Archives de l’auteur : Herve Maisonneuve

Le partage des données progresse assez vite : 65 000 articles de PLOS ONE précisent comment accéder aux donnéee

Billet sur le blog de PLOS en mai 2017 pour faire le point sur le partage des données sources. Cette politique est devenue obligatoire pour PLOS ONE en mars 2014. Le bilan semble plutôt positif car 65 000 articles ont une mention sur l’accès aux données sources. Chaque article d’une revue du groupe PLOS doit décrire où sont archivées les… Continuer la lecture

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Tout article scientifique devrait avoir un résumé pour le grand public : les revues progressent !

La communication scientifique change vite. Nous savons que les revues scientifiques sont, en volume, surtout consultées par le grand public. Par exemple, un article du JAMA est à 75 % tweetté par des non scientifiques. Par ailleurs, l’open access est une réponse aux demandes du public, de la fondation Georges Soros, et autres lobbies. Le raisonnement est imparable : »Moi, citoyen,… Continuer la lecture

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Les preprints : 10 règles simples pour comprendre une anomalie, car les preprints ne sont jamais imprimés !

Dans la série d’articles de PLOS Computational Biology, vient de sortir en mai 2017 : « Ten simple rules to consider regarding preprint submission ». Très utile pour bien comprendre un phénomène ancien en physique (1991) mais tout nouveau en biologie (2016). La définition est simple : c’est un article qui n’a pas encore été publié dans une revue scientifique. Le contenu… Continuer la lecture

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Dans quel ordre écrire les sections du manuscrit de mon article de recherche ?

Cette question m’est souvent posée, et la réponse varie selon les cas montrés par les étudiants. Un article de recherche pour une revue internationale à comité de lecture, en biomédecine, a 3 000 à 4 000 mots, environ 30 à 40 références. Je ne réponds à la question que si deux points sont résolus : 1) pour quelle(s) revue(s) biomédicales… Continuer la lecture

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Newsletter de mai 2017 avec le titre « Fac de médecine : zéro pour 28 (sur 37) pour les conflits d’intérêts »

En mai 2017, 21 billets sur le blog de la rédaction médicale. En cliquant sur les liens, vous avez accès aux billets du blog. Deux infos merveilleuses (voir plus loin) : conflits d’intérêts : zéro pointé pour les facs de médecine françaises…. Etienne Klein (plagieur) démissionné !!! Fin des fonctions d’un plagieur : E KLein n’est plus président du conseil… Continuer la lecture

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Les 7 péchés mortels de la science : numéro 1, les biais, conséquence du ‘publie autant d’articles que possible avec des résultats positifs et nouveaux’

Excellent ouvrage (mai 2017) de Chris Chambers, professeur de neurosciences cognitives à Cardiff, et que j’ai rencontré, à propos des Registered Reports. Le titre : The 7 deadly sins of psychology. A manifesto for reforming the culture of science practice. Je vais reprendre chaque vendredi les 7 péchés, et voir ensuite le rechat proposé dans le dernier chapitre. Le chapitre… Continuer la lecture

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Le mauvais emploi des verbes dans les articles scientifiques favorise les spins

Editorial plaisant, d’autant plus que le premier des deux auteurs, Abe Fingerhut, est un collègue américain qui a longtemps exercé la chirurgie en France. Cet éditorial dans la prestigieuse revue Surgery est intitulé ‘Strength of verbs in medical writing should correspond to the level of evidence (or degree of causality): a plea for accuracy’. Trop souvent les auteurs (reviewers et… Continuer la lecture

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Les journalistes couvrent de façon préférentielle les résultats initiaux, bien qu’ils soient souvent contredits par des méta-analyses et informent rarement le public lorsqu’ils ne sont pas confirmés.

C’est un travail de l’équipe de Bordeaux qui a été remarqué lors du congrès mondial sur l’intégrité de la recherche : bonne communication orale de Estelle Dumas-Mallet dans un anglais parfait, salle comble sans le moindre trac. La première question a ensuite été posée par Brian Nosek, chercheur responsable du Center for Open Science à Charlottesville, USA. Bravo à l’équipe… Continuer la lecture

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Le peer-review, c’est jouer au loto…. tous les gagnants ont tenté leur chance

La communauté scientifique est plutôt passive… Je vois tant de choses monstrueuses que beaucoup ne les croient pas ! Les jeunes souffrent et ne peuvent rien dire en constatant les pratiques des seniors… J’ai relu un éditorial qui sommeillait sur une étagère… Il y en a beaucoup… Il s’agit d’un éditorial intitulé « Who is afraid of reviewers’ comments? Or why… Continuer la lecture

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Le partage des données des essais cliniques va devenir obligatoire selon l’ICMJE

C’est un sujet débattu, mais la déclaration de l’ICMJE (International Committee of Medical Journal Editors) vient conclure 18 mois de consultations. Que dit cet éditorial publié conjointement par les plus grandes revues (JAMA, BMJ, Lancet, NEJM, Annals Intern Med, et d’autres) ? les manuscrits soumis à des revues suivant l’ICMJE devront contenir une déclaration sur le partage des données sources… Continuer la lecture

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ICTRP à ne pas confondre avec ISRCTN ! En pratique, il faudrait enregistrer tous les protocoles cliniques… et tous les protocoles de méthodes en biologie!

L’enregistrement des protocoles des expérimentations a été demandé dans les années 2004 par les rédacteurs des revues. L’histoire du refecoxib a marqué les esprits : les rédacteurs du NEJM ont découverts que des données connues des auteurs n’étaient pas dans l’article, et que la publication n »était pas totalement conforme au protocole de l’essai. Depuis, une dizaine d’études ont montré des… Continuer la lecture

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Les scientifiques peuvent ‘se faire pirater’ leurs données en les mettant en libre accès….

Lors de la conférence mondiale de l’intégrité scientifique (fin mai 2017), Stephan Lewandowsky, Université de Bristol, a fait une présentation remarquée. Je n’ai pas encore les diapos. Il a beaucoup travaillé sur la désinformation, dans de nombreux domaines. Il a déjà été cité dans RetractionWatch pour d’autres publications. Ses réflexions sont importantes : des scientifiques mal intentionnés peuvent prendre des… Continuer la lecture

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Mourir pour un tatouage : aucun respect des médias pour diffuser les images du patient

Plusieurs fois, j’ai attiré l’attention sur les images ou cas de patients qui étaient découverts par le grand public, voire la famille. Les revues sont de plus en plus ouverte, accessibles sans codes, et c’est le grand public, en volume, qui accède le plus aux articles scientifiques ! Le grand public vous lit ! Je vous recommande de lire un… Continuer la lecture

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Significosis, Neophilia, Theorrhea, Arigorum, Disjunctivitis : 5 maladies de la recherche d’après Leadership Quarterly

Voici un extrait de l’abstract : However, five serious “diseases” stifle the production of useful research. These diseases include: significosis, an inordinate focus on statistically significant results; neophilia, an excessive appreciation for novelty; theorrhea, a mania for new theory; arigorium, a deficiency of rigor in theoretical and empirical work; and finally, disjunctivitis, a proclivity to produce large quantities of redundant,… Continuer la lecture

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Les revues de Sciences Sociales dysfonctionnent : « Le pénis conceptuel en tant que construction sociale »

Les revues de Sciences Sociales sont aussi mauvaises que les revues biomédicales… mais je suis convaincu qu’elles surfent facilement sur le plagiat, et d’autres pratiques bizarres. Deux observations pour en témoigner : 1 ) Un article de type ‘canular’ (hoax) a encore piégé une revue. Le titre de cet article The Conceptual penis as a social construct publié dans une… Continuer la lecture

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Les initiatives pour la reproductibilité des données au congrès mondial sur l’intégrité de la recherche

Bonne session sur la reproductibilité lors de la 5ème WCRI à Amsterdam avec 3 orateurs prestigieux. Quelles sont les causes pour expliquer la mauvaise reproductibilité ? Existe-t-il réellement une crise de reproductibilité ? Des solutions ??? D Fanelli a remplacé JPA Ioannidis, empêché de venir à Amsterdam. Conférence avec des exemples expliquant la mauvaise reproductibilité. D’abord la sélection des données… Continuer la lecture

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Le modèle ‘Registered reports’ adopté par BMC Biology : un mouvement important pour l’intégrité de la biomédecine

Nous avons exposé le système de publications utilisé par des revues de psychologie et poussé par le Center for Open Science (Charlottesville, USA). Les Registered Reports sont une vraie innovation qui pourrait améliorer l’intégrité des articles : les chercheurs soumettent introduction méthodes, puis peer review et décsions d’une acceptation préliminaire (IPA pour In Principle Acceptance). Les chercheurs conduisent leurs recherches… Continuer la lecture

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Conférence Intégrité de la recherche : 5 % des chercheurs auraient des articles de revues prédatrices sur leur CV !!! à confirmer

Conférence d’ouverture de Boris Barbour, un des fondateurs de PubPeer, site qui publie des commentaires sur les articles publiés. Boris a expliqué que corriger la littérature était possible, très difficile et jamais fait en pratique ! Les revues de spécialités n’aiment pas republier des recherches acceptées par des revues générales prestigieuses. Après quelques exemples comme les fraudes de Wakefield, Poldermans,… Continuer la lecture

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Ouverture de la 5ème conférence mondiale sur l’intégrité de la recherche, Amsterdam… interdit aux fraudeurs !

Ouverture de la 5ème WCRI (World Conference on Research Integrity). 800 personnes environ. Un grand succès annoncé : il y avait environ 500/600 personnes à Rio (2015) et Montréal (2013) avec moins de 10 français pour chaque conférence. Le programme est dense ! 16 français sont inscrits : soyons positifs, car cela signifie une augmentation d’au moins 100 % de… Continuer la lecture

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Les pratiques du groupe Frontiers : avez-vous des témoignages ? Votre avis ?

J’ai toujours été un observateur sans avis précis du groupe Frontiers, mais dubitatif. Jeffrey Beall classait Frontiers parmi les revues prédatrices, ce qui lui a valu des critiques acerbes. Il faut convenir du fait que les revues prestigieuses n’envoient pas des spams pour draguer des auteurs. Cette pratique est celle des revues prédatrices. Mais alors, pourquoi Frontiers envoie des emails… Continuer la lecture

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CLUE : les revues et universités devraient collaborer… mais ce n’est pas toujours le cas

La 5ème conférence mondiale sur l’intégrité de la recherche se prépare et les groupes de travail publient des documents pour animer les réflexions. La 5ème WCRI se déroule à Amsterdam fin mai est j’espère que cette fois-ci, il y aura plus de 5 français !! Tous les records seraient battus ! Le programme est en ligne. Lors des WCRI de… Continuer la lecture

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Le peer review en 2030 ? Bon rapport

SpotOn est une réunion annuelle, à Londres, organisée par BioMedCentral, Digital Science et Wellcome Trust. Le compte rendu de la réunion de novembre 2016 vient d’être diffusé. Toutes les vidéos du meeting sont en ligne, mais pas toujours agréables à visionner.. J’en ai testé quelques unes. L’interview de Ivan Oransky est bien. Le thème de 2016 était ‘What might peer… Continuer la lecture

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Les conflits d’intérêts ne sont pas gérés dans les facultés de médecine françaises : 28 facultés (sur 37) ont la note zéro !

Bon travail publié dans PLOS ONE en janvier 2017 et qui n’a pas été suffisamment diffusé. J’ai rencontré des experts ignorant cette publication, alors qu’ils enseignent les conflits d’intérêts en France. Le titre de l’article « Conflict of interest policies at French medical schools : starting from the bottom ». Les résultats sont plutôt inquiétants, et je ne sais pas… Continuer la lecture

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Newsletter d’avril 2017, envoyée le 2 mai avec le titre « Les pratiques préjudiciables en recherche ne gênent personne ! »

Chers Collègues, En avril 2017, 20 billets sur le blog de la rédaction médicale. En cliquant sur les liens, vous avez accès aux billets du blog. La science va mal et personne ne semble inquiet… marche du 22 avril 2017, et un rapport sévère des académies des sciences américaines : sonnette d’alarme…!!! Il faudrait s’inquiéter des pratiques de publications ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~… Continuer la lecture

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Fin des fonctions d’un plagiaire : très exceptionnel en France !

L’Express, suivi par d’autres médias, a montré les plagiats d’Etienne Klein. Une commission d’enquête a confirmé l’existence de plagiats et suggéré à E Klein de démissionner de ses fonctions à l’IHEST… ce qu’il n’a pas fait. Nous avions rapporté ce cas le 4 janvier 2017. Félicitons le secrétaire d’état, Thierry Mandon, qui a géré ce cas en allant au bout… Continuer la lecture

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Les avantages des modèles de partage de données en accès ouvert : une dizaine de projets de qualité

Partager les données semble raisonnable dans le domaine des essais randomisés, plutôt qu’une course permanente pour générer des données (d’ailleurs combien de patients sont inclus dans des essais dont les résultats ne sont jamais publics !). Le NEJM, dans un éditorial intitulé “Advantages of a Truly Open-Access Data-Sharing Model” liste des sites à explorer. Cet éditorial est signé par 8… Continuer la lecture

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Responsabilité des co-auteurs : attention ! Au moins l’un des auteurs devrait s’engager sur l’intégrité des données

Nous avons tous des histoires de co-auteurs mis abusivement sur des publications.. C’est une pratique que nous observons chez nos collègues… Dans The Scientist de May 2017, un article intitulé « Coming to grips with coauthor responsibility » revient sur ces pratiques avec quelques bons exemples. Deux citations illustrant l’article : If we didn’t trust each other, we would need to check… Continuer la lecture

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Conflits d’intérêt : un numéro thématique du JAMA avec 25 articles

Ce sont 25 articles (2 de recherche et 23 viewpoints) souvent courts et bien écrits et en accès libre dans le numéro du 2 mai 2017 du JAMA ! C’est la définition de l’ICMJE qui a été reprise dès l’éditorial des rédacteurs du JAMA : « A conflict of interest exists when professional judgment concerning a primary interest (such as patients’… Continuer la lecture

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Bonnes pratiques pour les rédacteurs médicaux et les auteurs des articles : une formule pour remercier les rédacteurs

Le texte est court et simple : trois sociétés professionnelles ont signé une déclaration commune sur le rôle des rédacteurs médicaux professionnels ainsi que sur les responsabilités des auteurs. Ces 3 sociétés sont American Medical Writers Association, European Medical Writers Association et International Society for Medical Publication Professionals. Au total 6000 membres pour ces 3 sociétés. AMWA–EMWA–ISMPP Joint Position Statement… Continuer la lecture

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Des prix pour les chercheurs courageux se développent : DIRT est le dernier de ces prix

Nous avons signalé le prix des chercheurs parasites qui sera décerné chaque année en janvier. Le prix John Maddox en est à sa sixième année, décerné en novembre. Le prix John Maddox (ancien rédacteur de Nature) est décerné par la revue Nature, Sense about science et une fondation (Kohn). « The John Maddox Prize recognises the work of individuals who promote… Continuer la lecture

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Le groupe Nature néglige le facteur d’impact en annonçant son support à DORA, et en publiant 4 indicateurs par revue

Fin avril 2017, le blog du groupe Nature (Springer) nous annonce la publications d’indicateurs pour toutes les revues du groupe. Simultanément un éditorial de Nature annonce que le groupe supporte DORA (Declaration On Research Assessment) qui milite contre les emplois abusifs du facteur d’impact pour évaluer les chercheurs et allouer des ressources. Dans le groupe, 5 revues ont un meilleur… Continuer la lecture

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BMJ Awards 2017 honorent Ben Goldacre et une équipe ayant publié dans JAMA Intern Med

La cérémonie des BMJ Awards s’est déroulée le jeudi 4 mai 2017. Toutes les équipes récompensées sont décrites dans un booklet de 32 pages. Deux des prix importants ont été : Le meilleur article de recherche du Royaume-Uni : attribué à un groupe d’auteurs dont le premier est de Imperial College of London (Sebastian Johnston). Le prix va à un… Continuer la lecture

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RePAIR: Responsibilities of Publishers, Agencies, Institutions, and Researchers in Protecting the Integrity of the Research Record

Des recommandations ont été préparées par un groupe de 22 experts en juillet 2016, et le texte est soumis à discussion, notamment sur le site de COPE, et par d’autres réseaux sociaux. La conférence s’est tenue à Fort Collins, dans le Colorado (USA) et avait pour titre : « Keeping the Pool Clean: Prevention and Management of Misconduct Related Retractions ». Il… Continuer la lecture

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Mieux évaluer le mérite scientifique avec un facteur d’impact correctement calculé : proposition en cardiologie… un rêve ?

C’est un éditorial dans Circulation Research (décembre 2016) signé par le chairman du comité des publications scientifiques de l’American Heart Association (AHA), R Carey. Le titre “Quantifying scientific merit. Is it time to transform the impact factor”. Le propos n’engage pas l’AHA. Les chercheurs et jurys étant tellement attachés au Dieu facteur d’impact, il serait utile de réfléchir et peut-être… Continuer la lecture

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Des chercheurs français à l’honneur sur RetractionWatch… est-ce que le référent intégrité de Grenoble fait son boulot ?

Les commentaires anonymes sur PubPeer concernent parfois des équipes françaises. Ces commentaires anonymes restent sans suite car nos institutions / universités ne disent rien. Nous avons déjà commenté des cas français de rétractation suite à des commentaires sur PubPeer, par exemple à l’Inserm, Lyon. Sur RetractionWatch, le 2 mai 2017, il y a un billet concernant des auteurs grenoblois. L’histoire… Continuer la lecture

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Le gold standard de la bonne science, c’est la capacité d’un chercheur de reproduire une méthode ou des données publiées

Il faudra beaucoup de temps pour changer de paradigme et passer de l’innovation à tout prix à la réplication qui devrait être la norme. Nous publions pour innover… mais les innovations ne sont pas si fréquentes… publions-nous de fausses innovations ? Probablement… mais le système veut de l’innovation !!! Des chercheurs proposent plutôt de répliquer, voire de ré-analyser des données… Continuer la lecture

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Les chercheurs italiens utilisent des pratiques préjudiciables en recherche dans plus de 50 % des articles (comme les américains)

Il s’agit d’une étude faite en Italie en utilisant le même questionnaire que celui qui a été utilisé aux USA. L’article est dans PLOS ONE, en mars 2017, avec pour titre : « Questionable research practices among italian research psychologists » Pour les italiens, il y avait 277 réponses…. et pour les US 2000 psychologues. Les résultats donnent le vertige…il s’agit de… Continuer la lecture

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La vie après avoir été puni pour fraude scientifique : la moitié des coupables poursuivent des recherches

La fraude scientifique a quelques caractéristiques intéressantes : petit risque pour grande récompense. Mais, ne vous imaginez pas qu’après condamnation, la vie scientifique s’arrête ! J’admets qu’un condamné puisse travailler après la décision, mais un ‘encadrement’ est nécessaire… Un chercheur de l’Université d’Illinois, Urbana, USA, a analysé un pool de 284 chercheurs qui ont été coupables de mauvaises conduites scientifiques,… Continuer la lecture

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Qui seront les auteurs des articles sur données partagées ? Le concept de ‘data author’ est proposé par le NEJM

Les financeurs, les institutions et les gens raisonnables poussent au partage des données. Par exemple avec l’essai SPRINT du NEJM ! Il y a tellement de données sous-exploitées que l’on pourrait faire une pause, les analyser et voir ensuite quelles recherches financer… plutôt que de continuer à fiancer des projets dont une partie ne donneront pas lieu à communication de… Continuer la lecture

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Des prix pour les chercheurs parasites …..

Le terme de chercheur parasite a été évoqué pour la première fois de manière négative dans un éditorial du NEJM : « Data sharing » en janvier 2916. Il s’agissait de qualifier des lobbies demandant accès à des données cliniques pour les analyser de manière partisane. Le NEJM a proposé d’utiliser ce terme de parasite avec une connotation plus positive. Il peut… Continuer la lecture

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