Archives de catégorie : Biais

Les 7 péchés mortels de la science : le rachat (redemption).. avec Registered reports, recommandations TOP, et une évaluation correcte de la recherche

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je reprend chaque vendredi un des 7 péchés, et voir ensuite le rachat proposé dans le dernier chapitre. Le dernier chapitre commence par se demander si ces dérives décrites… Continuer la lecture

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Imbrogliotazone

La famille pharmacologique des « glitazones » appartient à la grande classe dite des « antidiabétiques oraux » dont le but est de faire baisser le taux de sucre dans le sang. La rosiglitazone, premier médicament de cette famille, cumulait les quatre défauts de … Continuer la lecture Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 1, les biais, conséquence du ‘publie autant d’articles que possible avec des résultats positifs et nouveaux’

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff, et que j’ai rencontré, à propos des Registered Reports. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je vais reprendre chaque vendredi les 7 péchés, et voir ensuite le rechat proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre… Continuer la lecture

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Significosis, Neophilia, Theorrhea, Arigorum, Disjunctivitis : 5 maladies de la recherche d’après Leadership Quarterly

Voici un extrait de l’abstract : However, five serious “diseases” stifle the production of useful research. These diseases include: significosis, an inordinate focus on statistically significant results; neophilia, an excessive appreciation for novelty; theorrhea, a mania for new theory; arigorium, a deficiency of rigor in theoretical and empirical work; and finally, disjunctivitis, a proclivity to produce large quantities of redundant,… Continuer la lecture

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Les chercheurs italiens utilisent des pratiques préjudiciables en recherche dans plus de 50 % des articles (comme les américains)

Il s’agit d’une étude faite en Italie en utilisant le même questionnaire que celui qui a été utilisé aux USA. L’article est dans PLOS ONE, en mars 2017, avec pour titre : « Questionable research practices among italian research psychologists » Pour les italiens, il y avait 277 réponses…. et pour les US 2000 psychologues. Les résultats donnent le vertige…il s’agit de… Continuer la lecture

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Que vont devenir les professions qui ont une majorité de femmes en début de carrière : l’égalité des sexes pour demain ?

Les spécialités changent avec la disparité des sexes qui évolue vite : la science serat-elle féminine ou pas ? Il s’agit d’une analyse originale du changement de la discipline épidémiologie par des chercheurs des NIH aux USA. La publication dans le numéro de mars 2017 de la meilleure revue de la spécialité, Epidemiology, a pour titre « The changing face… Continuer la lecture

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Pour les élections, prenez le nouveau médicament

En ces périodes de verbiages politiques, chacun assène sa vérité chiffrée, reprochant à l’autre camp d’avoir fait monter les mauvais chiffres (chômage, immigration, dette) ou d’avoir fait baisser les bons (pouvoir d’achat, nombre de professeurs). Ces chiffres rabâchés avec un … Continuer la lecture Continuer la lecture

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L’abandon de la valeur de P en statistiques : c’est parti…. mais la résistance au changement nous guette !

Des revues ont introduit explicitement dans leurs instructions aux auteurs qu’elles découragent l’utilisation de la valeur de P pour les significations statistiques (significatif si inférieur à 0,05) dans les articles de recherche, et ce mouvement devrait s’étendre. Exemples : La prestigieuse revue ‘Epidemiology’, dont le facteur d’impact est 6,075 (toujours 3 décimales !!), a dans ses instructions aux auteurs :… Continuer la lecture

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Registered Reports : un peer-review d’avenir pour sauver un système de publications à la dérive ?

J’ai eu l’honneur d’être invité en février 2017 par le Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon (CRNL) avec d’autres orateurs pour une journée sur l’intégrité scientifique. Bonne mentalité dans ce centre, cela se voit ! Le directeur, Olivier Bertrand a bien accueilli les plus de cent participants, et a situé les développements de l’intégrité en France. Christophers Chambers, Professor… Continuer la lecture

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Point de vue dans le JAMA sur les biais des recrutements académiques : des biais de recrutements existent-ils hors USA ?

Le nouveau rédacteur du JAMA a introduit depuis 2/3 ans une rubrique viewpoint qui permet de publier en général au moins 4 articles de type éditorial par numéro. Ce sont des prises de position très américaines, mais assez engagées. Dans le numéro du 27 décembre 2016, j’ai lu avec intérêt le viewpoint intitulé « Reducing bias in academic search committees » en… Continuer la lecture

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Biais de participation

Une étude sociologique dans les usines électriques Hawthorne a été réalisée dans les années 1920 pour étudier différents facteurs susceptibles d’augmenter la productivité des ouvrières. Pour cela, les ateliers avaient été séparés en deux groupes, les uns où les conditions … Continuer la lecture Continuer la lecture

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Comment s’établit la vérité scientifique ? Passer les bons messages au grand public est important, en particulier sur les embellissements des articles

Science & pseudo-sciences est l’excellente revue de l’AFIS (Association Française pour l’Information Scientifique) avec pour objectif d’apporter des preuves en face de toutes ces inepties qui sont dans les médias. Il y a beaucoup de désinformations avec des arguments douteux ou sans arguments, venant de tous ces lobbies de bobos qui n’ont aucune rigueur, ni connaissance scientifique. Le numéro 318… Continuer la lecture

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Revue systématique sur des médicaments : utilisez les rapports cliniques plutôt que les publications incomplètes

Un article de quelques pages ne peut pas contenir toutes les informations d’un rapport d’étude clinique qui fait parfois 1000 pages… C’est un problème ignoré par ceux qui font des revues systématiques, voire des méta-analyses à partir de publication. L’article de l’équipe du centre Cochrane nordique, pour 7 essais sur l’orlistat, a comparé les publications avec les protocoles et les… Continuer la lecture

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Trop de revues systématiques et de méta-analyses d’après JPA Ioannidis : une épidémie inutile, trompeuse voire dangereuse

C’est un article fleuve de 30 pages paru dans The Milbank Quaterly en septembre 2106, avec le titre « The mass production of redundant, misleading, and conflicted systematic reviews and meta-analysis » a un seul auteur. Cet auteur est prolifique, et c’est un bon chercheur : JPA Ioannidis, de Stanford, USA. Une interview de JPA Ioannidis dans Retraction Watch vous permet de… Continuer la lecture

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QRPs: Questionable Research Practices… plus je cherche dans les articles, plus je trouve

Plus nous analysons les articles scientifiques, plus nous découvrons que des manipulations de type ‘Pratiques discutables en recherche’ sont fréqentes ! Par exemple, les fondateurs de PubPeer expliquent que la plupart des suspicions discutées ne donnent jamais lieu à investigation, même si l’institution est informée. Ceci existe dans la plupart des disciplines scientifiques, et nous avons déjà évoqué la discipline… Continuer la lecture

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Définir le ‘biais de publication’ : impossible ! mais très bonne approche (scoping review) des rôles de tous les acteurs…

Il s’agit d’une nouvelle publication du projet OPEN dont nous avons présenté en décembre 2015 les recommandations pour la publication des résultats négatifs. Le projet OPEN (to Overcome failure to Publisf nEgative fiNdings) est intéressant, et vous pouvez consulter une vidéo de présentation sur le site Cochrane français. En décembre 2015, BMJ Open a publié un article intitulé « Bias in… Continuer la lecture

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Est-ce que le BMJ est une revue plus intègre que le NEJM ? Voir l’essai ROCKET AF

Un éditorial du 3 février dans le BMJ signale qu’il existe des doutes sur un article du NEJM : Rivaroxaban:can we trust the evidence? L’éditorial est bien écrit, sans accuser fortement, mais mettant en évidence des suspicions sur l’essai ROCKET AF publié en septembre 2011 : Rivaroxaban versus Warfarin in Nonvalvular Atrial Fibrillation. Il s’agit d’un grand essai avec plus… Continuer la lecture

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Encore des divergences entre protocoles et publications : essais randomisés en oncologie

Il y a beaucoup de données sur cette question, et l’article « From protocols to publications: a study in selective reporting of outcomes in randomized trials in oncology », publié par des oncologues américains dans Journal of Clinical Oncology (JCO), confirme qu’il faut agir. Ils ont analysé 74 essais randomisés (oncologie) publiés en 2012 dans JCO (55), NEJM (17) et The Lancet… Continuer la lecture

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Les résultats des essais cliniques industriels seraient 4 fois plus favorables que ceux des essais académiques (NIH) pour des phases 3, avant publication

Décembre 2015 : The American Journal of Cardiology. Cette étude américiane a l’avantage de comparer les résultats d’essais cliniques de phase 3 à partir du registre www.clinicaltrials.org. Dans ce registre, les chercheurs doivent déposer les résultats principaux, en principe moins d’un an après la dernière visite du dernier patient inclus. Cette étude élimine les biais de publication qui ont toujours… Continuer la lecture

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Les résultats de 2/3 des essais des nouveaux médicaments (FDA) de 2012 ont été publics : insuffisant !

Belle étude (BMJ Open, novembre 2015) montrant que les régulations ne sont pas suivies ! Nous savons que la publication des résultats des essais cliniques est obligatoire, que ce soient d’après les recommandations de l’OMS, de la FDA et des autres agences d’enregistrement de médicaments. D’ailleurs, aux USA, une pénalité de 10 000 $ par jour de retard pourrait être… Continuer la lecture

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Il faut publier les résultats négatifs : des recommandations bien faites mais vont-elles changer des pratiques ?

L’article intitulé « Evidence-informed recommendations to reduce dissemination bias in clinical research: conclusions from the OPEN (Overcome failure to Publish nEgative fiNdings) project based on an international consensus meeting » mérite non seulement lecture, mais sa mise en oeuvre si possible.. Projet de l’Union Européenne, coordonné par le centre Cochrane allemend. Publication dans BMJ Open en mai 2015. Il s’agit des recommandations… Continuer la lecture

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Truvada, houlala !

Le Truvada® est une association de deux antirétroviraux, déjà utilisée dans le traitement du SIDA, et qui vient d’obtenir une autorisation temporaire d’utilisation (ATU) en France dans la prévention chez les sujets à risque (homosexuels masculins à rapports multiples, acteurs … Continuer la lecture Continuer la lecture

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Ne pas communiquer ses données sources a été une cause de rétractation d’un article, donc il faut rétracter des recherches de La Pitié Salpétrière !

Il s’agit d’un cas de rétractation particulier dans une revue obscure, mais la leçon peut intéresser. Il s’agit d’un article intitulé “The effect of food service system modifications on staff body mass index in an industrial organization” dans le Journal of paramedical science (JPS. Winter 2015 ; vol 6). C’est une revue iranienne sans notoriété. Des américains ont mis en… Continuer la lecture

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Obscurantisme officiel ou alternatif

Jusqu’au début du XX° siècle, toutes les thérapies ont reposé sur l’empirisme et la subjectivité. Puis des médicaments comme l’insuline, les antibiotiques, l’héparine, et quelques autres, avec leurs supports théoriques parfaits et leurs preuves statistiques incontestables, ont permis de faire … Continuer la lecture Continuer la lecture

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Les biais opportunistes : longue liste de pratiques de recherche discutables… par des psychologues américains.. super

Cet article de 16 pages a été publié en septembre 2015 dans une revue de psychlogie « American Psychologist » et il décoiffe ! Des articles sur les biais en général ont été publiés, mais celui-ci est assez bien écrit, complet et avec des propositions d’actions. Les psychologistes américains ont beaucoup à nous apprendre : ce sont eux qui ont les meilleures… Continuer la lecture

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PCR (Publish, Cite, Reward) : une société propose de 100 à 3000 $ (selon facteur d’impact) si vous citez ses produits dans vos articles

C’est le blog Retraction Watch (14 août 2015) qui nous a informé d’une stratégie nouvelle par une société américaine Cyagen. Cyagen est une société basée en Californie et en Chine, fondée en 2005 avec 200 employés en 2015, et qui fournit des animaux, des cellules, des vecteurs DNA, des milieux de culture et autres produits de laboratoire. Cette société a… Continuer la lecture

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Est-ce que le pourcentage des publications dites ‘positives’ des grands essais cliniques a diminué depuis l’enregistrement obligatoire des protocoles (en 2000) ?

Cette image est extraite d’un article de PLOS ONE du 5 août 2015 intitulé : « Likelihood of Null Effects of Large NHLBI Clinical Trials Has Increased over Time ». Sur cette figure, le trait vertical correspond à l’année 2000, année d’exigence d’enregistrement des protocoles d’essais cliniques dans le registre américain www.clinicaltrials.gov Cette étude a concerné 55 essais cliniques : 30 ont… Continuer la lecture

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Plus de 50 % des études précliniques ne sont pas reproductibles, et 28 milliards de dollars sont gaspillés annuellement aux USA

La non reproductibilité des études fondamentales et des études animales est un problème important avec des coûts majeurs et des conséquences sur les malades qui espèrent des traitements. Cet article du 9 juin 2015 dans PLOS Biology fait très peur : « The economics of reproducibility in preclinical research ». Il récapitule d’abord les données de non reproductibilité d’expérimentations précliniques documentées sur… Continuer la lecture

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Présentez correctement vos figures car trop souvent les lecteurs sont trompés

Article didactique dans PLOS Biology (avril 2015) : il devrait être lu (et compris) par tout auteur d’article original. Une figure vaut mieux qu’un long discours, aussi j’ai reproduit une figure de l’article sans sa légende de 7,5 lignes. Le message est simple : des dispersions différentes peuvent être représentées par la même figure avec deux barres verticales. DANGER DANGER… Continuer la lecture

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Toujours les biais de publication des essais médicamenteux : cas des indications ‘anxiété’ des antidépresseurs de seconde génération

Voici le début de la discussion de cet excellent article du JAMA Psychiatry (25 mars 2015) par des auteurs hollandais et américains : « The present study shows the presence of reporting bias in randomized clinical trials on the efficacy of second-generation antidepressants for anxiety disorders. Trials that the FDA judged to be positive were greater than 5 times more likely… Continuer la lecture

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Les chercheurs oublient plus vite les articles que dans le passé ! Car il y en a beaucoup trop…

C’est un article difficile à lire et qui a reçu une certaine publicité (Slate France par exemple). Cet article conforte des hypothèses que nous avons, à savoir que les articles sont cités sur une courte période et ensuite oubliés totalement…. Article publié dans ArXiv, Physique et avec un titre « Attention decay in science » que l’on peut traduire par ‘Détérioration de… Continuer la lecture

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Les programmes scientifiques français de TV ne reflètent pas l’évolution du savoir : la sélection des experts serait biaisée

Dans mon billet du 18 février 2015, j’ai analysé un article sur la (mauvaise) qualité des programmes TV américains dans le domaine de la santé. Je concluais en regrettant l’absence de données françaises… erreur, erreur car un excellent article a été publié en février 2015 par une équipe de Bordeaux dans ‘Public Understanding of Science’, une bonne revue du groupe… Continuer la lecture

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Fraude et essai clinique biaisé. La détection des fraudes permet-elle d’exclure les essais cliniques biaisés ?

La fraude regroupe selon la justice fédérale américaine trois types d’actions. 1. La fabrication de données 2. La falsification de données 3. Le plagiat (et le vol de données) La démonstration de la fraude nécessite trois conditions : un écart par rapport aux pratiques, le caractère intentionnel, en toute connaissance ou par négligence coupable (imprudence) […] Continuer la lecture

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Une recherche ‘vraie’ publiée dans TheBMJ a montré que les communiqués de presse en santé sont embellis, et accuse les universitaires !

Ce n’est pas la première fois que l’on évoque les communiqués de presse des chercheurs du domaine de la santé pour dire qu’ils sont assez optimistes. Cette étude publiée dans TheBMJ du 10 décembre 2014 est bonne par sa méthodologie. Cet article contient une note qui nous permet d’accéder aux données sources du travail ! TheBMJ fait partie des revues… Continuer la lecture

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Biais cognitifs : faut-il supprimer les affiliations des auteurs des articles de recherche pour diminuer les biais ?

Question surprenante, mais qui peut se comprendre, exposée dans le BMJ du 3 novembre 2014. Imaginez que vous ayez à lire le même article avec le même auteur, mais dans un cas l’affiliation est ‘Department of…., Harvard, Boston’, et dans l’autre ‘Department of…., Université inconnue, Asie ou Europe de l’Est’. Considérez-vous cet article de la même manière selon son origine… Continuer la lecture

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Les domaines de la recherche communiquent peu entre eux, même quand les problématiques sont semblables, comme le gaspillage de la recherche

Il est rassurant de voir que les problématiques de la recherche sont assez semblables entre les domaines de recherche, mais les chercheurs travaillent en silo dans leurs domaines. Cet exemple m’est venu en lisant un rapport de l’IFPRI (International Food Policy Research Institute) à Washington DC, USA. Un rapport d’octobre 2014, intitulé « Evidence-based research and its effect on policy making »,… Continuer la lecture

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Etude excellente qui va à l’encontre d’idées reçues : pas de biais dans les essais randomisés supportés par l’industrie, en comparaison avec des essais non-industriels (cas des statines)

Cet article du BMJ du 3 octobre 2014 est impressionnant par la description détaillée des méthodes de travail et par tout ce qui a été fait pour limiter les biais. Il mérite lecture, avec attention et un peu de temps : la méthode de ces méta-analyses en réseau semble compliquée. Les figures montrent bien les comparaisons faites. Cet article de… Continuer la lecture

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Les errata dans les publications médicales : bonne recherche sur 557 errata dont 24,2 % concernaient des erreurs graves

Rares sont les articles sur la qualité des errata dans les publications médicales, et cet analyse d’accès libre, parue dans The American Journal of Medicine, août 2014, est très originale. Pas étonnant d’apprendre que les errata dans les revues ne sont pas uniformes. Les auteurs de St Louis et Salt Lake City (USA) ont fait un bon travail, bonnes méthodes… Continuer la lecture

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Un problème éthique ignoré : la non-communication des résultats d’essais cliniques… Abuse-t-on des malades ?

Les résultats des essais cliniques sont insuffisamment communiqués au public.Ces données proviennent d’une publication de juillet 2014 dans PLOS ONE : « How frequently do the results from completed US clinical trials enter the public domain? – A statistical analysis of the clinicaltrials.gov database. » Cela ne gêne personne dans cet aveuglement organisationnel de nos systèmes de santé… on avance sans regarder… Continuer la lecture

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Le JAMA aurait violé les standards éthiques des revues biomédicales et l’intégrité scientifique

L’accusation est très grave, et l’Androgen Study Group (AGS) veut le licenciement du rédacteur en chef du JAMA. Il s’agit d’une lettre de 13 pages adressée le 1 août 2014 à Edward H Shorhtliffe, chairman du comité d’éthique du JAMA. Trente deux sociétés médicales, 160 chercheurs de 32 pays demandent la rétractation d’un article de novembre 2013 pour “gross data… Continuer la lecture

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