Archives de catégorie : PubMed

Flip education sur la recherche bibliographique et la veille documentaire

La flip education, c’est bien expliqué là. C’est prendre connaissance du cours en ligne quelques jours avant la formation en présentiel. Le cours sous la forme d’un slidedoc est en ligne sur Slideshare depuis le 9 février. La formation se déroule à Brest le 15 février 2018 au College des Hautes Etudes en Médecine (CHEM) […] Continuer la lecture

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PubMed : soyez le maître à bord

L’exploration de la banque de données bibliographiques PubMed est d’autant plus performante que vous restez maître de la situation tout au long de la formulation de l’équation de recherche. Pour atteindre cet objectif, vous devez éviter d’emprunter les chemins de traverse que sont les automates et les algorithmes mis à votre disposition dans l’interface. Ceux-là […] Continuer la lecture

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PubMed raconté à un élève de CM1… et la suite

PubMed raconté à un élève de CM1 et les 2 « PubMed » qui suivent sont les 3 volets d’une formation en ligne sur la meilleure façon d’interroger la banque de données. Cette information est destinée à vous, étudiants en médecine et médecins pour vous convaincre d’interroger PubMed « dans les règles », c’est-à-dire en respectant son langage et […] Continuer la lecture

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MEDLINE fête ses 45 ans ; PubMed ses 20 ans

L’occasion de faire la différence entre les deux. MEDLINE, c’est la banque de données des références indexées. PubMed, c’est la banque de données des références indexées (= MEDLINE) accompagnées de celles en attente d’indexation (as supplied by publisher) et de celles en cours d’indexation (in process). Pour être complet, il faut ajouter les références des périodiques […] Continuer la lecture

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Ce que révèle l’interrogation de PubMed sur le dopage de Maria S.

Ergogénique en théorie, sans efficacité réelle probablement, mais certainement placée sans raison valable sur la liste des produits dopants. Tel peut être caractérisé le meldonium après être passé dans la « moulinette » de PubMed et de la littérature médicale récente. L’histoire A l’Open d’Australie (janvier 2016), la joueuse de tennis russe Maria Sharapova est contrôlée positive […] Continuer la lecture

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L’interrogation de PubMed n’est pas uberisable

Le 3 janvier 2016, Philippe Ameline a tweeté : « Tss, tss, je pense que vous serez étonné du nombre de non-médecins plus à l’aise avec PubMed que les praticiens ». Plus à l’aise ? Pourquoi pas. Plus performant ? J’en doute. Explication L’interrogation de PubMed se déroule en 4 étapes : – choix des mots clés […] Continuer la lecture

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Fuyez les « pass navigo » de PubMed

Les tutoriels qui fournissent des indications sur la façon de naviguer dans PubMed peuvent être assimilés aux « pass navigo » qui donnent accès au métro (et à la circulation dans ses couloirs…). Ces tutoriels indiquent vers quoi diriger le pointeur de votre souris et comment cheminer dans l’interface. Mais, cela ne sert à rien de cheminer […] Continuer la lecture

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L’anti-manuel (suite et fin)

My NCBI a oublié de prévenir ses « fidèles » qu’une équation de veille ne se formulait pas comme une équation de recherche. Un oubli qui montre à quel point ce service mérite d’être… oublié. Comprendre Dans PubMed, certains articles sont indexés et d’autres (moins nombreux) ne le sont pas. Les articles indexés constituent la banque de […] Continuer la lecture

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L’anti-manuel (4)

Il n’y a qu’une seule bonne façon de formuler la première équation, mais il faudra toujours la reformuler*. C’est écrit nulle part, mais ça tombe sous le sens. Une seule bonne façon… Pour formuler la première équation selon le langage et la grammaire de PubMed, il n’y a pas 36 façons de faire. Aucun mot-clé […] Continuer la lecture

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L’anti-manuel (3)

Vanter les performances de PubMed dans la recherche d’une solution à un problème clinique est manifestement outrancier. Pourtant, certains ne se sont pas privés de le faire. En France, c’est là* ; aux Etats-Unis, c’est là. Rappel : la vocation première d’une banque de données bibliographiques est de référencer un article scientifique ou une thèse […] Continuer la lecture

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L’anti-manuel (1)

La grosse artillerie est sortie : les vidéos de doctolib et les copies d’écran « made in NLM ou in BU » sont à la disposition des étudiants et des médecins pour qu’ils deviennent « maîtres es PubMed »… … sauf que naviguer avec aisance dans l’interface* et en connaître tous les recoins ne sert pas à grand chose et […] Continuer la lecture

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Fin de la première série sur la documentation du médecin

Après PubMed (en aout) et Zotero (en septembre), la mise en ligne du slidedoc sur la liste de références (en octobre) marque la fin de la première série sur la documentation du médecin. Les 3 slidedocs sont étroitement liés car la sollicitation des 3 est nécessaire pour publier un article ou rédiger une thèse. Cette […] Continuer la lecture

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Comment établir la liste de références (improprement appelée bibliographie) d’une thèse de médecine ?

Ça ne s’invente pas, mais ça n’intéresse personne et vous ne trouverez nulle part un mode d’emploi. C’est pourtant simple. Il suffit de demander de l’aide aux bibliothécaires de votre B.U. (quand vous ne savez pas quelle base interroger), aux confrères qui publient (remontée des filières) ou à ceux qui partagent (social bookmarking) et aux […] Continuer la lecture

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PubMed : de la requête à l’équation

Reprise du précédent billet Il était question de l’obstacle dont personne ne parle : le passage de la requête à l’équation de recherche dans PubMed. Un exemple était proposé à la sagacité du lecteur : comment formuler l’équation de recherche portant sur l’impact des corticoïdes inhalés sur la croissance de l’enfant asthmatique ? Rappel Contrairement […] Continuer la lecture

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« Cuisine » MeSH pour tous

La mise au point d’un robot-mixeur des mots clés français est-elle la solution radicale pour faire tomber les barrières de l’interrogation de PubMed/MEDLINE ?  Pas sûr ! Le 17 septembre 2014, un tweet de Gaëtan Kerdelhué et un mail de Badisse Dahamna ont informé les internautes de la mise à leur disposition d’un outil d’interrogation […] Continuer la lecture

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Se former sur PubMed avec un smartphone

Sous réserve d’utiliser de gros caractères (corps 24 ou 28) un slidedoc est lisible sur un écran de smartphone (4 à 4,5″). La preuve avec le slidedoc « se former sur PubMed… » (en accès libre et gratuit sur Slideshare). Faire passer le message sur la formulation dans PubMed n’est pas une mince affaire, surtout si l’on […] Continuer la lecture

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Des tutoriels pour la recherche bibliographique sur les médicaments dans PubMed

Le dernier NLM Technical Bulletin (6 août 2014) renferme une mine d’information sur la façon de mieux rechercher les références relatives aux médicaments et substances chimiques dans PubMed. Une dizaine de tutoriels sont proposés à la curiosité du fan-club de PubMed. Même si vous maitrisez « tout PubMed », il y a des chances pour que ces tutoriels […] Continuer la lecture

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Pourquoi un livre numérique sur PubMed ?

Pour faire mieux que les copies d’écran Les brochures-modes d’emploi, diapositives et autres vidéos bourrées de copie d’écran n’ont plus lieu d’être. Deux raisons à cela. Les (trop) fréquentes évolutions de l’interface rendent obsolètes ces copies d’écran au bout de quelques mois. Surtout, la partie « électro-ménagère » de PubMed (navigation et fonctions), maitrisée par un enfant […] Continuer la lecture

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La méthode pour ne plus haïr PubMed (4) : synthèse

Dans PubMed, la difficulté ne vient ni du concept d’affiliation descripteur/qualificatif, ni de la technicité de la navigation dans l’interface, mais : – de la tendance à la googlisation systématique de toutes les requêtes quelque soit l’outil de recherche, – et du refus des internautes « d’approcher » les fondamentaux (le B.A-BA) des techniques documentaires. Dans PubMed, […] Continuer la lecture

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La méthode pour ne plus haïr PubMed (3) : deux paradoxes

Le paradoxe de la recherche Il s’énonce ainsi : il n’y a qu’une seule bonne façon de formuler la première équation, mais il faudra toujours la reformuler. La bonne formulation associe des affiliations descripteur/qualificatif ou des affiliations et des descripteurs ou des descripteurs seuls. Cette première équation de recherche peut afficher 3 types de résultat : […] Continuer la lecture

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La méthode pour ne plus haïr PubMed (2) : deux fenêtres

L’adulte averti n’a aucune peine à comprendre la métaphore de la locomotive avec son tender (niveau CM2) et à naviguer dans l’interface PubMed (niveau CP). L’adulte averti doit s’affranchir du superflu : les automatismes pervers (automatic term mapping), gadgets inutiles (MyNCBI)  et fonctions bidon (search builder, history) pour se concentrer sur l’essentiel : – qu’est-ce […] Continuer la lecture

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La méthode pour ne plus haïr PubMed (1) : deux enfants

Le livre numérique « la méthode pour ne plus haïr PubMed » est disponible sur  Google Play, ITunes. Il est principalement destiné aux tablettes, la lisibilité sur smartphone étant limitée. Extrait gratuit sur Google Play. Le premier enfant Dans la photo de la page de couverture, l’enfant a 9-10 ans. C’est l’âge pour comprendre que la locomotive à […] Continuer la lecture

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A quoi peut servir MeSH on Demand ?

Si l’on en croit le NLM Technical Bulletin du 5 mai 2014, MeSH on Demand sert à indexer un texte avec des descripteurs MeSH, sous réserve que la longueur du texte ne dépasse pas 10 000 caractères. En pratique MeSH on Demand peut indexer un résumé (abstract) ou un article court, la longueur moyenne d’un article […] Continuer la lecture

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Qu’est-ce que je mets dans la fenêtre d’interrogation de PubMed ?

C’est la seule question que vous devez vous poser quand vous interrogez l’interface. Les tutoriels, les diaporamas et les poteaux indicateurs des « PubMed, mode d’emploi » semblent vouloir dire le contraire. Ils ont tort. Ils parlent de navigation, de modules de recherche, de services plus (MyNCBI). Ils ont tort de vous enfumer avec de l’accessoire en […] Continuer la lecture

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PubMed : les Clinical Queries en perdition

Ces dernières années, je me suis souvent demandé à quoi pouvaient servir les filtres des PubMed Clinical Queries. Le numéro de novembre 2013 du Journal of Medical Internet Research (JMIR) donne la réponse : à rien. Dans l’étude publiée par le JMIR, l’équipe du Health Information Research Institute de l’université McMaster révèle que les Clinical […] Continuer la lecture

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Trois remarques à propos d’une récente comparaison entre PubMed et Google Scholar

Journal of Medical Internet Research (JMIR) a publié dans son numéro d’aout 2013 un article intitulé “Retrieving Clinical Evidence : A Comparison of PubMed and Google Scholar for Quick Clinical searches ». Contrairement à plusieurs confrontations précédentes, Google Scholar s’en tire bien et décroche la médaille haut la main. Sans remettre en cause la méthodologie, un peu […] Continuer la lecture

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A propos de la veille bibliographique dans PubMed

La National Library of Medicine marche sur la tête. En février 2013, elle publie sur son compte You Tube une vidéo vantant les mérites de la formulation en langage MeSH. Deux mois plus tard (avril 2013), elle formule une équation de recherche « à la Google » dans le NLM Technical Bulletin pour signaler une amélioration de […] Continuer la lecture

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PubMed et la flip education

La recherche bibliographique dans PubMed est un exemple où la flip education révèle ses qualités pédagogiques. La flip education se déroule en 2 temps : mise en ligne du « cours » et formation en présentiel. Mise en ligne des principes et fondamentaux de la recherche bibliographique dans PubMed une dizaine de jours avant la formation en […] Continuer la lecture

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PubMed en 10 000 signes

J’aurai pu mettre les 10 000 signes « bruts de fonderie » dans le blog (comme un billet). J’ai trouvé çà indigeste. Alors, j’ai fait comme Dean Giustini dans Slideshare : j’ai mis les 10 000 signes dans un diaporama « à lire ». Je pense que çà passe mieux. Bonne lecture. Note : chaque diapositive reprend le thème […] Continuer la lecture

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