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Les finances de PLOS vont moins bien : modèle APC pose-t-il problème ? Compétition avec Scientific Reports, etc…
Le rapport financier de 2017 du groupe PLOS a été rendu public en décembre 2018 (rapport des auditeurs le 30 avril 2018). Les données principales sont sur le site de PLOS, et des commentaires sur divers blogs, dont surtout Scholarly Kitchen le 3 janvier 2019. PLOS a dû prendre de l’argent dans les réserves qui restent encore conséquentes…. PLOS est… Continuer la lecture
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Newsletter de décembre 2018 envoyée le 1 janvier 2019 avec le titre « Intégrité : j’oublie ton nom »
Chers Collègues, En décembre, six billets étaient sur l’intégrité scientifique.. que d’obstacles ! Accuser des étudiants est facile, mais évaluer les pratiques des pairs quand toute la communauté a les mêmes pratiques est un sport difficile. Tirer sur des ambulances est plus simple que de changer une culture où la compétition engendre des abus. Un peu d’humour et aussi des… Continuer la lecture
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Le top 100 des articles 2018 selon les scores Altmetric (4/4) : quels auteurs français dans cette liste ?
Nous venons de décrire ce top 100 dans les 3 billets précédents, et nous voulons savoir quelles équipes françaises ont collaboré à 8 des 100 articles. Les voici : C’est l’article # 7 dans le top 100 avec une affiliation française pour P. Debeljak (The Ocean Cleanup Foundation, Martinus Nijhofflaan 2, Delft, 2624 ES, The Netherlands ; Sorbonne Universités, UPMC… Continuer la lecture
Publié dans Altmetrics
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Le top 100 des articles 2018 selon les scores Altmetric (3/4) : en # 2 un article a montré que les fausses nouvelles étaient mieux diffusées que les vraies !
Nous avons analysé hier et avant-hier les scores des top 100 articles 2018 selon Altmetric. L’article numéro 2 mérite une description car il entre dans le champ des thèmes d’intérêts de ce blog. Il s’agit d’un article publié dans Science le 9 mars 2018 par des américains du MIT avec le titre : ‘Spread of true and false news online’…. Continuer la lecture
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Le top 100 des articles 2018 selon les scores Altmetric (2/4) : quels articles dans le top 10 ?
Nous avons exposé les tendances du top 100 des articles 2018 selon les scores Altmetric. Mais quels articles étaient dans le top 10, avec leurs scores (les liens envoient à une description courte des articles) : 10 724 pour NEJM avec ‘Mortality in Puerto Rico after Hurricane Maria 8 602 pour Science avec ‘The spread of true and false news… Continuer la lecture
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Le top 100 des articles 2018 selon les scores Altmetric (1/4) : 44 articles ‘Medicine & Health Sciences’ ; USA et UK dominent…
La liste des 100 articles 2018 ayant eu les scores Altmetric les plus élevés est intéressante (décembre 2017 à fin novembre 2018). Sa cosultation est aisée avec des filtres. Depuis 2013, la société Altmetric publie la liste des top 100 articles de l’année ayant eu les scores Altmetric les plus élevés. Un explication est détaillée pour mieux comprendre (?). Le… Continuer la lecture
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L’amateurisme est encore trop fréquent au sein des revues scientifiques, d’après R Smith
Sur l’un des blogs du BMJ, Richard Smith, ancien rédacteur en chef du BMJ a donné son opinion le 31 décembre 2018 sur les revues scientifiques. Il a rappelé que c’est en 1995, que son prédécesseur au BMJ, Stephen Lock avec formalisé les mauvaises pratiques, notamment à propos du cas de Malcom Pearce, gynécologue, qui avait publié une étude fraudée… Continuer la lecture
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Les leaders d’opinions n’aiment pas reconnaître qu’un essai a foiré : ils ont des critiques stéréotypées montrant que la conception était erronée
Cet article du BMJ de Noël 2018 est d’un humour grinçant. Voici un paragraphe du début : ‘Lorsqu’on demande aux principaux leaders d’opinion de commenter les résultats décevants d’un essai clinique dans des reportages ou lors de conférences, nous avons observé qu’ils semblent curieusement incapables de reconnaître que le traitement ne fonctionne pas. Ils préfèrent soutenir que la conception de… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Biais, Cours et congrès, Humour, Méthodologie de recherche
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60 Académies européennes en faveur du libre accès en attirant l’attention sur les dangers : enfin des positions raisonnables et non militantes
ALLEA (the European Federation of Academies of Sciences and Humanities, was founded in 1994 and currently brings together almost 60 Academies in more than 40 countries from the Council of Europe region) a publié en décembre 2018 une réponse au plan S. C’est une déclaration de 8 pages, bien faite en insistant sur un Open Access raisonnable et accompagné… ce… Continuer la lecture
Publié dans Facteur d'impact, Open access, Recommandations, Sociétés savantes
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Les remerciements avec des mots de gratitude apparaissent dans 32 % des essais randomisés et sont plutôt le fait des femmes, de pays protestants….
Il s’agit d’un preprint déposé le 25 décembre 2018 sur le registre PsyArXiv hébergé par OSF, Charlottesville, USA. Les auteurs sont hollandais, et ils ont analysé automatiquement 90 163 essais randomisés contrôlés (ECR); 5 % des ces ECR étaient dans des revues de chirurgie, et la médiane des années de publication était 2011. Pour s’assurer du sexe (gender) des auteurs,… Continuer la lecture
Publié dans Preprint, Rédaction des revues
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Actualisation des recommandations du groupe de Vancouver en décembre 2018 : version française en ligne
Comme chaque année, le groupe de Vancouver actualise les « Recommandations pour la conduite, la présentation, la rédaction et la publication des travaux de recherche soumis à des revues médicales ». La nouvelle version est en ligne sur le site de l’ICMJE, ainsi que la traduction française que j’actualise avec le groupe de Vancouver. Il y a des petits détails qui ont… Continuer la lecture
Publié dans Preprint, Recommandations
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Faut-il utiliser des emoji dans les articles biomédicaux ?
Un article du BMJ de Noël 2018 appelle les scientifiques à illustrer leurs articles avec des emoji (pas de s au pluriel semble-t-il). Emoji (ou pictogramme) est un terme d’origine japonaise et les auteurs le définisse ainsi : « Emoji are single character images conveying stylised facial expressions, objects, animals, flags/signs, weather patterns, and activities. » Il en existe près de 2000… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Grand public, Humour
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Les 150 ans de la revue Nature en 2019 : une série d’articles à venir
Un éditorial du 2 janvier 2019 de Nature explique que pendant l’année 2019, Nature va régulièrement publier des articles ‘anniversaires’. Le premier numéro de novembre 1869 a été mis en ligne. Un site dédié sera enrichi au cours de l’année, et il y a 4 onglets sur ce site : « Collection Home — Anniversary articles — First issue; Nov 1869… Continuer la lecture
Pratiques du golf aux USA : les chirurgiens vasculaire, thoracique et orthopédique sont les meilleurs
Nous avons présenté le numéro de Noël du BMJ le 28 décembre 2018 avec 6 sections très documentées. Un des articles de ce numéro a pour titre « Golf habits among physicians and surgeons: observational cohort study’. C’est une étude venant de Boston sur les caractéristiques de près de 42 000 médecins golfeurs américains. Voici le résumé de l’article : « Parmi… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Grand public, Humour
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Le numéro de Noël du BMJ : un régal en vacances avec de l’humour et du sérieux
Le numéro de Noël du BMJ est toujours un plaisir et je vous suggère de prendre connaissance du sommaire (14 December 2018; vol 363, issue 8180). Des articles ont été commentés sur les réseaux sociaux (Twitter, Facebook), mais je ne crois pas qu’ils aient été réellement lus… C’est une succession d’articles divers, dont certains se veulent humoristiques, et d’autres un… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Archives, Grand public, Histoire, Humour
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Une chienne co-auteur d’un article sur l’ordre des auteurs (elle était dernier auteur)
La jeune revue ‘Catalyst’ (l’objectif est de publier sur le féminisme, avec deux numéros par an) a publié en octobre 2017 un article intitulé : ‘Equity in Author Order: A Feminist Laboratory’s Approach’. Ce n’est que le 20 décembre 2018 dans Science que cette histoire semble avoir été décrite, mais beaucoup devaient être informés. Le dernier auteur est une chienne,… Continuer la lecture
Publié dans Critères d'auteurs, Humour
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Un rédacteur de Frontiers encore mis dehors ! Evitez les revues prédatrices de Frontiers
Le groupe Frontiers n’aime pas les critiques, et lutte contre ses détracteurs. Les licenciements de rédacteurs devraient être rares, et motivés car la liberté d »un rédacteur est un principe de base. Un témoignage d’un rédacteur est inquiétant suite à son licenciement. Le billet sur ce blog est détaillé. Je cite le blog de Leonid Schneider : En fait, l’article suivant… Continuer la lecture
Publié dans Open access, Prédateurs, Rédaction des revues
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L’intégrité scientifique va mal (6/6) en France avec le cas Peyroche : pourquoi Mme la ministre défend des pratiques douteuses ? Passions, intérêts ?
Comme les cas O Voinnet, C Jessus, Mme A Peyroche a été accusée d’avoir manipulé des images dans des publications. Elle a été directrice par intérim du Cnrs (décembre 2017), et a été contrainte de se retirer temporairement de sa carrière scientifique pour raisons médicales. Il est difficile de supporter les critiques après avoir occupé le devant de la scène…. Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, fraude, Grand public, Intégrité scientifique
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L’intégrité scientifique va mal (5/6) en France avec les cas Jessus, Peyroche : pourquoi 503 zozos défendent des pratiques douteuses ? Passions, intérêts ?
C’est le 5ème billet expliquant que l’intégrité scientifique est malmenée en France. Je reviens sur le cas de C Jessus qui est consternant car le premier rapport d’un comité d’investigation était du niveau de l’école maternelle… Je ne détaille pas tous les aspects de ce cas ayant même conduit la communauté scientifique à mal se comporter vis-à-vis de bons journalistes… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Embellissement, Intégrité scientifique
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Comment résoudre les conflits entre auteurs ? Ils sont très fréquents et la médiation semble être la seule voie !
Un article dans la revue Research Integrity and Peer Review apporte des arguments aux réflexions sur les conflits entre auteurs de publications scientifiques. Cet article a été publié en novembre 2018, signé par un seul auteur (veut-il éviter des conflits d’auteurs ?) qui est biologiste au Texas. L’article aurait peut-être dû être cossigné par les reviewers ! Il est toujours… Continuer la lecture
Publié dans Critères d'auteurs, Intégrité scientifique
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Faut-il publier dans des revues de sociétés savantes ? Le combat est rude !
Avez-vous une solution ? Quand je vois se développer rapidement des groupes lucratifs profitables comme Frontiers, MDPI, je suis inquiet. Ils prennent les articles qui, depuis longtemps, étaient destinés à des revues de sociétés savantes, organisations privées sans but lucratif, et dont les ressources permettent de développer des actions pour leurs membres…. Je cite ces deux groupes car ils sont… Continuer la lecture
Publié dans Sociétés savantes, Vie et mort des journaux
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Newsletter de novembre 2018 envoyée le 1 décembre avec le titre « Bien manager les auteurs diminue de violents conflits »
Chers Collègues, Travailler en équipe pour la rédaction d’un manuscrit nécessite un plan de management partagé avant de commencer la rédaction. La guerre atomique commence quand il faut choisir et lister les auteurs sur un manuscrit terminé ! Un excellent article apporte des conseils avisés en 10 points, et ceux-ci vous aideront : il est dans la série ’10 simple… Continuer la lecture
Publié dans Newsletter mensuelle
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L’intégrité scientifique va mal (4/6) : en France avec les cas Jessus, Peyroche : pourquoi des zozos tirent sur les ambulances ?
Le cas de C Jessus a été évoqué sur ce blog, dans un billet du 28 mai 2018. Sur la base de RetractionWatch, il y a 6 items (12 décembre 2018). Il a montré l’incompétence d’une pseudo-commission d’enquête, et des réactions inadmissibles d’un groupe de St Just de la Science. Je vous suggère de relire le premier rapport d’enquête et… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Embellissement, Intégrité scientifique, Rétractation
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L’intégrité scientifique va mal (3/6)…. en France avec les cas Voinnet, Jessus, Peyroche : pourquoi des zozos tirent sur les ambulances ?
L’actualité est si dense qu’il n’est pas de mon propos de reprendre tous les détails des cas d’intégrité en biologie. Trois chercheurs en biologie ont alimenté les médias scientifiques et grand public depuis de nombreux mois : O Voinnet, C Jessus et A Peyroche, tous ayant des collaborations avec le Cnrs. Les billets de blogs, les articles divers ont été… Continuer la lecture
Publié dans Embellissement, Grand public, Intégrité scientifique
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Les oies dorées de la HAS ne connaissent pas les bonnes pratiques de publication : disparition des recos ‘Dyslipidémies’ ! Les Archives des Maladies du Coeur devraient rétracter leur article
Assez inhabituel de la part de la HAS, mais BRAVO : les recommandations sur les dyslipidémies ont été abrogées selon un communiqué de presse du 22 novembre 2018. Cette décision a été poussée par un recours devant le Conseil d’État de l’association Formindep. Des conflits d’intérêts n’ont pas été gérés correctement. La HAS n’a semble-t-il pas pris la peine de… Continuer la lecture
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L’intégrité scientifique va mal (2/6) : Le New York Times dénonce les pratiques des revues et experts dans le cancer : les employeurs ferment les yeux
Des collègues cancérologues n’aiment pas toujours évoquer des pratiques préjudiciables à leur discipline. Trop souvent les liens d’intérêts sont cachés et les revues ferment les yeux, ainsi que les universités et hôpitaux. Quelques cas récents pourraient nous faire réfléchir. Dans un article du 8 décembre 2018, le New York Times décrit au public ces pratiques peu honorables pour notre communauté…. Continuer la lecture
Publié dans conflits d'intérêts, Grand public, Intégrité scientifique
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L’intégrité scientifique va mal (1/5) : le président de Paris-Descartes ridiculisé par le CNESER qui ne reconnait pas un plagiat de 10 pages
Nos instances supérieures vont très mal, et je reviens sur un cas de plagiat évident (bien géré par ses auteurs) ; faire des formations à l’intégrité ne gêne pas ! Un comble… Des communications à l’intégrité permettent de mieux cacher leurs propres manipulations…. J’ai évoqué cette thèse d’éthique médicale plagiée (dirigée par C Hervé)… qui a valu à son auteur… Continuer la lecture
Publié dans Intégrité scientifique, Plagiat
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Les chercheurs français publient dans des revues prédatrices : 9 % des articles pour le Cirad en 2016
Je rigole quand des chercheurs français m’expliquent qu’ils ne se sont jamais faire avoir par des revues prédatrices…. et leur expliquer qu’ils ont gaspillé de l’argent public en le donnant à des escrocs me fait passer pour un imbécile.. Mais nous avons des données qui sont celles du Cirad à Montpellier. Je vous suggère de consulter le poster qui a… Continuer la lecture
Publié dans Prédateurs
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Savoir écrire une question de recherche, et vous pourrez l’apprendre à votre directeur de thèse !
Je suis souvent surpris par la méconnaissance des thésards quant à la rédaction de leur questions de recherche. Je suis encore plus surpris quand le thésard de médecine me dit qu’après 3 rendez-vous avec son directeur de thèse, la question de recherche n’est pas décidée !! Les thésards ayant eu une formation d’analyse de la littérature (que certains appellent LCA)… Continuer la lecture
Publié dans Apprentissage, Medical Writing, Méthodologie de recherche, Style scientifique
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Quelle est la prise de conscience des auteurs en biomédecine, concernant l’éthique des publications ? Pas très bonne…
C’est une enquête internationale, avec 4000 réponses, donc importante, mais cet article me laisse sur ma faim. La méthode est bonne et les chercheurs respectables. La publication est dans BMJ Open fin novembre 2018, mais ce n’est pas un gage d’intérêt. La recherche est bien faite, mais sujet difficile car les chercheurs n’aiment pas être questionnés sur l’éthique et l’intégrité…. Continuer la lecture
Publié dans conflits d'intérêts, Ethique, Intégrité scientifique, Plagiat
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Le plagiat dans les revues médicales africaines concernerait 63 % des articles…. sans regarder les images
C’est un article du BMJ Open de septembre 2018. Je traduis une partie du résumé : Nous avons sélectionné des revues avec un rédacteur en chef en Afrique, un éditeur basé dans un pays à revenu faible ou moyen et avec des instructions aux auteurs en anglais, et nous avons systématiquement effectué des recherches dans la base de données African… Continuer la lecture
Publié dans Plagiat
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Plan S : grosse activité des organisations européennes pour accélérer la science ouverte dans un climat très conflictuel
Il y a de grosses pressions pour accélérer le Plan S que nous avons présenté en septembre 2018 avec le titre : « Disparition des ‘paywall’ pour 2020 : un voeux pieux ou une prédiction réaliste ». Le site dédié au plan S contient régulièrement de nouveaux documents. La pression est forte, mais les résistances méritent réflexion. Très nombreux sont les articles… Continuer la lecture
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La science ouverte : comment les chercheurs français perçoivent ces changements ? Peu familiers avec les preprints
Une enquête a été faite par l’Inserm en juillet 2018, et 343 chercheurs ont répondu. Le site Inserm résume cette enquête (22 novembre 2018), et le rapport de 44 pages est en libre accès, avec une infographie de 2 pages à afficher dans votre bureau. Parmi les répondeurs, 274 étaient statutaires ; 50 % étaient ‘Inserm », 26 % ‘Université’, 9… Continuer la lecture
Publié dans Open access, Preprint
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P Anversa : des fraudes sous investigation depuis 4/5 ans à Harvard.. une rétractation dans NEJM
Le NEJM n’aime pas rétracter ses articles, et fait toujours tout pour éviter les expressions de réserves (Expression of Concern), mais dans le car de P Anversa, il a rétracté un article. Ce chercheur, L’article de 2011 avait un titre simple, comme le fait le NEJM : « Evidence for human lung stem cells ». La rétractation du NEJM est laconique, sans… Continuer la lecture
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Des règles simples pour écrire un article ‘multi-auteurs’… ou comment assainir des situations souvent conflictuelles
Chaque fois que je discute avec des chercheurs, la question du travail en équipe et surtout de la collaboration pour écrire est un sujet chaud; voire très chaud. La pratique la plus fréquente et celle du premier auteur qui envoie un manuscrit (sans l’ordre des auteurs) à ses co-auteurs, avec une demande vague : qu’en pensez-vous ? Les ennuis commencent… Continuer la lecture
Publié dans Critères d'auteurs, Recommandations
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Séparons la science de la science-fiction : des risques à venir en santé !
Deux points de vue courts ont été publiés en novembre 2018 dans le JAMA, et ils ouvrent des perspectives sans réellement proposer de bonnes solutions. Ils sont bien documentés, bien écrits, avec des références choisies. Le premier concerne la désinformation en santé propagée par les réseaux sociaux. La cacophonie des informations, mélangeant le bon et l’ivraie, et la quantité des… Continuer la lecture
Publié dans Biais, Ethique, Gaspillage, Grand public, réseaux sociaux
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Les mauvaises conduites scientifiques en management et business : analyse de 131 articles rétractés
Le Journal of Management Inquiry, en septembre 2018, a publié un article de 14 pages sur les causes, conséquences et remèdes possibles des mauvaises pratiques des chercheurs. Il s’agit du domaine du management, et les auteurs anglais ont analysé 131 articles rétractés, et fait quelques interviews. Ils avaient 4 questions de recherche : 1) Quelle est la fréquence des rétractations… Continuer la lecture
Publié dans Rétractation
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Toutes les recherches ne sont pas publiables : quelle est la responsabilité des rédacteurs de revues scientifiques ?
Cet article évoque une question générale dans le contexte des revues biomédicales : « Doit-on publier tous les résultats des recherches médicales ? La responsabilité morale des rédacteurs de revues médicales ». L’article a été publié dans J Med Ethics (2018), revue du groupe BMJ. Il existe un domaine qui s’appelle DUR pour ‘Dual Use Research’ dont l’exemple le plus… Continuer la lecture
Publié dans Ethique, Grand public
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Toutes les recherches ne sont pas publiables : quelle est la responsabilité des rédacteurs de revues scientifiques ?
Cet article évoque une question générale dans le contexte des revues biomédicales : « Doit-on publier tous les résultats des recherches médicales ? La responsabilité morale des rédacteurs de revues médicales ». L’article a été publié dans J Med Ethics (2018), revue du groupe BMJ. Il existe un domaine qui s’appelle DUR pour ‘Dual Use Research’ dont l’exemple le plus… Continuer la lecture
Publié dans Ethique, Grand public
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Comment faire éclater la bulle de la publication scientifique ? Position décapante qui fait du bien
Il est rare que des chercheurs s’expriment clairement et publiquement sur les dérives de notre système de publications : la tribune de Raymond Piccoli est décapante. Cet article reprend un rapport de l’Institut Diderot intitulé « Réflexions sur la recherche française » que vous pouvez télécharger. R Piccoli, astrophysicien, a coordonné ce rapport de 31 pages. Quelques intertitres : Une science en… Continuer la lecture
Publié dans Critères d'auteurs, Facteur d'impact, Méthodologie de recherche
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