et Oxford ont influencé les rivalités entre les chercheurs. Nature a été au début le… Continuer la lecture

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Après quelques années, RIAT démarre : il faut publier les essais invisibles et abandonnés

C’est en 2013, que le concept de RIAT (Restoring Invisible and Abandoned Trials) a été décrit dans le BMJ. Trop d’essais ne sont jamais publiés alors que les résultats sont utiles pour notre communauté. RIAT était un appel à la communauté des chercheurs pour publier ces essais, car il faut du temps, de l’argent, des autorisations, etc.. et des volontaires… Continuer la lecture

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Excellente présentation sur les preprints en biologie et médecine à voir sur figshare

Début mai 2018, c’est le meeting annuel du CSE (Council of Science Editors) à New Orleans, et beaucoup de news sur les réseaux sociaux. Une discussion sur les preprints m’a permis de visionner les diapos de John Inglis co-fondateur de bioRxiv et de medRxiv. Le titre : » Preprints in biology and medicine » (14 février 2018). J Inglis travaille à New… Continuer la lecture

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Partage des données de la recherche : les revues prestigieuses sont de plus en plus rigoureuses

Dans Science, fin avril 2018, une déclaration commune a été signée par 5 rédacteurs connus représentant des groupes de revues : Science Family Journals, groupe Nature, group PLOS, PNAS, Plant biology, et revues de Cell Press. Ce sont les revues les plus prestigieuses qui commentent une règle proposée par l’EPA (Environmental Protection Agency) aux USA : « The rule will ensure… Continuer la lecture

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Les revues scientifiques chinoises

Quatre jeunes chinois ont publié dans Learned Publishing le 23 mars 2018 un article intitulé : « Growth and quality of Chinese journals from 1949 to 2013 ». Voici le résumé traduit : Au cours des dernières années, des investissements substantiels dans les sciences et la technologie ont entraîné une augmentation du nombre de revues universitaires chinoises. Les recherches précédentes ont utilisé… Continuer la lecture

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Le mouvement des preprints accélère… les articles soumis à PLOS seront déposés dans une archive ouverte

Voici le début d’un billet déposé sur le blog de PLOS le 6 février 2018 ; Public Library of Science (PLOS) and Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) announce an agreement that enables the automatic posting of research articles submitted to PLOS journals on bioRxiv, CSHL’s preprint server for the life sciences. This collaboration between bioRxiv and PLOS empowers authors to… Continuer la lecture

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L’archive de preprints en langue française a été créée : il faudrait la soutenir et assurer son avenir

Je remercie Bernard Paquito pour son tweet du 18 janvier 2017 nous informant de la création d’un nouveau registre pour des preprints en langue française. Idée géniale ou projet mal barré ? J’aimerai que ce soit une idée géniale et que le succès suive. Le nom Frenxiv, avec un drapeau français ne représentant pas la francophonie, faut-il un logo plus… Continuer la lecture

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Trois instituts de recherche anglais et la fondation B&M Gates rejoignent la plateforme de l’industrie pharma pour partager les résultats d’essais cliniques

C’est dans le NEJM que 4 financeurs de recherche, dont la recherche clinique, annoncent des avancées dans le partage des données des essais cliniques : Bravo. Le titre de cet article du 16 novembre 2017 : « Data Sharing from Clinical Trials — A Research Funder’s Perspective ». Les 4 signataires sont des représentants de : The Wellcome Trust, the Medical Research… Continuer la lecture

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Les 90 ans des Annals of Internal Medicine : quelques ‘articles emblématiques’ remarquables

En 2017, les Annals of Internal Medicine (American College of Physicians, Philpadelphie, USA) ont fêté leur 90ème anniversaire. C’est l’occasion de mettre en valeur les grandes dates de cette revue. Vous pouvez agréablement naviguer de 1927 à 2017 en vous arrêtant sur les noms des rédacteurs éminents et comprendre l’histoire de la revue. J’ai très bien connu Ed Huth qui… Continuer la lecture

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Le mauvais emploi des verbes dans les articles scientifiques favorise les spins

Editorial plaisant, d’autant plus que le premier des deux auteurs, Abe Fingerhut, est un collègue américain qui a longtemps exercé la chirurgie en France. Cet éditorial dans la prestigieuse revue Surgery est intitulé ‘Strength of verbs in medical writing should correspond to the level of evidence (or degree of causality): a plea for accuracy’. Trop souvent les auteurs (reviewers et… Continuer la lecture

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Le partage des données des essais cliniques va devenir obligatoire selon l’ICMJE

C’est un sujet débattu, mais la déclaration de l’ICMJE (International Committee of Medical Journal Editors) vient conclure 18 mois de consultations. Que dit cet éditorial publié conjointement par les plus grandes revues (JAMA, BMJ, Lancet, NEJM, Annals Intern Med, et d’autres) ? les manuscrits soumis à des revues suivant l’ICMJE devront contenir une déclaration sur le partage des données sources… Continuer la lecture

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Les initiatives pour la reproductibilité des données au congrès mondial sur l’intégrité de la recherche

Bonne session sur la reproductibilité lors de la 5ème WCRI à Amsterdam avec 3 orateurs prestigieux. Quelles sont les causes pour expliquer la mauvaise reproductibilité ? Existe-t-il réellement une crise de reproductibilité ? Des solutions ??? D Fanelli a remplacé JPA Ioannidis, empêché de venir à Amsterdam. Conférence avec des exemples expliquant la mauvaise reproductibilité. D’abord la sélection des données… Continuer la lecture

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Les avantages des modèles de partage de données en accès ouvert : une dizaine de projets de qualité

Partager les données semble raisonnable dans le domaine des essais randomisés, plutôt qu’une course permanente pour générer des données (d’ailleurs combien de patients sont inclus dans des essais dont les résultats ne sont jamais publics !). Le NEJM, dans un éditorial intitulé “Advantages of a Truly Open-Access Data-Sharing Model” liste des sites à explorer. Cet éditorial est signé par 8… Continuer la lecture

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Les challenges éthiques concernant les big data sont à explorer… pour ne pas se moquer des personnes

La revue PLOS Computational Biology a une série d’articles sur les 10 règles simples, et j’ai souvent évoqué ces articles. Fin mars 2017, un nouvel article intitulé « Ten simple rules for responsible big data research ». En fait cet article est le résultat de 2 ans de concertations pour le Council of Big Data supporté par la National Science Foundation aux… Continuer la lecture

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Enregistrez tous vos protocoles… de nombreux sites existent pour tous types de recherches

Le développement des registres pour déposer les protocoles est rapide. Les plus anciens ont été créés par les Agences de régulation des produits de santé, par exemple www.clinicaltrials.gov (bientôt 250 000 essais dans cette base), et il en existe quelques uns. Mais toutes les recherches ne sont pas des essais de produits de santé… et les revues veulent s’assurer que… Continuer la lecture

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Les meilleurs articles 2016 du NEJM en accès libres : collection majeure !

C’est une initiative irrégulière du NEJM, à savoir compiler des articles en un seul pdf. Il s’agit d’une collection avec les abstracts des articles majeurs de 2016 avec les éditoriaux qui les accompagnent. Le pdf complet est téléchargeable gratuitement pour quelques semaines, avec liens aux articles. Il est intéressant à parcourir et il peut être gardé en archive (à cette… Continuer la lecture

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Un mine d’or qui mérite d’être mieux connue : The James Lind Library

Cette bibliothèque a été créée en 2003, en reprenant des ressources existantes, et c’est Iain Chalmers qui a été l’initiateur, et toujours un des animateurs actifs. Le sous titre de la James Lind Library (JLL) est : « Illustrating the development of fair tests of treatments in health care » explique l’objectif. Je connais cette expérience britannique depuis le début, et je… Continuer la lecture

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BMJ de Noël 2016 : entre humour et compassion… à lire tranquillement

Le numéro de Noël du BMJ est toujours un moment agréable, et sa lecture est passionnante. C’est un numéro décalé avec des articles humoristiques, et des articles sérieux. Je ne peux détailler tout le contenu, mais quelques points méritent commentaires : il y a 6 éditoriaux très politiquement engagés sur les difficultés humanitaires de notre monde ; l’éditorial de présentation… Continuer la lecture

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Le partage des données est encore très loin d’être la norme : peu de revues biomédicales prestigieuses le demandent

C’est un preprint de PEERJ (donc un article n’ayant pas encore été reviewé) qui a estimé les politiques des revues concernant le partage des données sources par les auteurs. Nous savons que de rares revues l’imposent, comme BMJ par exemple. Par exemple, les instructions aux auteurs du BMJ contiennent ces phrases (et bien d’autres) : » For all research articles: we… Continuer la lecture

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La recherche ouverte en Angleterre : une charte avec 10 principes… et le chemin sera long voire très long !

Fin juillet 2016, les universités anglaises ont proposé 12 principes pour la recherche ouverte. Il s’agit d’un rapport de 24 pages simple et facile à lire « Concordat on Open Research Data ». Pour chaque principe, il y a environ une page d’explications. Dans les annexes, des références pour chaque principe, références qui permettent de tout avoir sur ce thème. Ce n’est… Continuer la lecture

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Qui télécharge des articles piratés ? Tout le monde ?

Le phénomène est important, et John Bohannon, journaliste américain ayant publié plusieurs analyses dans Science, en particulier après avoir piégé des revues, vient d’écrire un long article très documenté sur le piratage des articles le 29 avril 2016. C’est dans Sciencemag. Les chercheurs n’aiment pas avoir à payer pour accéder à un article, et Sci-Hub propose ces articles ! Il… Continuer la lecture

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Partage de données, archivage des données sources : encore compliqué mais les registres sont nombreux

Des revues sont en avance et imposent des démarches aux auteurs des manuscrits acceptés. Par exemple, depuis début 2015, tous les articles de recherche du BMJ contiennent un lien vers le protocole (accès ouvert et gratuit), et un lien vers les données sources, ou comment pouvoir les consulter (parfois des codes et/ou autorisations sont nécessaires). Les groupes les plus avancés… Continuer la lecture

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L’ICMJE (groupe de Vancouver) va imposer le partage des données des essais cliniques… cela deviendra commun pour toute recherche

Nous avons souvent évoqué le fait que l’accès aux données sources soit trop difficile… sans dire que l’accès devrait être public, car un accès sous réserve d’autorisations est acceptable. Un éditorial « Sharing the clinical trial data » de l’International Committee of Journal Editors (ICMJE) a été publié simultanément dans 14 revues : Annals of Internal Medicine, The BMJ, Canadian Medical Association… Continuer la lecture

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100 recherches en psychologie : moins de 50 % ont été reproduites ; collaboration et transparence devraient être obligatoires en recherche

C’est un projet exceptionnel dont nous avons présenté les résultats préliminaires le 18 mai 2015. Les résultats complets ont été publiés par la revue Science le 28 août 2015, en accès libre (La rédactrice en chef de Science est dans le board de Center for Open Science). Arrêtons de gaspiller, commençons par reproduire ce qui a été fait une fois… Continuer la lecture

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Les 20 ans du BMJ électronique : les 20 articles sélectionnés confirment l’intérêt pour les bonnes méthodes de recherche

Pour fêter les 20 ans du format électronique, le BMJ propose aux lecteurs de voter pour les meilleurs articles. La sélection des 20 articles sélectionnés a été faite par 20 experts, et des lecteurs ont regretté l’oubli d’articles… Ces articles confirment le militantisme du BMJ pour les bonnes pratiques, contre le gaspillage de la recherche, avec le scandale MMR/ROR, le… Continuer la lecture

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L’OMS aboie dans le vide : il faut publier les résultats des essais cliniques.. il faudrait un indicateur du taux de publication par promoteur

Félicitons l’OMS pour ses efforts en faveur de la publication des résultats des essais : en 2005, appel pour enregistrer les protocoles des essais clinqiues et mise en place de ‘International Clinical Trials Registry Platform (ICTRP). En 2015, nouvelle déclaration qu’il faut applaudir ; il s’agit du WHO Statement on Public Disclosure of Clinical Trial Results. C’est intéressant et utile,… Continuer la lecture

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Est-ce que l’archivage de la science va être transféré des bibliothèques vers les revues ou d’autres organisations ?

Sur 180 pages du rapport STM 2015, il y a beaucoup d’informations. Nous avons analysé les articles peu cités (2 avril), les grandes maisons d’éditions (30 mars), les termes pre/post print (25 mars), l’impact des technologies (23 mars). En page 81, il y a un paragraphe ‘Long term preservation’ qui mérite discussion. Dans le passé, les revues étaient archivées et… Continuer la lecture

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Les chercheurs oublient plus vite les articles que dans le passé ! Car il y en a beaucoup trop…

C’est un article difficile à lire et qui a reçu une certaine publicité (Slate France par exemple). Cet article conforte des hypothèses que nous avons, à savoir que les articles sont cités sur une courte période et ensuite oubliés totalement…. Article publié dans ArXiv, Physique et avec un titre « Attention decay in science » que l’on peut traduire par ‘Détérioration de… Continuer la lecture

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Oubliez les termes pre-print, post-print, etc… mais quels jargons pour qualifier les articles scientifiques ?

Le rapport STM 2015 propose les classifications des articles selon leur version. C’est utile car avec les nouveaux modèles de communication (archives ouvertes, revues en open access,..) des versions différentes du même article sont maccessibles en lignes… Les termes pre-print (manuscrit initial de l’auteur, voire manuscrit accepté par une revue), et post-print (manuscrit accepté) doivent être abandonnés (je les utilise… Continuer la lecture

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La lente agonie du pdf : l’article du futur est bien supérieur

Lors de formation, je suis justement critiqué quand j’explique que le pdf ne représente plus les articles scientifiques et qu’il faut abandonner ce format pour lire un article ! Lisez un article du Guardian le 11 février 2015 intitulé « Researchers: it’s time to ditch the pdf ». Je cite : ‘le pdf, c’est comme le tiroir de votre bureau : un… Continuer la lecture

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Le partage des données devient une réalité pour plus de 1200 essais cliniques supportés par l’industrie

Le NEJM a publié en octobre 2014 les données de l’utilisation d’une initiative lancée en mai 2013. Il s’agit du site Clinical Study DataRequest.com. Les premiers résultats sont intéressants. Vous pouvez aller sur ce site et pour bientôt 11 industries Astellas, Bayer, Boehringer Ingelheim, GSK, Lilly, Novartis, Roche, Sanofi, Takeda, UCB and ViiV Healthcare, vous pouvez consulter des données des… Continuer la lecture

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La science est en crise : améliorons d’urgence nos pratiques en archivant les données

L’impression d’un appel aux sourds que cet éditorial dans College & Research LIbraries en décembre 2014. Il vaudrait mieux entendre cet appel. Que nous dit Heather Coates qui est ‘digital scholarship and data management librarian’ aux USA ? La recherche académique moderne est en crise avec une perte de crédibilité et un risque de perdre des données ; la crise… Continuer la lecture

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Partage des données sources : est-ce que réellement les chercheurs sont favorables… j’ai des doutes

Régulièrement, je rejoins les divers groupes qui militent pour la transparence des données. C’est plus facile à dire qu’à mettre en pratique, dans un monde qui a toujours été habitué au travail solitaire dans uen équipe, à la compétition et autres habitudes. Un billet de The Scholarly kitchen du 11 novembre nous aide à réfléchir : ‘To share or not… Continuer la lecture

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Traçabilité des essais cliniques : du protocole aux publications… Un nouveau projet : ‘The Linked Reports of Clinical Trials’

C’est une démarche importante dans la transparence des données provenant des essais cliniuqes. La revue Trials a publié en septembre 2014 un éditorial décrivant ce projet. Depuis un an, cette revue a ouvert le dialogue sur cette initiative, notamment sur le blog de BMC.Le principe est simple, mais encore faut-il le mettre en oeuvre, et pour cela CrossMark pourrait être… Continuer la lecture

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Pourquoi enregistrer les protocoles de recherche ? L’European Journal of Anaesthesiology va exiger ces enregistrements

L’enregistrement des protocoles de recherche devrait être une routine pour des chercheurs.. mais nombreuses sont les recherches conduites sans protocole.. Pour obtenir des ressources, en particulier en recherche clinique, il faut un projet formalisé, et en général un protocole est évalué. Pour les essais cliniques randomisés, c’est en 2005 que les rédacteurs de ICMJE (groupe de Vancouver) ont exigé l’enregistrement… Continuer la lecture

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Les bagarres entre auteurs ne finissent jamais.. et peuvent durer 50 ans. Exemple de la trisomie 21

Félicitons Stéphane Huet pour son article dans Libération (30 septembre 2014) qui nous rappelle une histoire que j’avais oubliée. La paternité de la découverte de la trisomie 21 doit être attribuée à Marthe Gautier (89 ans en 2014) et non pas à Jérôme Lejeune. Je suis un observateur qui n’a pas les témoignages de tous les acteurs. J’ai tendance à… Continuer la lecture

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Couvertures du JAMA : plus d’oeuvres d’art depuis 2012 mais des illustrations et / ou un sommaire aride !

La couverture du JAMA 2014 est maintenant un sommaire avec les titres des articles.. Donc abandon des tableaux sélectionnés dans les musées : ils étaient choisis et commentés par MT Southgate ! Pendant une période intermédiaire, le JAMA a choisi des illustrations, en janvier 2012. L’abandon des tableaux est lié non seulement à l’arrivée d’un nouveau rédacteur en chef, mais… Continuer la lecture

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Les revues du groupe PLOS exigent un accès aux données sources des publications : vont-ils mettre en oeuvre cette décision ?

Editorial conjoint des rédacteurs de PLOS Medicine et PLOS Biology, engageant les 7 revues de PLOS (en date du 25 février) et qui dit : « Ultimately, our viewpoint is quite simple: Ensuring access to the underlying data should be an intrinsic part of the scientific publishing process. » Logique et pas beaucoup de fantaisie : les données sources font partie des… Continuer la lecture

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