Archives de l’auteur : Herve Maisonneuve

Analyse de deux registres d’essais cliniques : clinicaltrials.gov et EU Clinical Trials Register

Deux équipes de recherche différentes du Royaume-Uni ont analysé la communication des résultats d’essais cliniques, avec des objectifs et des méthodes différents. Les deux recherches ont été publiées dans le BMJ en 2018. Registre américain : Les résultats des essais financés par l’industrie sont plus susceptibles d’être divulgués que ceux des financeurs sans but lucratif. Les 45 620 essais cliniques… Continuer la lecture

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Analyse de deux registres d’essais cliniques : clinicaltrials.gov et EU Clinical Trials Register

Deux équipes de recherche différentes du Royaume-Uni ont analysé la communication des résultats d’essais cliniques, avec des objectifs et des méthodes différents. Les deux recherches ont été publiées dans le BMJ en 2018. Registre américain : Les résultats des essais financés par l’industrie sont plus susceptibles d’être divulgués que ceux des financeurs sans but lucratif. Les 45 620 essais cliniques… Continuer la lecture

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Oui à la transparence, ouvrons l’accès aux avis des relecteurs : le peer-review aveugle n’est ni intègre, ni éthique

Depuis longtemps, je fais partie d’un courant minoritaire en expliquant que le peer-review (PR) single-blind et double-blind n’est ni intègre ni éthique, et que seul l’open PR est acceptable (les définitions sont nombreuses, voir en fin de billet). Mon premier billet sur cette position est de 2013. Tous les chercheurs sont, à juste raison, très attachés au PR, et je… Continuer la lecture

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Oui à la transparence, ouvrons l’accès aux avis des relecteurs : le peer-review aveugle n’est ni intègre, ni éthique

Depuis longtemps, je fais partie d’un courant minoritaire en expliquant que le peer-review (PR) single-blind et double-blind n’est ni intègre ni éthique, et que seul l’open PR est acceptable (les définitions sont nombreuses, voir en fin de billet). Mon premier billet sur cette position est de 2013. Tous les chercheurs sont, à juste raison, très attachés au PR, et je… Continuer la lecture

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Newsletter d’octobre 2018 envoyée avec le titre « Honteux lobbies du bio — Gaspillage lié aux essais cliniques non industriels »

Chers Collègues, Les lobbies du bio habillent-ils la vérité pour faire la promotion de leurs croyances ? Des fake news à partir de bonnes recherches… Bravo au journal canadien qui a titré « Non, l’alimentation bio ne réduit pas de 25 % les risques de cancer », contrairement à certains médias français qui manipulent les peurs… J’ai eu des menaces rendant l’accès… Continuer la lecture

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Chers Collègues, Les lobbies du bio habillent-ils la vérité pour faire la promotion de leurs croyances ? Des fake news à partir de bonnes recherches… Bravo au journal canadien qui a titré « Non, l’alimentation bio ne réduit pas de 25 % les risques de cancer », contrairement à certains médias français qui manipulent les peurs… J’ai eu des menaces rendant l’accès… Continuer la lecture

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Biais de publication, cas des antidépresseurs… encore des preuves après celles de E Turner en 2008

La figure ci-dessous est reprise de l’article « The cumulative effect of reporting and citation biases on the apparent efficacy of treatments: the case of depression », signée par des hollandais, et un anglais, dans Psychological Medicine, mis en ligne en août 2018, puis dans le numéro de novembre 2018. Il y a des commentaires parus sur The Publication Plan. Voici la… Continuer la lecture

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Biais de publication, spins : infographie bien faite pour vos cours, cas (ancien) des antidépresseurs…

La figure ci-dessous est reprise de l’article « The cumulative effect of reporting and citation biases on the apparent efficacy of treatments: the case of depression », signée par des hollandais, et un anglais, dans Psychological Medicine, mis en ligne en août 2018, puis dans le numéro de novembre 2018. Il y a des commentaires parus sur The Publication Plan. Elle est… Continuer la lecture

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Une revue scientifique avec des pseudonymes signant les articles ? Journal of Controversial Ideas

C’est un projet pour 2019 préparé par des experts : Peter Singer, philosophe australien, Jeff McMahan, philosophe américain basé à Oxford, Thomas Cushman, un sociologue américain, fondateur et rédacteur du Journal of Human Rights, et Francesca Minerva, une philosophe belge, intéressée par l’éthique médicale. The Journal of Controversial Ideas est destiné à publier des controverses en science, et ce projet… Continuer la lecture

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Une revue scientifique avec des pseudonymes signant les articles ? Journal of Controversial Ideas

C’est un projet pour 2019 préparé par des experts : Peter Singer, philosophe australien, Jeff McMahan, philosophe américain basé à Oxford, Thomas Cushman, un sociologue américain, fondateur et rédacteur du Journal of Human Rights, et Francesca Minerva, une philosophe belge, intéressée par l’éthique médicale. The Journal of Controversial Ideas est destiné à publier des controverses en science, et ce projet… Continuer la lecture

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PNAS a une rédactrice en chef : BRAVO… que va faire le NEJM pour trouver un successeur à Drazen ?

Les rédacteurs en chef des revues scientifiques ont souvent été des mâles blancs.. mais cela change lentement. la prestigieuse revue PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)) aura une rédactrice en chef en janvier 2019. May R Berenbaum a été nommée par la National Academy of Sciences (NAS) aux USA. May R Berenbaum… Continuer la lecture

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Les rédacteurs en chef des revues scientifiques ont souvent été des mâles blancs.. mais cela change lentement. la prestigieuse revue PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)) aura une rédactrice en chef en janvier 2019. May R Berenbaum a été nommée par la National Academy of Sciences (NAS) aux USA. May R Berenbaum… Continuer la lecture

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Du ‘blâme’ au ‘retard d’avancement’ à Lyon 1, et le CNESER mentionne un contexte délétère dans certains départements

J’ai relaté le 17 mai 2018 une affaire hilarante à l’Université Claude Bernard Lyon 1… un blâme pour avoir falsifié un dossier de recrutement et un dossier de demande de prime d’encadrement doctoral et de recherche au titre de l’année 2016-2017 avec publications ne figurant pas dans les bases de données et de fausses déclarations relatives à ses publications scientifiques… Continuer la lecture

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J’ai relaté le 17 mai 2018 une affaire hilarante à l’Université Claude Bernard Lyon 1… un blâme pour avoir falsifié un dossier de recrutement et un dossier de demande de prime d’encadrement doctoral et de recherche au titre de l’année 2016-2017 avec publications ne figurant pas dans les bases de données et de fausses déclarations relatives à ses publications scientifiques… Continuer la lecture

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Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité

Le titre de ce billet est le titre d’un colloque d’une journée à Bordeaux le 29 mars 2019. Le programme est intéressant, et le site de ce colloque contient déjà une mini-revue sur le sujet, car de bonnes références sont citées. Un tel programme est agréable à lire, et permet de bien comprendre les objectifs des 5 orateurs. La question… Continuer la lecture

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Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité

Le titre de ce billet est le titre d’un colloque d’une journée à Bordeaux le 29 mars 2019. Le programme est intéressant, et le site de ce colloque contient déjà une mini-revue sur le sujet, car de bonnes références sont citées. Un tel programme est agréable à lire, et permet de bien comprendre les objectifs des 5 orateurs. La question… Continuer la lecture

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La double publication : pratique fréquente ? Je ne sais pas.. Mais les corrections devraient être fréquentes

La lecture d’une ‘Notice of duplicate publication’ dans le JAMA Pediatrics du 5 novembre 2018 est instructive.Les auteurs décrivent en détail la soumission successive de 2 articles basés sur les mêmes données, avec des objectifs un peu différents, sans mentionner l’autre articles aux rédacteurs des deux revues. Voici des extraits du premier paragraphe de cette note : To the Editor…. Continuer la lecture

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La double publication : pratique fréquente ? Je ne sais pas.. Mais les corrections devraient être fréquentes

La lecture d’une ‘Notice of duplicate publication’ dans le JAMA Pediatrics du 5 novembre 2018 est instructive.Les auteurs décrivent en détail la soumission successive de 2 articles basés sur les mêmes données, avec des objectifs un peu différents, sans mentionner l’autre articles aux rédacteurs des deux revues. Voici des extraits du premier paragraphe de cette note : To the Editor…. Continuer la lecture

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Utilisez-vous Unpaywall ? J’en suis satisfait

Il s’agit d’un plugin facile à télécharger et lorsque vous cherchez des articles, un petit logo vert (voir ci dessous) apparaît pour signaler qu’il existe une version libre d’accès de cet article. Unpaywall donne accès à 20 millions d’articles de 50 000 maisons d’éditions. La version libre d’accès est parfois l’article dans la revue consultée, mais parfois ailleurs. C’est gratuit,… Continuer la lecture

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Base de données de RetractionWatch : cherchez vos revues, vos amis parmi 20 000 rétractations, corrections, etc..

Après de longs mois de test, RetractionWatch a officiellement lancé une base de données de près de 20 000 rétractations, corrections et expressions de réserves (expression of concern), et environ 50 000 noms de chercheurs. C’est un effort important, et la base est facile d’utilisation. Il existe néanmoins un guide utile sir vous débutez, mais la page d’ouverture est simple,… Continuer la lecture

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Base de données de RetractionWatch : cherchez vos revues, vos amis parmi 20 000 rétractations, corrections, etc..

Après de longs mois de test, RetractionWatch a officiellement lancé une base de données de près de 20 000 rétractations, corrections et expressions de réserves (expression of concern), et environ 50 000 noms de chercheurs. C’est un effort important, et la base est facile d’utilisation. Il existe néanmoins un guide utile sir vous débutez, mais la page d’ouverture est simple,… Continuer la lecture

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Ne pas déclarer des conflits d’intérêts est une falsification de la recherche : il faut s’en occuper sérieusement

L’affaire José Baselga a intrigué les rédacteurs de revues : ce cancérologue a dû quitter le centre New Yorkais car il ne déclarait pas ou insuffisamment ses liens d’intérêts dans les articles… et il avait reçu pas mal d’argent…. Il a commencé à envoyer des corrections aux revues (voir en fin de ce billet les nombreux oublis quand il corrige…… Continuer la lecture

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Ne pas déclarer des conflits d’intérêts est une falsification de la recherche : il faut s’en occuper sérieusement

L’affaire José Baselga a intrigué les rédacteurs de revues : ce cancérologue a dû quitter le centre New Yorkais car il ne déclarait pas ou insuffisamment ses liens d’intérêts dans les articles… et il avait reçu pas mal d’argent…. Il a commencé à envoyer des corrections aux revues (voir en fin de ce billet les nombreux oublis quand il corrige…… Continuer la lecture

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Les résultats des essais cliniques académiques non diffusés : le Royaume Uni meilleur que la France ?

La France est-elle en avance sur le Royaume-Uni en matière de communication des résultats des essais cliniques ? Je ne crois pas car il n’y a ni contrainte, ni volonté politique pour s’assurer que l’argent public ne soit pas gaspillé. Par contre, les résultats des essais industriels sont communiqués. Le 30 octobre 2018, le rapport ci-contre a été publié au… Continuer la lecture

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Les résultats des essais cliniques académiques non diffusés : le Royaume Uni meilleur que la France ?

La France est-elle en avance sur le Royaume-Uni en matière de communication des résultats des essais cliniques ? Je ne crois pas car il n’y a ni contrainte, ni volonté politique pour s’assurer que l’argent public ne soit pas gaspillé. Par contre, les résultats des essais industriels sont communiqués. Le 30 octobre 2018, le rapport ci-contre a été publié au… Continuer la lecture

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Rien ne prouve que le bio réduit le cancer : le parcours du combattant des nutrinautes, une fake news à l’arrivée

J’ai repris ci-dessus une copie d’écran d’un article d’une revue québéquoise, Contrepoints, paru le 25 octobre 2018. Intéressant avec le lien pour le parcours du combattant/nutrinaute. Ce titre est l’inverse du titre trompeur du Monde daté du 22 octobre 2018 : « L’alimentation bio réduit significativement les risques de cancer ». Comment les croyances servent à effrayer le public ! Le journaliste,… Continuer la lecture

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Rien ne prouve que le bio réduit le cancer : le parcours du combattant des nutrinautes, une fake news à l’arrivée

J’ai repris ci-dessus une copie d’écran d’un article d’une revue québéquoise, Contrepoints, paru le 25 octobre 2018. Intéressant avec le lien pour le parcours du combattant/nutrinaute. Ce titre est l’inverse du titre trompeur du Monde daté du 22 octobre 2018 : « L’alimentation bio réduit significativement les risques de cancer ». Comment les croyances servent à effrayer le public ! Le journaliste,… Continuer la lecture

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Recherche clinique des CHU : les résultats de la moitié des essais ne sont jamais communiqués ! Gaspillage d’argent public ??

Le CNCR (Centre National de Coordination de la Recherche) fait de bonnes choses en analysant l’effort de recherche fait par les hôpitaux français. Il annonce un rapport pour 2019, afin d’illustrer une infographie mise en ligne le 15 octobre 2018. Le site contient de nombreuses informations, mais la principale semble absente : les résultats de la moitié de ces essais… Continuer la lecture

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Recherche clinique des CHU : les résultats de la moitié des essais ne sont jamais communiqués ! Gaspillage d’argent public ??

Le CNCR (Centre National de Coordination de la Recherche) fait de bonnes choses en analysant l’effort de recherche fait par les hôpitaux français. Le site contient de nombreuses informations, mais la principale semble absente : les résultats de la moitié de ces essais ne sont jamais rendus publics !!! Rappelons que les résultats des essais industriels sont connus pour plus… Continuer la lecture

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Conseils pour écrire un article original selon le plan IMRaD… sans confondre style scientifique et littéraire

Il s’agit de deux articles simples et courts, le premier pour aider à rédiger un article original. Le second article est sur le style en rédaction scientifique. Il ont été écrits par des urologues de Barcelone dans la revue Actas Urológicas Españolas (English Edition) et ont été publiés en octobre 2018. Ils sont en espagnol et en anglais. Le fin… Continuer la lecture

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Conseils pour écrire un article original selon le plan IMRaD… sans confondre style scientifique et littéraire

Il s’agit de deux articles simples et courts, le premier pour aider à rédiger un article original. Le second article est sur le style en rédaction scientifique. Il ont été écrits par des urologues de Barcelone dans la revue Actas Urológicas Españolas (English Edition) et ont été publiés en octobre 2018. Ils sont en espagnol et en anglais. Le fin… Continuer la lecture

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Les chercheurs ont des demandes ‘perverses’ auprès des statisticiens pour embellir les articles

Les Annals of Internal Medicine ont publié trois articles sur les (mauvaises) statistiques dans les articles scientifiques : Le premier (2 octobre 2018) d’une série d’articles « Annals Understanding Clinical Research » avec le titre « Interpreting results with large P values »… En pratique arrêtons d’urgence de croire que le 0,05 est une valeur miracle pour la valeur de P… la pertinence clinique… Continuer la lecture

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Les chercheurs ont des demandes ‘perverses’ auprès des statisticiens pour embellir les articles

Les Annals of Internal Medicine ont publié trois articles sur les (mauvaises) statistiques dans les articles scientifiques : Le premier (2 octobre 2018) d’une série d’articles « Annals Understanding Clinical Research » avec le titre « Interpreting results with large P values »… En pratique arrêtons d’urgence de croire que le 0,05 est une valeur miracle pour la valeur de P… la pertinence clinique… Continuer la lecture

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Comment améliorer le peer-review ? Faire des essais randomisés ou attendre l’intelligence artificielle ?

Des essais ont été faits pour tester des méthodes pour améliorer le peer-review. Les premières recherches faites en 1982 avaient créé des polémiques en montrant que des articles acceptés puis re-soumis pouvaient être refusés par la même revue. La subjectivité du peer-review a toujours existé alors que l’on voudrait que ce soit une méthode reproductible et de qualité. Si le… Continuer la lecture

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Comment améliorer le peer-review ? Faire des essais randomisés ou attendre l’intelligence artificielle ?

Des essais ont été faits pour tester des méthodes pour améliorer le peer-review. Les premières recherches faites en 1982 avaient créé des polémiques en montrant que des articles acceptés puis re-soumis pouvaient être refusés par la même revue. La subjectivité du peer-review a toujours existé alors que l’on voudrait que ce soit une méthode reproductible et de qualité. Si le… Continuer la lecture

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Les 12 revues du groupe JAMA ont rétracté 15 articles en 5 ans ; investigations difficiles hors des USA

Dans un éditorial du 19 octobre 2018, signé par les rédacteurs du JAMA sur l’intégrité scientifique, ils citent les données internes de leurs revues : Au cours des cinq dernières années, la JAMA et les revues du JAMA Network ont publié 12 avis de rétractation à propos de 15 articles (y compris des rétractations récentes de 6 articles du même… Continuer la lecture

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Attention aux conférences prédatrices ! Des chercheurs se font encore prendre

Les témoignages de chercheurs pris au piège des faux congrès continuent. Ces faux congrès sont nombreux et les pièges sont nombreux. Dans un billet de THE (Times Higher Education) du 18 octobre 2018, une professeure écossaise raconte qu’elle a payé £ 400 d’inscription, et que son voyage a coûté £ 2500 pour aller faire une présentation à Vancouver? Il s’agit… Continuer la lecture

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Preprints : des recommandations en discussion chez COPE. Bonne idée, mais est-ce que les revues scientifiques françaises acceptent les preprints ?

Je n’ai pas la réponse à cette question et vos avis seraient utiles. J’ai déjà vu un article en français ayant eu un preprint en français…. mais la rédaction ne semble pas au courant…. Je pense que les comités de rédaction de nos revues françaises doivent se poser la question et définir une politique affichée dans les recommandations aux auteurs…. Continuer la lecture

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Faut-il limiter les articles des revues systématiques et méta-analyses à la langue anglaise ? Question pertinente… réponse surprenante

Les Annals of Internal Medicine ont publié une excellente recherche (septembre 2018) sur l’association entre les estimations des effets du traitement et les caractéristiques de publication. L’étude méta-épidémiologique a été réalisée par des chercheurs français et allemands (hôpitaux universitaires et centres Cochrane), financés par Cochrane France. Il faut surtout féliciter Agnès Dechartres, Sorbonne Université, qui est premier auteur de cet… Continuer la lecture

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