Archives de catégorie : Méthodologie de recherche

BMJ / PLOS Medicine : des résultats publiés sont bien reproductibles… très beau travail français !

Dans le BMJ de février 2018, une étude très originale car les auteurs ont refait les analyses sur le critère de jugement principal pour des études cliniques randomisées publiées dans deux revues. Il s’agissait de savoir si la mise à disposition des données sources permettaient de reproduire les résultats. Eh bien, malgré des difficultés, c’est possible… Très bonne nouvelle. Mais… Continuer la lecture

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Les critères de jugement sont trop souvent différents entre protocoles et publications ! Ce devrait être une étape préalable aux méthodes de lecture critique

Article dans BMC Medical Research Methodology en janvier 2018 et intitulé « A systematic review of comparisons between protocols or registrations and full reports in primary biomedical research ». Bonne recherche d’auteurs canadiens. J’en ai marre de tous ces étudiants que l’on forme à l’analyse de la littérature, ou LCA (Lecture Critique d’Articles) sans les prévenir sur la qualité effroyables de certains… Continuer la lecture

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SONG pour Standardized Outcomes in Nephrology : excellente initiative qui rejoint celles d’autres disciplines

Le mouvement est lent, trop lent.. et nous avons déjà évoqué la nécessité de disposer de critères standard pour toutes les recherches. Il est tellement difficile de comparer, compiler des résultats de recherche clinique quand les critères de jugement sont différents, voire quand ils sont identiques mais mesurés à des temps différents. La néphrologie s’y met avec SONG dont la… Continuer la lecture

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Recommandations ICMJE : revues prédatrices et partages de données ajoutés dans la version de décembre 2017

Le comité international des rédacteurs de revues médicales a, comme chaque année, actualisé ses recommandations. La version française va être postée sur le site de ICMJE dans quelques jours. Vous la trouverez ici. Quelles sont les changements par rapport à décembre 2016 ? La reprise des déclarations sur le partage des données. Maintenant, les auteurs doivent collaborer, ouvrir les données,… Continuer la lecture

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La recherche animale doit s’améliorer : la recherche préclinique se trompe encore, et des malades sont inclus dans des essais !

Le numéro du 11 janvier 2018 du BMJ contient 4 articles sur la recherche animale. Très longue histoire qui mérite de lire tous les articles. Il s’agit d’un domaine compliqué, le développement d’un vaccin pour la tuberculose. Un éditorial de F Godlee, basé sur les autres articles du numéro : ‘Nous avons besoin d’une meilleure recherche animale, mieux décrite’ ;… Continuer la lecture

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Récompenser ceux qui reproduisent des résultats de recherche : un rapport de l’Académie des sciences de Hollande

La Hollande a encore le souvenir du scandale D Stapel qui a fait progresser les mentalités. L’Académie des sciences basée à Amsterdam vient de publier un rapport attendu sur la reproductibilité des résultats de recherche. Je ne prends pas le risque de la nommer en Hollandais.. Ce rapport peut vous servir si vous devez préparer un exposé sur le sujet…. Continuer la lecture

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SIGAPS : 950 millions d’euros alloués de façon variable selon les établissements, avec de petits arrangements discrets….

La France est l’un des rares pays qui alloue directement de l’argent en fonction des publications… c’est plutôt rare. En général l’argent est alloué pour des projets de recherche (à ceux qui publient..). La cour des comptes, soucieuse de l’utilisation de l’argent public, a publié le 18 janvier 2018 un rapport de 246 pages (avec annexes) intitulé : « Le rôle… Continuer la lecture

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Les critères de jugement sont trop souvent différents entre protocoles et publications ! Ce devrait être une étape préalable aux méthodes de lecture critique

Article dans BMC Medical Research Methodology en janvier 2018 et intitulé « A systematic review of comparisons between protocols or registrations and full reports in primary biomedical research ». Bonne recherche d’auteurs canadiens. J’en ai marre de tous ces étudiants que l’on forme à l’analyse de la littérature, ou LCA (Lecture Critique d’Articles) sans les prévenir sur la qualité effroyables de certains… Continuer la lecture

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Pourquoi vous ne devriez pas croire ce que vous lisez dans les revues biomédicales : F Godlee, rédactrice du BMJ

C’est le tire d’une bonne conférence (novembre 2017) à la Liverpool School of Tropical Medicine, faite par Fiona Godlee, rédactrice en chef du BMJ ; vous pouvez ré-écoutez la vidéo en regardant les bonnes diapos. Il vous faut une heure tranquille, ce que j’ai fait un dimanche matin, pour avoir uns liste de cas de malveillances ou fraudes en médecine,… Continuer la lecture

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De bonnes recommandations pour le contenu des plans d’analyse statistique dans les essais cliniques

C’est un point faible qui pourrait être amélioré par des recommandations proposées par des statisticiens et publiées dans le JAMA le 19 décembre 2017 (accès libre), avec un éditorial d’explication (avec paywall). Le titre « Guidelines for the content of statistical analysis plans in clinical trials » pour combler un vide en proposant d’avoir des plans d’analyse favorisant la transparence et le… Continuer la lecture

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EQUATOR évolue bien : lignes directrices et un EQUATOR dédié à l’oncologie

EQUATOR est une excellent réseau avec un site très utile pour écrire des articles. Ce site est très méconnu parmi les participants aux formation à la rédaction. Le site compile 389 lignes directrices pour vous aider à écrire des articles. Sur la page de garde du site, il y a 11 lignes directrices mises en valeur car ce sont celles… Continuer la lecture

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Que recommandent des statisticiens influents pour sortir de la crise des statistiques ? Pas seulement de changer le seuil de la valeur de P

Nature de fin novembre 2017 a demandé les avis de 5 statisticiens sur le bon emploi des stats dans les articles : « Five ways to fix statistics » avec un sous-titre « Alors que le débat gronde sur la question de savoir comment et dans quelle mesure les mauvaises statistiques sont responsables d’une mauvaise reproductibilité, Nature a demandé aux statisticiens influents de… Continuer la lecture

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Améliorer la reproductibilité : un preprint a été signé par 72 experts suggérant le seuil de P < 0,005 (au lieu de 0,05) pour la valeur de P.

Un preprint du 22 juillet 2017 a été signé par 72 statisticiens (dont Judith Rousseau, de Paris Dauphine) avec le titre ‘Redefine statistical significance’. Des signatures prestigieuses. Il a été déposé sur PsyArXiv, et il a été très commenté. Ce document a été publié le 1 septembre 2017 par Nature Human Behaviour. L’objectif est de qualifier de significatif les valeurs… Continuer la lecture

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Trop de publications d’essais cliniques ne sont pas conformes au protocole dans les revues prestigieuses : Bravaud Ravo !

Annals of Oncologie, dont le facteur d’impact a grimpé rapidement, publie régulièrement de bons articles dans la série « Statistical controversies in clinical research ». Un article intitulé ‘Comparison of primary outcomes in protocols, public clinical-trial registries, and publications : the example of oncology trials’ est intéressant car il compare les critères primaires entre 3 sources, et aussi il utilise les 7… Continuer la lecture

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Les jeunes chercheurs allemands savent très bien que des pratiques préjudiciables à la recherche sont fréquentes

Il s’agit d’une bonne étude faite en Allemagne auprès de 88 jeunes chercheurs (60 % de ‘pre-docs’ et 40 % de ‘post-docs’) en Psychologie Sociale. Le taux de réponse au questionnaire a été excellent (82 %) et l’échantillon représente 36 % des jeunes chercheurs de la division de psychologie sociale de la German Psychological Association. Cet article intitulé « Early-Career Researchers… Continuer la lecture

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Du nouveau chez MiRoR : une interview de JPA Ioannidis et du matériel pédagogique excellent

Nous avons présenté en février 2017 le projet MiRoR (Methods in Research on Research) qui a plusieurs facettes. En novembre 2017 la nouvelle newsletter nous apporte des informations utiles : une interview du pape de la recherche sur la recherche, JPA Ioannidis de Stanford ; la vidéo est facile à écouter, avec un bon anglais, et il y a une… Continuer la lecture

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Premier et dernier auteurs font tout le boulot : bonnes données sur 12 000 articles du domaine ‘Sciences multidisciplinaires’

Nous avons analysé un article sur les contributions des auteurs d’une revue médicale ayant un système homogène pour les contributeurs, les Annals of Internal Medicine. Dans le même esprit, un article a été fait sur un corpus de 12 000 articles des revues scientifiques plus générales, Cet article, publié dans Science Advances en novembre 2017 a pour titre : « Authorship… Continuer la lecture

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Trois instituts de recherche anglais et la fondation B&M Gates rejoignent la plateforme de l’industrie pharma pour partager les résultats d’essais cliniques

C’est dans le NEJM que 4 financeurs de recherche, dont la recherche clinique, annoncent des avancées dans le partage des données des essais cliniques : Bravo. Le titre de cet article du 16 novembre 2017 : « Data Sharing from Clinical Trials — A Research Funder’s Perspective ». Les 4 signataires sont des représentants de : The Wellcome Trust, the Medical Research… Continuer la lecture

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Des valeurs de P embellies dans les revues prestigieuses : phénomène connu qui ne gêne personne

Bon article en juillet 2017 dans Journal of Clinical Epidemiology intitulé : »The distribution of P-values in medical research articles suggested selective reporting associated with statistical significance ». Il existe des données importantes sur le bricolage évident des statistiques dans les articles scientifiques, et ceci est une caractéristique transdisciplinaire, des sciences sociales, aux sciences de la vie et aux sciences dures !… Continuer la lecture

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L’aveuglement de notre communauté sur les mauvaises pratiques des chercheurs : du pain béni pour la presse grand public au Québec, en Suisse et en France

Simultanément, des médias grand public dénoncent les pratiques des chercheurs en septembre / octobre 2017… Inquiétant ? Oui, car cela montre clairement que la communauté scientifique n’est pas capable de diffuser le concept de conduire des recherches responsables. Les responsables laissent (voire incitent) des chercheurs honnêtes adopter des pratiques préjudiciables à la recherche. S’ils ne font rien, remercions les journalistes,… Continuer la lecture

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Les Registered Reports arrivent en médecine avec BMC Medicine

Nous avons exposé plusieurs fois le modèle Registered Reports développé d’abord par des revues de psychologie et neurosciences. Nous avons vu que BMC Biology était la première revue de biologie adoptant ce modèle. En médecine, la première revue adoptant les Registered Reports est BMC Medicine, par une annonce du 24 août 2017 sur le blog de BMC. Le groupe BMC… Continuer la lecture

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L’affaire Séralini versus Monsanto continue : tous menteurs dans une affaire qui nuit à la science… sans faits établis sur de bonnes méthodes, les croyances s’opposent

Tout est regrettable dans cette histoire compliquée à propos d’un premier article qui n’aurait pas dû être publié, qui n’aurait pas dû être rétracté sur des arguments faibles, qui n’aurait pas dû être republié avec d’autres complices, etc…. Mais jamais personne n’arrivera à s’entendre pour faire une très bonne étude collaborative qui pourrait apporter des arguments de réponse : il… Continuer la lecture

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Mieux décrire les interventions dans les revues systématiques.. 8 recommandations majeures

Bravo au groupe de travail réuni en juin 2016, dont les recommandations ont été publiées dans le BMJ (20 juillet 2017) en accès ouvert, dans la rubrique Research Methods and Reporting. Il s’agit de recommandations pour améliorer les revues systématiques. Nous avons vu tous les biais des revues systématiques, dont l’épidémie est inutile, trompeuse, voire dangereuse ! Diffusons ces recommandations… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : le rachat (redemption).. avec Registered reports, recommandations TOP, et une évaluation correcte de la recherche

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le dernier chapitre commence par se demander si ces dérives décrites… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 7, le péché du comptage de haricots ou l’astrologie moderne pour évaluer les chercheurs et la recherche

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le 7ème et dernier péché est The sin of bean counting…. Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 6, l’internement ou le refus d’ouvrir les données, le refus de l’Open Access…

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le péché numéro 6 peut paraître bizarre dans son intitulé :… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 5, le péché de corruption.. Combien sont devenus profs suite à un comportement frauduleux en début de carrière ?

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et le rachat sera proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 5 : The sin of corruptibility… le péché de corruption…. Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 3, le péché du manque de fiabilité car la reproductibilité est un mot tabou !

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et ensuite le rachat sera proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 3 : « The sin of unreliability ». Le péché du… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 2, le péché de la flexibilité cachée ou comment jouer avec le p-harking et le p-HACKing

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 2 : « The sin of hidden flexibility ». La flexibilité… Continuer la lecture

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Le partage des données progresse assez vite : 65 000 articles de PLOS ONE précisent comment accéder aux donnéee

Billet sur le blog de PLOS en mai 2017 pour faire le point sur le partage des données sources. Cette politique est devenue obligatoire pour PLOS ONE en mars 2014. Le bilan semble plutôt positif car 65 000 articles ont une mention sur l’accès aux données sources. Chaque article d’une revue du groupe PLOS doit décrire où sont archivées les… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 1, les biais, conséquence du ‘publie autant d’articles que possible avec des résultats positifs et nouveaux’

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff, et que j’ai rencontré, à propos des Registered Reports. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je vais reprendre chaque vendredi les 7 péchés, et voir ensuite le rechat proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre… Continuer la lecture

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Le peer-review, c’est jouer au loto…. tous les gagnants ont tenté leur chance

La communauté scientifique est plutôt passive… Je vois tant de choses monstrueuses que beaucoup ne les croient pas ! Les jeunes souffrent et ne peuvent rien dire en constatant les pratiques des seniors… J’ai relu un éditorial qui sommeillait sur une étagère… Il y en a beaucoup… Il s’agit d’un éditorial intitulé « Who is afraid of reviewers’ comments? Or why… Continuer la lecture

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Le partage des données des essais cliniques va devenir obligatoire selon l’ICMJE

C’est un sujet débattu, mais la déclaration de l’ICMJE (International Committee of Medical Journal Editors) vient conclure 18 mois de consultations. Que dit cet éditorial publié conjointement par les plus grandes revues (JAMA, BMJ, Lancet, NEJM, Annals Intern Med, et d’autres) ? les manuscrits soumis à des revues suivant l’ICMJE devront contenir une déclaration sur le partage des données sources… Continuer la lecture

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Significosis, Neophilia, Theorrhea, Arigorum, Disjunctivitis : 5 maladies de la recherche d’après Leadership Quarterly

Voici un extrait de l’abstract : However, five serious “diseases” stifle the production of useful research. These diseases include: significosis, an inordinate focus on statistically significant results; neophilia, an excessive appreciation for novelty; theorrhea, a mania for new theory; arigorium, a deficiency of rigor in theoretical and empirical work; and finally, disjunctivitis, a proclivity to produce large quantities of redundant,… Continuer la lecture

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Le modèle ‘Registered reports’ adopté par BMC Biology : un mouvement important pour l’intégrité de la biomédecine

Nous avons exposé le système de publications utilisé par des revues de psychologie et poussé par le Center for Open Science (Charlottesville, USA). Les Registered Reports sont une vraie innovation qui pourrait améliorer l’intégrité des articles : les chercheurs soumettent introduction méthodes, puis peer review et décsions d’une acceptation préliminaire (IPA pour In Principle Acceptance). Les chercheurs conduisent leurs recherches… Continuer la lecture

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Les avantages des modèles de partage de données en accès ouvert : une dizaine de projets de qualité

Partager les données semble raisonnable dans le domaine des essais randomisés, plutôt qu’une course permanente pour générer des données (d’ailleurs combien de patients sont inclus dans des essais dont les résultats ne sont jamais publics !). Le NEJM, dans un éditorial intitulé “Advantages of a Truly Open-Access Data-Sharing Model” liste des sites à explorer. Cet éditorial est signé par 8… Continuer la lecture

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La vie après avoir été puni pour fraude scientifique : la moitié des coupables poursuivent des recherches

La fraude scientifique a quelques caractéristiques intéressantes : petit risque pour grande récompense. Mais, ne vous imaginez pas qu’après condamnation, la vie scientifique s’arrête ! J’admets qu’un condamné puisse travailler après la décision, mais un ‘encadrement’ est nécessaire… Un chercheur de l’Université d’Illinois, Urbana, USA, a analysé un pool de 284 chercheurs qui ont été coupables de mauvaises conduites scientifiques,… Continuer la lecture

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Qui seront les auteurs des articles sur données partagées ? Le concept de ‘data author’ est proposé par le NEJM

Les financeurs, les institutions et les gens raisonnables poussent au partage des données. Par exemple avec l’essai SPRINT du NEJM ! Il y a tellement de données sous-exploitées que l’on pourrait faire une pause, les analyser et voir ensuite quelles recherches financer… plutôt que de continuer à fiancer des projets dont une partie ne donneront pas lieu à communication de… Continuer la lecture

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Les challenges éthiques concernant les big data sont à explorer… pour ne pas se moquer des personnes

La revue PLOS Computational Biology a une série d’articles sur les 10 règles simples, et j’ai souvent évoqué ces articles. Fin mars 2017, un nouvel article intitulé « Ten simple rules for responsible big data research ». En fait cet article est le résultat de 2 ans de concertations pour le Council of Big Data supporté par la National Science Foundation aux… Continuer la lecture

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La comparaison des publications d’essais randomisés n’a pas montré de différences selon le fait que le protocole ait été enregistré ou non

Des hypothèses, et travaux de faible puissance avaient suggéré que les résultats des essais dont le protocole avaient été enregistré étaient moins souvent ‘positifs’ que les non-enregistrés. Sur un grand nombre de publications, cette hypothèse n’a pas été confirmée. L’article du BMJ du 31 janvier 2017 intitulé ‘Association between trial registration and positive study findings: cross sectional study (Epidemiology Strudy… Continuer la lecture

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