Archives de catégorie : Méthodologie de recherche

Mieux décrire les interventions dans les revues systématiques.. 8 recommandations majeures

Bravo au groupe de travail réuni en juin 2016, dont les recommandations ont été publiées dans le BMJ (20 juillet 2017) en accès ouvert, dans la rubrique Research Methods and Reporting. Il s’agit de recommandations pour améliorer les revues systématiques. Nous avons vu tous les biais des revues systématiques, dont l’épidémie est inutile, trompeuse, voire dangereuse ! Diffusons ces recommandations… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : le rachat (redemption).. avec Registered reports, recommandations TOP, et une évaluation correcte de la recherche

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le dernier chapitre commence par se demander si ces dérives décrites… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 7, le péché du comptage de haricots ou l’astrologie moderne pour évaluer les chercheurs et la recherche

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le 7ème et dernier péché est The sin of bean counting…. Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 6, l’internement ou le refus d’ouvrir les données, le refus de l’Open Access…

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le péché numéro 6 peut paraître bizarre dans son intitulé :… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 5, le péché de corruption.. Combien sont devenus profs suite à un comportement frauduleux en début de carrière ?

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et le rachat sera proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 5 : The sin of corruptibility… le péché de corruption…. Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 3, le péché du manque de fiabilité car la reproductibilité est un mot tabou !

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et ensuite le rachat sera proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 3 : « The sin of unreliability ». Le péché du… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 2, le péché de la flexibilité cachée ou comment jouer avec le p-harking et le p-HACKing

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre 2 : « The sin of hidden flexibility ». La flexibilité… Continuer la lecture

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Le partage des données progresse assez vite : 65 000 articles de PLOS ONE précisent comment accéder aux donnéee

Billet sur le blog de PLOS en mai 2017 pour faire le point sur le partage des données sources. Cette politique est devenue obligatoire pour PLOS ONE en mars 2014. Le bilan semble plutôt positif car 65 000 articles ont une mention sur l’accès aux données sources. Chaque article d’une revue du groupe PLOS doit décrire où sont archivées les… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 1, les biais, conséquence du ‘publie autant d’articles que possible avec des résultats positifs et nouveaux’

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff, et que j’ai rencontré, à propos des Registered Reports. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je vais reprendre chaque vendredi les 7 péchés, et voir ensuite le rechat proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre… Continuer la lecture

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Le peer-review, c’est jouer au loto…. tous les gagnants ont tenté leur chance

La communauté scientifique est plutôt passive… Je vois tant de choses monstrueuses que beaucoup ne les croient pas ! Les jeunes souffrent et ne peuvent rien dire en constatant les pratiques des seniors… J’ai relu un éditorial qui sommeillait sur une étagère… Il y en a beaucoup… Il s’agit d’un éditorial intitulé « Who is afraid of reviewers’ comments? Or why… Continuer la lecture

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Le partage des données des essais cliniques va devenir obligatoire selon l’ICMJE

C’est un sujet débattu, mais la déclaration de l’ICMJE (International Committee of Medical Journal Editors) vient conclure 18 mois de consultations. Que dit cet éditorial publié conjointement par les plus grandes revues (JAMA, BMJ, Lancet, NEJM, Annals Intern Med, et d’autres) ? les manuscrits soumis à des revues suivant l’ICMJE devront contenir une déclaration sur le partage des données sources… Continuer la lecture

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Significosis, Neophilia, Theorrhea, Arigorum, Disjunctivitis : 5 maladies de la recherche d’après Leadership Quarterly

Voici un extrait de l’abstract : However, five serious “diseases” stifle the production of useful research. These diseases include: significosis, an inordinate focus on statistically significant results; neophilia, an excessive appreciation for novelty; theorrhea, a mania for new theory; arigorium, a deficiency of rigor in theoretical and empirical work; and finally, disjunctivitis, a proclivity to produce large quantities of redundant,… Continuer la lecture

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Le modèle ‘Registered reports’ adopté par BMC Biology : un mouvement important pour l’intégrité de la biomédecine

Nous avons exposé le système de publications utilisé par des revues de psychologie et poussé par le Center for Open Science (Charlottesville, USA). Les Registered Reports sont une vraie innovation qui pourrait améliorer l’intégrité des articles : les chercheurs soumettent introduction méthodes, puis peer review et décsions d’une acceptation préliminaire (IPA pour In Principle Acceptance). Les chercheurs conduisent leurs recherches… Continuer la lecture

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Les avantages des modèles de partage de données en accès ouvert : une dizaine de projets de qualité

Partager les données semble raisonnable dans le domaine des essais randomisés, plutôt qu’une course permanente pour générer des données (d’ailleurs combien de patients sont inclus dans des essais dont les résultats ne sont jamais publics !). Le NEJM, dans un éditorial intitulé “Advantages of a Truly Open-Access Data-Sharing Model” liste des sites à explorer. Cet éditorial est signé par 8… Continuer la lecture

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La vie après avoir été puni pour fraude scientifique : la moitié des coupables poursuivent des recherches

La fraude scientifique a quelques caractéristiques intéressantes : petit risque pour grande récompense. Mais, ne vous imaginez pas qu’après condamnation, la vie scientifique s’arrête ! J’admets qu’un condamné puisse travailler après la décision, mais un ‘encadrement’ est nécessaire… Un chercheur de l’Université d’Illinois, Urbana, USA, a analysé un pool de 284 chercheurs qui ont été coupables de mauvaises conduites scientifiques,… Continuer la lecture

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Qui seront les auteurs des articles sur données partagées ? Le concept de ‘data author’ est proposé par le NEJM

Les financeurs, les institutions et les gens raisonnables poussent au partage des données. Par exemple avec l’essai SPRINT du NEJM ! Il y a tellement de données sous-exploitées que l’on pourrait faire une pause, les analyser et voir ensuite quelles recherches financer… plutôt que de continuer à fiancer des projets dont une partie ne donneront pas lieu à communication de… Continuer la lecture

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Les challenges éthiques concernant les big data sont à explorer… pour ne pas se moquer des personnes

La revue PLOS Computational Biology a une série d’articles sur les 10 règles simples, et j’ai souvent évoqué ces articles. Fin mars 2017, un nouvel article intitulé « Ten simple rules for responsible big data research ». En fait cet article est le résultat de 2 ans de concertations pour le Council of Big Data supporté par la National Science Foundation aux… Continuer la lecture

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La comparaison des publications d’essais randomisés n’a pas montré de différences selon le fait que le protocole ait été enregistré ou non

Des hypothèses, et travaux de faible puissance avaient suggéré que les résultats des essais dont le protocole avaient été enregistré étaient moins souvent ‘positifs’ que les non-enregistrés. Sur un grand nombre de publications, cette hypothèse n’a pas été confirmée. L’article du BMJ du 31 janvier 2017 intitulé ‘Association between trial registration and positive study findings: cross sectional study (Epidemiology Strudy… Continuer la lecture

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Impératif : intéressez-vous aux sciences participatives.. le citoyen devient partie prenante de vos recherches

Les sciences et recherches participatives sont des formes de production de connaissances scientifiques auxquelles participent des acteurs de la société civile, à titre individuel ou collectif, de façon active et délibérée. Il s’agit de la définition adoptée par les signataires (20 mars 2017) de la Charte des sciences et recherches participatives en France. Je retiens dans cette charte que les… Continuer la lecture

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L’abandon de la valeur de P en statistiques : c’est parti…. mais la résistance au changement nous guette !

Des revues ont introduit explicitement dans leurs instructions aux auteurs qu’elles découragent l’utilisation de la valeur de P pour les significations statistiques (significatif si inférieur à 0,05) dans les articles de recherche, et ce mouvement devrait s’étendre. Exemples : La prestigieuse revue ‘Epidemiology’, dont le facteur d’impact est 6,075 (toujours 3 décimales !!), a dans ses instructions aux auteurs :… Continuer la lecture

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Registered Reports : un peer-review d’avenir pour sauver un système de publications à la dérive ?

J’ai eu l’honneur d’être invité en février 2017 par le Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon (CRNL) avec d’autres orateurs pour une journée sur l’intégrité scientifique. Bonne mentalité dans ce centre, cela se voit ! Le directeur, Olivier Bertrand a bien accueilli les plus de cent participants, et a situé les développements de l’intégrité en France. Christophers Chambers, Professor… Continuer la lecture

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Une revue systématique demande 61 semaines, environ 5 personnes, et inclut en moyenne 3 % des articles sélectionnés

La publication des revues systématiques explose.. et nous savons que certaines sont très très mauvaises ! Une équipe américaine a analysé 195 revues systématiques publiées (recherche le 1 juillet 2014) et dont les protocoles ont été déposés dans le registre PROSPERO. Cet article est dans BMJ Open de début mars 2017. Ce registre contenait 3 684 protocoles lors de la… Continuer la lecture

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Le NEJM veut favoriser le partage des données ! Et SPRINT est le premier exemple..

Depuis un an, le NEJM a publié plusieurs articles sur le partage des données, essentiellement le partage des données cliniques. Ces articles sont regroupés dans une collection. Des prises de position claire pour favoriser un partage presque impossible pour plusieurs raisons : la compatibilité des systèmes et la lourdeur des bases, et surtout la culture des chercheurs. Nous avons souvent… Continuer la lecture

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MIROR : découvrez cet excellent projet européen, et apprenez à bien organiser des Journal Clubs

Nous avons vu hier le principe du PPPR ou Post-Publication Peer Review. Il faut développer une culture pour corriger la littérature, et ceci demande motivation, rigueur des méthodes, et incitatifs divers à mettre en place. Les Journal Clubs existent dans de nombreuses universités, et départements hospitaliers quand les praticiens, les chercheurs et étudiants dédient un temps à la discussion d’un… Continuer la lecture

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Réplication des expériences dans la biologie du cancer : les 5 premières publications dans eLife montrent que c’est difficile

C’est un énorme projet sous l’égide du COS (Center for Open Science) à Charlottesville, dirigé par Brian Nosek. Fin avril 2015, Nature nous a informé sur les projets du COS, y compris l’objectif de reproduire 50 articles dans le domaine de la biologie du cancer. Fin août 2015, dans Science, ils ont montré qu’il était difficile de reproduire 40 %… Continuer la lecture

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Des registres d’études animales devraient être créés : pourquoi ? comment ? Il faut totalement revoir la recherche animale

Les registres de protocoles (avec dépôt ultérieur des résultats) en médecine clinique sont devenus obligatoires pour publier une recherche. Ces registres sont utilisés dans d’autres domaines, par exemple pour les revues systématiques. Le dépôt d’un protocole avant la recherche est une mesure pour s’assurer de l’intégrité de la recherche. Si des analyses non prévues au protocole sont faites à posteriori,… Continuer la lecture

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Enregistrez tous vos protocoles… de nombreux sites existent pour tous types de recherches

Le développement des registres pour déposer les protocoles est rapide. Les plus anciens ont été créés par les Agences de régulation des produits de santé, par exemple www.clinicaltrials.gov (bientôt 250 000 essais dans cette base), et il en existe quelques uns. Mais toutes les recherches ne sont pas des essais de produits de santé… et les revues veulent s’assurer que… Continuer la lecture

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Le S-Index (en plus du H-Index) pour valoriser les chercheurs qui partagent les données et collaborent

Dans le JAMA Psychiatry de janvier 2017, un viewpoint intitulé « Incentivizing data sharing and colaboration in medical research — The S-Index » nous incite à partager les données sources des recherches. Le début du viewpoint est : Sharing research data is a widely embraced ideal of academic medicine. Providing broad access to research data has the potential to stimulate progress in… Continuer la lecture

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Un mine d’or qui mérite d’être mieux connue : The James Lind Library

Cette bibliothèque a été créée en 2003, en reprenant des ressources existantes, et c’est Iain Chalmers qui a été l’initiateur, et toujours un des animateurs actifs. Le sous titre de la James Lind Library (JLL) est : « Illustrating the development of fair tests of treatments in health care » explique l’objectif. Je connais cette expérience britannique depuis le début, et je… Continuer la lecture

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D’urgence, il faudrait améliorer la description des effets indésirables dans les publications d’essais cliniques… mais qui va le faire ?

La publication des effets indésirables a toujours laissé à désirer ! Les articles sont focalisés sur l’efficacité des interventions dans les essais, et moins sur les effets indésirables. Pas besoin de vous donner des exemples, des comparaisons entre clinicaltrials.gov et articles l’ont montré.. Il y a quelques semaines, j’ai vu des chirurgiens comparant des complications de chirurgie entre des données… Continuer la lecture

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Les statisticiens peuvent détecter des fraudes dans les articles sur des essais randomisés quand ils en ont plusieurs d’une même équipe

C’est un article très détaillé que Neurology a publié après presque un an de discussions entre statisticiens (soumis 4 décembre 2015 et accepté 24 auût 2016). L’éditorial du rédacteur en chef, RA Gross, dévoile des discussions avec les 3 statisticiens qui relisent les articles de Neurology. L’article de MJ Bolland et al (Auckland, New Zealand) a évalué 33 essais randomisés… Continuer la lecture

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Les méthodologies et analyses de données de mauvaise qualité encouragent des résultats faux-positifs ou la sélection naturelle de la mauvaise science

C’est le constat fait par deux chercheurs et publié dans la revue ‘Royal society open science’ (21 septembre 2016) sous le titre ‘The natural selection of bad science’. En citation de cet article, il y a un tweet « J’ai participé à un grand nombre de comités de recherche, je ne me souviens pas de quelqu’un regardant les articles des… Continuer la lecture

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GREET : des lignes directrices pour écrire les interventions en éducation, très beau travail

Le domaine de la recherche en éducation est souvent décevant. Les études qualitatives sont souvent peu reproductibles, pour diverses raisons dont la mauvaise méthodologie. Un groupe d’experts en médecine factuelle vient de publier non seulement les 17 items de GREET (Guideline for Reporting Evidence-based practice Educational interventions and Teaching), mais aussi toutes les méthodes pour arriver à GREET. La description… Continuer la lecture

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Le partage des données est encore très loin d’être la norme : peu de revues biomédicales prestigieuses le demandent

C’est un preprint de PEERJ (donc un article n’ayant pas encore été reviewé) qui a estimé les politiques des revues concernant le partage des données sources par les auteurs. Nous savons que de rares revues l’imposent, comme BMJ par exemple. Par exemple, les instructions aux auteurs du BMJ contiennent ces phrases (et bien d’autres) : » For all research articles: we… Continuer la lecture

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Rédacteurs, participez au « Best practice journal research network ».. mais absence de rédacteurs français dans ces réseaux !

Bonne initiative expliquée dans un éditorial (10 octobre 2016) de BMC Medicine par D Moher (Ottawa) et Ph Ravaud (Paris). Tous deux sont engagés dans l’évaluation des publications, et ont contribué à faire avancer nos réflexions. Pourquoi avons-nous besoin d’un réseau de recherche sur les bonnes pratiques des revues ? Facile à admettre, tant nous rencontrons de chercheurs déçus par… Continuer la lecture

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Le future de la publication académique : une collection de 16 articles de F1000 Research

Cette collection mérite lecture avec 16 articles. Je les ai parcourus et vous propose de les archiver. Quelques articles qui m’ont intéressés : Vitek Traz est le fondateur (avec d’autres) de BioMedCentral, PubMedCantral, puis de F1000Research et autres projets ; il a une superbe expérience dans la publication des revues et livre son témoignage dans un éditorial intitulé « The five… Continuer la lecture

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Publications des essais cliniques : les recherches académiques ne font pas mieux que les industries de santé

La mise en ligne de données sur les publications des essais cliniques grâce à Ben Goldacre, fondateur de AllTrials, est une excellente nouvelle. Le mouvement AllTrials est supporté par de nombreuses revues biomédicales (BMJ, PLOS) et d’autres organisations comme la collaboration Cochrane. Une ambition : All trials registered, all trials reported. Voir ci-dessous la pétition signée par plus de 80… Continuer la lecture

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Le NEJM truste les publications sur les décès des volontaires sains : Biotrial va donner des points SIGAPS au CHU de Rennes

La publication dans le NEJM du 3 novembre 2016 des données cliniques de l’essai Biotrial (Rennes) me laisse perplexe. Le décès d’un volontaire sain est un accident grave que l’on ne peut pas admettre. Hier, 3 novembre, le NEJM publie un article, sous paywall ($ 20), intitulé « Acute neurologic disorder from an inhibitor of fatty acid amide hydrolase’ décrivant en… Continuer la lecture

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Il faut spécifier sexe et genre, voire les deux, dans les publications de recherche clinique : nos revues sont très en retard !

Nous avons présenté SAGER (Sex And Genger Equity in Research), et je vous incite à signer la déclaration de soutien à SAGER. Dans le JAMA de fin octobre 2016, un point de vue en accès libre est intitulé « Reporting sex, gender, or both in clinical research? ». Les deux signataires ont pour affiliations : Office of Research on Women’s Health, National… Continuer la lecture

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Série d’articles du NEJM sur les changements des essais cliniques : excellent

Depuis juin 2016, le NEJM a régulièrement publié des articles sur les essais cliniques. Cette rubrique était annoncée : « We plan to cover new trial designs, current issues related to the performance of clinical trials, how to deal with unexpected events during the progress of trials, difficulties in the interpretation of trial findings, and challenges faced by specific sectors of… Continuer la lecture

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