Archives de catégorie : Apprentissage

La règle des cinq pour un CV : 5 articles des 5 dernières années que les jurys lisent (lire est mieux que compter des haricots)

Lire est très impopulaire quand on dispose d’indicateurs permettant de comparer… sauf que ces indicateurs n’ont jamais été conçus pour comparer des candidats ou allouer des ressources. Il y a des groupes vertueux qui commencent à changer les comportements des chercheurs, mais cela semble difficile. L’objectif est de remplacer la quantité par la qualité ! Dans Nature du 21 février… Continuer la lecture

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La revue ‘Written Communication’ a un numéro spécial ‘Writing and Science’

Le groupe SAGE publie une revue qui s’appelle Written Communication (WC). Elle a un facteur d’impact de 1,3. En décembre 2018, WC a publié un numéro spécial « Writing and Science » avec un éditorial et 6 articles. L’éditorial présente les 6 articles ; il est signé par le rédacteur en chef. Voici les 6 articles originaux (recherches qualitatives), et chaque article… Continuer la lecture

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800 chercheurs ont signé une déclaration sur la signification statistique qui ne sert à rien : intervalle de compatibilité doit remplacer intervalle de confiance.. le débat est ouvert

Il n’ s’agit pas de bannir les valeurs de P des articles, mais de devenir un peu plus raisonnable. Il faut abandonner cette frontière de 0,05. En quelques jours 800 chercheurs de 50 pays ont signé une sorte de ‘pétition’, dont des chercheurs français (vous l’annexe de l’article). Nous avons souvent abordé la problématique des très mauvaises statistiques dans les… Continuer la lecture

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10 règles simples pour éviter les conflits entre collègues

La plupart des interactions et communications entre collègues sont cordiales et se passent très bien. Dans quelques cas existent des conflits qui peuvent pourrir tout un laboratoire / département /service… Il s’agit de vues différentes, d’interprétations divergentes, voire d’un mauvais jour. Des conflits peuvent durer des années ! Dans la série « 10 simple rules » de PLOS computational biology (18 janvier… Continuer la lecture

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Vous n’écrivez pas un article scientifique pour des lecteurs : écrivez pour les reviewers et le rédacteur en chef

Dans le livre sur la publication pour les revues de psychologie analysé le 14 février 2019, le chapitre « Writing for your referees », par RS Sternberg, est bien fait. Il reprend un message que je répète toujours lors des formations : pour qui écrivez-vous ? La plupart des chercheurs répondent pour des collègues, pour d’autres chercheurs qui connaissent mal… Continuer la lecture

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Gérer les demandes des auteurs d’article nécessite prudence et tact : quand ne pas publier un article accepté ?

Voici une demande récente reçue par une revue scientifique aux USA : “I have an urgent request regarding a forthcoming publication. I have to take my affiliation off the paper. The paper is in the process of being published. Unfortunately, last week, I learned that my employer [private consulting firm] wants me to remove my affiliation information from the paper…. Continuer la lecture

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Médecin de passage, le témoignage d’un gilet jaune de la recherche biomédicale : salut l’artiste Ménard

J’ai lu avec plaisir un livre écrit par Joël Ménard « Médecin de passage ». Connaissant l’auteur, j’ai apprécié certains chapitres, et j’ai découvert une grande érudition littéraire et cinématographique, avec des dialogues imaginés avec deux auteurs : Archibald Cronin (médecin écossais) et David Lodge (écrivain anglais). L’auteur se demande s’il ne s’agit pas de Archibald Ménard ou Joël Cronin. C’est un… Continuer la lecture

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La rédaction des articles en psychologie.. différente de la biomédecine, mais plein de messages utiles

J’ai l’habitude de lire des livres de rédaction dans des disciplines qui ont des règles différentes. Si nos articles biomédicaux sont standardisés, avec 3 500 mots, 30 références, une introduction courte, les articles en psychologie ont des règles différentes. Le deuxième édition, datée 2019, de l’ouvrage ci-contre est intéressante. C’est un livre multi-auteurs, avec des auteurs prestigieux, et il est… Continuer la lecture

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La communication scientifique dans une société de post-vérité : vous devez avoir des stratégies pour lutter contre les campagnes de désinformation

Je propose ci-dessous la traduction d’un résumé de l’article intitulé : « Scientific communication in a post-truth society » Cet article a été publié dans PNAS en octobre 2018, et il mérite réflexion. Cet article reprend une des communications lors du colloque Arthur M. Sackler de la National Academy of Sciences, “The Science of Science Communication III,” en Novembre 2017, à Washington,… Continuer la lecture

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Pour augmenter l’impact de vos publications, écrivez mieux ! Est-ce vrai ?

C’est le message d’un article moyen de la prestigieuse revue PNAS (8 janvier 2019), avec pour titre : How we can boost the impact of publications? Try better writing. La qualité méthodologique du travail ne permet pas d’être convaincu par cet article… des facteurs de confusion peuvent exister. Donc prudence. Auteurs australiens. Déjà 1268 tweets le 29 janvier pour un… Continuer la lecture

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POLETHIS : Conseil pour l’éthique de la recherche et l’intégrité scientifique de l’Université Paris-Saclay

L’Université Paris-Saclay vient de diffuser le numéro 1 de Poléthis, et vous pouvez télécharger ce document de 36 pages ici. Je remercie Emmanuel Hirsch qui m’a autorisé d’héberger ce document sur le blog. C’est bien fait, et je en sais pas si d’autres universités ont un si bon document pour sensibiliser les personnels sur l’éthique et l’intégrité. Le sommaire est… Continuer la lecture

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Les leaders d’opinions n’aiment pas reconnaître qu’un essai a foiré : ils ont des critiques stéréotypées montrant que la conception était erronée

Cet article du BMJ de Noël 2018 est d’un humour grinçant. Voici un paragraphe du début : ‘Lorsqu’on demande aux principaux leaders d’opinion de commenter les résultats décevants d’un essai clinique dans des reportages ou lors de conférences, nous avons observé qu’ils semblent curieusement incapables de reconnaître que le traitement ne fonctionne pas. Ils préfèrent soutenir que la conception de… Continuer la lecture

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Faut-il utiliser des emoji dans les articles biomédicaux ?

Un article du BMJ de Noël 2018 appelle les scientifiques à illustrer leurs articles avec des emoji (pas de s au pluriel semble-t-il). Emoji (ou pictogramme) est un terme d’origine japonaise et les auteurs le définisse ainsi : « Emoji are single character images conveying stylised facial expressions, objects, animals, flags/signs, weather patterns, and activities. » Il en existe près de 2000… Continuer la lecture

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Pratiques du golf aux USA : les chirurgiens vasculaire, thoracique et orthopédique sont les meilleurs

Nous avons présenté le numéro de Noël du BMJ le 28 décembre 2018 avec 6 sections très documentées. Un des articles de ce numéro a pour titre « Golf habits among physicians and surgeons: observational cohort study’. C’est une étude venant de Boston sur les caractéristiques de près de 42 000 médecins golfeurs américains. Voici le résumé de l’article : « Parmi… Continuer la lecture

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Le numéro de Noël du BMJ : un régal en vacances avec de l’humour et du sérieux

Le numéro de Noël du BMJ est toujours un plaisir et je vous suggère de prendre connaissance du sommaire (14 December 2018; vol 363, issue 8180). Des articles ont été commentés sur les réseaux sociaux (Twitter, Facebook), mais je ne crois pas qu’ils aient été réellement lus… C’est une succession d’articles divers, dont certains se veulent humoristiques, et d’autres un… Continuer la lecture

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L’intégrité scientifique va mal (5/6) en France avec les cas Jessus, Peyroche : pourquoi 503 zozos défendent des pratiques douteuses ? Passions, intérêts ?

C’est le 5ème billet expliquant que l’intégrité scientifique est malmenée en France. Je reviens sur le cas de C Jessus qui est consternant car le premier rapport d’un comité d’investigation était du niveau de l’école maternelle… Je ne détaille pas tous les aspects de ce cas ayant même conduit la communauté scientifique à mal se comporter vis-à-vis de bons journalistes… Continuer la lecture

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L’intégrité scientifique va mal (4/6) : en France avec les cas Jessus, Peyroche : pourquoi des zozos tirent sur les ambulances ?

Le cas de C Jessus a été évoqué sur ce blog, dans un billet du 28 mai 2018. Sur la base de RetractionWatch, il y a 6 items (12 décembre 2018). Il a montré l’incompétence d’une pseudo-commission d’enquête, et des réactions inadmissibles d’un groupe de St Just de la Science. Je vous suggère de relire le premier rapport d’enquête et… Continuer la lecture

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Les oies dorées de la HAS ne connaissent pas les bonnes pratiques de publication : disparition des recos ‘Dyslipidémies’ ! Les Archives des Maladies du Coeur devraient rétracter leur article

Assez inhabituel de la part de la HAS, mais BRAVO : les recommandations sur les dyslipidémies ont été abrogées selon un communiqué de presse du 22 novembre 2018. Cette décision a été poussée par un recours devant le Conseil d’État de l’association Formindep. Des conflits d’intérêts n’ont pas été gérés correctement. La HAS n’a semble-t-il pas pris la peine de… Continuer la lecture

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Savoir écrire une question de recherche, et vous pourrez l’apprendre à votre directeur de thèse !

Je suis souvent surpris par la méconnaissance des thésards quant à la rédaction de leur questions de recherche. Je suis encore plus surpris quand le thésard de médecine me dit qu’après 3 rendez-vous avec son directeur de thèse, la question de recherche n’est pas décidée !! Les thésards ayant eu une formation d’analyse de la littérature (que certains appellent LCA)… Continuer la lecture

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La recherche dite ‘hélicoptère’ ne peut pas durer.. mais comment faire ?

C’est un rapport américain, des National Academies of Sciences, Engineering, Medicine, qui m’a fait découvrir cette problématique. Pour moi, la recherche ‘hélicoptère’ se limitait à ces médecins allant en Afrique prendre des données pour les publier dans de bonnes revues sans les noms des travailleurs de terrain, etc… Eh bien, c’est plus large d’après ce rapport de 335 pages, dont… Continuer la lecture

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La recherche dite ‘hélicoptère’ ne peut pas durer.. mais comment faire ?

C’est un rapport américain, des National Academies of Sciences, Engineering, Medicine, qui m’a fait découvrir cette problématique. Pour moi, la recherche ‘hélicoptère’ se limitait à ces médecins allant en Afrique prendre des données pour les publier dans de bonnes revues sans les noms des travailleurs de terrain, etc… Eh bien, c’est plus large d’après ce rapport de 335 pages, dont… Continuer la lecture

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Conseils pour écrire un article original selon le plan IMRaD… sans confondre style scientifique et littéraire

Il s’agit de deux articles simples et courts, le premier pour aider à rédiger un article original. Le second article est sur le style en rédaction scientifique. Il ont été écrits par des urologues de Barcelone dans la revue Actas Urológicas Españolas (English Edition) et ont été publiés en octobre 2018. Ils sont en espagnol et en anglais. Le fin… Continuer la lecture

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Conseils pour écrire un article original selon le plan IMRaD… sans confondre style scientifique et littéraire

Il s’agit de deux articles simples et courts, le premier pour aider à rédiger un article original. Le second article est sur le style en rédaction scientifique. Il ont été écrits par des urologues de Barcelone dans la revue Actas Urológicas Españolas (English Edition) et ont été publiés en octobre 2018. Ils sont en espagnol et en anglais. Le fin… Continuer la lecture

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La recherche en cardiologie ouvre-t-elle la voie au partage des données, comparativement à d’autres spécialités médicales ?

Le partage des données en médecine accuse un retard par rapport à d’autres disciplines scientifiques. Le partage des données de recherche anonymisées au niveau des patients offre d’immenses possibilités à tous les intervenants qui participent à la recherche. Dans un article du JACC de fin 2017, l’équipe de cardiologie de l’École de médecine de Yale a décrit les efforts déployés… Continuer la lecture

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PLAS 21 : régularité, qualité avec des news nombreuses toujours utiles

Nous avons besoin de ce style de concision, et c’est une récréa tion de lire PLAS quand il arrive. PLAS pour Publier LA Science est une sélection de news dans le monde de la publication, des revues, etc.. avec des analyses courtes et le lien internet pour accéder à la source. Produit par la cellule d’assistance à la publication du… Continuer la lecture

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PLAS 21 : régularité, qualité avec des news nombreuses toujours utiles

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La France en retard pour les méthodes de formation médicale ? ou très en retard ? je ne sais pas

Depuis l’année 2000, j’ai assisté à la plupart des conférences annuelles de l’AMEE, Association for Medical Education in Europe, et toujours regretté la faible participation française. En 2018, la conférence se tenait à Bâle (assez proche de la France), et il y avait près de 4 000 participants provenant de 90 pays…. et combien de France ???? Vingt peut-être…. Je… Continuer la lecture

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La France en retard pour les méthodes de formation médicale ? ou très en retard ? je ne sais pas

Depuis l’année 2000, j’ai assisté à la plupart des conférences annuelles de l’AMEE, Association for Medical Education in Europe, et toujours regretté la faible participation française. En 2018, la conférence se tenait à Bâle (assez proche de la France)… Continuer la lecture

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Bonne nouvelle : une journée sur l’intégrité scientifique à Nanterre le 7 décembre 2018

Le réseau des URFIST organise une journée sur l’intégrité scientifique à Nanterre. Le programme est accessible, et il faut s’inscrire, d’autant plus qu’il n’y a pas de frais de participation. Le réseau des URFIST (Unité Régionale de Formation à l’Information Scientifique et Technique) est actif et mérite d’être connu. Ils ont une bonne vision de la recherche, en étant des… Continuer la lecture

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Bonne nouvelle : une journée sur l’intégrité scientifique à Nanterre le 7 décembre 2018

Le réseau des URFIST organise une journée sur l’intégrité scientifique à Nanterre. Le programme est accessible, et il faut s’inscrire, d’autant plus qu’il n’y a pas de frais de participation. Le réseau des URFIST (Unité Régionale de Formation à l’Infor… Continuer la lecture

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Plus de la moitié de 207 thésards allemands ont déclaré avoir utilisé des pratiques de recherche douteuses (et 3 % ont falsifié des données)

Un article de PLOS ONE du 30 août 2018 a pour titre « Questionable research practices in student final theses – Prevalence, attitudes, and the role of the supervisor’s perceived attitudes » avec deux auteurs allemands. Cette publication est intéressante car il s’agit de déclarations d’étudiants allemands en cours de thèse de science dans le domaine de la psychologie : 207 ont… Continuer la lecture

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CNIL : les formalités pour les thèses de médecine… du courage les gars !

Je remercie Raymond Vilain qui m’a transmis les réponses à des questions que j’ai souvent de la part des internes qui font leur thèse. Je ne sais jamais bien répondre, mais il existe une page du site de la CNIL (Commission Nationale de l’Informatique et des Libertés). Pour les cas les plus fréquents, voici ce que dit la CNIL :… Continuer la lecture

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La qualité de la littérature n’augmente pas d’après Richard Lehman, qui a fait une rubrique hebdomadaire pendant 20 ans

Une interview de Richard Lehman dans un blog du BMJ contient un commentaires désabusé, mais probablement exact : La plupart des articles ne traitent pas encore de questions cliniques, et la qualité de la littérature ne s’est pas vraiment améliorée malgré tous les indicateurs, les alarmes et les alertes qui ont été ajoutés, en partie grâce aux exigences des revues…. Continuer la lecture

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Les Big Data à découvert : une lecture passionnnante

Sur les conseils d’un des auteurs, j’ai acheté un ouvrage publié par Cnrs Editions, et je n’ai pas été déçu. C’est un livre pour un public averti et pour les chercheurs en général, tant il ouvre l’esprit simplement sur des domaines divers de l’application des Big Data. L’ouvrage de mars 2017 a 350 pages avec le titre « Les Big Data… Continuer la lecture

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Une initiative originale : une formation pour apprendre à faire des recherches reproductibles… pour les vieux d’abord ?

Cet article, avec deus auteurs allemands, a été publié par PlOS Biology le 26 juillet 2018 avec le titre : « Digital open science—Teaching digital tools for reproducible and transparent research ». J’ai traduit le résumé pour nous inciter à mieux former les étudiants (et les vieux aussi) dans le domaine de la reproductibilité des données : Une caractéristique importante de la… Continuer la lecture

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Publier des études négatives, OUI… mais ne plus mettre en oeuvre des pratiques semble très difficile..

C’est un excellent éditorial de JAMA Pediatrics (23 juillet 2018) pour accompagner trois études négatives publiées dans le même numéro. L’éditorial présente les 3 études, et surtout pose la question de la « desimplementation » des pratiques. Publier les études négatives ou stériles devient plus commun.. mais ces publications des 3 essais randomisés contrôlés devraient permettre de changer des pratiques de sur… Continuer la lecture

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www.goodreports.org : un nouveau site pour aider les auteurs d’articles biomédicaux à remplir une ligne directrice

C’est un travail dérivé du site EQUATOR qui contient toutes les lignes directrices pour écrire des articles. Ce site d’accès gratuit s’appelle GoodReports et c’est une bonne idée. Il s’agit d’aider les auteurs pour choisir la bonne ligne directrice et ensuite de la remplir en ligne. Il ne reste plus qu’à télécharger le pdf à joindre à la soumission de… Continuer la lecture

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La plupart des recherches dans le domaine de la nutrition sont biaisées… voire fausses….

L’institut Swiss Re (compagnie d’assurance) et le BMJ ont organisé une conférence de 2 jours : Food for thought. The science and politics of nutrition. Excellente réunion et le programme était intéressant (je n’y étais pas). Les diapos et vidéos sont déjà en ligne et téléchageables. Il s’agit d’une bonne présentation de John Ioannidis faites par visioconférence le 14 juin… Continuer la lecture

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Trump a tué la NGC, National Guideline Clearinghouse. Le site US des recommandations en santé ferme le 16 juillet

Dans le domaine de la santé, nous avons l’habitude de rechercher des recommandations, et l’AHRQ (Agency for Healthcare Research and Quality) est l’agence d’évaluation américaine. En France, la HAS a des activités similaires à l’AHRQ, bien que les agences ne soient pas comparables. La AHRQ a publié de très nombreuses recommandations qui sont accessibles sur le site NGC. C’est STAT… Continuer la lecture

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