Archives de catégorie : Archives

Les avantages des modèles de partage de données en accès ouvert : une dizaine de projets de qualité

Partager les données semble raisonnable dans le domaine des essais randomisés, plutôt qu’une course permanente pour générer des données (d’ailleurs combien de patients sont inclus dans des essais dont les résultats ne sont jamais publics !). Le NEJM, dans un éditorial intitulé “Advantages of a Truly Open-Access Data-Sharing Model” liste des sites à explorer. Cet éditorial est signé par 8… Continuer la lecture

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Les challenges éthiques concernant les big data sont à explorer… pour ne pas se moquer des personnes

La revue PLOS Computational Biology a une série d’articles sur les 10 règles simples, et j’ai souvent évoqué ces articles. Fin mars 2017, un nouvel article intitulé « Ten simple rules for responsible big data research ». En fait cet article est le résultat de 2 ans de concertations pour le Council of Big Data supporté par la National Science Foundation aux… Continuer la lecture

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Enregistrez tous vos protocoles… de nombreux sites existent pour tous types de recherches

Le développement des registres pour déposer les protocoles est rapide. Les plus anciens ont été créés par les Agences de régulation des produits de santé, par exemple www.clinicaltrials.gov (bientôt 250 000 essais dans cette base), et il en existe quelques uns. Mais toutes les recherches ne sont pas des essais de produits de santé… et les revues veulent s’assurer que… Continuer la lecture

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Les meilleurs articles 2016 du NEJM en accès libres : collection majeure !

C’est une initiative irrégulière du NEJM, à savoir compiler des articles en un seul pdf. Il s’agit d’une collection avec les abstracts des articles majeurs de 2016 avec les éditoriaux qui les accompagnent. Le pdf complet est téléchargeable gratuitement pour quelques semaines, avec liens aux articles. Il est intéressant à parcourir et il peut être gardé en archive (à cette… Continuer la lecture

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Un mine d’or qui mérite d’être mieux connue : The James Lind Library

Cette bibliothèque a été créée en 2003, en reprenant des ressources existantes, et c’est Iain Chalmers qui a été l’initiateur, et toujours un des animateurs actifs. Le sous titre de la James Lind Library (JLL) est : « Illustrating the development of fair tests of treatments in health care » explique l’objectif. Je connais cette expérience britannique depuis le début, et je… Continuer la lecture

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BMJ de Noël 2016 : entre humour et compassion… à lire tranquillement

Le numéro de Noël du BMJ est toujours un moment agréable, et sa lecture est passionnante. C’est un numéro décalé avec des articles humoristiques, et des articles sérieux. Je ne peux détailler tout le contenu, mais quelques points méritent commentaires : il y a 6 éditoriaux très politiquement engagés sur les difficultés humanitaires de notre monde ; l’éditorial de présentation… Continuer la lecture

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Le partage des données est encore très loin d’être la norme : peu de revues biomédicales prestigieuses le demandent

C’est un preprint de PEERJ (donc un article n’ayant pas encore été reviewé) qui a estimé les politiques des revues concernant le partage des données sources par les auteurs. Nous savons que de rares revues l’imposent, comme BMJ par exemple. Par exemple, les instructions aux auteurs du BMJ contiennent ces phrases (et bien d’autres) : » For all research articles: we… Continuer la lecture

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La recherche ouverte en Angleterre : une charte avec 10 principes… et le chemin sera long voire très long !

Fin juillet 2016, les universités anglaises ont proposé 12 principes pour la recherche ouverte. Il s’agit d’un rapport de 24 pages simple et facile à lire « Concordat on Open Research Data ». Pour chaque principe, il y a environ une page d’explications. Dans les annexes, des références pour chaque principe, références qui permettent de tout avoir sur ce thème. Ce n’est… Continuer la lecture

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Qui télécharge des articles piratés ? Tout le monde ?

Le phénomène est important, et John Bohannon, journaliste américain ayant publié plusieurs analyses dans Science, en particulier après avoir piégé des revues, vient d’écrire un long article très documenté sur le piratage des articles le 29 avril 2016. C’est dans Sciencemag. Les chercheurs n’aiment pas avoir à payer pour accéder à un article, et Sci-Hub propose ces articles ! Il… Continuer la lecture

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Partage de données, archivage des données sources : encore compliqué mais les registres sont nombreux

Des revues sont en avance et imposent des démarches aux auteurs des manuscrits acceptés. Par exemple, depuis début 2015, tous les articles de recherche du BMJ contiennent un lien vers le protocole (accès ouvert et gratuit), et un lien vers les données sources, ou comment pouvoir les consulter (parfois des codes et/ou autorisations sont nécessaires). Les groupes les plus avancés… Continuer la lecture

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L’ICMJE (groupe de Vancouver) va imposer le partage des données des essais cliniques… cela deviendra commun pour toute recherche

Nous avons souvent évoqué le fait que l’accès aux données sources soit trop difficile… sans dire que l’accès devrait être public, car un accès sous réserve d’autorisations est acceptable. Un éditorial « Sharing the clinical trial data » de l’International Committee of Journal Editors (ICMJE) a été publié simultanément dans 14 revues : Annals of Internal Medicine, The BMJ, Canadian Medical Association… Continuer la lecture

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100 recherches en psychologie : moins de 50 % ont été reproduites ; collaboration et transparence devraient être obligatoires en recherche

C’est un projet exceptionnel dont nous avons présenté les résultats préliminaires le 18 mai 2015. Les résultats complets ont été publiés par la revue Science le 28 août 2015, en accès libre (La rédactrice en chef de Science est dans le board de Center for Open Science). Arrêtons de gaspiller, commençons par reproduire ce qui a été fait une fois… Continuer la lecture

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Les 20 ans du BMJ électronique : les 20 articles sélectionnés confirment l’intérêt pour les bonnes méthodes de recherche

Pour fêter les 20 ans du format électronique, le BMJ propose aux lecteurs de voter pour les meilleurs articles. La sélection des 20 articles sélectionnés a été faite par 20 experts, et des lecteurs ont regretté l’oubli d’articles… Ces articles confirment le militantisme du BMJ pour les bonnes pratiques, contre le gaspillage de la recherche, avec le scandale MMR/ROR, le… Continuer la lecture

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L’OMS aboie dans le vide : il faut publier les résultats des essais cliniques.. il faudrait un indicateur du taux de publication par promoteur

Félicitons l’OMS pour ses efforts en faveur de la publication des résultats des essais : en 2005, appel pour enregistrer les protocoles des essais clinqiues et mise en place de ‘International Clinical Trials Registry Platform (ICTRP). En 2015, nouvelle déclaration qu’il faut applaudir ; il s’agit du WHO Statement on Public Disclosure of Clinical Trial Results. C’est intéressant et utile,… Continuer la lecture

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Est-ce que l’archivage de la science va être transféré des bibliothèques vers les revues ou d’autres organisations ?

Sur 180 pages du rapport STM 2015, il y a beaucoup d’informations. Nous avons analysé les articles peu cités (2 avril), les grandes maisons d’éditions (30 mars), les termes pre/post print (25 mars), l’impact des technologies (23 mars). En page 81, il y a un paragraphe ‘Long term preservation’ qui mérite discussion. Dans le passé, les revues étaient archivées et… Continuer la lecture

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Les chercheurs oublient plus vite les articles que dans le passé ! Car il y en a beaucoup trop…

C’est un article difficile à lire et qui a reçu une certaine publicité (Slate France par exemple). Cet article conforte des hypothèses que nous avons, à savoir que les articles sont cités sur une courte période et ensuite oubliés totalement…. Article publié dans ArXiv, Physique et avec un titre « Attention decay in science » que l’on peut traduire par ‘Détérioration de… Continuer la lecture

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Oubliez les termes pre-print, post-print, etc… mais quels jargons pour qualifier les articles scientifiques ?

Le rapport STM 2015 propose les classifications des articles selon leur version. C’est utile car avec les nouveaux modèles de communication (archives ouvertes, revues en open access,..) des versions différentes du même article sont maccessibles en lignes… Les termes pre-print (manuscrit initial de l’auteur, voire manuscrit accepté par une revue), et post-print (manuscrit accepté) doivent être abandonnés (je les utilise… Continuer la lecture

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La lente agonie du pdf : l’article du futur est bien supérieur

Lors de formation, je suis justement critiqué quand j’explique que le pdf ne représente plus les articles scientifiques et qu’il faut abandonner ce format pour lire un article ! Lisez un article du Guardian le 11 février 2015 intitulé « Researchers: it’s time to ditch the pdf ». Je cite : ‘le pdf, c’est comme le tiroir de votre bureau : un… Continuer la lecture

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Le partage des données devient une réalité pour plus de 1200 essais cliniques supportés par l’industrie

Le NEJM a publié en octobre 2014 les données de l’utilisation d’une initiative lancée en mai 2013. Il s’agit du site Clinical Study DataRequest.com. Les premiers résultats sont intéressants. Vous pouvez aller sur ce site et pour bientôt 11 industries Astellas, Bayer, Boehringer Ingelheim, GSK, Lilly, Novartis, Roche, Sanofi, Takeda, UCB and ViiV Healthcare, vous pouvez consulter des données des… Continuer la lecture

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La science est en crise : améliorons d’urgence nos pratiques en archivant les données

L’impression d’un appel aux sourds que cet éditorial dans College & Research LIbraries en décembre 2014. Il vaudrait mieux entendre cet appel. Que nous dit Heather Coates qui est ‘digital scholarship and data management librarian’ aux USA ? La recherche académique moderne est en crise avec une perte de crédibilité et un risque de perdre des données ; la crise… Continuer la lecture

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Partage des données sources : est-ce que réellement les chercheurs sont favorables… j’ai des doutes

Régulièrement, je rejoins les divers groupes qui militent pour la transparence des données. C’est plus facile à dire qu’à mettre en pratique, dans un monde qui a toujours été habitué au travail solitaire dans uen équipe, à la compétition et autres habitudes. Un billet de The Scholarly kitchen du 11 novembre nous aide à réfléchir : ‘To share or not… Continuer la lecture

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Traçabilité des essais cliniques : du protocole aux publications… Un nouveau projet : ‘The Linked Reports of Clinical Trials’

C’est une démarche importante dans la transparence des données provenant des essais cliniuqes. La revue Trials a publié en septembre 2014 un éditorial décrivant ce projet. Depuis un an, cette revue a ouvert le dialogue sur cette initiative, notamment sur le blog de BMC.Le principe est simple, mais encore faut-il le mettre en oeuvre, et pour cela CrossMark pourrait être… Continuer la lecture

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Pourquoi enregistrer les protocoles de recherche ? L’European Journal of Anaesthesiology va exiger ces enregistrements

L’enregistrement des protocoles de recherche devrait être une routine pour des chercheurs.. mais nombreuses sont les recherches conduites sans protocole.. Pour obtenir des ressources, en particulier en recherche clinique, il faut un projet formalisé, et en général un protocole est évalué. Pour les essais cliniques randomisés, c’est en 2005 que les rédacteurs de ICMJE (groupe de Vancouver) ont exigé l’enregistrement… Continuer la lecture

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Les bagarres entre auteurs ne finissent jamais.. et peuvent durer 50 ans. Exemple de la trisomie 21

Félicitons Stéphane Huet pour son article dans Libération (30 septembre 2014) qui nous rappelle une histoire que j’avais oubliée. La paternité de la découverte de la trisomie 21 doit être attribuée à Marthe Gautier (89 ans en 2014) et non pas à Jérôme Lejeune. Je suis un observateur qui n’a pas les témoignages de tous les acteurs. J’ai tendance à… Continuer la lecture

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Couvertures du JAMA : plus d’oeuvres d’art depuis 2012 mais des illustrations et / ou un sommaire aride !

La couverture du JAMA 2014 est maintenant un sommaire avec les titres des articles.. Donc abandon des tableaux sélectionnés dans les musées : ils étaient choisis et commentés par MT Southgate ! Pendant une période intermédiaire, le JAMA a choisi des illustrations, en janvier 2012. L’abandon des tableaux est lié non seulement à l’arrivée d’un nouveau rédacteur en chef, mais… Continuer la lecture

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Les revues du groupe PLOS exigent un accès aux données sources des publications : vont-ils mettre en oeuvre cette décision ?

Editorial conjoint des rédacteurs de PLOS Medicine et PLOS Biology, engageant les 7 revues de PLOS (en date du 25 février) et qui dit : « Ultimately, our viewpoint is quite simple: Ensuring access to the underlying data should be an intrinsic part of the scientific publishing process. » Logique et pas beaucoup de fantaisie : les données sources font partie des… Continuer la lecture

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Accès aux données de la recherche : transparence ou protection ? Journée de l’Institut Maurice Rapin

Les diapos de la journée du 7 février sur l’accès aux données de la recherche sont téléchargeables sur le site de l’Institut Maurice Rapin. La journée était passionnante avec de bons débats. Voici le programme, avec en gras les diaporamas disponibles : Les données de la recherche entre le partage et l’échange. Michel AUTHIER Le concept de transparence des données… Continuer la lecture

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Vancouver/ICMJE : nouveau site et surtout engagement pour le mouvement sur le partage des données des essais cliniques

Début février 2014, l’International Committee of Medical Journal Editors (ICMJE) ou groupe de Vancouver a relooké son site internet sans réellement charger le contenu. Ce n’est pas une révolution ! Mais beaucoup plus important, c’est l’engagement du comité dans le mouvement du partage des données des essais cliniques. Depuis quelques années, il existe des mouvements, essentiellement dirigés vers l’industrie pharmaceutiques… Continuer la lecture

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Encore des archives perdues ! C’est anormal, car beaucoup d’articles ne permettent pas l’accès aux données sources

C’est une rétractation bizarre, car dans le NEJM, et parce que la raison est que des auteurs indiens n’ont pas pu vérifier des données, après avoir observé des erreurs. L’article a été publié en décembre 2011, et la rétractation en novembre 2013 : moins de 2 ans après la publication… plus d’archives !!!!! Voici la note de rétractation : « En… Continuer la lecture

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Le registre des archives ouvertes : un bon registre mais quelle complication ! Faut-il l’appeler OpenBAR plutôt que OpenDOAR ?

La semaine de l’Open Access qui vient de se dérouler ne m’a pas impressionné ! Elle était soutenue par SPARC, et j’en ai profité pour regarder OpenDOAR : au secours ! Il s’agit du Directory of Open Access Repositories. C’est une excellente idée d’avoir un tel annuaire où l’on peut avoir accès à tous les registres de type archives ouvertes…. Continuer la lecture

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Une pétition pour l’accès aux données médicamenteuses dont les effets indésirables (en fait, il faudrait signer pour toutes les études, académiques et industrielles !)

Nous avons évoqué la campagne +AllTrials supportée par le BMJ demandant à ce que toutes les données des études soient accessibles. Cela me semble un minimum, sous réserves de savoir qui a accès et manipule ensuite ces données (je milite pour que ce soient des ‘experts’ et non des ‘pseudos experts’ autoproclamés pour analyser ces données). Je milite aussi fortement… Continuer la lecture

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Voulez-vous devenir un ‘restorative author’ : job assuré, mais pas bien payé !

Lors du Peer Review congress, une réunion a été proposée à ceux qui suivent le mouvement RIAT ! C’est le projet « Restoring Invisible and Abandoned Trials ». La réunion était proposée par Fiona Godlee, rédactrice en chef du BMJ. Le terme de restorative author a peut-être un avenir : c’est un appel aux auteurs qui voudraient publier tous ces essais randomisés,… Continuer la lecture

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Peer-review congress : La relecture anonyme par les pairs n’est pas éthique ! et pourtant la plupart des scientifiques l’aiment !

Le congrès sur l’évaluation des manuscrits par les pairs vient de se terminer après 3 jours, avec 47 présentations orales et 63 posters. Ce congrès qui se tient tous les 4 ans est consacré à la recherche sur le peer review. Toutes les communications ne doivent pas avoir été publiées ou divulguées dans la communauté scientifique. C’est un bon niveau… Continuer la lecture

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Bons arguments pour supprimer les revues scientifiques (impossible), et prévoir une évolution des bibliothèques universitaires

Le blog de l’Université de Clermont fourmille d’informations utiles, et je le consulte parfois. Il s’appelle L’alambic numérique. Je remercie Benoit Thirion (Rouen) car il m’a signalé un billet original intitulé « Faut-il abolir les revues en ligne ? ». Quelle drôle d’idées mais ses arguments sont convaincants : le système des publications n’est plus consacré à la diffusion d’innovation, mais subit… Continuer la lecture

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+All Trials campaign : publier tous les essais cliniques et donner accès aux rapports cliniques, mais pas aux données individuelles des patients

Nous avons déjà présenté le mouvement +AllTrials qui a été initié en janvier 2013 par des revues biomédicales, dont BMJ, PLOS, Cochrane et autres.. plutôt britanniques. L’argumentaire était bien écrit, et convaincant. Sur leur site en août 2013, ils viennent de publier un document que vous pouvez télécharger (pdf de 8 pages) et qui explique en détail leurs propositions. Ce… Continuer la lecture

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Mendeley ou Papers, semblent meilleurs que Zotero ! Qui connait les 3 outils pour éclairer mes impressions ?

Le management des documents et l’utilisation des systèmes de références sont indispensables pour gérer notre information. Il existe une dizaine de système, et Zotero, sous Mozilla, est un bon système qui semble avoir été popularisé en France. Mais il y a mieux, et deux produits ont des performances exceptionnelles, avec une gratuité jusqu’à un certain niveau d’utilisation. J’ai assisté à… Continuer la lecture

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Europe PubMed Central existe ! On aurait dû l’appeler British PubMed Central

Qu’est-ce que Europe PMC ? Encore de nouvelles archives ouvertes, sorte de développement hors US de PubMedCentral… Où sont les limites de ces archivages gratuits ? Il y a 20 financeurs, dont l’Institut Marie Curie, car il faut payer pour déposer les articles de son institution… Continuer la lecture

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Ultimatum RIAT : publiez d’urgence les résultats des essais sinon d’autres le feront à votre place !

RIAT pour « Restoring Invisible and Abandoned Trials » : c’est un article agressif mais diplomate qu’a publié le BMJ le 13 juin 2013. Des auteurs connus et experts se battent pour publier toutes les données obtenues lors des essais médicamenteux des firmes pharmaceutiques. Pas besoin de rappeler que la non-publication de ces données a pu biaiser des revues systématiques et méta-analyses…. Continuer la lecture

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Comment citer des données sources ? Il faut des standards proches des ceux proposés pour les références

Nous connaissons les systèmes pour appeler et dactylographier des références dans un article scientifique. Citer les données sources, déposées dans des registres comme DRYAD, nécessite de définir des standards adaptés. Le manifeste d’Amsterdam est la première approche de cette question proposée en mars 2013.. Les données sont des produits de recherche citables Doivent être dans des archives Les citations de… Continuer la lecture

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