Archives de catégorie : Méthodologie de recherche

La vie après avoir été puni pour fraude scientifique : la moitié des coupables poursuivent des recherches

La fraude scientifique a quelques caractéristiques intéressantes : petit risque pour grande récompense. Mais, ne vous imaginez pas qu’après condamnation, la vie scientifique s’arrête ! J’admets qu’un condamné puisse travailler après la décision, mais un ‘encadrement’ est nécessaire… Un chercheur de l’Université d’Illinois, Urbana, USA, a analysé un pool de 284 chercheurs qui ont été coupables de mauvaises conduites scientifiques,… Continuer la lecture

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Qui seront les auteurs des articles sur données partagées ? Le concept de ‘data author’ est proposé par le NEJM

Les financeurs, les institutions et les gens raisonnables poussent au partage des données. Par exemple avec l’essai SPRINT du NEJM ! Il y a tellement de données sous-exploitées que l’on pourrait faire une pause, les analyser et voir ensuite quelles recherches financer… plutôt que de continuer à fiancer des projets dont une partie ne donneront pas lieu à communication de… Continuer la lecture

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Les challenges éthiques concernant les big data sont à explorer… pour ne pas se moquer des personnes

La revue PLOS Computational Biology a une série d’articles sur les 10 règles simples, et j’ai souvent évoqué ces articles. Fin mars 2017, un nouvel article intitulé « Ten simple rules for responsible big data research ». En fait cet article est le résultat de 2 ans de concertations pour le Council of Big Data supporté par la National Science Foundation aux… Continuer la lecture

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La comparaison des publications d’essais randomisés n’a pas montré de différences selon le fait que le protocole ait été enregistré ou non

Des hypothèses, et travaux de faible puissance avaient suggéré que les résultats des essais dont le protocole avaient été enregistré étaient moins souvent ‘positifs’ que les non-enregistrés. Sur un grand nombre de publications, cette hypothèse n’a pas été confirmée. L’article du BMJ du 31 janvier 2017 intitulé ‘Association between trial registration and positive study findings: cross sectional study (Epidemiology Strudy… Continuer la lecture

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Impératif : intéressez-vous aux sciences participatives.. le citoyen devient partie prenante de vos recherches

Les sciences et recherches participatives sont des formes de production de connaissances scientifiques auxquelles participent des acteurs de la société civile, à titre individuel ou collectif, de façon active et délibérée. Il s’agit de la définition adoptée par les signataires (20 mars 2017) de la Charte des sciences et recherches participatives en France. Je retiens dans cette charte que les… Continuer la lecture

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L’abandon de la valeur de P en statistiques : c’est parti…. mais la résistance au changement nous guette !

Des revues ont introduit explicitement dans leurs instructions aux auteurs qu’elles découragent l’utilisation de la valeur de P pour les significations statistiques (significatif si inférieur à 0,05) dans les articles de recherche, et ce mouvement devrait s’étendre. Exemples : La prestigieuse revue ‘Epidemiology’, dont le facteur d’impact est 6,075 (toujours 3 décimales !!), a dans ses instructions aux auteurs :… Continuer la lecture

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Registered Reports : un peer-review d’avenir pour sauver un système de publications à la dérive ?

J’ai eu l’honneur d’être invité en février 2017 par le Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon (CRNL) avec d’autres orateurs pour une journée sur l’intégrité scientifique. Bonne mentalité dans ce centre, cela se voit ! Le directeur, Olivier Bertrand a bien accueilli les plus de cent participants, et a situé les développements de l’intégrité en France. Christophers Chambers, Professor… Continuer la lecture

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Une revue systématique demande 61 semaines, environ 5 personnes, et inclut en moyenne 3 % des articles sélectionnés

La publication des revues systématiques explose.. et nous savons que certaines sont très très mauvaises ! Une équipe américaine a analysé 195 revues systématiques publiées (recherche le 1 juillet 2014) et dont les protocoles ont été déposés dans le registre PROSPERO. Cet article est dans BMJ Open de début mars 2017. Ce registre contenait 3 684 protocoles lors de la… Continuer la lecture

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Le NEJM veut favoriser le partage des données ! Et SPRINT est le premier exemple..

Depuis un an, le NEJM a publié plusieurs articles sur le partage des données, essentiellement le partage des données cliniques. Ces articles sont regroupés dans une collection. Des prises de position claire pour favoriser un partage presque impossible pour plusieurs raisons : la compatibilité des systèmes et la lourdeur des bases, et surtout la culture des chercheurs. Nous avons souvent… Continuer la lecture

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MIROR : découvrez cet excellent projet européen, et apprenez à bien organiser des Journal Clubs

Nous avons vu hier le principe du PPPR ou Post-Publication Peer Review. Il faut développer une culture pour corriger la littérature, et ceci demande motivation, rigueur des méthodes, et incitatifs divers à mettre en place. Les Journal Clubs existent dans de nombreuses universités, et départements hospitaliers quand les praticiens, les chercheurs et étudiants dédient un temps à la discussion d’un… Continuer la lecture

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Réplication des expériences dans la biologie du cancer : les 5 premières publications dans eLife montrent que c’est difficile

C’est un énorme projet sous l’égide du COS (Center for Open Science) à Charlottesville, dirigé par Brian Nosek. Fin avril 2015, Nature nous a informé sur les projets du COS, y compris l’objectif de reproduire 50 articles dans le domaine de la biologie du cancer. Fin août 2015, dans Science, ils ont montré qu’il était difficile de reproduire 40 %… Continuer la lecture

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Des registres d’études animales devraient être créés : pourquoi ? comment ? Il faut totalement revoir la recherche animale

Les registres de protocoles (avec dépôt ultérieur des résultats) en médecine clinique sont devenus obligatoires pour publier une recherche. Ces registres sont utilisés dans d’autres domaines, par exemple pour les revues systématiques. Le dépôt d’un protocole avant la recherche est une mesure pour s’assurer de l’intégrité de la recherche. Si des analyses non prévues au protocole sont faites à posteriori,… Continuer la lecture

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Enregistrez tous vos protocoles… de nombreux sites existent pour tous types de recherches

Le développement des registres pour déposer les protocoles est rapide. Les plus anciens ont été créés par les Agences de régulation des produits de santé, par exemple www.clinicaltrials.gov (bientôt 250 000 essais dans cette base), et il en existe quelques uns. Mais toutes les recherches ne sont pas des essais de produits de santé… et les revues veulent s’assurer que… Continuer la lecture

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Le S-Index (en plus du H-Index) pour valoriser les chercheurs qui partagent les données et collaborent

Dans le JAMA Psychiatry de janvier 2017, un viewpoint intitulé « Incentivizing data sharing and colaboration in medical research — The S-Index » nous incite à partager les données sources des recherches. Le début du viewpoint est : Sharing research data is a widely embraced ideal of academic medicine. Providing broad access to research data has the potential to stimulate progress in… Continuer la lecture

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Un mine d’or qui mérite d’être mieux connue : The James Lind Library

Cette bibliothèque a été créée en 2003, en reprenant des ressources existantes, et c’est Iain Chalmers qui a été l’initiateur, et toujours un des animateurs actifs. Le sous titre de la James Lind Library (JLL) est : « Illustrating the development of fair tests of treatments in health care » explique l’objectif. Je connais cette expérience britannique depuis le début, et je… Continuer la lecture

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D’urgence, il faudrait améliorer la description des effets indésirables dans les publications d’essais cliniques… mais qui va le faire ?

La publication des effets indésirables a toujours laissé à désirer ! Les articles sont focalisés sur l’efficacité des interventions dans les essais, et moins sur les effets indésirables. Pas besoin de vous donner des exemples, des comparaisons entre clinicaltrials.gov et articles l’ont montré.. Il y a quelques semaines, j’ai vu des chirurgiens comparant des complications de chirurgie entre des données… Continuer la lecture

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Les statisticiens peuvent détecter des fraudes dans les articles sur des essais randomisés quand ils en ont plusieurs d’une même équipe

C’est un article très détaillé que Neurology a publié après presque un an de discussions entre statisticiens (soumis 4 décembre 2015 et accepté 24 auût 2016). L’éditorial du rédacteur en chef, RA Gross, dévoile des discussions avec les 3 statisticiens qui relisent les articles de Neurology. L’article de MJ Bolland et al (Auckland, New Zealand) a évalué 33 essais randomisés… Continuer la lecture

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Les méthodologies et analyses de données de mauvaise qualité encouragent des résultats faux-positifs ou la sélection naturelle de la mauvaise science

C’est le constat fait par deux chercheurs et publié dans la revue ‘Royal society open science’ (21 septembre 2016) sous le titre ‘The natural selection of bad science’. En citation de cet article, il y a un tweet « J’ai participé à un grand nombre de comités de recherche, je ne me souviens pas de quelqu’un regardant les articles des… Continuer la lecture

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GREET : des lignes directrices pour écrire les interventions en éducation, très beau travail

Le domaine de la recherche en éducation est souvent décevant. Les études qualitatives sont souvent peu reproductibles, pour diverses raisons dont la mauvaise méthodologie. Un groupe d’experts en médecine factuelle vient de publier non seulement les 17 items de GREET (Guideline for Reporting Evidence-based practice Educational interventions and Teaching), mais aussi toutes les méthodes pour arriver à GREET. La description… Continuer la lecture

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Le partage des données est encore très loin d’être la norme : peu de revues biomédicales prestigieuses le demandent

C’est un preprint de PEERJ (donc un article n’ayant pas encore été reviewé) qui a estimé les politiques des revues concernant le partage des données sources par les auteurs. Nous savons que de rares revues l’imposent, comme BMJ par exemple. Par exemple, les instructions aux auteurs du BMJ contiennent ces phrases (et bien d’autres) : » For all research articles: we… Continuer la lecture

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Rédacteurs, participez au « Best practice journal research network ».. mais absence de rédacteurs français dans ces réseaux !

Bonne initiative expliquée dans un éditorial (10 octobre 2016) de BMC Medicine par D Moher (Ottawa) et Ph Ravaud (Paris). Tous deux sont engagés dans l’évaluation des publications, et ont contribué à faire avancer nos réflexions. Pourquoi avons-nous besoin d’un réseau de recherche sur les bonnes pratiques des revues ? Facile à admettre, tant nous rencontrons de chercheurs déçus par… Continuer la lecture

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Le future de la publication académique : une collection de 16 articles de F1000 Research

Cette collection mérite lecture avec 16 articles. Je les ai parcourus et vous propose de les archiver. Quelques articles qui m’ont intéressés : Vitek Traz est le fondateur (avec d’autres) de BioMedCentral, PubMedCantral, puis de F1000Research et autres projets ; il a une superbe expérience dans la publication des revues et livre son témoignage dans un éditorial intitulé « The five… Continuer la lecture

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Publications des essais cliniques : les recherches académiques ne font pas mieux que les industries de santé

La mise en ligne de données sur les publications des essais cliniques grâce à Ben Goldacre, fondateur de AllTrials, est une excellente nouvelle. Le mouvement AllTrials est supporté par de nombreuses revues biomédicales (BMJ, PLOS) et d’autres organisations comme la collaboration Cochrane. Une ambition : All trials registered, all trials reported. Voir ci-dessous la pétition signée par plus de 80… Continuer la lecture

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Le NEJM truste les publications sur les décès des volontaires sains : Biotrial va donner des points SIGAPS au CHU de Rennes

La publication dans le NEJM du 3 novembre 2016 des données cliniques de l’essai Biotrial (Rennes) me laisse perplexe. Le décès d’un volontaire sain est un accident grave que l’on ne peut pas admettre. Hier, 3 novembre, le NEJM publie un article, sous paywall ($ 20), intitulé « Acute neurologic disorder from an inhibitor of fatty acid amide hydrolase’ décrivant en… Continuer la lecture

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Il faut spécifier sexe et genre, voire les deux, dans les publications de recherche clinique : nos revues sont très en retard !

Nous avons présenté SAGER (Sex And Genger Equity in Research), et je vous incite à signer la déclaration de soutien à SAGER. Dans le JAMA de fin octobre 2016, un point de vue en accès libre est intitulé « Reporting sex, gender, or both in clinical research? ». Les deux signataires ont pour affiliations : Office of Research on Women’s Health, National… Continuer la lecture

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Série d’articles du NEJM sur les changements des essais cliniques : excellent

Depuis juin 2016, le NEJM a régulièrement publié des articles sur les essais cliniques. Cette rubrique était annoncée : « We plan to cover new trial designs, current issues related to the performance of clinical trials, how to deal with unexpected events during the progress of trials, difficulties in the interpretation of trial findings, and challenges faced by specific sectors of… Continuer la lecture

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Numéro spécial ‘Statistiques’ de Medical Writing, la revue de l’association européenne des rédacteurs médicaux

Le numéro de septembre 2016 de Medical Writing est consacré aux statistiques dans les rapports d’essais cliniques et les publications. Le sommaire permet de survoler les thèmes : History of biostatistics : bonne idée, avec les grands noms de la discipline, dont James Lind, Pierre-Charles-Alexandre Louis, Jules Gavaret, et Bradford Hill… les français ont été pionniers ! The illusion of… Continuer la lecture

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10ème anniversaire de Trials, une revue dédiée aux essais cliniques contrôlés randomisés du groupe BMC (Springer)

C’était l’un des paris difficiles de BioMed Central, groupe de presse anglais qui a d’abord perdu de l’argent, puis a été vendu à Springer Nature. La revue Trials, surtout dirigée par des experts anglais, fête son 10 ème anniversaire et son 3 000 ème article. A cette occasion, quelques données ont été mises en ligne, Trials publiant essentiellement des essais… Continuer la lecture

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Une vision pour la communication scientifique du 21ème siècle : 12 principes.. transparence, collaborer, ouvrir les données,…

Ce rapport publié en juin 2016 propose les 12 principes que vous avez sur l’image. Il a été préparé par un réseau autrichien pour la recherche ouverte. Il est court (11 pages). Un principe de départ : la situation actuelle n’est pas satisfaisante… Il y a 2 pages bien faites sur les 19 déficits du système, groupés en 1) accès… Continuer la lecture

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Des lignes directrices pour écrire des articles épidémiologiques en nutrition : bienvenues car trop d’inepties publiées dans ce domaine

Il s’agit d’une extension des lignes directrices STROBE (Strengthening the Reporting of Observational Studies in Epidemiology) dédiée aux études épidémiologiques dans le domaine de la nutrition. Indispensable, car c’est un domaine très complexe et des études sont publiées pour vous raconter que manger ou boire des aliments vous cause le cancer. Les pseudo-scientistes écolos s’en servent pour affoler le public…….. Continuer la lecture

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Lignes directrices SAGER : pour l’égalité des sexes et genres dans les recherches et publications

En 2012, EASE (European Association of Science Editors) a réuni un comité dont l’objectif a été de préparer des lignes directrices sur le sexe et le genre dans les publications. Pas la peine de vous résumer toutes les discriminations observées dans les articles. Les lignes directrices SAGER ( Sex And Genger Equity in Research) ont été produites et publiées en… Continuer la lecture

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« Doing global science » ou la recherche responsable, par l’association des académies des sciences : faites un des exercices !

J’ai bien aimé ce livre de 160 pages dont le sous-titre est « A guide to responsible conduct in the global research enterprise ». Il y a un chapitre et beaucoup de recommandations concernant les revues scientifiques. Ce bon livre a été publié par The Inter Academy Partnership (iap), un réseau mondial des académies des sciences. Le site a des informations utiles…. Continuer la lecture

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La publication d’hypothèses médicales est un art peu répandu : est-ce intéressant ? oui, et les recommandations sont utiles

Je suis perplexe quand je lis des articles comme celui intitulé « Medical Hypotheses: A Clinician’s Guide to Publication », et publié le 22 juillet 2016 dans la revue « Advances in Integrative Medicine ». L’idée de publier des hypothèses me semble raisonnable, mais les revues préfèrent publier des résultats de recherche, et de préférence de bons essais, etc…. Il existe des revues ne… Continuer la lecture

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GATHER pour Guidelines for Accurate and Transparent Health Estimates Reporting… une très bonne démarche

La liste des lignes directrices pour bien rapporter des résultats biomédicaux est longue, et de nouvelles lignes directrices apparaissent toujours : GATHER est bienvenu car nous avons besoin d’harmonisation dans ce domaine. GATHER est une liste pour mieux présenter les estimations en santé de type incidence, prévalence, données de morbidité, etc car trop souvent nous n’avons pas accès aux méthodes… Continuer la lecture

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Tout publier pour diminuer les gaspillages en recherche : « RIO Journal » mérite attention, car ce modèle innove… mais quelle pérennité ?

Les revues changent vite. Le vieux modèle du numéro mensuel sur abonnement est totalement dépassé. La recherche d’information ne consiste plus à lire des sommaires de revues. La période de l’électronique a vu la création de très nombreuses revues, que ce soient les groupes BMC, PLOS, Frontiers et autres, y compris les nombreuses mégarevues s’inspirant de PLOS ONE. De nouveaux… Continuer la lecture

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QRPs: Questionable Research Practices… plus je cherche dans les articles, plus je trouve

Plus nous analysons les articles scientifiques, plus nous découvrons que des manipulations de type ‘Pratiques discutables en recherche’ sont fréqentes ! Par exemple, les fondateurs de PubPeer expliquent que la plupart des suspicions discutées ne donnent jamais lieu à investigation, même si l’institution est informée. Ceci existe dans la plupart des disciplines scientifiques, et nous avons déjà évoqué la discipline… Continuer la lecture

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STARD 2015 : mise à jour de la ligne directrice pour écrire des articles sur les tests diagnostiques

La ligne directrice pour écrire des articles sur les tests diagnostiques avait besoin d’être mise à jour. La version de 2003 était ancienne, et pas très complète. La version 2015 est accessible à partir du site EQUATOR, et a été publiée dans 3 revues simultanément (TheBmj, Radiology, Clinical Chemistry). La liste contient 30 items contre 25 pour la version 2003… Continuer la lecture

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Et voilà les OpenTrials : tout est ouvert… voici une suggestion pour les essais cliniques

Les mouvements pour la science ouverte sont nombreux, et maintenant le mouvement AllTrials, et d’autres experts proposent des stratégies pour les données des essais cliniques. On veut tout ouvrir ! Est-ce réaliste ? Ce sont Ben Goldacre et Jonhatan Gray qui ont publié des suggestions dans Trials le 8 avril 2016 avec le titre « OpenTrials: towards a collaborative open database… Continuer la lecture

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Il vaut mieux enregistrer votre protocole trop tard que jamais : nouvelle politique des revues BMC

Maintenant les auteurs sont informés de la nécessité d’enregistrer les protocoles de recherche. Pour les essais, j’ai souvent la question pendant les formations : je n’ai pas enregistré le protocole… puis-je soumettre à une revue ? Ma réponse a toujours été « enregistrez, même après le début de l’essai et dites le aux rédacteurs de la revue ». Le groupe BioMedCentral (Springer)… Continuer la lecture

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La qualité de la science diminue, en particulier sous la pression pour publier : il faudrait moins publier !

La bonne nouvelle : nous avons une information régulière sur les dérives de la science, et cette information existe dans tous les médias. Nous avons vu que la presse grand public, Le Monde par exemple (mai 2015), a alerté sur les faussaires des labos. Eh bien, le 11 mai 2016, c’est encore une tribune dans la prestigieuse revue Nature. Daniel… Continuer la lecture

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