Archives de catégorie : Méthodologie de recherche

Du nouveau chez MiRoR : une interview de JPA Ioannidis et du matériel pédagogique excellent

Nous avons présenté en février 2017 le projet MiRoR (Methods in Research on Research) qui a plusieurs facettes. En novembre 2017 la nouvelle newsletter nous apporte des informations utiles : une interview du pape de la recherche sur la recherche, JPA Ioannidis de Stanford ; la vidéo est facile à écouter, avec un bon anglais, et il y a une… Continuer la lecture

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Premier et dernier auteurs font tout le boulot : bonnes données sur 12 000 articles du domaine ‘Sciences multidisciplinaires’

Nous avons analysé un article sur les contributions des auteurs d’une revue médicale ayant un système homogène pour les contributeurs, les Annals of Internal Medicine. Dans le même esprit, un article a été fait sur un corpus de 12 000 articles des revues scientifiques plus générales, Cet article, publié dans Science Advances en novembre 2017 a pour titre : « Authorship… Continuer la lecture

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Trois instituts de recherche anglais et la fondation B&M Gates rejoignent la plateforme de l’industrie pharma pour partager les résultats d’essais cliniques

C’est dans le NEJM que 4 financeurs de recherche, dont la recherche clinique, annoncent des avancées dans le partage des données des essais cliniques : Bravo. Le titre de cet article du 16 novembre 2017 : « Data Sharing from Clinical Trials — A Research Funder’s Perspective ». Les 4 signataires sont des représentants de : The Wellcome Trust, the Medical Research… Continuer la lecture

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Des valeurs de P embellies dans les revues prestigieuses : phénomène connu qui ne gêne personne

Bon article en juillet 2017 dans Journal of Clinical Epidemiology intitulé : »The distribution of P-values in medical research articles suggested selective reporting associated with statistical significance ». Il existe des données importantes sur le bricolage évident des statistiques dans les articles scientifiques, et ceci est une caractéristique transdisciplinaire, des sciences sociales, aux sciences de la vie et aux sciences dures !… Continuer la lecture

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L’aveuglement de notre communauté sur les mauvaises pratiques des chercheurs : du pain béni pour la presse grand public au Québec, en Suisse et en France

Simultanément, des médias grand public dénoncent les pratiques des chercheurs en septembre / octobre 2017… Inquiétant ? Oui, car cela montre clairement que la communauté scientifique n’est pas capable de diffuser le concept de conduire des recherches responsables. Les responsables laissent (voire incitent) des chercheurs honnêtes adopter des pratiques préjudiciables à la recherche. S’ils ne font rien, remercions les journalistes,… Continuer la lecture

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Les Registered Reports arrivent en médecine avec BMC Medicine

Nous avons exposé plusieurs fois le modèle Registered Reports développé d’abord par des revues de psychologie et neurosciences. Nous avons vu que BMC Biology était la première revue de biologie adoptant ce modèle. En médecine, la première revue adoptant les Registered Reports est BMC Medicine, par une annonce du 24 août 2017 sur le blog de BMC. Le groupe BMC… Continuer la lecture

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L’affaire Séralini versus Monsanto continue : tous menteurs dans une affaire qui nuit à la science… sans faits établis sur de bonnes méthodes, les croyances s’opposent

Tout est regrettable dans cette histoire compliquée à propos d’un premier article qui n’aurait pas dû être publié, qui n’aurait pas dû être rétracté sur des arguments faibles, qui n’aurait pas dû être republié avec d’autres complices, etc…. Mais jamais personne n’arrivera à s’entendre pour faire une très bonne étude collaborative qui pourrait apporter des arguments de réponse : il… Continuer la lecture

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Mieux décrire les interventions dans les revues systématiques.. 8 recommandations majeures

Bravo au groupe de travail réuni en juin 2016, dont les recommandations ont été publiées dans le BMJ (20 juillet 2017) en accès ouvert, dans la rubrique Research Methods and Reporting. Il s’agit de recommandations pour améliorer les revues systématiques. Nous avons vu tous les biais des revues systématiques, dont l’épidémie est inutile, trompeuse, voire dangereuse ! Diffusons ces recommandations… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : le rachat (redemption).. avec Registered reports, recommandations TOP, et une évaluation correcte de la recherche

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le dernier chapitre commence par se demander si ces dérives décrites… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 7, le péché du comptage de haricots ou l’astrologie moderne pour évaluer les chercheurs et la recherche

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le 7ème et dernier péché est The sin of bean counting…. Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 6, l’internement ou le refus d’ouvrir les données, le refus de l’Open Access…

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le péché numéro 6 peut paraître bizarre dans son intitulé :… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 5, le péché de corruption.. Combien sont devenus profs suite à un comportement frauduleux en début de carrière ?

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et le rachat sera proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 5 : The sin of corruptibility… le péché de corruption…. Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 3, le péché du manque de fiabilité car la reproductibilité est un mot tabou !

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et ensuite le rachat sera proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 3 : « The sin of unreliability ». Le péché du… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 2, le péché de la flexibilité cachée ou comment jouer avec le p-harking et le p-HACKing

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 2 : « The sin of hidden flexibility ». La flexibilité… Continuer la lecture

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Le partage des données progresse assez vite : 65 000 articles de PLOS ONE précisent comment accéder aux donnéee

Billet sur le blog de PLOS en mai 2017 pour faire le point sur le partage des données sources. Cette politique est devenue obligatoire pour PLOS ONE en mars 2014. Le bilan semble plutôt positif car 65 000 articles ont une mention sur l’accès aux données sources. Chaque article d’une revue du groupe PLOS doit décrire où sont archivées les… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 1, les biais, conséquence du ‘publie autant d’articles que possible avec des résultats positifs et nouveaux’

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff, et que j’ai rencontré, à propos des Registered Reports. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je vais reprendre chaque vendredi les 7 péchés, et voir ensuite le rechat proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre… Continuer la lecture

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Le peer-review, c’est jouer au loto…. tous les gagnants ont tenté leur chance

La communauté scientifique est plutôt passive… Je vois tant de choses monstrueuses que beaucoup ne les croient pas ! Les jeunes souffrent et ne peuvent rien dire en constatant les pratiques des seniors… J’ai relu un éditorial qui sommeillait sur une étagère… Il y en a beaucoup… Il s’agit d’un éditorial intitulé « Who is afraid of reviewers’ comments? Or why… Continuer la lecture

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Le partage des données des essais cliniques va devenir obligatoire selon l’ICMJE

C’est un sujet débattu, mais la déclaration de l’ICMJE (International Committee of Medical Journal Editors) vient conclure 18 mois de consultations. Que dit cet éditorial publié conjointement par les plus grandes revues (JAMA, BMJ, Lancet, NEJM, Annals Intern Med, et d’autres) ? les manuscrits soumis à des revues suivant l’ICMJE devront contenir une déclaration sur le partage des données sources… Continuer la lecture

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Significosis, Neophilia, Theorrhea, Arigorum, Disjunctivitis : 5 maladies de la recherche d’après Leadership Quarterly

Voici un extrait de l’abstract : However, five serious “diseases” stifle the production of useful research. These diseases include: significosis, an inordinate focus on statistically significant results; neophilia, an excessive appreciation for novelty; theorrhea, a mania for new theory; arigorium, a deficiency of rigor in theoretical and empirical work; and finally, disjunctivitis, a proclivity to produce large quantities of redundant,… Continuer la lecture

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Le modèle ‘Registered reports’ adopté par BMC Biology : un mouvement important pour l’intégrité de la biomédecine

Nous avons exposé le système de publications utilisé par des revues de psychologie et poussé par le Center for Open Science (Charlottesville, USA). Les Registered Reports sont une vraie innovation qui pourrait améliorer l’intégrité des articles : les chercheurs soumettent introduction méthodes, puis peer review et décsions d’une acceptation préliminaire (IPA pour In Principle Acceptance). Les chercheurs conduisent leurs recherches… Continuer la lecture

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Les avantages des modèles de partage de données en accès ouvert : une dizaine de projets de qualité

Partager les données semble raisonnable dans le domaine des essais randomisés, plutôt qu’une course permanente pour générer des données (d’ailleurs combien de patients sont inclus dans des essais dont les résultats ne sont jamais publics !). Le NEJM, dans un éditorial intitulé “Advantages of a Truly Open-Access Data-Sharing Model” liste des sites à explorer. Cet éditorial est signé par 8… Continuer la lecture

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La vie après avoir été puni pour fraude scientifique : la moitié des coupables poursuivent des recherches

La fraude scientifique a quelques caractéristiques intéressantes : petit risque pour grande récompense. Mais, ne vous imaginez pas qu’après condamnation, la vie scientifique s’arrête ! J’admets qu’un condamné puisse travailler après la décision, mais un ‘encadrement’ est nécessaire… Un chercheur de l’Université d’Illinois, Urbana, USA, a analysé un pool de 284 chercheurs qui ont été coupables de mauvaises conduites scientifiques,… Continuer la lecture

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Qui seront les auteurs des articles sur données partagées ? Le concept de ‘data author’ est proposé par le NEJM

Les financeurs, les institutions et les gens raisonnables poussent au partage des données. Par exemple avec l’essai SPRINT du NEJM ! Il y a tellement de données sous-exploitées que l’on pourrait faire une pause, les analyser et voir ensuite quelles recherches financer… plutôt que de continuer à fiancer des projets dont une partie ne donneront pas lieu à communication de… Continuer la lecture

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Les challenges éthiques concernant les big data sont à explorer… pour ne pas se moquer des personnes

La revue PLOS Computational Biology a une série d’articles sur les 10 règles simples, et j’ai souvent évoqué ces articles. Fin mars 2017, un nouvel article intitulé « Ten simple rules for responsible big data research ». En fait cet article est le résultat de 2 ans de concertations pour le Council of Big Data supporté par la National Science Foundation aux… Continuer la lecture

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La comparaison des publications d’essais randomisés n’a pas montré de différences selon le fait que le protocole ait été enregistré ou non

Des hypothèses, et travaux de faible puissance avaient suggéré que les résultats des essais dont le protocole avaient été enregistré étaient moins souvent ‘positifs’ que les non-enregistrés. Sur un grand nombre de publications, cette hypothèse n’a pas été confirmée. L’article du BMJ du 31 janvier 2017 intitulé ‘Association between trial registration and positive study findings: cross sectional study (Epidemiology Strudy… Continuer la lecture

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Impératif : intéressez-vous aux sciences participatives.. le citoyen devient partie prenante de vos recherches

Les sciences et recherches participatives sont des formes de production de connaissances scientifiques auxquelles participent des acteurs de la société civile, à titre individuel ou collectif, de façon active et délibérée. Il s’agit de la définition adoptée par les signataires (20 mars 2017) de la Charte des sciences et recherches participatives en France. Je retiens dans cette charte que les… Continuer la lecture

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L’abandon de la valeur de P en statistiques : c’est parti…. mais la résistance au changement nous guette !

Des revues ont introduit explicitement dans leurs instructions aux auteurs qu’elles découragent l’utilisation de la valeur de P pour les significations statistiques (significatif si inférieur à 0,05) dans les articles de recherche, et ce mouvement devrait s’étendre. Exemples : La prestigieuse revue ‘Epidemiology’, dont le facteur d’impact est 6,075 (toujours 3 décimales !!), a dans ses instructions aux auteurs :… Continuer la lecture

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Registered Reports : un peer-review d’avenir pour sauver un système de publications à la dérive ?

J’ai eu l’honneur d’être invité en février 2017 par le Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon (CRNL) avec d’autres orateurs pour une journée sur l’intégrité scientifique. Bonne mentalité dans ce centre, cela se voit ! Le directeur, Olivier Bertrand a bien accueilli les plus de cent participants, et a situé les développements de l’intégrité en France. Christophers Chambers, Professor… Continuer la lecture

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Une revue systématique demande 61 semaines, environ 5 personnes, et inclut en moyenne 3 % des articles sélectionnés

La publication des revues systématiques explose.. et nous savons que certaines sont très très mauvaises ! Une équipe américaine a analysé 195 revues systématiques publiées (recherche le 1 juillet 2014) et dont les protocoles ont été déposés dans le registre PROSPERO. Cet article est dans BMJ Open de début mars 2017. Ce registre contenait 3 684 protocoles lors de la… Continuer la lecture

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Le NEJM veut favoriser le partage des données ! Et SPRINT est le premier exemple..

Depuis un an, le NEJM a publié plusieurs articles sur le partage des données, essentiellement le partage des données cliniques. Ces articles sont regroupés dans une collection. Des prises de position claire pour favoriser un partage presque impossible pour plusieurs raisons : la compatibilité des systèmes et la lourdeur des bases, et surtout la culture des chercheurs. Nous avons souvent… Continuer la lecture

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MIROR : découvrez cet excellent projet européen, et apprenez à bien organiser des Journal Clubs

Nous avons vu hier le principe du PPPR ou Post-Publication Peer Review. Il faut développer une culture pour corriger la littérature, et ceci demande motivation, rigueur des méthodes, et incitatifs divers à mettre en place. Les Journal Clubs existent dans de nombreuses universités, et départements hospitaliers quand les praticiens, les chercheurs et étudiants dédient un temps à la discussion d’un… Continuer la lecture

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Réplication des expériences dans la biologie du cancer : les 5 premières publications dans eLife montrent que c’est difficile

C’est un énorme projet sous l’égide du COS (Center for Open Science) à Charlottesville, dirigé par Brian Nosek. Fin avril 2015, Nature nous a informé sur les projets du COS, y compris l’objectif de reproduire 50 articles dans le domaine de la biologie du cancer. Fin août 2015, dans Science, ils ont montré qu’il était difficile de reproduire 40 %… Continuer la lecture

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Des registres d’études animales devraient être créés : pourquoi ? comment ? Il faut totalement revoir la recherche animale

Les registres de protocoles (avec dépôt ultérieur des résultats) en médecine clinique sont devenus obligatoires pour publier une recherche. Ces registres sont utilisés dans d’autres domaines, par exemple pour les revues systématiques. Le dépôt d’un protocole avant la recherche est une mesure pour s’assurer de l’intégrité de la recherche. Si des analyses non prévues au protocole sont faites à posteriori,… Continuer la lecture

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Enregistrez tous vos protocoles… de nombreux sites existent pour tous types de recherches

Le développement des registres pour déposer les protocoles est rapide. Les plus anciens ont été créés par les Agences de régulation des produits de santé, par exemple www.clinicaltrials.gov (bientôt 250 000 essais dans cette base), et il en existe quelques uns. Mais toutes les recherches ne sont pas des essais de produits de santé… et les revues veulent s’assurer que… Continuer la lecture

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Le S-Index (en plus du H-Index) pour valoriser les chercheurs qui partagent les données et collaborent

Dans le JAMA Psychiatry de janvier 2017, un viewpoint intitulé « Incentivizing data sharing and colaboration in medical research — The S-Index » nous incite à partager les données sources des recherches. Le début du viewpoint est : Sharing research data is a widely embraced ideal of academic medicine. Providing broad access to research data has the potential to stimulate progress in… Continuer la lecture

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Un mine d’or qui mérite d’être mieux connue : The James Lind Library

Cette bibliothèque a été créée en 2003, en reprenant des ressources existantes, et c’est Iain Chalmers qui a été l’initiateur, et toujours un des animateurs actifs. Le sous titre de la James Lind Library (JLL) est : « Illustrating the development of fair tests of treatments in health care » explique l’objectif. Je connais cette expérience britannique depuis le début, et je… Continuer la lecture

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D’urgence, il faudrait améliorer la description des effets indésirables dans les publications d’essais cliniques… mais qui va le faire ?

La publication des effets indésirables a toujours laissé à désirer ! Les articles sont focalisés sur l’efficacité des interventions dans les essais, et moins sur les effets indésirables. Pas besoin de vous donner des exemples, des comparaisons entre clinicaltrials.gov et articles l’ont montré.. Il y a quelques semaines, j’ai vu des chirurgiens comparant des complications de chirurgie entre des données… Continuer la lecture

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Les statisticiens peuvent détecter des fraudes dans les articles sur des essais randomisés quand ils en ont plusieurs d’une même équipe

C’est un article très détaillé que Neurology a publié après presque un an de discussions entre statisticiens (soumis 4 décembre 2015 et accepté 24 auût 2016). L’éditorial du rédacteur en chef, RA Gross, dévoile des discussions avec les 3 statisticiens qui relisent les articles de Neurology. L’article de MJ Bolland et al (Auckland, New Zealand) a évalué 33 essais randomisés… Continuer la lecture

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Les méthodologies et analyses de données de mauvaise qualité encouragent des résultats faux-positifs ou la sélection naturelle de la mauvaise science

C’est le constat fait par deux chercheurs et publié dans la revue ‘Royal society open science’ (21 septembre 2016) sous le titre ‘The natural selection of bad science’. En citation de cet article, il y a un tweet « J’ai participé à un grand nombre de comités de recherche, je ne me souviens pas de quelqu’un regardant les articles des… Continuer la lecture

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GREET : des lignes directrices pour écrire les interventions en éducation, très beau travail

Le domaine de la recherche en éducation est souvent décevant. Les études qualitatives sont souvent peu reproductibles, pour diverses raisons dont la mauvaise méthodologie. Un groupe d’experts en médecine factuelle vient de publier non seulement les 17 items de GREET (Guideline for Reporting Evidence-based practice Educational interventions and Teaching), mais aussi toutes les méthodes pour arriver à GREET. La description… Continuer la lecture

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